genome.fa.s13.2.7.7.80.10.50.1000.196.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr13 124041150 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  124041150

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  196  of  410  ( 49152 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59919526--59919565	21	1.9	21	85	10	55	17	10	30	42	1.82
59928542--59928624	43	1.9	43	85	4	114	25	16	24	33	1.96
59939590--59939629	16	2.5	16	87	0	62	22	12	20	45	1.84
59944955--59945126	45	3.7	46	79	11	208	22	20	27	29	1.98
59952520--59952692	46	3.7	46	79	10	208	21	20	27	29	1.98
59952517--59952687	93	1.8	93	93	0	297	21	21	28	28	1.98
59955846--59955900	26	2.1	26	93	0	92	12	27	32	27	1.93
59956690--59956754	32	2.0	32	96	0	121	35	3	23	38	1.70
59957122--59957237	55	2.1	55	80	6	128	26	28	21	23	1.99
59957862--59958086	112	2.0	112	98	0	432	31	20	8	40	1.81
59975613--59975670	25	2.3	26	85	11	77	22	12	1	63	1.37
59979407--59979628	46	4.7	46	77	9	200	29	19	26	24	1.99
59979407--59979628	94	2.4	93	83	3	257	29	19	26	24	1.99
59986125--59986720	198	3.0	198	98	0	1147	42	8	16	32	1.78
59988645--59988743	28	3.5	29	83	6	114	30	27	15	27	1.96
59996640--59996738	28	3.5	29	83	6	114	30	27	15	27	1.96
60000247--60000353	40	2.7	40	87	7	155	20	22	28	28	1.99
60006410--60006484	29	2.6	29	89	4	107	26	16	32	25	1.96
60009855--60010078	40	5.7	40	86	6	280	23	21	28	26	1.99
60012584--60012729	37	3.9	37	92	0	229	27	30	18	23	1.97
60012875--60013063	48	3.8	48	86	6	254	31	26	6	35	1.81
60013033--60013226	47	4.1	47	90	0	262	26	29	11	32	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60016901--60016953	21	2.5	21	100	0	106	24	37	26	11	1.89
60020438--60020622	40	4.6	40	84	3	228	26	21	26	25	2.00
60020483--60020650	80	2.1	80	83	4	205	27	23	25	23	2.00
60020441--60020650	40	5.2	39	77	11	165	26	22	25	24	2.00
60020438--60020664	120	1.9	121	81	4	280	27	22	25	24	2.00
60023615--60023988	47	8.0	47	87	0	523	32	11	29	26	1.91
60023615--60023988	94	4.0	94	93	0	595	32	11	29	26	1.91
60024153--60024302	37	4.1	37	92	0	237	21	19	33	26	1.97
60025279--60025382	27	3.9	27	82	2	111	28	25	14	31	1.95
60027838--60027892	28	2.0	27	82	10	67	36	29	23	10	1.89
60031444--60031471	12	2.3	12	100	0	56	75	7	0	17	1.03
60037858--60037900	22	2.0	22	86	9	61	23	13	27	34	1.93
60040813--60040885	29	2.5	29	93	0	101	26	31	16	26	1.96
60046296--60046455	29	5.5	29	82	4	171	25	30	16	26	1.97
60057603--60057638	18	2.0	18	89	10	56	58	5	11	25	1.54
60058356--60058405	10	5.0	10	81	13	59	68	2	8	22	1.26
60059913--60059956	10	4.4	10	80	8	54	84	0	0	15	0.63
60059915--60059953	5	7.8	5	88	11	62	82	0	0	17	0.68
60059914--60059957	15	3.0	15	87	12	65	81	0	0	18	0.68
60059915--60059954	21	2.0	21	95	5	73	82	0	0	17	0.67
60066346--60066405	10	6.0	10	84	11	70	66	1	8	23	1.28
60068276--60068480	47	4.3	47	90	3	304	27	30	9	32	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60068326--60068404	25	3.3	25	64	10	74	32	27	5	34	1.79
60068351--60068426	22	3.3	22	64	10	62	28	27	10	32	1.90
60077803--60077903	41	2.5	41	91	4	161	19	31	14	33	1.93
60077818--60077882	20	3.3	19	69	14	51	18	33	12	35	1.88
60077798--60077904	21	5.2	20	69	15	76	19	32	14	32	1.93
60077798--60077918	41	3.0	40	84	6	145	19	32	14	33	1.93
60078186--60078226	19	2.2	19	100	0	82	39	4	14	41	1.67
60092809--60092875	33	2.0	33	100	0	134	23	20	20	34	1.97
60096444--60096513	27	2.5	28	93	2	115	27	14	28	30	1.95
60096444--60096525	27	3.0	27	84	8	69	28	15	25	30	1.96
60104370--60104439	27	2.5	28	93	2	115	27	14	28	30	1.95
60104370--60104451	27	3.0	27	84	8	69	28	15	25	30	1.96
60107763--60107864	19	5.2	19	65	19	57	21	31	12	34	1.91
60107762--60107890	21	6.4	20	67	9	66	22	30	13	34	1.92
60107762--60107901	40	3.5	40	84	5	185	22	30	13	33	1.92
