genome.fa.s13.2.7.7.80.10.50.1000.292.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr13 124041150 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  124041150

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
89938395--89938424	15	2.1	15	93	6	53	30	6	26	36	1.82
89940098--89940211	43	2.6	45	82	9	130	25	18	30	25	1.98
89943717--89943892	40	4.4	40	82	5	194	25	23	25	25	2.00
89943718--89943892	80	2.2	81	85	3	237	25	24	25	25	2.00
89945474--89945535	32	1.9	32	83	0	79	27	37	12	22	1.91
89953220--89953261	16	2.6	16	84	0	57	45	0	2	52	1.13
89953423--89953492	31	2.3	31	85	5	97	35	10	10	44	1.72
89965311--89965341	12	2.7	11	90	9	53	29	0	0	70	0.87
89965322--89965380	30	2.0	30	93	0	100	28	1	10	59	1.40
89969729--89969885	39	4.0	39	86	2	174	31	29	19	18	1.96
89973146--89973216	33	2.2	33	100	0	142	28	23	4	43	1.72
89984090--89984188	28	3.4	28	83	6	101	29	27	14	29	1.95
89985591--89985775	40	4.6	40	93	0	298	31	29	21	17	1.96
89989100--89989158	25	2.4	25	97	0	109	37	15	8	38	1.78
89990765--89991029	49	5.5	49	71	12	192	29	19	27	23	1.98
90007058--90007198	23	5.8	24	77	13	112	24	22	19	33	1.97
90007089--90007198	23	4.6	23	81	12	116	22	24	20	32	1.97
90011173--90011259	28	3.1	28	75	15	90	21	14	24	39	1.91
90014142--90014235	38	2.5	38	96	0	170	32	21	14	30	1.94
90015924--90015966	13	3.1	13	80	12	50	51	0	0	48	1.00
90015929--90015965	16	2.3	16	86	13	58	56	0	0	43	0.99
90016497--90016534	14	2.7	14	91	0	58	31	18	10	39	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
90018017--90018080	30	2.1	30	82	0	74	18	17	39	25	1.92
90019504--90019535	16	2.0	16	100	0	64	50	18	6	25	1.70
90020346--90020430	41	2.1	41	93	0	143	18	17	20	43	1.88
90020689--90020719	16	1.9	16	93	0	53	45	16	25	12	1.83
90020930--90021015	28	3.0	28	84	3	118	25	15	31	27	1.95
90028513--90028609	29	3.4	29	84	1	124	25	15	29	28	1.96
90045305--90045380	40	1.9	40	86	5	109	31	32	17	18	1.94
90049467--90049576	26	4.2	26	97	0	184	36	24	5	33	1.79
90051921--90052211	42	6.7	41	70	18	173	29	24	16	29	1.97
90052049--90052187	48	2.9	47	83	8	174	28	25	16	30	1.97
90052200--90052502	37	8.4	36	85	5	407	26	28	19	25	1.98
90052200--90052507	73	4.3	72	85	6	410	26	29	18	25	1.98
90055222--90055297	40	1.9	40	86	0	107	32	27	15	23	1.95
90056669--90056703	13	2.7	13	95	0	61	2	45	22	28	1.67
90059491--90059554	24	2.6	24	87	2	83	81	3	4	10	0.96
90059498--90059566	6	11.5	6	84	6	86	81	4	2	11	0.95
90061170--90061247	3	26.0	3	89	5	122	66	1	1	30	1.07
90074715--90074834	47	2.5	48	78	9	138	35	19	21	24	1.96
90074806--90074903	47	2.1	47	94	0	169	36	13	23	26	1.92
90076062--90076389	164	2.0	164	100	0	656	28	20	15	35	1.93
90081446--90081479	6	5.7	6	92	0	50	58	0	23	17	1.38
90081445--90081479	18	1.9	18	94	0	61	60	0	22	17	1.37
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
90092323--90092395	36	2.0	36	89	0	110	41	9	13	35	1.77
90096176--90096239	23	2.6	25	72	20	64	59	0	6	34	1.23
90096184--90096237	22	2.4	21	82	17	65	61	0	7	31	1.24
90109437--90109490	26	2.1	26	100	0	108	38	16	18	25	1.92
90113952--90113987	13	2.8	13	100	0	72	52	0	0	47	1.00
90115260--90115303	18	2.6	17	85	7	54	45	2	0	52	1.13
90121578--90121611	6	5.8	6	96	3	61	0	11	0	88	0.52
90125606--90125677	19	3.8	18	78	14	65	30	1	1	66	1.08
90125606--90125677	10	7.5	10	72	19	55	30	1	1	66	1.08
90125636--90125678	18	2.4	17	81	11	50	30	0	0	69	0.88
90125826--90125860	16	2.2	16	89	0	52	14	2	5	77	1.07
90133396--90133420	2	12.5	2	100	0	50	52	0	48	0	1.00
90134498--90134537	6	6.7	6	91	0	62	20	2	12	65	1.38
90134486--90134531	18	2.5	19	79	10	51	21	6	10	60	1.52
90134498--90134542	18	2.5	18	85	0	63	22	4	11	62	1.46
