genome.fa.s13.2.7.7.80.10.50.1000.78.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr13 124041150 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  124041150

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  78  of  410  ( 49152 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22384328--22384371	15	2.6	16	82	17	54	45	9	0	45	1.35
22387007--22387147	27	5.2	28	89	8	213	34	24	24	16	1.95
22388758--22388839	26	3.2	26	98	0	155	37	26	4	30	1.77
22393481--22393525	21	2.1	22	87	4	65	17	4	8	68	1.32
22394510--22394650	27	5.2	27	82	11	182	34	24	24	17	1.95
22394510--22394650	54	2.6	54	90	2	230	34	24	24	17	1.95
22396270--22396377	26	4.2	26	96	0	198	35	27	6	30	1.82
22400020--22400072	28	1.9	28	92	3	90	24	26	22	26	2.00
22411062--22411213	50	3.0	50	82	6	200	26	19	25	28	1.98
22414955--22415179	40	5.6	40	88	0	306	18	20	27	33	1.96
22414964--22415179	120	1.8	120	90	2	353	18	20	28	32	1.96
22434311--22434484	41	4.2	41	76	12	160	27	29	21	21	1.98
22436434--22436587	40	3.9	39	80	10	170	27	26	20	25	1.99
22438249--22438349	28	3.5	28	86	6	114	29	13	26	29	1.94
22446175--22446275	28	3.5	28	86	6	114	29	13	26	29	1.94
22449635--22449802	40	4.2	40	83	3	223	26	27	22	23	1.99
22460102--22460289	41	4.6	40	71	18	136	26	31	21	20	1.98
22471804--22471888	34	2.5	33	76	3	80	29	23	23	23	1.99
22477015--22477057	7	6.1	7	80	0	50	27	41	0	30	1.56
22478739--22478804	29	2.3	29	84	5	80	42	0	25	31	1.55
22489829--22489876	24	2.0	24	100	0	96	33	20	8	37	1.83
22497430--22497593	71	2.3	71	100	0	328	18	28	17	35	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22497430--22497627	71	2.8	70	91	3	258	20	28	17	33	1.95
22516971--22517154	67	2.8	64	79	10	187	24	29	16	29	1.97
22523220--22523370	40	3.8	40	73	13	123	26	23	27	22	2.00
22528449--22528593	37	3.9	37	94	0	263	26	32	17	23	1.97
22528803--22529040	47	5.1	47	95	0	386	26	31	11	31	1.91
22533531--22533654	57	2.1	59	85	5	164	45	8	16	29	1.76
22545534--22545591	26	2.2	26	90	0	89	32	5	24	37	1.77
22547936--22548111	46	3.8	46	79	12	216	20	21	29	28	1.98
22547933--22548104	93	1.8	93	96	0	317	20	21	29	27	1.98
22555488--22555663	46	3.8	46	79	12	216	20	21	29	28	1.98
22555485--22555656	93	1.8	93	96	0	317	20	21	29	27	1.98
22557701--22557984	137	2.1	137	93	0	487	25	17	25	31	1.97
22561778--22561861	26	3.2	26	96	0	150	33	4	25	36	1.77
22565611--22565794	40	4.6	40	83	6	230	25	23	26	24	2.00
22565611--22565794	80	2.3	80	87	3	255	25	23	26	24	2.00
22566056--22566099	22	2.0	22	82	8	54	31	11	13	43	1.80
22567183--22567469	137	2.1	137	96	0	520	24	18	25	31	1.98
22574263--22574289	7	3.9	7	100	0	54	11	0	0	88	0.50
22575952--22576133	56	3.2	56	91	1	294	33	23	15	27	1.95
22579217--22579343	46	2.8	43	86	7	155	27	15	30	25	1.96
22583017--22583076	30	2.0	30	83	0	75	30	23	8	38	1.84
22584376--22584415	21	2.0	21	90	5	64	10	37	30	22	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22588152--22588343	56	3.4	56	88	0	294	33	23	14	28	1.94
22588295--22588392	43	2.3	43	90	0	151	33	25	13	27	1.93
22591204--22591386	40	4.6	40	91	4	273	22	23	27	26	2.00
22602583--22602630	23	2.1	23	100	0	96	22	12	33	31	1.91
22605694--22605727	16	2.1	16	100	0	68	32	5	5	55	1.48
22618390--22618606	6	35.8	6	78	15	216	49	13	17	19	1.80
22618390--22618606	30	7.4	30	87	9	313	49	13	17	19	1.80
22618390--22618606	115	1.9	115	96	1	400	49	13	17	19	1.80
22618724--22618782	27	2.2	26	85	5	82	37	23	23	15	1.93
22618742--22618797	27	2.1	27	83	6	69	37	21	23	17	1.94
22618962--22619020	22	2.7	22	81	0	64	32	22	25	20	1.98
22619111--22619190	27	3.0	26	88	3	106	36	21	22	20	1.95
22619389--22619585	27	7.3	27	82	2	171	27	18	17	36	1.93
22619392--22619584	81	2.4	81	82	0	233	27	19	16	36	1.93
