genome.fa.s13.2.7.7.80.10.50.1000.220.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr13 124041150 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  124041150

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  220  of  410  ( 49152 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
67611715--67611747	16	2.1	16	88	11	50	30	48	0	21	1.50
67612141--67612182	17	2.4	18	84	11	52	47	14	0	38	1.44
67615580--67615742	40	4.1	40	81	7	179	25	20	28	26	1.99
67623693--67623856	40	4.1	40	82	6	188	25	20	28	26	1.99
67623693--67623870	80	2.2	80	83	4	209	25	20	27	25	1.99
67633093--67633185	40	2.3	40	81	3	107	34	25	17	22	1.96
67635291--67635436	40	3.7	40	84	3	177	26	21	28	23	1.99
67635289--67635456	80	2.1	80	84	3	214	25	20	27	26	1.99
67643877--67644074	71	2.8	70	92	3	294	33	17	28	20	1.95
67643943--67644060	41	3.1	41	60	28	98	32	17	28	21	1.96
67643911--67644074	71	2.3	71	100	0	328	35	17	28	18	1.94
67651866--67651925	30	2.0	30	83	6	77	26	26	8	38	1.85
67660746--67660916	40	4.3	39	77	10	159	28	21	26	23	1.99
67668849--67669019	40	4.3	39	77	10	159	28	21	26	23	1.99
67672314--67672356	16	2.7	16	92	0	68	11	18	16	53	1.72
67677839--67678085	106	2.3	107	84	2	327	25	14	19	40	1.90
67677838--67678086	27	9.3	27	82	3	272	25	14	20	39	1.90
67685940--67696873	524	20.9	525	94	1	18761	35	25	12	26	1.91
67696999--67700754	524	7.2	525	94	0	6524	35	25	11	26	1.91
67702549--67702609	27	2.3	27	91	2	97	27	16	16	39	1.90
67702565--67702690	54	2.4	54	78	7	132	27	9	19	42	1.82
67702590--67702668	27	3.0	27	88	1	115	30	8	20	40	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
67702619--67702704	27	3.2	27	86	6	104	27	5	24	41	1.78
67702683--67702838	27	5.8	26	79	6	134	40	8	21	29	1.83
67702683--67702831	53	2.8	53	79	4	156	41	8	19	30	1.81
67702683--67702838	54	2.9	54	78	3	163	40	8	21	29	1.83
67702844--67702932	27	3.3	27	85	4	119	32	8	17	40	1.81
67703951--67708673	526	9.0	525	95	1	8150	36	25	11	26	1.91
67710468--67710529	27	2.3	27	91	0	97	27	16	16	40	1.89
67710509--67710588	27	3.0	27	90	0	124	30	8	20	41	1.82
67710484--67710610	54	2.4	54	80	6	141	27	9	19	43	1.82
67710510--67710622	27	4.1	28	82	5	117	28	7	23	41	1.80
67710603--67710759	27	5.8	26	81	4	143	40	8	21	29	1.82
67710603--67710759	54	2.9	54	80	1	172	40	8	21	29	1.82
67710765--67710854	27	3.3	27	85	3	119	32	10	17	40	1.83
67710748--67710854	54	2.0	54	81	7	128	30	10	20	38	1.86
67710765--67710869	27	3.9	27	79	9	90	34	9	17	39	1.82
67711873--67713943	524	3.9	526	94	0	3589	36	25	11	26	1.90
67714475--67714636	43	3.8	43	79	8	161	31	27	18	22	1.97
67714475--67714636	86	1.9	85	82	8	204	31	27	18	22	1.97
67724212--67724657	67	6.7	67	78	4	420	37	16	19	25	1.93
67724212--67724657	133	3.4	131	79	5	448	37	16	19	25	1.93
67725415--67726081	343	1.9	344	92	1	1113	36	12	25	25	1.91
67745232--67745326	40	2.4	38	81	8	102	29	22	26	22	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
67753197--67753380	40	4.6	41	86	4	218	26	24	27	21	1.99
67753237--67753387	40	3.8	40	91	1	223	23	25	28	23	1.99
67755338--67755528	39	4.9	39	91	0	310	30	19	25	24	1.98
67757578--67757763	40	4.7	40	86	5	227	25	22	26	25	2.00
67757578--67757796	80	2.8	80	79	12	238	26	22	26	24	2.00
67763895--67764381	47	10.4	47	90	0	726	31	9	30	27	1.89
67763895--67764381	140	3.5	141	91	0	744	31	9	30	27	1.89
67767026--67767445	47	8.9	47	93	0	660	31	10	31	27	1.89
67767224--67767298	22	3.3	22	66	23	64	30	12	32	25	1.92
67768830--67768966	40	3.5	40	83	3	143	26	29	18	24	1.98
67773338--67773499	40	4.1	40	88	0	234	24	22	28	24	2.00
67776507--67777276	47	16.4	47	90	0	1182	31	10	30	27	1.90
67782887--67783071	40	4.7	40	87	4	218	25	22	27	25	2.00
67782939--67783094	80	2.0	79	82	11	194	26	21	26	25	2.00
