genome.fa.s13.2.7.7.80.10.50.1000.223.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr13 124041150 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  124041150

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  223  of  410  ( 49152 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
68473986--68474024	15	2.6	15	100	0	78	61	5	5	28	1.39
68476487--68476616	27	4.8	27	87	0	161	29	20	8	41	1.82
68476487--68476617	54	2.4	54	88	2	183	29	20	8	41	1.81
68476595--68476868	27	10.2	27	76	8	193	39	20	8	30	1.83
68476522--68476644	54	2.3	54	79	0	138	34	19	6	39	1.77
68476609--68476840	54	4.3	53	82	3	250	41	19	8	30	1.81
68476985--68477072	27	3.3	27	83	3	106	36	19	26	18	1.94
68477874--68477996	26	4.8	26	93	1	205	26	23	22	26	2.00
68478215--68478327	31	3.7	31	84	5	144	31	19	23	25	1.98
68479443--68479580	27	5.1	27	74	6	73	47	17	9	26	1.78
68479422--68479571	54	2.8	54	78	4	158	46	18	12	22	1.82
68479467--68479580	27	4.2	27	82	0	138	44	18	9	27	1.81
68480564--68480602	12	3.2	12	85	0	51	23	43	0	33	1.54
68487580--68487703	40	3.2	39	81	6	153	21	25	24	29	1.99
68487519--68487703	80	2.3	78	80	10	205	23	27	23	25	2.00
68493788--68494077	38	7.5	39	91	3	437	19	22	28	29	1.98
68493788--68494077	77	3.7	78	89	5	437	19	22	28	29	1.98
68493788--68494077	115	2.5	116	90	3	451	19	22	28	29	1.98
68498893--68498917	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
68499945--68500196	38	6.5	38	89	4	364	19	21	29	29	1.97
68506040--68506071	16	2.1	16	88	11	50	78	0	12	9	0.97
68507218--68507295	29	2.7	29	83	0	102	26	17	33	21	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
68514917--68514994	29	2.7	29	83	0	102	26	17	33	21	1.96
68522470--68522585	39	2.9	39	85	3	115	21	21	27	29	1.99
68522499--68522585	39	2.2	39	93	0	147	18	24	29	27	1.98
68522511--68522597	39	2.2	39	85	0	111	19	20	31	28	1.97
68529048--68529074	14	1.9	14	100	0	54	44	0	25	29	1.54
68535051--68535242	40	4.8	39	77	6	136	25	23	27	23	2.00
68535051--68535235	79	2.3	81	81	7	218	24	23	27	24	2.00
68536941--68536988	20	2.5	19	76	6	51	43	4	0	52	1.20
68539527--68539711	40	4.7	40	89	1	255	24	27	23	24	2.00
68539527--68539711	79	2.3	80	86	0	255	24	27	23	24	2.00
68539527--68539749	40	5.6	39	81	8	229	24	27	23	24	2.00
68544315--68544353	7	5.6	7	93	0	69	17	51	0	30	1.46
68544480--68544506	13	2.1	13	100	0	54	40	14	44	0	1.46
68550260--68550364	25	4.4	25	75	13	105	45	15	20	18	1.85
68550290--68550342	19	2.8	19	85	0	70	45	15	20	18	1.85
68550266--68550364	44	2.2	44	92	0	162	45	16	21	17	1.85
68550482--68550561	26	3.0	26	89	3	106	37	22	23	16	1.93
68550720--68550784	22	3.0	22	82	8	87	32	23	24	20	1.98
68551240--68551670	27	16.0	27	89	0	601	24	20	19	35	1.95
68551662--68551928	27	9.9	27	82	4	196	32	9	19	37	1.85
68551633--68551855	81	2.8	80	80	6	184	32	10	20	35	1.87
68551714--68551949	27	8.7	27	85	1	276	30	10	20	38	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
68562976--68563042	34	2.0	34	88	5	100	25	22	22	29	1.99
68572274--68572305	13	2.5	13	100	0	64	6	31	31	31	1.82
68576990--68577116	40	3.2	40	95	2	220	26	27	22	22	1.99
68585237--68585387	40	3.8	40	80	6	164	26	23	27	23	2.00
68593253--68593420	40	4.2	39	77	10	151	26	25	25	23	2.00
68598306--68598331	12	2.2	12	100	0	52	19	23	19	38	1.93
68600547--68600607	30	2.0	30	87	0	86	31	22	8	37	1.84
68615271--68615400	40	3.2	40	79	2	154	23	28	23	23	2.00
68615287--68615438	40	3.8	40	78	6	148	22	26	23	26	2.00
68615287--68615436	80	1.9	80	83	8	198	22	27	24	26	1.99
68626908--68627068	29	5.6	29	87	1	207	25	16	32	26	1.96
68634373--68634533	29	5.6	29	87	1	198	26	16	31	26	1.96
68639131--68639193	31	2.0	31	90	0	99	23	22	15	38	1.93
68639402--68639484	26	3.4	24	86	9	98	28	22	21	26	1.99
68643698--68643785	29	3.1	29	86	1	115	23	12	32	30	1.92
