genome.fa.s13.2.7.7.80.10.50.1000.263.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr13 124041150 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  124041150

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  263  of  410  ( 49152 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
81231761--81231927	40	4.2	40	80	8	162	23	26	23	26	2.00
81231777--81231927	80	1.9	79	83	6	198	23	27	23	26	2.00
81239780--81239946	40	4.2	40	82	2	176	23	27	22	25	2.00
81239780--81239946	80	2.1	79	83	7	205	23	27	22	25	2.00
81241224--81241266	14	3.1	14	87	9	54	11	13	2	72	1.22
81246286--81246427	40	3.5	40	83	1	124	27	23	26	22	1.99
81246325--81246453	40	3.2	39	84	6	152	24	22	27	25	2.00
81253585--81253852	134	2.0	134	98	0	518	33	26	14	25	1.94
81255087--81255178	38	2.3	40	85	5	125	22	28	21	27	1.99
81258496--81258535	16	2.5	17	80	19	50	60	22	0	17	1.37
81259310--81259445	56	2.4	56	86	0	209	32	25	13	27	1.94
81261831--81261887	28	2.1	27	83	9	71	49	3	21	26	1.65
81262810--81262844	2	17.5	2	87	0	52	48	0	2	48	1.16
81263659--81263698	20	2.0	20	100	0	80	45	0	10	45	1.37
81265852--81265887	16	2.2	16	90	0	54	50	13	22	13	1.77
81265994--81266031	19	2.1	19	90	5	60	34	15	28	21	1.94
81266137--81266207	29	2.5	29	78	15	76	29	15	28	26	1.96
81272093--81272615	27	19.4	27	84	1	609	34	18	21	25	1.96
81272752--81272870	27	4.5	26	78	7	114	21	21	20	37	1.94
81272993--81273057	33	2.0	33	87	0	94	26	23	21	29	1.99
81277202--81277270	28	2.5	28	95	2	122	43	27	10	18	1.82
81283546--81283583	20	1.9	20	88	0	58	34	2	10	52	1.50
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
81285212--81285280	28	2.5	28	95	2	122	43	27	10	18	1.82
81288931--81289059	49	2.6	50	81	7	149	26	18	29	25	1.98
81298019--81298208	50	3.8	50	83	2	222	29	24	17	27	1.98
81300342--81300397	15	3.7	15	77	17	71	62	12	14	10	1.55
81303404--81303626	49	4.5	49	77	4	216	28	28	18	24	1.98
81307044--81307174	29	4.5	29	78	5	122	25	17	32	25	1.97
81315178--81315308	29	4.5	29	78	5	122	25	17	32	25	1.97
81325108--81325290	24	7.6	24	96	0	321	36	25	17	20	1.94
81325086--81325290	48	4.3	47	91	3	293	35	24	17	22	1.95
81327710--81327739	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
81328189--81328323	69	2.0	69	93	0	234	24	16	17	41	1.89
81330009--81330108	43	2.3	43	91	0	155	30	16	21	33	1.94
81337950--81338291	38	8.0	39	70	23	178	29	14	24	30	1.95
81337980--81338251	48	5.9	48	82	9	352	30	14	23	31	1.94
81338033--81338199	85	2.0	86	92	1	282	28	13	25	32	1.94
81337950--81338289	133	2.6	133	94	0	590	29	15	24	30	1.95
81344954--81345023	27	2.5	28	93	2	115	27	14	28	30	1.95
81344954--81345035	27	3.0	27	84	8	69	28	15	25	30	1.96
81352878--81352947	27	2.5	28	93	2	115	27	14	28	30	1.95
81352878--81352959	27	3.0	27	84	8	69	28	15	25	30	1.96
81354735--81354858	40	3.1	40	91	2	178	23	21	28	26	1.99
81356065--81356188	40	3.1	40	91	2	178	23	21	28	26	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
81357393--81357516	40	3.1	40	91	2	178	23	21	28	26	1.99
81358717--81358840	40	3.1	40	91	2	178	23	21	28	26	1.99
81360044--81360167	40	3.1	40	91	2	178	23	21	28	26	1.99
81361371--81361494	40	3.1	40	91	2	178	23	21	28	26	1.99
81362699--81362822	40	3.1	40	91	2	178	23	21	28	26	1.99
81364025--81364148	40	3.1	40	91	2	178	23	21	28	26	1.99
81365352--81365475	40	3.1	40	91	2	178	23	21	28	26	1.99
81366683--81366806	40	3.1	40	90	2	169	23	20	28	27	1.99
81368012--81368179	40	4.2	40	84	2	205	24	20	28	26	1.99
81373543--81373714	40	4.3	40	83	5	215	26	27	22	23	1.99
81381779--81381872	40	2.4	40	92	1	163	27	26	21	24	1.99
81385949--81386103	43	3.6	43	76	6	152	35	24	14	25	1.94
81386264--81386358	47	2.0	47	95	0	172	23	18	23	34	1.96
81390712--81390755	20	2.3	19	85	14	56	22	31	31	13	1.93
81393146--81393277	65	2.0	66	85	4	178	41	18	26	13	1.87
