genome.fa.s13.2.7.7.80.10.50.1000.105.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr13 124041150 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  124041150

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  105  of  410  ( 49152 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
31004687--31004816	40	3.3	39	80	4	161	24	23	27	24	2.00
31012635--31012784	40	3.8	40	82	5	164	26	23	27	22	2.00
31020624--31020774	40	3.8	40	80	6	164	26	23	27	23	2.00
31020661--31020790	40	3.2	40	82	2	163	23	23	27	25	2.00
31028630--31028780	40	3.8	39	80	6	153	27	23	27	22	1.99
31028667--31028796	40	3.3	39	80	4	161	24	23	27	24	2.00
31032283--31032349	21	3.2	21	64	19	59	31	4	22	41	1.73
31032285--31032366	41	2.0	41	97	0	155	30	4	23	41	1.75
31032645--31032755	29	3.9	28	77	8	107	26	14	29	29	1.95
31032645--31032755	58	1.9	57	87	1	159	26	14	29	29	1.95
31034891--31034977	45	1.9	45	85	0	120	41	22	11	24	1.87
31040266--31040506	47	5.1	47	89	0	356	34	11	29	25	1.90
31040313--31040391	25	3.3	25	67	22	78	34	10	26	29	1.89
31040295--31040366	22	3.1	22	64	24	58	33	13	29	23	1.93
31040338--31040413	22	3.3	22	66	28	59	34	11	28	25	1.91
31040477--31040660	98	1.9	96	92	4	307	35	6	27	30	1.82
31040476--31040660	48	3.8	48	90	5	300	35	6	27	31	1.82
31040807--31040915	37	2.9	37	95	0	191	22	19	31	26	1.98
31045764--31045793	15	2.0	15	93	0	51	56	16	0	26	1.40
31050079--31050128	22	2.3	21	86	10	66	14	30	32	24	1.94
31054408--31054473	29	2.2	30	89	2	98	34	22	7	34	1.83
31055965--31055989	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
31057988--31058048	30	2.0	30	83	0	77	31	22	8	37	1.84
31064266--31064407	67	2.1	67	82	5	167	30	21	28	19	1.97
31068183--31068257	26	2.9	26	84	4	98	17	21	25	36	1.95
31069452--31069484	14	2.3	15	89	5	50	21	15	6	57	1.59
31072129--31072342	30	7.1	29	80	11	200	48	14	17	19	1.82
31072150--31072317	6	27.8	6	79	14	186	48	14	17	19	1.80
31072150--31072317	91	1.9	90	98	0	300	48	14	17	19	1.80
31072474--31072575	27	3.8	26	87	5	123	36	21	22	19	1.95
31072733--31072796	22	2.9	22	79	9	76	34	23	21	20	1.97
31073241--31073533	27	10.6	27	83	5	334	23	19	21	36	1.95
31073258--31073525	143	1.9	143	88	3	405	23	19	20	35	1.96
31073464--31073681	27	8.2	27	75	15	120	27	11	22	37	1.90
31073385--31073560	54	3.3	52	87	4	219	23	18	21	36	1.95
31073671--31073816	27	5.4	27	87	3	213	38	6	25	30	1.80
31073518--31073840	27	12.1	26	77	9	174	32	7	23	35	1.83
31075825--31076011	30	6.4	30	83	11	244	48	14	17	19	1.81
31075825--31076011	85	2.2	85	96	0	338	48	14	17	19	1.81
31075825--31075986	6	26.8	6	78	15	165	49	14	16	19	1.80
31076143--31076244	27	3.8	26	87	5	123	36	21	22	19	1.95
31076402--31076465	22	2.9	22	79	9	76	34	23	21	20	1.97
31076908--31077173	27	9.6	27	84	6	316	23	19	20	36	1.95
31076989--31077067	35	2.3	35	88	0	122	18	18	20	41	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
31076925--31077148	116	1.9	116	88	1	342	23	20	19	36	1.95
31077025--31077200	54	3.3	53	85	4	212	23	18	20	36	1.95
31077025--31077227	81	2.5	80	84	6	214	24	17	21	36	1.94
31077132--31077307	27	6.6	26	73	13	101	26	10	22	39	1.87
31077311--31077483	27	6.4	27	89	2	258	37	6	26	29	1.82
31077311--31077483	81	2.1	81	93	2	294	37	6	26	29	1.82
31077158--31077507	27	13.1	27	79	7	207	32	8	24	35	1.84
31077311--31077528	81	2.7	81	86	1	231	36	6	24	32	1.82
31081476--31081512	16	2.3	16	90	0	56	51	13	21	13	1.75
31081751--31081876	29	4.4	29	84	3	139	27	13	32	26	1.94
31081734--31081882	58	2.6	58	81	5	151	26	13	32	27	1.93
31095508--31095608	40	2.5	40	83	3	132	25	23	27	22	2.00
31111984--31112014	2	15.5	2	93	0	53	51	45	0	3	1.17
31112867--31112980	43	2.7	43	84	2	140	25	13	25	35	1.92
31118943--31119044	28	3.5	29	81	6	109	28	27	14	29	1.95
