genome.fa.s13.2.7.7.80.10.50.1000.150.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr13 124041150 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  124041150

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  150  of  410  ( 49152 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
45307048--45307137	27	3.2	27	81	7	101	32	24	24	18	1.97
45307241--45307305	28	2.3	28	91	0	103	30	9	27	32	1.88
45308366--45308398	12	2.6	13	85	9	50	45	0	45	9	1.35
45313722--45313754	9	3.3	10	84	16	50	51	9	9	30	1.64
45314819--45314933	55	2.1	56	82	8	137	34	22	24	18	1.96
45314844--45314933	27	3.2	27	81	7	101	32	24	24	18	1.97
45315039--45315102	27	2.3	28	91	2	103	31	7	28	32	1.85
45316161--45316193	12	2.6	13	85	9	50	45	0	45	9	1.35
45318032--45318148	40	3.0	40	96	1	209	22	18	29	29	1.97
45320082--45320283	49	4.1	49	97	0	377	30	26	8	34	1.86
45328977--45329145	93	1.8	93	87	5	252	24	30	20	24	1.98
45329074--45329205	48	2.8	48	86	0	174	25	25	19	29	1.99
45334304--45334485	48	3.8	48	81	6	215	24	25	20	29	1.99
45334304--45334485	96	1.9	98	87	4	271	24	25	20	29	1.99
45349212--45349313	29	3.5	28	74	12	82	26	35	17	20	1.95
45355276--45355339	32	2.0	32	96	0	119	31	17	12	39	1.87
45360742--45360811	27	2.5	28	93	2	115	27	14	28	30	1.95
45360742--45360823	27	3.0	27	84	8	69	28	15	25	30	1.96
45363282--45363355	29	2.6	29	95	0	139	27	31	14	27	1.95
45363223--45363355	58	2.3	58	80	2	133	24	33	17	24	1.96
45371035--45371109	29	2.6	29	80	0	87	22	36	20	21	1.96
45371093--45371164	27	2.6	29	86	8	121	26	30	15	27	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
45374278--45374451	46	3.8	46	78	14	214	28	29	20	21	1.98
45374286--45374455	92	1.8	93	94	1	306	28	29	21	21	1.98
45380117--45380247	59	2.2	58	83	4	156	24	32	16	27	1.96
45380165--45380247	29	2.9	29	98	0	157	25	28	15	30	1.96
45381405--45381449	18	2.5	17	79	10	54	4	11	2	82	0.91
45385402--45385539	40	3.5	39	80	6	136	27	27	20	24	1.99
45388381--45388637	40	6.5	39	88	2	304	22	22	28	26	1.99
45388381--45388611	120	1.9	119	88	4	349	21	22	29	26	1.99
45394719--45394935	45	4.9	44	87	5	278	27	27	21	23	1.99
45395734--45395923	47	4.0	47	95	0	326	44	13	12	30	1.80
45402437--45402595	45	3.6	44	86	6	214	27	27	21	23	1.99
45403112--45403172	2	30.5	2	83	6	70	47	4	1	45	1.34
45403414--45403560	47	3.1	47	92	1	240	41	13	13	31	1.83
45425422--45425538	43	2.8	42	76	7	137	29	17	23	28	1.97
45426158--45426193	13	2.8	13	91	0	63	25	5	22	47	1.73
45429236--45429388	39	3.9	39	91	1	236	24	32	23	19	1.98
45434792--45434983	39	4.9	39	93	0	312	23	30	26	19	1.98
45437985--45438025	20	2.0	21	85	4	57	51	12	7	29	1.66
45443383--45443416	12	2.9	12	86	4	52	32	0	0	67	0.91
45443636--45443685	22	2.3	22	83	13	59	58	6	18	18	1.59
45444442--45444482	19	2.2	19	100	0	82	36	9	9	43	1.71
45450642--45450772	29	4.5	29	88	0	163	29	15	31	23	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
45458740--45458861	29	4.2	29	90	0	172	32	15	27	23	1.95
45465502--45465535	12	2.8	12	90	0	50	41	29	5	23	1.78
45468004--45468173	46	3.7	46	76	14	179	24	18	26	30	1.98
45467998--45468168	93	1.8	93	92	2	290	23	19	26	29	1.98
45474508--45474695	40	4.7	39	86	5	157	23	26	22	26	2.00
45474507--45474695	80	2.4	79	81	5	211	24	26	22	26	2.00
45484316--45484402	33	2.7	32	78	8	86	24	22	25	27	2.00
45486496--45486617	47	2.6	47	90	0	190	36	13	22	27	1.91
45486605--45486792	55	3.5	53	83	3	223	35	18	23	21	1.95
45496300--45496333	11	3.2	11	87	4	52	79	0	20	0	0.73
45497689--45497731	21	2.0	22	81	9	52	34	2	20	41	1.65
45502984--45503211	48	4.9	48	74	7	182	29	24	18	27	1.98
45512444--45512495	27	2.0	26	84	3	68	17	26	21	34	1.95
45512538--45512573	2	18.0	2	100	0	72	50	0	0	50	1.00
45518599--45518809	40	5.3	40	88	6	198	23	27	22	26	2.00
