genome.fa.s13.2.7.7.80.10.50.1000.243.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr13 124041150 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  124041150

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  243  of  410  ( 49152 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
75090509--75090811	24	12.4	24	92	1	471	26	21	21	30	1.98
75090868--75090940	9	7.4	9	71	17	56	35	20	9	34	1.85
75090860--75090940	20	4.1	20	96	0	153	34	19	11	34	1.87
75090860--75090935	11	7.5	11	71	16	74	32	19	11	35	1.88
75092309--75092496	27	6.9	27	76	11	141	32	8	18	40	1.80
75092263--75092496	54	4.3	54	73	7	159	31	9	18	40	1.83
75092427--75092529	27	3.8	26	74	11	82	30	14	18	36	1.91
75092528--75092700	27	6.4	27	81	2	195	41	8	21	28	1.82
75092528--75092698	81	2.1	81	84	2	227	41	8	21	28	1.83
75092533--75092700	54	3.1	54	86	3	239	41	8	21	28	1.82
75098479--75098527	24	2.0	24	92	0	80	61	18	14	6	1.53
75113691--75113764	29	2.6	29	89	4	105	25	16	32	25	1.96
75132031--75132079	22	2.2	22	78	7	55	40	2	38	18	1.62
75149829--75149931	40	2.6	39	80	11	111	28	23	24	24	2.00
75157799--75157933	40	3.4	40	79	13	120	26	23	25	23	2.00
75160465--75160847	191	2.0	191	93	0	649	39	9	22	28	1.86
75163562--75163664	29	3.6	28	81	5	116	21	16	33	29	1.95
75166961--75167006	18	2.6	18	77	19	51	10	21	43	23	1.84
75167361--75167416	29	1.9	29	82	7	69	19	19	21	39	1.93
75171117--75171141	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
75190992--75191174	79	2.3	81	85	7	241	24	22	27	25	2.00
75190993--75191176	40	4.6	39	82	9	203	23	22	28	25	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
75191045--75191201	79	2.0	79	82	7	194	26	21	26	26	1.99
75198269--75198365	27	3.6	27	95	1	176	28	11	26	32	1.91
75198269--75198377	54	2.0	55	87	5	159	29	12	24	33	1.93
75206158--75206227	27	2.5	28	95	2	124	28	10	27	34	1.89
75206158--75206239	27	3.0	27	87	5	76	29	12	24	34	1.91
75221968--75222159	40	4.8	40	92	1	314	24	20	29	26	1.99
75229778--75229824	22	2.1	22	100	0	94	29	17	12	40	1.86
75239249--75239339	41	2.2	41	84	4	110	30	25	17	26	1.97
75239222--75239339	43	2.8	42	79	3	130	33	26	15	25	1.95
75249629--75249821	86	2.3	85	87	4	266	22	21	20	35	1.96
75249629--75249827	84	2.4	84	87	5	269	22	21	20	35	1.96
75250042--75250243	43	4.7	43	75	8	182	18	23	20	36	1.95
75250015--75250240	125	1.8	126	84	6	316	19	24	19	36	1.95
75258982--75259082	28	3.5	28	86	6	114	29	26	13	29	1.94
75293792--75293875	41	2.0	41	95	0	150	29	26	20	23	1.99
75296419--75296593	46	3.8	46	79	9	203	29	30	19	20	1.97
75296427--75296595	93	1.8	93	92	2	286	29	30	19	20	1.97
75298122--75298153	16	1.9	17	93	6	57	34	18	12	34	1.89
75299893--75299962	27	2.5	28	86	2	97	32	25	14	27	1.94
75299970--75300076	42	2.5	42	95	0	187	23	32	14	28	1.95
75302527--75302559	17	1.9	17	100	0	66	6	24	0	69	1.10
75303187--75303217	16	2.0	15	93	6	53	51	25	19	3	1.62
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
75303606--75303744	28	5.0	28	82	0	163	19	21	20	38	1.93
75310351--75310383	17	1.9	17	100	0	66	6	24	0	69	1.10
75311437--75311580	28	5.2	28	84	5	186	19	22	20	37	1.94
75314647--75315176	27	19.6	27	83	4	545	28	21	8	41	1.83
75316503--75316579	9	7.9	9	72	16	64	35	9	20	35	1.85
75316512--75316583	11	7.1	11	70	17	66	36	12	19	31	1.89
75316501--75316583	20	4.2	20	96	0	157	36	12	19	32	1.88
75316638--75316804	24	7.0	23	89	6	237	29	22	21	26	1.99
75316638--75316804	47	3.5	47	90	4	239	29	22	21	26	1.99
75316638--75316803	71	2.3	71	92	3	271	28	22	21	27	1.99
75316868--75316907	18	2.2	18	100	0	80	5	5	52	37	1.45
75317015--75317078	31	2.1	31	90	0	101	35	15	23	25	1.94
75318331--75318379	22	2.2	22	92	0	80	42	26	4	26	1.73
75321376--75321437	17	3.8	16	78	6	61	38	8	24	29	1.84