90134556--90134627	6	12.0	6	83	0	54	22	8	13	55	1.65
90134563--90134627	12	5.4	12	78	7	60	23	7	13	55	1.64
90134556--90134627	18	4.0	18	77	0	63	22	8	13	55	1.65
90134606--90134641	12	3.0	12	91	0	54	30	5	11	52	1.59
90137649--90138324	47	14.4	47	92	0	1046	32	8	30	27	1.87
90139544--90139584	15	2.7	15	92	0	64	19	4	39	36	1.73
90142056--90142105	21	2.4	21	80	6	57	32	34	10	24	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
90142712--90142783	36	2.0	36	97	0	135	51	19	11	18	1.75
90142726--90142804	36	2.2	36	84	4	97	55	18	7	17	1.65
90146029--90146241	45	4.7	45	84	6	243	25	16	29	27	1.97
90146166--90146335	93	1.8	94	87	1	252	25	18	31	24	1.98
90146165--90146389	94	2.4	93	81	2	252	25	20	30	24	1.98
90146022--90146388	45	7.9	46	76	5	242	25	18	29	25	1.98
90146773--90146828	26	2.2	26	100	0	112	30	7	26	35	1.83
90148295--90148347	26	2.0	26	85	7	72	37	22	15	24	1.92
90153671--90153726	26	2.2	26	100	0	112	30	7	26	35	1.83
90165508--90165535	9	3.1	9	100	0	56	46	21	10	21	1.81
90165843--90165967	46	2.8	44	86	9	164	29	20	28	22	1.98
90172783--90173300	278	1.9	278	97	0	991	42	8	7	41	1.63
90173304--90173384	37	2.2	37	88	0	117	34	9	16	39	1.81
90179271--90179306	12	3.2	12	84	15	58	16	8	0	75	1.04
90179271--90179306	10	3.4	10	92	7	54	16	8	0	75	1.04
90179264--90179306	22	2.0	20	91	8	68	18	6	0	74	1.04
90179315--90179370	29	1.9	29	82	7	69	44	3	3	48	1.37
90182096--90182158	23	3.0	20	70	11	54	36	19	23	20	1.95
90183185--90183237	23	2.2	24	78	15	56	32	5	3	58	1.39
90183491--90183532	16	2.7	16	78	14	52	57	0	0	42	0.99
90185463--90185626	71	2.3	71	100	0	328	18	28	17	35	1.94
90185463--90185660	71	2.8	70	91	3	258	20	28	17	33	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
90193032--90193195	71	2.3	71	100	0	328	18	28	17	35	1.94
90193032--90193229	71	2.8	70	91	3	258	20	28	17	33	1.95
90194753--90194798	17	2.6	18	89	3	67	13	41	28	17	1.86
90199766--90199794	12	2.5	12	94	5	51	31	31	6	31	1.84
90208598--90208622	13	1.9	13	100	0	50	64	28	8	0	1.22
90209217--90209342	41	3.1	41	97	0	234	45	23	6	25	1.76
90209272--90209340	24	3.2	24	61	26	62	40	24	7	27	1.81
90211826--90211881	23	2.4	23	96	0	103	41	7	1	50	1.40
90214410--90214517	37	2.9	37	77	18	111	40	2	4	51	1.37
90217166--90217249	32	2.6	32	92	0	132	28	28	17	25	1.98
90225515--90225553	2	19.5	2	100	0	78	51	0	0	48	1.00
90239154--90239363	40	5.2	40	87	2	305	25	24	28	21	1.99
90244335--90244409	29	2.6	27	79	10	78	36	12	10	41	1.77
90247776--90247822	13	3.7	13	81	18	55	72	2	21	4	1.12
90251008--90251082	29	2.6	28	79	6	80	37	9	9	44	1.69
90253073--90253166	33	2.8	33	81	0	116	15	20	18	45	1.85
90253140--90253227	33	2.7	33	77	7	90	19	15	14	50	1.79
90258694--90258822	64	2.0	64	100	0	258	26	18	26	28	1.98
90259339--90259364	13	2.0	13	100	0	52	69	7	0	23	1.14
90259358--90259753	138	2.9	138	91	0	639	43	5	9	40	1.61
90259747--90259886	75	1.9	74	89	5	219	31	12	10	45	1.75
90266786--90266842	27	2.1	27	100	0	114	50	15	10	22	1.74
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
90269615--90269698	29	2.9	28	92	5	141	17	21	29	30	1.96
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90284096--90284130	16	2.2	17	90	10	56	25	20	2	51	1.61
90292429--90292794	167	2.2	169	85	2	486	28	12	18	40	1.87
90294623--90294657	14	2.5	14	85	0	52	71	0	8	20	1.11
90297088--90297131	18	2.3	19	85	14	56	27	6	2	63	1.31
90297225--90297270	19	2.5	19	85	3	58	39	6	2	52	1.40
90297538--90297592	24	2.2	25	81	9	69	29	3	1	65	1.20
90299476--90299615	50	2.8	50	93	0	226	28	19	24	27	1.98
90301187--90301289	29	3.6	28	85	5	127	27	26	16	30	1.97

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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