68648164--68648259	29	3.3	29	86	1	131	25	12	31	31	1.92
68655417--68655553	68	2.0	68	100	0	274	33	28	23	14	1.94
68660002--68660173	93	1.8	93	94	0	308	28	29	20	20	1.98
68659995--68660170	46	3.8	46	80	12	216	29	29	20	20	1.98
68667549--68667720	93	1.8	93	96	0	317	27	29	21	20	1.98
68667542--68667717	46	3.8	46	79	12	216	28	29	21	20	1.98
68670109--68670835	27	27.1	27	94	1	1223	34	19	20	24	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
68670109--68670846	294	2.5	294	96	0	1343	34	19	20	24	1.96
68671088--68671196	27	4.0	28	83	5	118	21	20	20	38	1.94
68671087--68671196	53	2.1	54	84	5	143	20	20	20	38	1.94
68671500--68671556	27	2.1	27	87	6	80	15	22	24	36	1.94
68671691--68671763	31	2.4	31	90	0	110	19	19	13	47	1.82
68671691--68671784	6	15.3	6	72	12	75	20	18	12	48	1.80
68673807--68674964	27	43.1	27	90	1	1729	34	20	20	24	1.96
68675192--68675300	27	4.0	27	83	5	123	21	20	20	38	1.94
68675190--68675300	53	2.1	54	84	5	145	20	19	20	38	1.93
68675388--68675446	22	2.7	22	81	0	64	22	23	20	33	1.97
68675604--68675660	27	2.1	27	83	6	71	14	22	26	36	1.92
68675795--68675888	6	15.3	6	69	16	59	20	18	12	48	1.80
68675807--68675867	31	2.0	31	93	0	104	19	21	13	45	1.84
68675876--68675909	18	1.9	17	88	5	50	23	11	11	52	1.70
68677916--68679128	27	45.2	27	90	1	1830	35	20	20	24	1.96
68679353--68679461	27	4.0	28	83	5	118	20	20	20	39	1.93
68679352--68679461	53	2.1	54	82	5	134	20	20	20	39	1.93
68679549--68679607	22	2.7	22	81	0	64	22	23	20	33	1.97
68679956--68680028	31	2.4	31	85	0	101	19	19	12	49	1.79
68679956--68680049	6	15.3	6	71	12	66	20	18	11	50	1.77
68680037--68680070	18	1.9	17	88	5	50	23	11	11	52	1.70
68683672--68683894	123	1.8	122	82	7	290	30	11	23	34	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
68683841--68683994	40	3.8	40	79	1	148	27	21	25	25	1.99
68691413--68691635	123	1.8	122	82	7	290	30	11	23	34	1.90
68691582--68691735	40	3.8	40	80	1	157	26	21	26	25	1.99
68698974--68699099	40	3.2	40	98	0	243	25	31	23	19	1.98
68707120--68707183	29	2.2	29	100	0	128	26	31	6	35	1.81
68719006--68719043	20	1.9	20	88	0	58	34	2	10	52	1.50
68720670--68720738	28	2.5	28	95	2	122	43	27	10	18	1.82
68727012--68727049	20	1.9	20	88	0	58	34	2	10	52	1.50
68733768--68733918	43	3.5	42	77	12	146	25	15	23	35	1.95
68733766--68733920	44	3.6	43	75	9	154	25	16	23	34	1.95
68737788--68737923	46	2.9	49	78	15	169	29	28	19	22	1.98
68737754--68737923	93	1.8	92	93	3	297	28	28	21	22	1.99
68737751--68737939	46	4.1	44	73	17	145	28	28	20	22	1.99
68738337--68738396	30	2.0	30	90	0	93	30	25	8	36	1.85
68742942--68743070	40	3.3	38	79	13	129	23	26	24	25	2.00
68742940--68743123	78	2.3	80	82	7	214	24	27	23	24	2.00
68742973--68743123	40	3.8	37	78	10	122	24	27	23	25	2.00
68748570--68748739	93	1.8	92	93	1	295	27	28	22	21	1.99
68748565--68748736	46	3.7	46	77	13	192	28	27	22	22	1.99
68748612--68748755	46	3.1	44	74	15	132	29	27	20	22	1.98
68749156--68749216	30	2.0	30	87	0	86	31	22	8	37	1.84
68752525--68752681	43	3.7	41	70	16	97	23	18	25	32	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
68755764--68755821	27	2.2	26	84	6	73	17	24	22	36	1.95
68762049--68762080	2	16.0	2	93	0	55	46	0	3	50	1.17
68762268--68762321	18	2.8	19	79	15	67	59	3	1	35	1.26
68762273--68762322	21	2.4	21	89	0	73	56	4	2	38	1.30
68765594--68765622	2	14.5	2	100	0	58	51	0	0	48	1.00
68781511--68781568	23	2.5	23	88	0	80	22	17	18	41	1.90
68781531--68781575	23	2.0	23	86	0	63	20	22	20	37	1.94
68784787--68784968	37	4.9	37	86	0	247	24	30	19	25	1.98
68785131--68785551	47	9.0	47	89	0	590	26	30	11	31	1.92
68785449--68785524	23	3.2	25	64	17	61	23	35	11	28	1.90

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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