genome.fa.s13.2.7.7.80.10.50.1000.294.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr13 124041150 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  124041150

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
90739596--90739674	15	5.4	15	77	10	83	58	13	17	10	1.63
90739607--90739683	15	5.2	15	75	9	77	55	15	16	11	1.68
90742625--90742796	93	1.8	93	96	0	317	27	29	21	20	1.98
90742617--90742792	46	3.8	46	80	12	225	28	28	21	21	1.98
90744791--90744866	34	2.2	34	88	0	107	25	25	25	25	2.00
90745767--90745791	6	4.2	6	100	0	50	16	0	0	84	0.63
90760181--90760233	26	2.0	27	85	7	74	24	15	22	37	1.92
90761715--90761798	26	3.2	26	96	0	150	36	25	4	33	1.77
90764327--90764382	6	9.2	6	84	9	69	17	19	0	62	1.33
90779982--90780015	15	2.3	15	90	10	52	55	0	11	32	1.36
90780961--90780990	14	2.1	14	100	0	60	26	6	26	40	1.81
90781381--90781418	18	2.2	18	86	9	53	57	7	2	31	1.41
90789478--90789502	12	2.1	12	100	0	50	28	32	16	24	1.96
90789603--90789666	21	3.0	21	76	2	65	21	28	15	34	1.94
90792761--90792804	22	2.0	22	86	8	63	34	4	0	61	1.16
90794977--90795014	20	1.9	20	89	10	60	23	13	36	26	1.91
90798822--90799185	46	7.7	48	75	12	240	28	19	28	24	1.98
90807490--90807549	14	4.3	14	89	0	75	36	3	33	26	1.73
90810076--90810100	13	1.9	13	100	0	50	24	28	48	0	1.52
90810176--90810227	20	2.6	20	90	0	86	19	28	32	19	1.96
90814469--90814515	21	2.2	21	81	7	60	21	19	38	21	1.94
90818602--90818776	55	3.2	53	81	8	201	22	24	17	36	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
90818577--90818784	54	3.9	54	81	6	224	23	24	16	36	1.94
90818763--90818883	47	2.6	47	87	0	179	25	24	13	36	1.92
90819593--90819649	29	1.9	30	82	7	71	29	24	8	36	1.86
90828259--90828506	129	1.9	127	81	4	293	34	13	27	24	1.93
90834155--90834224	36	1.9	36	100	0	140	34	7	27	31	1.84
90848408--90848432	13	1.9	13	100	0	50	32	4	24	40	1.73
90848779--90848834	11	4.9	11	85	8	76	35	0	1	62	1.06
90848747--90848840	24	4.2	23	72	16	90	38	0	4	57	1.18
90850629--90850700	21	3.2	21	64	21	56	40	9	25	25	1.86
90850628--90850855	46	5.0	46	86	2	280	41	13	24	21	1.88
90850939--90850968	13	2.3	13	94	0	51	36	0	26	36	1.57
90858950--90858989	19	2.1	19	100	0	80	32	10	25	32	1.89
90861952--90862019	34	2.0	34	100	0	136	41	20	8	29	1.82
90862146--90862187	18	2.3	18	84	12	50	26	2	0	71	0.98
90862495--90862539	23	2.0	22	83	12	56	31	0	6	62	1.21
90867950--90868012	12	5.3	12	71	16	51	34	0	3	61	1.12
90868456--90868504	3	16.7	3	79	12	57	38	0	2	59	1.09
90868459--90868550	12	8.3	10	77	13	51	44	1	1	53	1.15
90868456--90868502	16	2.9	16	83	3	67	38	0	2	59	1.09
90868456--90868502	19	2.4	21	76	20	57	38	0	2	59	1.09
90868509--90868550	2	21.0	2	100	0	84	50	0	0	50	1.00
90869617--90869684	30	2.3	30	82	5	75	45	7	19	27	1.76
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
90869892--90869949	30	1.9	30	82	6	73	39	1	3	55	1.27
90871536--90871587	26	2.0	26	81	7	61	63	1	0	34	1.06
90871809--90871867	30	1.9	31	86	3	84	28	20	3	47	1.66
90874605--90874642	19	1.9	20	84	10	51	39	0	18	42	1.50
90874849--90874916	34	1.9	36	88	11	106	39	1	23	35	1.64
90874846--90874921	18	4.4	17	77	14	84	42	1	23	32	1.63
90874846--90874927	34	2.4	33	82	13	105	41	1	23	34	1.62
90874846--90874934	17	5.1	18	80	9	80	41	1	23	33	1.62
90882505--90882541	19	1.9	19	88	0	56	32	13	5	48	1.65
90888934--90889001	34	2.0	34	100	0	136	23	8	26	41	1.83
90891161--90891236	22	3.3	22	66	16	64	32	10	30	26	1.90
90891153--90891452	47	6.4	47	93	0	501	33	8	31	27	1.86
90893072--90893163	42	2.2	42	76	5	98	47	6	3	42	1.45
90893531--90893568	19	2.0	19	89	0	58	23	23	13	39	1.90
90896207--90896521	39	8.1	39	94	0	540	21	25	29	23	1.99