22619589--22619902	27	11.2	27	76	13	294	40	10	22	26	1.87
22619594--22619902	54	5.5	55	81	12	333	39	10	22	26	1.87
22619804--22619831	12	2.3	12	100	0	56	46	10	28	14	1.78
22619750--22619885	66	2.1	66	97	0	254	41	9	23	25	1.84
22619782--22619857	39	1.9	39	84	10	102	43	7	25	23	1.80
22619728--22619899	93	1.8	93	86	7	251	40	9	23	26	1.85
22626325--22626373	25	2.0	25	83	0	62	36	6	14	42	1.70
22628280--22628407	42	3.0	43	78	6	134	25	18	25	30	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22628913--22628984	36	2.0	36	94	0	126	43	0	12	44	1.42
22628929--22628989	18	3.4	18	68	17	54	45	0	16	37	1.47
22630869--22630925	25	2.3	25	93	6	98	36	5	38	19	1.74
22631880--22631911	8	4.0	8	91	0	55	46	25	25	3	1.67
22632327--22632437	27	4.1	27	87	4	154	16	24	21	37	1.93
22638132--22638299	40	4.2	40	85	5	207	26	28	22	23	1.99
22638132--22638299	80	2.1	80	87	4	241	26	28	22	23	1.99
22646111--22646278	40	4.2	40	85	5	207	26	28	22	23	1.99
22646111--22646278	80	2.1	80	87	4	241	26	28	22	23	1.99
22649898--22649948	25	2.0	26	92	3	86	33	5	39	21	1.78
22649896--22649955	25	2.4	23	82	15	75	38	6	36	18	1.77
22651350--22651460	27	4.1	27	87	1	143	17	23	21	37	1.93
22655665--22655820	78	2.0	78	98	0	303	27	12	22	37	1.91
22661166--22661194	2	15.0	2	92	7	51	48	0	0	51	1.00
22662169--22662265	38	2.6	38	84	0	122	21	22	27	27	1.99
22662269--22662681	43	9.6	43	93	0	664	11	25	32	30	1.91
22676616--22676652	2	18.5	2	88	0	56	48	2	2	45	1.30
22676741--22676775	2	17.5	2	87	0	52	48	2	2	45	1.32
22677368--22677404	11	3.2	12	88	11	60	45	0	54	0	1.00
22677366--22677414	11	4.5	11	82	12	57	44	0	55	0	0.99
22677673--22677708	14	2.5	15	95	4	65	16	5	13	63	1.47
22677672--22677709	15	2.5	16	87	12	62	15	5	13	65	1.43
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22677671--22677744	33	2.3	33	84	9	98	12	5	18	63	1.47
22678147--22678251	34	3.0	35	92	2	185	22	12	48	16	1.79
22678960--22679106	54	2.9	50	80	12	183	34	19	16	29	1.94
22679162--22679750	70	8.2	70	92	5	980	31	20	15	32	1.94
22679162--22679750	147	4.1	140	92	4	980	31	20	15	32	1.94
22679162--22679750	217	2.7	217	97	2	1093	31	20	15	32	1.94
22691954--22692085	2	69.0	2	69	16	57	50	6	4	38	1.47
22692603--22692639	11	3.2	12	88	11	60	45	0	54	0	1.00
22692601--22692650	11	4.5	11	82	9	57	44	0	56	0	0.99
22692682--22692706	6	4.2	6	100	0	50	0	52	48	0	1.00
22692921--22692956	14	2.5	15	95	4	65	16	5	13	63	1.47
22692920--22692958	15	2.6	16	84	16	64	15	5	15	64	1.46
22692918--22692994	32	2.4	32	82	6	93	11	6	18	63	1.48
22692920--22692987	15	4.5	15	72	24	63	13	5	19	61	1.51
22693394--22693499	35	3.0	35	92	0	185	21	12	49	16	1.79
22695341--22695479	40	3.5	40	86	4	176	24	30	21	23	1.99
22700456--22700551	49	2.0	49	95	0	174	30	26	22	20	1.99
22703219--22703413	43	4.5	43	96	0	336	29	33	26	10	1.90
22703406--22703529	38	3.2	38	87	2	158	27	27	22	22	1.99
22704485--22704520	2	18.0	2	100	0	72	50	0	0	50	1.00
22713370--22713453	41	2.0	41	95	4	152	35	10	16	36	1.84
22714250--22714332	41	2.0	41	95	0	148	42	15	20	21	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22731018--22731087	27	2.5	28	88	2	106	28	14	25	31	1.95
22731018--22731099	27	3.0	27	80	8	103	29	13	23	34	1.93
22738940--22739009	27	2.5	28	88	2	106	28	14	25	31	1.95
22738940--22739021	27	3.0	27	80	8	103	29	13	23	34	1.93
22743532--22743565	17	1.9	18	88	5	52	50	5	5	38	1.51
22751864--22751908	22	2.0	22	100	0	90	22	8	0	68	1.16
22759724--22759783	20	3.0	20	81	18	72	53	8	0	38	1.31
22760695--22760737	19	2.1	21	87	8	63	41	0	2	55	1.12
22766439--22766548	26	4.2	26	90	2	159	32	7	23	36	1.82
22769617--22769677	13	4.7	13	89	0	95	37	24	4	32	1.77

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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