67785778--67785931	39	3.9	39	86	0	191	24	31	21	22	1.98
67785808--67785931	39	3.2	39	90	1	194	25	32	20	22	1.98
67789732--67789822	46	2.0	46	100	0	182	37	21	8	31	1.85
67795651--67795848	71	2.8	70	92	3	294	33	17	28	20	1.95
67795717--67795834	41	3.1	41	60	28	98	32	17	28	21	1.96
67795685--67795848	71	2.3	71	100	0	328	35	17	28	18	1.94
67803220--67803417	71	2.8	70	92	3	294	33	17	28	20	1.95
67803286--67803403	41	3.1	41	60	28	98	32	17	28	21	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
67803254--67803417	71	2.3	71	100	0	328	35	17	28	18	1.94
67806364--67806491	43	3.0	42	78	10	136	22	17	27	32	1.97
67814772--67814850	29	2.7	29	86	5	106	27	32	15	24	1.95
67815488--67815535	2	24.0	2	91	0	78	45	2	2	50	1.25
67822884--67822958	29	2.6	29	89	4	107	25	32	16	26	1.96
67826078--67826207	43	3.1	42	75	7	120	23	20	26	29	1.99
67833137--67833334	71	2.8	70	92	3	294	33	17	28	20	1.95
67833203--67833320	41	3.1	41	60	28	98	32	17	28	21	1.96
67833171--67833334	71	2.3	71	100	0	328	35	17	28	18	1.94
67840705--67840902	71	2.8	70	92	3	294	33	17	28	20	1.95
67840771--67840888	41	3.1	41	60	28	98	32	17	28	21	1.96
67840739--67840902	71	2.3	71	100	0	328	35	17	28	18	1.94
67848255--67848452	71	2.8	70	92	3	294	33	17	28	20	1.95
67848321--67848438	41	3.1	41	60	28	98	32	17	28	21	1.96
67848289--67848452	71	2.3	71	100	0	328	35	17	28	18	1.94
67852713--67852764	25	2.0	26	96	3	97	15	32	26	25	1.95
67852676--67852802	65	1.9	66	85	4	177	21	29	25	24	1.99
67852748--67852851	40	2.6	40	84	1	129	21	26	22	29	1.99
67855760--67855784	3	8.3	3	100	0	50	0	32	0	68	0.90
67856415--67856560	27	5.4	27	89	0	211	25	21	19	34	1.96
67858657--67858879	40	5.7	39	88	6	292	25	27	21	24	1.99
67858657--67858879	117	1.9	119	84	7	303	25	27	21	24	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
67866776--67867018	40	6.1	40	84	7	284	26	26	21	25	2.00
67866776--67867018	78	3.1	79	81	9	280	26	26	21	25	2.00
67866795--67867014	118	1.9	119	83	6	295	26	26	21	25	1.99
67870165--67870284	49	2.4	49	86	2	152	28	18	30	23	1.98
67877639--67877716	32	2.4	32	89	4	113	25	21	26	25	2.00
67883270--67883485	47	4.6	47	95	0	369	30	12	31	26	1.92
67883459--67883548	46	2.0	46	88	0	135	34	7	30	27	1.85
67885832--67886354	40	13.1	40	94	1	897	27	21	25	25	2.00
67889273--67889483	47	4.5	47	95	0	359	29	11	31	26	1.92
67889299--67889423	25	5.2	24	63	24	68	28	9	32	29	1.89
67889462--67889551	46	2.0	46	86	4	128	34	7	28	28	1.85
67894236--67894439	27	7.6	27	77	7	128	42	18	10	28	1.84
67894257--67894439	54	3.4	54	85	0	231	41	18	11	28	1.85
67894257--67894439	81	2.3	81	86	1	251	41	18	11	28	1.85
67896661--67896694	7	5.1	7	86	13	54	0	29	47	23	1.52
67896659--67896694	13	2.8	13	100	0	72	0	27	47	25	1.52
67896659--67896692	6	5.3	6	86	13	50	0	29	47	23	1.52
67897647--67897747	44	2.4	42	78	9	107	29	22	20	26	1.99
67898858--67898925	28	2.5	28	92	4	113	19	10	27	42	1.83
67900526--67900563	20	1.9	20	88	0	58	52	10	2	34	1.50
67906659--67906860	27	7.6	27	78	7	117	42	18	10	28	1.84
67906680--67906860	54	3.4	54	82	2	213	41	18	11	28	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
67906683--67906860	27	6.7	26	81	5	187	41	19	11	28	1.85
67909073--67909107	12	2.8	13	91	8	63	0	28	45	25	1.54
67911297--67911355	28	2.1	28	100	0	118	16	11	25	45	1.82
67912960--67912997	20	1.9	20	88	0	58	52	10	2	34	1.50
67920984--67921093	40	2.8	40	85	0	148	23	26	23	26	2.00
67924702--67924754	20	2.7	20	96	0	97	33	24	7	33	1.84
67927544--67927637	48	2.0	48	97	0	179	34	28	17	20	1.95
67934903--67935073	66	2.7	64	76	8	186	28	17	29	24	1.97
67939182--67939365	67	2.8	64	76	8	185	28	16	30	24	1.96
67941571--67941665	31	3.1	31	98	0	181	23	22	15	38	1.92

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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