60110868--60111251	201	1.9	201	93	0	660	35	15	17	31	1.91
60137729--60137765	14	2.6	14	100	0	74	35	8	13	43	1.74
60138605--60138733	35	3.8	34	88	5	190	43	1	13	41	1.54
60138605--60138732	68	1.9	68	88	3	195	42	1	14	41	1.54
60138605--60138736	33	3.9	33	86	5	167	43	1	13	40	1.53
60138612--60138763	68	2.2	69	80	9	186	37	1	15	45	1.55
60138831--60139457	125	5.0	125	85	3	755	39	15	16	28	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60138831--60139465	253	2.5	251	86	2	866	39	15	16	28	1.89
60142944--60142986	18	2.4	18	92	0	68	37	9	30	23	1.86
60143573--60143608	7	5.0	7	89	3	54	55	13	5	25	1.60
60145996--60146096	28	3.5	30	82	6	118	29	14	26	28	1.95
60146025--60146100	29	2.7	28	76	13	75	30	14	26	28	1.95
60153882--60153982	28	3.5	30	82	6	118	29	14	26	28	1.95
60153911--60153986	29	2.7	28	76	13	75	30	14	26	28	1.95
60179728--60179917	40	4.8	40	96	0	335	23	19	27	30	1.98
60181693--60181907	40	5.5	40	84	7	264	25	27	22	23	2.00
60185036--60185228	80	2.4	80	81	4	210	22	25	24	27	2.00
60185050--60185229	40	4.5	39	79	6	155	23	25	24	26	2.00
60187484--60187643	29	5.5	30	87	8	213	28	25	13	33	1.93
60187484--60187614	59	2.3	57	93	5	219	26	25	13	34	1.93
60196624--60196773	40	3.8	40	94	0	246	22	18	28	30	1.97
60199653--60199864	76	2.8	76	81	2	221	32	22	20	24	1.98
60201593--60201762	43	4.0	43	76	8	141	32	24	14	27	1.95
60206774--60206874	28	3.5	29	86	6	125	29	27	13	28	1.95
60221207--60221428	40	5.6	39	81	7	200	27	27	21	24	1.99
60221233--60221429	78	2.5	80	82	6	242	28	25	19	25	1.99
60234261--60234303	21	2.1	20	83	12	52	34	16	4	44	1.68
60235958--60236225	24	11.0	24	89	2	385	27	20	21	30	1.98
60236274--60236340	20	3.3	20	93	0	116	32	20	11	34	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60236274--60236329	11	5.5	11	71	16	57	32	19	12	35	1.89
60237587--60237670	27	3.1	27	91	3	125	20	25	22	32	1.98
60237587--60237687	27	3.7	27	88	5	116	20	22	22	33	1.97
60237820--60238014	81	2.4	81	87	2	259	31	8	20	40	1.81
60237820--60238000	27	6.7	26	82	8	202	30	8	19	41	1.81
60237709--60238014	27	11.3	27	76	8	185	32	9	18	39	1.83
60237992--60238203	27	7.9	27	85	2	255	41	8	21	27	1.83
60237820--60238041	81	2.8	80	84	2	203	33	8	19	39	1.81
60238209--60238298	27	3.3	27	85	3	119	32	10	17	40	1.83
60238192--60238298	54	2.0	54	81	7	128	30	10	20	38	1.86
60238209--60238314	27	3.9	27	79	9	92	33	9	16	39	1.81
60241872--60242098	46	4.9	47	80	10	234	25	28	16	29	1.97
60244935--60245158	40	5.6	40	85	6	301	25	26	23	24	2.00
60244935--60245158	83	2.8	80	87	4	308	25	26	23	24	2.00
60253172--60253394	40	5.6	40	86	7	310	25	26	23	24	2.00
60253172--60253394	82	2.8	80	88	6	310	25	26	23	24	2.00
60253172--60253394	122	1.8	119	89	4	349	25	26	23	24	2.00
60255914--60256142	47	4.9	48	77	11	190	24	29	17	28	1.97
60256016--60256184	46	3.6	46	73	4	133	24	28	17	28	1.97
60261442--60261499	30	1.9	30	82	0	71	43	6	24	25	1.79
60261722--60261768	19	2.3	20	82	10	60	36	0	14	48	1.44
60262095--60262377	50	5.6	50	82	0	323	27	16	24	31	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60262095--60262388	100	2.9	100	89	1	428	27	17	24	30	1.97
60262101--60262388	150	1.9	151	84	2	382	27	16	24	31	1.97
60262588--60262619	16	2.0	16	93	0	55	46	0	18	34	1.49
60266342--60266439	28	3.5	28	84	4	108	29	16	24	29	1.96
60274010--60274107	28	3.5	28	84	4	108	29	16	24	29	1.96
60278818--60279036	40	5.5	41	83	7	227	23	26	23	26	2.00
60282569--60282595	12	2.2	12	100	0	54	22	25	7	44	1.79
60289266--60289526	133	2.0	133	88	3	391	39	20	8	31	1.83
60291578--60291652	29	2.6	29	91	0	114	26	18	28	26	1.98
60292738--60292772	18	2.0	18	88	5	54	37	20	14	28	1.91

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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