45518601--45518820	80	2.8	78	86	4	280	22	27	23	26	1.99
45525479--45525639	40	4.1	39	79	12	168	25	27	21	25	2.00
45525465--45525639	79	2.2	78	80	6	185	25	26	21	26	2.00
45527355--45527474	54	2.2	54	98	0	231	24	30	26	18	1.98
45529833--45529970	40	3.5	40	82	5	163	23	26	23	25	2.00
45533257--45533299	21	2.0	21	100	0	86	51	0	30	18	1.47
45537957--45538026	27	2.6	27	95	2	122	30	27	14	28	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
45554102--45554279	40	4.4	40	79	4	180	25	24	26	23	2.00
45554102--45554293	79	2.4	80	81	3	208	26	23	26	22	2.00
45554136--45554319	79	2.3	79	77	4	181	28	23	25	22	2.00
45561884--45562048	40	4.1	40	88	0	213	24	26	22	26	2.00
45563936--45563986	20	2.6	20	84	9	61	23	27	0	49	1.51
45565027--45565242	45	4.8	45	86	0	279	24	18	19	37	1.94
45566845--45566874	15	2.0	15	93	0	51	73	10	6	10	1.25
45570568--45570598	16	1.9	16	93	0	53	61	6	3	29	1.37
45577765--45577804	15	2.7	15	92	7	64	70	2	0	27	1.01
45581794--45581866	27	2.9	25	76	9	85	30	31	17	20	1.96
45587382--45587506	39	3.2	39	86	1	124	24	27	21	26	1.99
45587414--45587506	39	2.4	39	90	0	150	23	29	21	25	1.99
45588177--45588211	2	17.5	2	93	0	61	51	2	0	45	1.16
45588172--45588211	10	4.0	10	93	0	53	52	5	0	42	1.23
45601745--45601997	18	14.2	19	70	20	65	32	7	2	58	1.40
45601710--45602073	70	5.2	70	86	6	479	32	7	1	57	1.38
45601697--45601801	51	2.1	50	80	10	115	32	10	0	57	1.33
45601851--45601890	14	2.7	15	88	7	55	30	5	2	62	1.29
45601710--45602073	142	2.6	139	84	6	477	32	7	1	57	1.38
45605148--45605246	33	3.0	33	85	2	137	21	10	37	31	1.86
45615843--45616027	40	4.6	39	86	7	205	27	27	20	25	1.99
45623267--45623299	16	1.9	18	88	11	52	51	18	12	18	1.76
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
45624657--45624786	40	3.3	39	76	8	136	23	27	23	24	2.00
45624673--45624824	40	3.8	40	78	6	148	22	26	23	27	1.99
45624673--45624822	80	1.9	80	83	8	198	22	26	24	27	1.99
45632680--45632809	40	3.3	39	76	8	136	23	27	23	24	2.00
45632696--45632847	40	3.8	40	78	6	148	22	26	23	27	1.99
45632696--45632845	80	1.9	80	83	8	198	22	26	24	27	1.99
45635092--45635259	43	4.0	43	85	1	223	25	32	19	23	1.97
45637289--45637317	13	2.1	14	93	6	51	51	27	0	20	1.47
45649259--45649378	46	2.6	44	87	7	152	30	18	27	24	1.98
45649304--45649479	97	1.8	94	84	8	239	28	18	28	23	1.98
45651313--45651347	10	3.4	10	88	4	52	42	0	22	34	1.54
45653441--45653639	107	1.8	109	88	6	307	34	17	25	23	1.96
45653434--45653686	55	4.9	50	80	9	210	35	16	25	22	1.94
45653755--45653799	23	1.9	24	86	4	65	44	11	22	22	1.84
45661521--45661649	50	2.5	51	86	5	181	36	17	20	24	1.95
45661625--45661804	31	5.8	31	87	5	256	27	19	26	26	1.99
45661829--45661994	47	3.7	46	83	7	171	30	15	25	28	1.96
45661923--45662037	42	2.7	43	87	4	162	31	14	26	27	1.95
45664547--45664745	108	1.8	110	85	2	285	36	14	25	24	1.93
45664861--45664905	23	1.9	24	90	4	74	42	11	24	22	1.86
45664984--45665014	16	1.9	16	93	0	53	41	0	22	35	1.54
45665435--45665506	36	2.0	36	97	0	135	37	11	23	27	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
45668585--45668761	79	2.2	81	82	7	211	22	27	24	25	2.00
45668585--45668761	40	4.4	40	78	7	173	22	27	24	25	2.00
45683315--45683480	42	3.9	42	77	6	165	27	12	27	32	1.93
45691893--45692014	43	2.9	42	75	11	131	28	24	18	28	1.98
45696522--45696562	21	2.0	21	100	0	82	34	14	14	36	1.87
45698585--45698793	27	7.7	27	88	0	283	38	15	13	32	1.87
45705814--45706016	29	7.0	29	86	3	230	40	11	27	20	1.87
45705819--45706027	58	3.6	58	84	2	260	40	12	25	20	1.88
45709402--45709441	21	2.0	21	85	5	55	25	27	37	10	1.88
45714235--45714499	46	5.7	45	79	10	227	24	27	18	29	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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