90905615--90905688	35	2.1	35	100	0	148	36	16	21	25	1.94
90909328--90909400	37	2.0	37	91	0	119	34	16	6	42	1.75
90913131--90913304	40	4.3	40	80	5	174	24	27	21	27	1.99
90913147--90913298	80	1.9	80	83	5	200	23	26	23	26	2.00
90923367--90923420	25	2.2	25	100	0	108	25	27	11	35	1.90
90935667--90935704	19	2.0	19	90	10	60	63	2	13	21	1.42
90938416--90938614	31	6.4	31	92	0	326	29	25	16	29	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
90938638--90938730	42	2.2	42	98	0	177	33	20	13	32	1.92
90938876--90938945	25	2.8	25	89	4	97	25	24	25	24	2.00
90939754--90939818	27	2.4	27	82	5	78	21	24	18	35	1.96
90939754--90939855	27	3.8	26	72	14	73	23	20	19	36	1.95
90939872--90940077	27	7.6	27	78	8	130	33	8	17	40	1.80
90939857--90940118	54	4.8	54	78	6	233	32	9	17	40	1.82
90939935--90940085	27	5.6	27	87	1	196	29	7	19	43	1.78
90939935--90940118	81	2.3	81	82	3	219	29	9	19	41	1.82
90939935--90940118	27	6.8	27	81	4	174	29	9	19	41	1.82
90940117--90940368	27	9.3	27	86	1	281	40	8	23	27	1.84
90940117--90940368	54	4.7	54	88	2	346	40	8	23	27	1.84
90940117--90940368	81	3.1	81	86	2	346	40	8	23	27	1.84
90942566--90942689	60	2.1	60	90	3	196	48	7	13	30	1.70
90944953--90945105	25	6.1	25	79	8	132	31	21	17	29	1.96
90945955--90946044	44	2.0	44	100	0	180	27	13	20	38	1.90
90948419--90948536	48	2.7	42	80	7	119	27	27	16	28	1.97
90959483--90959549	22	3.0	22	84	2	62	14	26	23	34	1.94
90959504--90959601	22	4.4	22	74	16	94	17	28	19	34	1.94
90964458--90964515	29	1.9	31	83	13	77	46	1	18	32	1.60
90966756--90966973	48	4.6	48	82	2	244	23	17	30	28	1.97
90966756--90966973	96	2.3	94	85	4	278	23	17	30	28	1.97
90967804--90967828	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
90971123--90971159	2	18.5	2	100	0	74	48	0	0	51	1.00
90971152--90971209	29	1.9	29	83	13	73	46	1	18	32	1.60
90973448--90973665	48	4.6	47	80	5	208	24	17	29	28	1.97
90973448--90973665	96	2.3	94	84	4	260	24	17	29	28	1.97
90977606--90977760	79	2.0	79	83	2	195	24	30	20	23	1.98
90977606--90977760	39	3.9	40	87	0	197	24	30	20	23	1.98
90985467--90985590	39	3.2	39	94	1	203	25	33	19	22	1.97
90988825--90988884	22	2.7	22	86	2	75	20	26	16	36	1.93
90988828--90988954	22	5.6	22	69	15	64	22	24	18	35	1.95
90991885--90992002	41	3.1	41	60	28	98	32	17	28	21	1.96
90991853--90992016	71	2.3	71	100	0	328	35	17	28	18	1.94
90994664--90994716	6	8.8	6	83	8	72	18	26	0	54	1.44
90994662--90994709	24	2.0	24	100	0	96	20	25	0	54	1.45
90995643--90995695	16	3.2	17	81	7	65	43	0	0	56	0.99
90996287--90996320	16	2.1	17	88	5	52	38	0	29	32	1.58
91001296--91001339	19	2.3	20	80	7	56	40	0	2	56	1.11
91001927--91001960	16	2.1	17	88	5	52	41	0	26	32	1.56
91006125--91006331	53	3.8	54	79	1	218	20	23	17	38	1.93
91014676--91014701	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
91015598--91015689	46	2.0	46	97	0	175	33	13	22	30	1.92
91015704--91015799	42	2.4	39	81	10	97	47	5	2	44	1.37
91019448--91019518	35	2.0	35	100	0	142	35	25	2	36	1.71
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
91030295--91030349	29	2.0	25	83	13	65	61	9	0	29	1.26
91036513--91036611	33	3.0	33	90	0	162	20	10	38	31	1.86
91049620--91049660	6	6.5	6	83	10	55	78	4	0	17	0.93
91049623--91049662	20	2.0	20	90	0	62	75	7	0	17	1.03
91049680--91049738	9	6.6	9	84	0	82	25	13	20	40	1.89
91051112--91051146	17	2.1	17	94	0	61	48	20	2	28	1.63
91053856--91053963	44	2.4	44	85	3	135	28	24	13	33	1.94
91060408--91060510	51	2.0	51	96	0	188	32	24	24	19	1.98
91061716--91061814	40	2.5	40	88	0	153	32	25	18	24	1.97
91063044--91063956	460	2.0	460	89	0	1389	28	23	15	33	1.95

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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