31124922--31125090	40	4.2	40	80	4	173	23	26	21	28	1.99
31132807--31132984	40	4.5	40	80	4	175	23	25	22	28	1.99
31134770--31134951	39	4.6	40	81	8	205	25	27	21	24	2.00
31134770--31134952	79	2.3	81	83	7	216	26	27	21	24	2.00
31145632--31145714	30	2.7	30	94	1	139	20	30	32	16	1.95
31145922--31145954	17	2.0	16	94	5	57	27	0	0	72	0.85
31145951--31145986	16	2.2	16	90	5	54	2	16	2	77	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
31146092--31146116	7	3.6	7	100	0	50	12	0	0	88	0.53
31147077--31147122	10	4.7	10	94	5	85	73	8	8	8	1.24
31147078--31147121	19	2.3	19	100	0	88	72	9	9	9	1.28
31147907--31147964	30	1.9	30	85	0	80	25	37	25	10	1.88
31155081--31155132	25	2.1	25	96	0	95	25	28	15	30	1.96
31155109--31155246	52	2.7	51	92	3	217	26	28	15	29	1.96
31160875--31161049	52	3.5	51	86	4	230	29	28	14	27	1.95
31160875--31161049	51	3.4	52	87	6	236	29	28	14	27	1.95
31164097--31164260	43	3.8	43	77	9	147	31	24	17	26	1.97
31167938--31167978	11	3.8	11	90	3	66	75	0	0	24	0.80
31167928--31167976	21	2.3	21	86	6	64	73	0	0	26	0.83
31167938--31167978	5	7.8	5	84	10	55	75	0	0	24	0.80
31167938--31168034	11	7.9	11	71	22	52	70	1	5	23	1.14
31167924--31167979	16	3.5	16	78	4	60	75	0	0	25	0.81
31167990--31168033	18	2.5	18	81	3	54	70	0	9	20	1.14
31181384--31181519	43	3.2	43	79	9	161	33	25	15	25	1.95
31181384--31181540	43	3.7	43	80	4	156	33	25	15	25	1.96
31181384--31181543	86	1.9	85	85	3	223	33	25	16	25	1.96
31184275--31184351	24	3.3	23	87	3	111	20	20	22	36	1.95
31184561--31184597	19	1.9	19	100	0	74	37	0	18	43	1.51
31184652--31184766	26	4.6	25	72	8	74	28	21	14	34	1.93
31184685--31184789	24	4.3	24	68	15	81	27	20	17	34	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
31184656--31184814	73	2.2	73	98	0	309	28	21	15	34	1.94
31190709--31190775	33	2.0	33	100	0	134	37	17	17	26	1.93
31192285--31192384	27	3.7	28	80	9	100	41	20	9	30	1.83
31192285--31192391	54	2.0	54	83	3	135	39	20	9	30	1.84
31192326--31192590	81	3.3	79	76	7	223	30	22	8	38	1.84
31192380--31192591	27	7.9	27	83	6	234	28	22	8	40	1.82
31192515--31192794	27	10.3	27	78	8	140	37	18	8	35	1.83
31192458--31192617	81	2.0	81	82	4	198	31	20	8	40	1.82
31192569--31192708	54	2.6	54	81	8	176	39	21	7	31	1.82
31192326--31192627	81	3.7	81	75	5	182	32	22	8	37	1.84
31192584--31192738	81	1.9	81	85	7	217	40	20	9	30	1.83
31192839--31192916	27	2.9	27	77	11	88	35	21	20	21	1.96
31194155--31194213	20	3.0	20	97	0	109	37	11	20	30	1.89
31194264--31194405	24	6.0	24	90	5	200	28	21	22	26	1.99
31194264--31194405	46	3.0	47	88	7	198	28	21	22	26	1.99
31194595--31194689	31	3.1	31	98	0	181	38	15	22	23	1.92
31197480--31197579	27	3.7	28	80	9	100	41	20	9	30	1.83
31197480--31197586	54	2.0	54	83	3	135	39	20	9	30	1.84
31197575--31197785	27	7.9	27	84	6	259	28	23	8	39	1.84
31197682--31197986	27	11.2	27	77	10	113	36	20	8	34	1.83
31197521--31197811	81	3.6	81	76	6	223	31	21	8	37	1.85
31197763--31197902	54	2.6	54	81	8	176	39	21	7	31	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
31197763--31197930	54	3.1	54	75	10	148	39	21	8	30	1.83
31197778--31197932	81	1.9	81	85	7	217	40	20	9	30	1.83
31197736--31197992	27	9.4	27	76	6	133	37	19	9	33	1.84
31198033--31198105	26	2.7	27	75	8	69	36	19	20	23	1.95
31199263--31199310	25	1.9	25	86	0	69	33	25	16	25	1.96
31199355--31199412	20	2.9	20	97	0	107	36	10	20	32	1.87
31199358--31199412	11	5.4	11	70	16	55	38	10	20	30	1.87
31199463--31199605	24	6.0	24	91	4	209	28	22	22	26	1.99
31199463--31199605	47	3.0	47	90	5	207	28	22	22	26	1.99
31199463--31199606	71	2.0	72	89	4	220	29	22	22	26	1.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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