75324072--75324104	16	2.0	17	88	5	50	24	12	0	63	1.28
75324843--75324894	18	3.1	17	73	18	54	23	15	0	61	1.33
75326435--75326538	53	2.0	53	86	3	147	33	29	15	21	1.94
75329582--75329749	40	4.2	40	80	7	162	23	26	23	26	2.00
75329598--75329749	80	1.9	80	83	5	200	23	26	23	26	2.00
75337608--75337759	40	3.8	39	84	1	151	23	26	23	26	2.00
75337608--75337759	80	1.9	80	83	5	200	23	26	23	26	2.00
75340915--75340949	17	2.1	17	88	0	52	22	28	25	22	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
75342710--75342965	55	4.8	54	78	10	237	35	17	25	21	1.95
75343157--75343187	16	1.9	16	93	0	53	41	0	22	35	1.54
75348643--75348813	46	3.7	46	77	14	181	28	28	21	21	1.99
75348648--75348817	93	1.8	92	89	1	268	28	28	21	21	1.99
75349236--75349292	30	1.9	30	88	0	87	29	24	8	36	1.86
75354717--75354826	40	2.8	40	85	0	148	26	23	26	23	2.00
75354717--75354866	40	3.8	39	80	7	133	26	22	26	24	2.00
75362770--75362879	40	2.8	40	85	0	148	26	23	26	23	2.00
75362770--75362919	40	3.8	39	80	7	133	26	22	26	24	2.00
75365318--75365501	40	4.6	40	78	4	147	22	24	29	23	1.99
75369554--75369591	19	2.0	19	100	0	76	15	31	10	42	1.81
75369847--75369888	21	2.0	21	100	0	84	23	23	23	28	2.00
75376277--75376379	29	3.6	28	78	5	107	21	15	33	30	1.94
75378197--75378248	19	2.7	19	87	0	77	26	28	11	32	1.91
75387809--75387857	18	2.7	18	75	12	64	32	8	34	24	1.85
75391249--75391336	34	2.5	35	80	10	101	46	15	6	30	1.72
75392105--75392169	29	2.2	29	81	13	71	23	15	6	55	1.62
75392726--75392750	13	1.9	13	100	0	50	40	16	4	40	1.67
75395481--75395518	20	1.9	20	88	0	58	34	2	10	52	1.50
75397145--75397203	28	2.1	28	100	0	118	45	25	11	16	1.82
75403488--75403525	20	1.9	20	88	0	58	34	2	10	52	1.50
75405152--75405220	28	2.5	28	95	2	122	43	27	10	18	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
75411487--75411669	40	4.7	39	84	10	223	24	21	27	26	1.99
75411487--75411667	77	2.3	79	83	8	226	24	22	27	25	2.00
75419600--75419784	40	4.7	40	82	7	209	24	22	27	25	2.00
75419653--75419817	79	2.1	79	83	6	201	26	21	27	25	1.99
75426123--75426242	45	2.7	43	82	10	134	27	17	30	25	1.97
75431173--75431326	42	3.6	42	82	1	200	31	13	22	32	1.93
75431172--75431328	85	1.9	84	87	1	233	30	13	23	32	1.93
75447090--75447125	18	2.0	18	100	0	72	38	22	16	22	1.93
75450354--75450462	50	2.2	50	81	4	139	34	22	10	33	1.87
75455479--75455524	21	2.2	21	88	0	65	65	8	0	26	1.21
75457727--75458039	96	3.4	91	82	4	383	19	23	14	42	1.88
75457727--75458049	46	7.0	46	85	4	371	20	23	14	42	1.88
75457727--75458048	91	3.5	91	82	4	383	20	23	14	41	1.88
75458878--75458907	3	10.0	3	100	0	60	0	66	0	33	0.92
75460263--75460416	47	3.3	47	93	0	263	27	31	7	33	1.85
75463060--75463107	11	4.2	11	79	10	51	62	2	0	35	1.07
75465117--75465207	28	3.2	28	88	1	128	31	13	13	41	1.82
75466804--75466867	29	2.2	29	82	2	83	65	1	12	20	1.33
75466957--75467030	28	2.7	29	83	8	100	45	8	8	37	1.63
75467558--75467611	20	2.6	20	73	18	56	44	0	3	51	1.19
75467577--75467609	18	1.9	18	88	11	52	45	0	3	51	1.16
75467570--75467614	22	2.0	23	86	4	65	46	0	4	48	1.22
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
75468630--75469354	253	2.9	253	93	0	1227	37	19	14	28	1.91
75469732--75469785	3	18.3	3	96	3	101	68	0	0	31	0.90
75470889--75470929	8	5.5	8	80	13	52	78	0	0	21	0.76
75470889--75470928	15	2.7	15	92	3	64	77	0	0	22	0.77
75470892--75470935	20	2.1	21	88	12	65	77	0	0	22	0.77
75471122--75471162	20	2.1	19	86	4	55	0	17	17	65	1.27
75475320--75475427	26	4.2	26	88	4	164	36	24	7	32	1.83
75477031--75477125	40	2.4	39	81	6	102	24	27	20	28	1.99
75477061--75477183	40	3.1	40	90	1	185	21	27	21	29	1.99
75477060--75477248	79	2.4	81	80	5	197	23	28	22	26	1.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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