genome.fa.s13.2.7.7.80.10.50.1000.59.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr13 124041150 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  124041150

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  59  of  410  ( 49152 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15890740--15890814	28	2.6	28	78	2	87	21	36	20	22	1.96
15890798--15890871	29	2.6	29	95	0	139	27	31	14	27	1.95
15897713--15897895	40	4.6	40	89	1	260	22	22	27	26	1.99
15897713--15897895	79	2.3	80	88	0	260	22	22	27	26	1.99
15897672--15897918	40	6.2	39	81	6	225	23	22	27	26	1.99
15897713--15897918	79	2.6	79	82	6	247	23	22	27	26	2.00
15899847--15899994	52	2.9	51	91	4	228	28	13	29	29	1.94
15907230--15907330	28	3.5	30	82	6	118	29	14	26	28	1.95
15907259--15907334	29	2.7	28	76	13	75	30	14	26	28	1.95
15911625--15911682	22	2.6	22	89	5	91	41	22	6	29	1.80
15916003--15916185	40	4.6	39	77	7	145	22	24	29	23	1.99
15916008--15916190	79	2.3	80	80	5	185	20	24	30	24	1.99
15923657--15923840	40	4.6	40	78	4	147	22	24	29	23	1.99
15941381--15941420	21	2.0	20	90	5	62	35	0	22	42	1.54
15941386--15941429	20	2.1	21	84	12	56	31	2	22	43	1.66
15943485--15943633	80	1.9	80	81	2	183	22	30	24	22	1.99
15943526--15943633	40	2.7	38	85	8	128	21	29	25	23	1.99
15951561--15951709	80	1.9	80	81	2	183	22	30	24	22	1.99
15951602--15951709	40	2.7	38	85	8	128	21	29	25	23	1.99
15958285--15958396	24	4.6	24	77	4	109	26	31	16	25	1.97
15958285--15958396	49	2.3	48	81	4	127	26	31	16	25	1.97
15968054--15968155	28	3.6	28	87	7	145	29	15	25	29	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15969685--15969847	39	4.2	39	91	0	263	23	33	20	22	1.97
15970928--15970998	34	2.1	34	100	0	142	19	15	14	50	1.77
15974453--15974582	40	3.2	40	77	13	142	24	26	24	23	2.00
15974469--15974620	40	3.8	40	80	5	155	22	26	24	26	2.00
15974469--15974620	80	1.9	80	83	5	200	22	26	24	26	2.00
15980889--15981044	68	2.2	68	77	13	149	20	28	16	34	1.94
15987435--15987486	24	2.2	24	96	3	97	61	3	9	25	1.44
15993209--15993380	46	3.7	46	72	13	154	22	19	27	30	1.98
16002327--16002422	48	2.0	48	100	0	192	35	16	16	31	1.92
16011008--16011211	39	5.2	39	89	5	286	27	26	22	23	1.99
16011008--16011211	79	2.6	78	90	3	302	27	26	22	23	1.99
16018941--16019145	40	5.2	40	92	2	308	27	27	21	22	1.99
16018941--16019145	79	2.6	79	88	4	297	27	27	21	22	1.99
16024068--16024436	183	2.0	183	96	0	684	32	27	20	18	1.96
16026420--16026485	35	1.9	35	84	3	89	19	6	3	71	1.21
16032631--16032871	50	4.8	49	84	5	302	29	26	17	26	1.98
16032631--16032876	101	2.4	99	85	4	314	28	26	18	26	1.98
16049766--16049917	40	3.8	39	76	15	141	23	23	28	25	1.99
16049765--16049917	80	1.9	80	81	7	186	22	22	28	26	1.99
16067515--16067646	29	4.6	29	91	0	201	26	15	32	25	1.95
16071680--16071726	24	2.0	24	86	0	67	38	2	36	23	1.67
16073170--16073279	54	2.1	52	87	3	157	19	23	21	35	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16073170--16073279	27	4.2	25	80	11	121	19	23	21	35	1.96
16079503--16079580	24	3.2	24	92	1	120	33	3	42	20	1.70
16080548--16080577	16	1.9	15	93	6	51	46	23	26	3	1.68
16081013--16081104	28	3.5	26	84	11	109	15	22	20	41	1.90
16087340--16087417	24	3.2	24	94	0	129	34	3	41	20	1.71
16089706--16089921	39	5.5	39	89	7	298	24	21	29	24	1.99
16094287--16094437	40	3.8	40	80	9	157	24	21	28	25	1.99
16094287--16094437	80	1.9	79	81	11	184	24	21	28	25	1.99
16102271--16102423	40	3.8	40	81	4	164	23	22	28	25	2.00
16112782--16112950	39	4.4	38	72	8	128	30	18	25	25	1.98
16117988--16118061	29	2.6	29	95	0	139	27	14	31	27	1.95
16118045--16118120	29	2.6	29	78	0	89	22	19	35	22	1.96
16117988--16118120	58	2.3	58	80	2	133	24	17	33	24	1.96
16120752--16120878	39	3.2	39	94	1	218	32	18	26	22	1.97
16121089--16121117	2	15.0	2	92	7	51	51	0	0	48	1.00
