genome.fa.s13.2.7.7.80.10.50.1000.206.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr13 124041150 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  124041150

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  206  of  410  ( 49152 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
62922557--62922622	21	3.1	21	82	0	78	31	16	48	3	1.62
62922970--62923066	43	2.3	41	77	11	106	24	21	21	31	1.98
62938767--62938890	50	2.6	45	78	15	126	23	31	18	26	1.97
62938767--62938937	46	3.6	47	76	16	142	22	30	19	28	1.98
62947254--62947363	26	4.2	26	94	2	186	35	4	23	36	1.76
62948973--62949086	27	4.2	26	83	7	120	18	24	21	35	1.95
62948973--62949086	54	2.1	54	83	3	140	18	24	21	35	1.95
62954345--62954474	40	3.3	39	76	8	136	23	27	23	24	2.00
62954361--62954512	40	3.8	40	78	6	148	22	26	23	27	1.99
62954361--62954510	80	1.9	80	83	8	198	22	26	24	27	1.99
62956272--62956381	26	4.2	26	94	2	177	34	4	24	36	1.76
62958298--62958410	27	4.2	27	81	3	111	16	22	23	38	1.93
62958296--62958410	54	2.1	54	88	3	169	16	21	23	38	1.93
62961150--62961455	91	3.4	90	77	10	290	33	13	11	41	1.80
62961150--62961455	87	3.4	87	80	8	289	33	13	11	41	1.80
62965981--62966147	43	3.9	43	77	6	160	26	16	25	31	1.97
62972927--62972979	24	2.2	24	86	6	72	37	5	11	45	1.64
62975727--62975902	40	4.2	40	69	15	122	26	14	26	32	1.95
62975740--62975914	90	1.9	90	97	0	332	28	13	24	34	1.93
62975901--62975944	2	22.0	2	100	0	88	50	0	0	50	1.00
62976809--62976839	15	2.1	15	93	0	53	38	0	16	45	1.47
62980314--62980370	24	2.4	24	90	0	87	38	7	7	47	1.58
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
62987053--62987097	20	2.2	20	84	7	56	24	26	2	46	1.64
62987063--62987096	11	3.2	11	91	4	52	23	26	0	50	1.50
62987096--62987137	18	2.3	19	87	4	59	16	9	4	69	1.33
62987785--62987828	22	2.0	22	82	8	54	6	0	11	81	0.86
62993538--62993701	50	3.4	48	74	12	149	26	26	18	28	1.98
63012285--63012366	42	1.9	43	90	7	132	42	24	10	21	1.85
63020135--63020215	42	1.9	43	87	7	121	44	23	9	22	1.82
63020919--63020974	21	2.7	21	88	0	85	26	8	35	28	1.87
63022301--63022327	13	2.1	13	100	0	54	55	14	0	29	1.40
63026134--63026189	27	2.1	26	81	15	62	39	5	1	53	1.34
63026204--63026264	27	2.3	27	82	2	70	34	11	3	50	1.55
63026618--63026651	15	2.3	15	89	0	50	35	2	11	50	1.54
63027174--63027198	11	2.3	11	100	0	50	84	8	0	8	0.79
63038898--63039062	74	2.2	75	88	3	235	27	13	20	37	1.91
63039236--63039269	14	2.5	13	86	13	50	17	20	5	55	1.62
63039152--63039445	88	3.3	87	83	5	349	26	18	18	36	1.94
63038974--63039726	280	2.7	275	83	9	877	27	16	17	37	1.92
63039603--63039637	17	2.1	17	88	0	52	17	5	2	74	1.14
63039430--63039867	87	5.0	88	76	11	371	28	16	17	37	1.92
63041841--63041901	27	2.3	27	82	2	70	34	11	3	50	1.55
63042255--63042288	15	2.3	15	89	0	50	35	2	11	50	1.54
63042810--63042834	11	2.3	11	100	0	50	84	8	0	8	0.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
63056065--63056142	40	2.0	40	86	0	111	20	16	33	29	1.95
63060100--63060151	24	2.1	24	85	7	68	30	1	3	63	1.23
63065846--63066007	62	2.6	63	79	10	156	29	25	22	22	1.99
63072189--63072253	25	2.7	22	76	19	67	4	26	0	69	1.08
63072818--63073066	124	2.0	124	84	1	320	29	24	22	23	1.99
63072818--63073066	62	4.0	62	81	2	284	29	24	22	23	1.99
63077272--63077338	18	3.2	21	74	21	77	58	7	0	34	1.26
63077272--63077351	39	2.0	40	92	4	135	60	6	0	33	1.22
63078089--63078132	14	3.1	14	83	6	54	72	6	4	15	1.22
63078106--63078245	26	5.3	24	72	19	84	77	5	9	7	1.13
63078113--63078177	18	3.7	18	76	14	73	78	3	9	9	1.06
63078113--63078180	33	2.0	34	94	2	120	76	2	11	8	1.12
63078164--63078245	26	3.1	27	85	7	105	78	6	9	6	1.10
63078095--63078271	88	2.0	87	84	5	232	75	6	9	9	1.18
63079651--63079707	30	1.9	30	88	0	87	33	12	24	29	1.92
