genome.fa.s13.2.7.7.80.10.50.1000.72.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr13 124041150 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  124041150

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  72  of  410  ( 49152 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20184630--20184675	9	5.0	9	97	2	83	54	2	21	21	1.56
20201167--20201191	13	1.9	13	100	0	50	28	32	24	16	1.96
20207603--20207635	3	11.3	3	87	6	50	33	3	0	63	1.10
20207774--20207880	30	3.6	29	74	11	92	74	1	15	7	1.12
20207804--20207880	26	3.1	26	75	10	74	76	2	16	3	1.05
20208676--20208713	14	2.7	14	95	0	67	55	13	10	21	1.67
20211162--20211252	6	17.2	5	72	22	55	73	2	4	19	1.11
20211182--20211249	6	11.5	6	81	6	59	75	2	4	17	1.10
20227922--20228051	29	4.5	30	84	8	153	28	26	13	31	1.94
20235654--20235783	29	4.5	30	84	8	153	28	26	13	31	1.94
20252285--20252601	47	6.7	47	87	5	433	32	7	31	29	1.84
20252285--20252601	96	3.3	93	86	8	424	32	7	31	29	1.84
20254523--20254734	40	5.2	41	84	3	214	24	22	27	25	2.00
20254717--20254936	43	5.1	43	95	1	379	13	21	32	32	1.92
20254717--20254936	85	2.6	86	94	1	379	13	21	32	32	1.92
20258676--20258992	47	6.7	47	87	5	433	32	7	31	29	1.84
20258676--20258992	96	3.3	93	86	8	424	32	7	31	29	1.84
20268350--20268405	21	2.6	21	83	8	69	33	5	1	58	1.31
20268377--20268482	15	6.9	14	69	25	63	31	3	1	63	1.23
20268375--20268484	12	9.4	12	70	19	56	31	3	1	62	1.23
20268363--20268482	33	3.8	31	74	20	106	30	4	2	62	1.27
20274177--20274306	40	3.2	40	82	4	165	23	24	28	23	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20282233--20282362	40	3.2	40	82	4	165	23	24	28	23	2.00
20291679--20291808	40	3.2	40	84	4	174	22	24	29	23	1.99
20295540--20295726	71	2.7	68	93	5	281	18	28	18	34	1.95
20295563--20295726	71	2.3	71	100	0	328	18	28	17	35	1.94
20295563--20295760	71	2.8	70	92	3	276	20	28	17	33	1.95
20298348--20298800	44	10.2	44	79	8	440	31	14	27	26	1.95
20298366--20298710	131	2.6	132	83	5	419	31	14	27	26	1.95
20298357--20298680	175	1.9	175	86	5	467	30	14	27	27	1.95
20298382--20298883	90	5.7	90	80	7	347	31	14	27	27	1.95
20300548--20300655	17	6.6	16	76	14	96	31	3	1	62	1.23
20300549--20300591	15	2.9	14	78	21	52	34	0	0	65	0.93
20305371--20305400	15	1.9	16	93	6	53	70	0	6	23	1.11
20305347--20305404	29	2.0	30	82	3	73	63	0	10	25	1.26
20307441--20307659	46	4.6	47	82	7	223	29	17	30	22	1.97
20307440--20307707	94	2.8	94	80	11	255	27	17	30	23	1.97
20307441--20307706	47	5.6	47	77	13	167	28	17	30	23	1.97
20309332--20309497	46	3.6	45	76	14	144	22	30	20	26	1.98
20313418--20313451	2	17.0	2	87	0	50	50	2	2	44	1.32
20314092--20314165	29	2.6	29	89	4	105	25	16	32	25	1.96
20322214--20322287	29	2.6	29	89	4	105	25	16	32	25	1.96
20328425--20328539	46	2.5	44	87	6	160	21	28	20	28	1.98
20328425--20328633	46	4.5	45	75	10	147	22	29	18	29	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20331042--20331144	29	3.6	29	75	7	93	22	15	32	30	1.95
20357684--20357854	75	2.4	75	84	7	212	32	11	23	33	1.90
20357687--20357852	35	4.6	35	84	8	174	31	11	23	33	1.90
20365181--20365351	75	2.4	75	84	7	212	32	11	23	33	1.90
20365184--20365349	35	4.6	35	84	8	174	31	11	23	33	1.90
20372893--20372933	22	2.0	21	85	9	57	43	24	0	31	1.54
20387517--20387542	12	2.2	12	100	0	52	69	7	7	15	1.35
20392126--20392165	8	5.0	8	90	9	64	85	0	0	15	0.61
20400001--20400057	29	2.0	28	89	3	87	35	26	15	22	1.94
20404165--20404378	105	2.0	102	86	6	259	41	14	7	36	1.75
20405339--20405493	61	2.5	61	88	0	229	33	9	17	40	1.81
20406883--20406935	27	2.0	27	85	7	72	35	24	20	18	1.95
20410366--20410507	40	3.5	40	82	1	124	27	24	26	21	1.99
20410404--20410533	40	3.3	39	78	11	147	23	24	26	24	2.00
20418401--20418551	40	3.8	39	80	7	153	26	24	26	22	2.00