16122032--16122146	31	3.7	31	92	1	196	26	25	17	31	1.97
16122360--16122435	25	3.1	25	83	9	95	26	19	23	30	1.98
16123362--16123447	27	3.1	27	80	14	104	36	9	15	39	1.79
16123449--16123575	27	4.7	27	83	6	177	27	7	22	41	1.81
16123449--16123608	81	2.0	81	86	4	225	28	10	21	40	1.85
16123611--16123804	27	7.2	27	85	2	212	37	8	25	28	1.86
16123611--16123804	54	3.6	54	85	2	239	37	8	25	28	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16123638--16123804	81	2.1	81	90	0	262	37	9	25	28	1.87
16123650--16123824	81	2.2	81	86	0	233	36	10	22	30	1.88
16124882--16124935	27	2.0	27	100	0	108	37	11	11	40	1.76
16129599--16129706	55	1.9	55	83	5	137	17	26	37	18	1.93
16133404--16133507	40	2.6	40	90	0	154	28	27	20	23	1.99
16141331--16141573	40	6.2	40	90	4	343	26	27	22	23	1.99
16145862--16146021	29	5.5	30	88	8	222	27	25	13	33	1.94
16145862--16146021	59	2.8	57	89	4	223	27	25	13	33	1.94
16153593--16153627	17	2.2	15	90	10	52	34	34	0	31	1.58
16153797--16153956	29	5.5	30	88	8	222	27	25	13	33	1.94
16153797--16153956	59	2.8	57	89	4	223	27	25	13	33	1.94
16157384--16157518	56	2.4	56	95	1	236	30	26	15	27	1.96
16158171--16158251	34	2.4	34	87	2	119	22	23	25	28	1.99
16161530--16161562	15	2.2	16	89	10	52	54	15	0	30	1.41
16166042--16166302	46	5.6	46	71	10	190	25	27	15	32	1.95
16166029--16166353	94	3.5	94	84	3	431	25	26	16	31	1.97
16165997--16166362	48	7.8	48	72	6	237	25	27	16	30	1.96
16170461--16170526	32	2.1	32	100	0	132	34	3	9	53	1.48
16170744--16171105	46	7.8	45	72	12	286	22	19	30	28	1.98
16170802--16171051	47	5.4	47	73	11	244	22	18	30	28	1.97
16170740--16171097	93	3.8	93	95	0	599	22	19	30	28	1.98
16173375--16173582	40	5.2	40	85	2	258	25	21	26	26	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16181612--16181859	40	6.2	40	85	4	295	24	20	26	27	1.99
16188617--16188783	40	4.2	40	82	2	185	25	27	21	25	1.99
16188617--16188783	80	2.1	79	83	7	205	25	27	21	25	1.99
16189607--16189652	17	2.5	19	74	22	53	34	23	17	23	1.96
16195427--16195496	27	2.5	28	95	2	124	28	14	27	30	1.95
16195427--16195508	27	3.0	27	85	8	78	29	15	24	30	1.96
16203254--16203323	27	2.5	28	95	2	124	28	14	27	30	1.95
16203254--16203335	27	3.0	27	85	8	78	29	15	24	30	1.96
16204887--16205061	27	6.5	27	85	3	228	26	21	17	35	1.95
16204904--16205080	54	3.3	53	88	1	246	25	18	19	36	1.95
16204904--16205080	27	6.6	27	84	0	192	25	18	19	36	1.95
16204904--16205080	81	2.2	81	86	2	230	25	18	19	36	1.95
16205074--16205313	27	9.0	26	82	8	155	31	9	21	37	1.85
16205102--16205297	54	3.6	54	84	1	241	30	9	20	39	1.84
16208166--16208290	42	3.0	40	75	9	124	23	16	25	34	1.95
16219179--16219231	23	2.2	24	80	3	63	18	26	22	32	1.97
16219249--16219302	25	2.2	25	86	6	74	27	16	20	35	1.94
16219405--16219444	20	2.0	20	85	4	55	37	5	17	40	1.72
16220783--16220876	40	2.3	40	88	0	134	23	18	23	35	1.96
16227799--16227909	40	2.8	40	92	0	186	24	18	23	34	1.96
16227919--16227975	28	2.0	28	82	0	69	29	10	26	33	1.90
16230187--16230262	40	1.9	40	97	0	143	36	23	0	39	1.55
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16242534--16242604	27	2.6	27	75	4	72	36	26	7	29	1.83
16242588--16242711	27	4.6	27	85	2	169	41	20	7	30	1.79
16242572--16242711	54	2.6	53	85	6	138	40	21	7	30	1.80
16242588--16242740	81	1.9	81	86	5	220	40	19	9	30	1.83
16242694--16242755	27	2.3	27	91	0	97	40	16	16	27	1.89
16242588--16242738	54	2.8	54	85	4	162	41	19	9	29	1.83
16243375--16243433	28	2.1	28	100	0	118	45	25	11	16	1.82
16246662--16246732	27	2.6	27	75	4	72	36	26	7	29	1.83
16246716--16246839	27	4.6	27	85	2	169	41	20	7	30	1.79
16246700--16246839	54	2.6	53	85	6	138	40	21	7	30	1.80

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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