63080097--63080314	47	4.7	47	76	10	171	28	18	28	23	1.98
63087827--63088012	80	2.3	81	80	6	200	23	27	23	25	2.00
63087827--63087971	40	3.7	38	82	5	146	24	28	23	24	2.00
63087862--63088010	40	3.8	38	80	5	138	22	26	23	26	2.00
63090981--63091146	46	3.6	46	76	8	158	27	17	27	27	1.98
63091073--63091194	46	2.6	46	84	7	140	27	18	29	25	1.98
63096225--63096256	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
63099063--63099112	26	2.0	24	88	7	73	64	6	0	30	1.18
63099083--63099141	21	2.8	21	78	12	59	69	8	0	22	1.15
63114024--63114054	4	7.8	4	92	0	53	22	0	0	77	0.77
63117505--63117598	43	2.2	43	92	0	152	22	31	25	20	1.98
63118446--63118593	42	3.5	42	89	5	228	30	29	17	22	1.97
63122814--63122852	19	2.1	19	90	4	62	48	2	2	46	1.29
63123552--63123761	41	5.1	41	86	4	239	21	21	23	32	1.98
63123785--63123810	12	2.2	12	100	0	52	46	30	15	7	1.74
63124774--63124803	5	6.0	5	92	0	51	56	0	0	43	0.99
63125013--63125056	21	2.1	21	100	0	88	34	18	25	22	1.96
63127539--63127563	13	1.9	13	100	0	50	12	0	40	48	1.40
63128988--63129028	21	1.9	22	90	5	66	17	0	36	46	1.48
63129115--63129206	41	2.4	39	87	7	125	17	21	25	35	1.95
63129150--63129271	61	1.9	63	90	6	194	12	20	27	39	1.88
63129123--63129311	102	1.8	105	90	5	314	15	21	26	35	1.94
63129215--63129353	41	3.4	40	88	2	179	18	20	23	37	1.94
63134671--63134695	12	2.1	12	100	0	50	16	0	0	84	0.63
63139417--63139536	47	2.6	46	78	16	131	27	19	29	24	1.98
63139516--63139636	46	2.7	43	80	12	109	29	13	27	29	1.94
63155266--63155328	30	2.2	29	83	11	76	31	4	22	41	1.74
63158093--63158118	13	2.0	13	100	0	52	46	7	15	30	1.74
63163314--63163657	48	7.2	48	86	2	413	28	16	27	27	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
63163314--63163643	96	3.4	96	87	0	464	28	16	27	27	1.97
63167001--63167061	15	4.1	15	81	10	72	9	14	14	60	1.58
63169511--63169935	48	8.9	47	85	3	458	31	18	25	25	1.98
63169511--63169935	191	2.2	191	86	2	575	31	18	25	25	1.98
63169511--63169940	96	4.5	96	82	2	508	30	18	25	25	1.98
63173743--63173967	40	5.6	40	84	6	294	26	29	21	22	1.99
63173769--63173967	83	2.4	83	89	4	298	26	30	21	22	1.99
63176031--63176199	46	3.5	46	83	9	182	23	30	17	27	1.97
63176031--63176254	48	4.7	48	80	8	217	24	30	17	27	1.97
63176075--63176254	94	1.9	94	82	6	222	24	30	18	26	1.98
63182366--63182739	96	3.9	95	75	10	293	24	29	18	27	1.98
63184335--63184535	108	1.8	110	86	4	291	33	17	24	23	1.97
63184784--63184837	27	2.0	27	96	0	99	53	0	20	25	1.45
63184775--63184847	27	2.8	26	82	15	98	52	0	20	27	1.47
63191046--63191144	28	3.5	28	87	4	119	28	13	26	32	1.93
63197403--63197611	53	3.8	53	79	8	233	35	16	25	22	1.94
63197410--63197611	108	1.8	111	87	5	304	35	16	25	22	1.95
63198472--63198643	93	1.8	93	96	0	317	27	29	21	20	1.98
63198465--63198640	46	3.8	46	79	12	216	28	29	21	20	1.98
63199777--63199802	11	2.4	11	100	0	52	34	23	7	34	1.83
63206014--63206185	93	1.8	93	93	2	301	28	29	20	20	1.98
63206007--63206182	46	3.8	47	79	12	202	29	29	20	20	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
63207824--63207876	24	2.2	24	93	0	88	28	18	9	43	1.81
63209387--63209485	27	3.7	27	83	5	112	40	18	11	30	1.85
63209387--63209493	54	2.0	54	81	7	128	38	19	11	30	1.87
63209482--63209718	27	8.8	27	88	0	215	28	23	8	39	1.83
63209485--63209718	80	2.9	80	81	3	256	28	23	8	39	1.83
63209482--63209718	107	2.2	108	82	0	278	28	23	8	39	1.83
63209489--63209718	54	4.3	54	83	3	257	29	22	8	40	1.83
63209455--63209718	134	2.0	135	82	0	323	29	23	8	38	1.84
63209711--63209889	27	6.7	26	75	10	101	41	20	8	29	1.82
63209734--63209982	27	9.1	27	75	8	166	39	17	10	32	1.84

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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