genome.fa.s13.2.7.7.80.10.50.1000.296.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr13 124041150 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  124041150

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
91397743--91397819	38	2.0	38	100	0	154	33	15	24	25	1.95
91399145--91399288	44	3.4	42	81	9	141	23	16	26	33	1.96
91399148--91399288	42	3.3	42	80	8	135	24	17	26	31	1.97
91399481--91399523	21	2.2	19	83	8	50	32	0	25	41	1.56
91401733--91401895	39	4.2	39	86	0	227	23	19	31	25	1.98
91406788--91406920	48	2.8	48	87	2	169	26	16	27	29	1.97
91411579--91411604	13	2.0	13	100	0	52	46	0	0	53	1.00
91413757--91413933	40	4.4	40	89	3	243	23	22	28	24	1.99
91418518--91418599	40	2.0	40	95	0	146	23	24	24	28	2.00
91423704--91423761	21	2.8	21	91	0	89	15	34	25	24	1.95
91436932--91437005	29	2.6	29	95	0	139	27	14	31	27	1.95
91436989--91437064	29	2.6	29	77	4	82	22	21	35	21	1.96
91443582--91443610	13	2.2	13	100	0	58	31	0	13	55	1.39
91443903--91443941	19	2.1	19	85	9	53	23	10	0	66	1.22
91446166--91446234	28	2.5	28	85	2	104	43	24	10	21	1.83
91450511--91450604	29	3.2	29	98	0	179	29	15	27	26	1.96
91450507--91450641	58	2.3	58	84	3	175	26	15	31	25	1.96
91450705--91450753	2	24.5	2	100	0	98	48	0	0	51	1.00
91458595--91458659	29	2.2	29	97	0	121	29	16	27	26	1.97
91458760--91458788	2	14.5	2	100	0	58	48	0	0	51	1.00
91461607--91461660	28	1.9	28	100	0	108	48	20	11	20	1.80
91465153--91465320	40	4.2	40	82	1	185	24	26	22	26	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
91473165--91473332	40	4.2	40	82	1	185	24	26	22	26	2.00
91482459--91482624	40	4.2	40	81	3	167	24	25	22	26	2.00
91490894--91490922	13	2.2	13	100	0	58	31	0	13	55	1.39
91491224--91491279	17	3.4	17	69	18	55	50	21	0	28	1.49
91491220--91491279	15	4.0	15	75	12	61	50	23	0	26	1.50
91494769--91494876	44	2.5	42	86	4	144	23	13	26	36	1.92
91494771--91494928	43	3.7	43	81	2	165	24	14	25	35	1.93
91499395--91499615	46	4.7	46	73	11	164	28	17	28	25	1.98
91504461--91504504	2	22.0	2	100	0	88	0	0	50	50	1.00
91504672--91504829	43	3.7	43	82	4	185	25	17	26	31	1.97
91508752--91508805	25	2.1	25	83	13	65	35	11	12	40	1.79
91520918--91521096	48	3.6	50	80	6	188	26	29	17	26	1.97
91520918--91521232	46	6.6	47	71	14	175	25	27	17	28	1.98
91526692--91526725	11	3.3	11	88	12	54	35	0	17	47	1.48
91531021--91531204	48	3.8	48	80	0	215	27	27	17	27	1.98
91531019--91531211	96	2.0	96	95	0	350	26	27	18	27	1.98
91537747--91538001	55	4.8	53	81	7	236	20	25	18	36	1.95
91537794--91537994	108	1.8	110	89	4	318	21	25	18	34	1.96
91539812--91540087	48	5.8	48	73	2	232	26	25	17	30	1.97
91539814--91540091	95	2.9	95	85	2	378	26	25	17	30	1.97
91554686--91554781	25	3.8	25	76	0	93	32	23	22	20	1.98
91554916--91554975	13	4.7	13	69	19	54	48	16	3	31	1.63
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
91554907--91554983	38	2.0	38	100	0	154	49	16	5	28	1.67
91558282--91558465	40	4.6	40	82	4	174	28	22	26	23	1.99
91560264--91560481	45	5.0	45	84	5	268	23	21	28	26	1.99
91561681--91561846	85	1.9	86	98	1	325	33	4	16	45	1.67
91569447--91569630	40	4.6	40	82	4	174	28	22	26	23	1.99
91571425--91571642	45	5.0	45	84	5	268	23	21	28	26	1.99
91572907--91573072	86	1.9	86	100	0	332	33	4	16	45	1.67
91574466--91574628	39	4.2	39	91	0	263	22	20	33	23	1.97
91574466--91574659	39	4.9	39	89	0	253	22	21	32	23	1.98
91574771--91574805	17	2.1	17	100	0	70	5	5	34	54	1.48
91580914--91581089	45	4.0	45	85	1	221	25	20	27	26	1.99
91589116--91589146	2	15.5	2	100	0	62	51	0	0	48	1.00
91596594--91596662	30	2.3	30	87	0	93	21	33	24	20	1.97
91597591--91597758	46	3.6	45	78	9	151	25	27	19	28	1.98
91600187--91600233	21	2.2	21	96	0	85	25	10	25	38	1.88