81393591--81393712	43	2.8	43	85	2	165	33	23	13	29	1.93
81393678--81393808	42	3.1	42	74	2	118	33	15	17	33	1.91
81398360--81399025	48	13.9	48	88	7	976	34	6	27	31	1.82
81398622--81398695	37	2.0	37	100	0	148	35	8	24	32	1.85
81399166--81399268	37	2.8	37	92	0	170	23	19	31	26	1.98
81403533--81403634	28	3.5	29	81	6	109	28	27	14	29	1.95
81405540--81405697	47	3.4	47	97	0	289	27	10	14	47	1.77
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
81406499--81406633	45	3.0	45	92	1	225	22	20	27	29	1.98
81409664--81409772	39	2.8	40	82	2	139	23	25	23	26	2.00
81412960--81413011	20	2.6	20	100	0	104	9	28	11	50	1.70
81430533--81430646	42	2.7	42	77	11	110	28	24	19	27	1.98
81435095--81435238	6	23.3	6	68	18	82	46	15	18	19	1.84
81435109--81435204	25	3.8	25	82	6	106	45	15	19	18	1.85
81435137--81435238	31	3.3	31	98	0	195	47	15	17	19	1.83
81435640--81435835	27	7.3	27	88	1	268	22	21	20	35	1.96
81435640--81435859	81	2.7	81	83	6	241	24	20	21	34	1.97
81435817--81435889	27	2.7	27	82	0	83	32	10	20	35	1.88
81435847--81435935	27	3.3	27	80	0	115	26	6	22	43	1.78
81435847--81435986	54	2.6	54	82	2	147	30	7	21	41	1.80
81435953--81436206	27	9.4	27	87	0	373	40	8	23	27	1.83
81435953--81436214	54	4.8	54	97	0	470	40	8	22	27	1.83
81436217--81436359	27	5.3	27	81	5	162	30	8	21	39	1.83
81436216--81436359	55	2.6	55	81	3	175	29	8	22	39	1.83
81438546--81438628	29	2.9	29	75	12	82	31	10	24	33	1.90
81445872--81445954	29	2.9	29	75	12	82	31	10	24	33	1.90
81449619--81449768	67	2.2	67	81	8	171	32	17	28	21	1.96
81449643--81449826	67	2.8	64	77	8	194	29	17	29	22	1.97
81454047--81454196	67	2.2	67	81	8	171	32	17	28	21	1.96
81454071--81454254	67	2.8	64	77	8	194	29	17	29	22	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
81458312--81458420	28	4.0	27	77	12	98	23	22	20	33	1.97
81461411--81461547	39	3.5	39	84	1	166	16	24	29	29	1.97
81466218--81466486	47	5.8	44	75	10	182	23	31	18	26	1.98
81466165--81466482	94	3.4	93	78	9	317	22	30	19	26	1.98
81480099--81480143	20	2.3	20	88	3	65	28	17	26	26	1.98
81480164--81480308	61	2.4	61	82	8	161	26	19	26	27	1.99
81485504--81485621	41	3.1	41	60	28	98	32	17	28	21	1.96
81485472--81485635	71	2.3	71	100	0	328	35	17	28	18	1.94
81493042--81493159	41	3.1	41	60	28	98	32	17	28	21	1.96
81493010--81493173	71	2.3	71	100	0	328	35	17	28	18	1.94
81495362--81495418	20	2.9	19	79	5	60	24	15	26	33	1.95
81495447--81495560	28	3.9	28	71	19	81	26	21	27	25	1.99
81495439--81495583	61	2.4	61	85	8	179	26	20	26	26	1.99
81498370--81498536	40	4.2	40	82	2	185	24	26	22	26	2.00
81506335--81506501	40	4.2	40	82	2	185	24	26	22	26	2.00
81517247--81517412	40	4.2	40	82	3	176	24	27	22	25	2.00
81524821--81524900	27	3.0	27	81	5	92	38	20	18	22	1.93
81525636--81525663	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
81535395--81535753	47	7.6	48	75	13	266	22	30	20	26	1.98
81535395--81535757	141	2.6	139	80	10	373	22	30	20	26	1.98
81535395--81535753	94	3.8	93	79	6	368	22	30	20	26	1.98
81540855--81541010	42	3.7	42	70	14	122	25	17	25	32	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
81554131--81554163	17	2.0	17	94	5	59	36	15	0	48	1.45
81554459--81554947	46	10.6	46	93	0	827	22	23	12	40	1.89
81556559--81556682	46	2.6	47	82	7	135	27	24	14	33	1.94
81559834--81559936	29	3.6	28	78	8	109	29	32	16	22	1.96
81561177--81562025	450	1.9	452	98	0	1657	28	22	13	35	1.92
81568321--81568477	46	3.3	46	88	5	208	19	22	15	42	1.88
81568359--81568495	46	3.0	46	92	0	211	21	22	15	40	1.91
81570489--81570538	21	2.4	22	70	19	52	0	34	0	66	0.92
81570496--81570529	17	2.0	17	94	0	59	0	26	0	73	0.83
81570564--81570603	16	2.4	17	87	4	55	7	15	0	77	0.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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