20418439--20418567	40	3.3	39	77	12	138	24	24	26	24	2.00
20430803--20430916	43	2.7	42	80	4	129	33	28	14	23	1.94
20432547--20432573	13	2.1	13	100	0	54	7	37	0	55	1.28
20436266--20436369	42	2.4	43	80	4	113	24	13	27	34	1.93
20444158--20444221	32	2.0	32	100	0	128	34	6	31	28	1.82
20457949--20457985	20	1.9	18	89	10	56	54	8	0	37	1.30
20462642--20462849	40	5.2	40	85	1	258	25	21	27	25	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20470738--20470918	40	4.5	40	88	1	229	25	22	27	23	2.00
20472977--20473006	16	1.9	15	93	6	51	33	23	0	43	1.54
20473220--20473444	50	4.5	50	74	3	184	30	26	17	25	1.98
20474909--20475595	340	2.0	341	94	0	1198	32	20	14	32	1.93
20476800--20476859	15	4.0	15	82	0	66	53	13	20	13	1.72
20476801--20476859	30	2.0	30	82	0	73	52	13	20	13	1.74
20477001--20477038	2	19.0	2	100	0	76	50	0	0	50	1.00
20483724--20484001	50	5.5	50	78	4	247	33	26	15	23	1.95
20483773--20483954	101	1.8	101	88	0	283	31	25	18	24	1.97
20489829--20489885	28	2.0	28	100	0	114	17	24	10	47	1.79
20490720--20490771	21	2.5	21	96	0	95	36	3	5	53	1.43
20490804--20490857	14	3.4	16	75	12	58	25	1	3	68	1.16
20492144--20492190	10	4.6	10	80	15	60	48	0	14	36	1.44
20496102--20496216	40	2.9	39	85	3	158	25	27	22	24	2.00
20496102--20496253	40	3.8	40	83	1	153	23	26	23	26	2.00
20496102--20496253	80	1.9	80	83	2	198	23	26	23	26	2.00
20496832--20497674	419	2.0	419	100	0	1686	35	22	12	30	1.90
20504451--20504618	40	4.2	40	80	7	162	23	26	23	26	2.00
20504467--20504618	80	1.9	80	83	5	200	23	26	23	26	2.00
20507178--20507393	50	4.5	48	86	9	282	30	9	29	30	1.89
20507487--20507608	37	3.3	37	96	0	217	25	18	33	22	1.97
20509645--20509794	40	3.8	40	84	4	187	24	28	22	25	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20509645--20509793	79	1.9	80	84	4	203	23	28	22	25	2.00
20517678--20517827	40	3.7	40	83	0	174	24	27	22	26	1.99
20524960--20524995	11	3.3	11	85	14	56	16	0	0	83	0.65
20524960--20524994	5	6.6	5	93	6	52	17	0	0	82	0.66
20528143--20528185	21	2.0	21	95	0	77	37	18	30	13	1.90
20529025--20529171	71	2.1	71	100	0	294	38	13	19	27	1.90
20531040--20531357	47	6.7	48	73	16	215	25	29	18	26	1.98
20531045--20531309	96	2.8	95	80	12	269	26	30	17	25	1.97
20531038--20531357	94	3.4	93	75	14	289	25	30	18	25	1.98
20539460--20539730	46	5.9	46	93	0	427	22	23	14	39	1.91
20544427--20544782	47	7.7	45	73	12	258	28	19	29	22	1.98
20544424--20544781	94	3.9	90	79	10	370	27	19	29	22	1.98
20551005--20551103	28	3.5	28	88	4	128	27	14	27	31	1.95
20554464--20554595	29	4.6	29	84	0	156	25	15	33	25	1.95
20560530--20560560	7	4.3	7	92	8	53	48	0	0	51	1.00
20560520--20560560	15	2.7	15	85	11	57	48	2	0	48	1.14
20560520--20560562	8	5.6	8	86	5	54	48	2	0	48	1.14
20560690--20560722	17	2.0	17	88	5	50	30	9	0	60	1.27
20573595--20573663	29	2.3	32	80	12	83	42	0	2	55	1.15
20582614--20582657	10	4.4	9	81	18	52	75	0	6	18	1.02
20582614--20582657	21	2.2	19	88	8	61	75	0	6	18	1.02
20586101--20586163	30	2.1	30	90	0	99	57	14	4	23	1.56
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20588523--20588563	21	1.9	22	85	5	57	31	24	4	39	1.76
20592153--20592603	224	2.0	224	87	3	649	37	12	22	27	1.90
20598230--20598315	45	1.9	45	83	4	111	45	16	1	37	1.55
20609061--20609141	3	26.7	3	75	12	76	64	1	2	32	1.15
20609298--20609344	2	23.5	2	100	0	94	48	0	0	51	1.00
20609801--20609842	22	1.9	22	85	9	59	26	26	14	33	1.94
20614652--20614692	2	21.0	2	95	5	75	48	0	0	51	1.00
20614923--20614961	13	3.0	13	76	0	51	56	2	0	41	1.13
20615263--20615386	61	2.0	61	92	0	203	25	14	20	38	1.91
20615396--20615435	3	13.3	3	100	0	80	67	0	32	0	0.91

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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