91603249--91603456	40	5.2	39	79	5	177	25	26	23	25	2.00
91603249--91603418	80	2.1	80	82	6	211	25	27	23	23	2.00
91605790--91605988	45	4.5	44	77	6	161	44	11	19	25	1.84
91614614--91614664	26	2.0	26	84	7	68	50	13	7	27	1.69
91618331--91618772	50	8.8	50	78	4	422	26	16	25	31	1.97
91618331--91618769	150	2.9	151	87	1	610	25	16	25	31	1.97
91619314--91619649	180	1.9	180	86	2	478	39	9	18	33	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
91623356--91623402	24	2.0	24	83	8	60	53	17	0	29	1.44
91630153--91630193	19	2.1	19	86	4	55	56	4	9	29	1.53
91630380--91630431	16	3.2	16	91	0	77	36	3	26	32	1.75
91630417--91630505	44	2.0	46	86	4	128	30	5	26	37	1.80
91630586--91630636	26	2.0	26	88	3	77	45	0	3	50	1.20
91630743--91630785	21	2.0	21	86	9	59	62	2	0	34	1.08
91637683--91637709	13	2.1	13	100	0	54	44	22	0	33	1.53
91645110--91645202	9	10.2	9	74	14	84	31	2	1	65	1.11
91645110--91645196	36	2.4	36	84	3	113	29	2	1	66	1.11
91645109--91645213	27	3.9	26	77	12	95	30	2	0	65	1.13
91645172--91645214	19	2.2	20	84	12	54	30	2	2	65	1.18
91646113--91646143	6	5.2	6	100	0	62	67	0	0	32	0.91
91646110--91646152	18	2.4	18	80	0	59	65	4	2	27	1.25
91652555--91652589	18	1.9	18	94	0	61	17	11	37	34	1.85
91654937--91654977	21	2.0	21	90	0	64	24	7	41	26	1.81
91659363--91659437	37	2.0	37	97	0	141	33	16	17	33	1.92
91665372--91665448	32	2.4	32	82	4	93	54	18	2	24	1.56
91679990--91680239	49	5.2	48	75	12	228	21	29	21	28	1.98
91693726--91693828	29	3.6	29	81	2	118	23	16	32	28	1.96
91701709--91701811	29	3.6	29	81	2	118	23	16	32	28	1.96
91712039--91712196	43	3.7	42	76	13	180	29	27	17	25	1.98
91718344--91718416	31	2.3	32	84	11	89	23	28	34	13	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
91719146--91719187	18	2.4	18	80	7	52	45	14	14	26	1.83
91740497--91740626	47	2.8	47	84	0	152	26	16	25	32	1.96
91743892--91743938	24	2.0	24	86	0	67	38	2	36	23	1.67
91745347--91745457	27	4.2	26	83	10	134	15	24	22	37	1.93
91746504--91746537	10	3.3	10	84	8	50	29	8	8	52	1.62
91751689--91751735	24	2.0	24	91	0	76	36	2	38	23	1.67
91753151--91753261	27	4.1	26	84	7	132	16	24	21	37	1.93
91753151--91753261	54	2.1	54	86	3	152	16	24	21	37	1.93
91754188--91754342	56	2.8	54	82	5	168	27	35	19	18	1.95
91757782--91757854	26	2.8	26	75	2	76	19	27	21	31	1.97
91757928--91757974	23	2.0	22	84	8	58	17	19	21	42	1.89
91763057--91763097	18	2.3	18	91	0	64	14	19	0	65	1.26
91764556--91764649	32	2.9	30	73	12	71	26	21	24	27	1.99
91766293--91766340	21	2.3	21	85	0	60	22	20	33	22	1.97
91774551--91774589	17	2.3	17	81	0	51	10	10	0	79	0.94
91774542--91774597	14	4.1	14	77	11	53	10	10	1	76	1.09
91777424--91777833	46	8.7	48	74	12	282	27	19	29	23	1.98
91780522--91780581	28	2.2	27	82	5	68	30	31	10	28	1.89
91780591--91780630	2	20.0	2	89	0	62	47	47	2	2	1.29
91780577--91780628	22	2.4	22	80	6	61	46	44	3	5	1.45
91783258--91783368	27	4.1	26	88	5	141	36	23	23	17	1.95
91783258--91783368	54	2.1	54	87	3	161	36	23	23	17	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
91783473--91783549	30	2.8	27	86	11	104	32	16	19	31	1.94
91784983--91785066	26	3.2	26	96	0	150	36	25	4	33	1.77
91787081--91787119	21	1.9	21	84	5	53	48	5	15	30	1.66
91787192--91787243	2	25.5	2	96	3	95	50	1	0	48	1.12
91793543--91793613	31	2.3	31	85	4	99	40	21	15	22	1.90
91794177--91794241	31	2.3	27	77	15	67	55	9	0	35	1.32
91803351--91803792	50	8.8	50	73	5	316	28	18	23	30	1.98
91803453--91803842	151	2.6	151	87	0	557	26	18	24	30	1.98
91803351--91803634	101	2.8	101	84	2	374	28	18	22	30	1.98
91803347--91803834	101	4.9	100	75	7	316	27	18	23	30	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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