genome.fa.s13.2.7.7.80.10.50.1000.210.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr13 124041150 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  124041150

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
64130325--64130363	20	2.0	19	85	5	51	66	0	0	33	0.92
64130702--64130744	18	2.4	18	76	11	52	23	6	4	65	1.37
64144090--64144266	39	4.5	39	91	2	266	19	23	27	29	1.98
64154994--64155060	29	2.3	28	80	10	73	26	0	13	59	1.34
64157019--64157043	13	1.9	13	100	0	50	24	0	16	60	1.36
64157391--64157511	62	2.0	62	100	0	242	46	13	9	30	1.75
64162731--64162928	71	2.8	70	92	3	294	33	17	28	20	1.95
64162797--64162914	41	3.1	41	60	28	98	32	17	28	21	1.96
64162765--64162928	71	2.3	71	100	0	328	35	17	28	18	1.94
64164303--64164509	24	8.6	24	97	0	342	36	25	17	20	1.95
64164959--64164994	2	18.0	2	100	0	72	50	0	0	50	1.00
64173251--64173448	71	2.8	70	92	3	294	33	17	28	20	1.95
64173317--64173434	41	3.1	41	60	28	98	32	17	28	21	1.96
64173285--64173448	71	2.3	71	100	0	328	35	17	28	18	1.94
64175861--64175909	24	2.0	24	100	0	98	36	4	12	46	1.60
64179970--64180129	29	5.5	30	87	8	206	32	13	25	28	1.94
64180000--64180129	29	4.5	29	93	2	210	33	13	25	26	1.94
64181757--64181837	44	1.9	42	85	14	114	23	14	28	33	1.94
64191924--64191986	27	2.3	27	86	0	90	23	20	9	46	1.80
64199832--64199916	43	2.0	43	95	0	152	30	18	23	27	1.98
64225162--64225381	40	5.6	40	82	3	241	25	23	26	24	2.00
64225162--64225381	39	5.5	39	80	5	228	25	23	26	24	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
64225162--64225345	79	2.3	81	86	1	264	26	23	26	23	2.00
64231724--64231796	29	2.5	29	93	0	128	28	15	30	26	1.96
64231780--64231856	29	2.7	29	77	0	82	22	18	35	24	1.96
64231724--64231856	58	2.3	59	81	5	146	25	16	33	24	1.96
64233617--64233801	40	4.7	40	82	7	218	23	22	28	25	2.00
64233617--64233799	79	2.3	81	84	7	232	24	22	27	25	2.00
64233618--64233824	79	2.6	79	78	12	228	25	22	27	25	2.00
64241595--64241699	40	2.6	40	87	3	149	24	22	28	23	1.99
64241638--64241745	39	2.7	39	86	2	135	26	24	28	20	1.99
64248885--64249035	40	3.8	40	79	6	155	26	23	27	22	2.00
64248922--64249051	40	3.2	40	81	2	163	23	23	28	24	2.00
64256514--64256643	40	3.2	40	81	2	163	23	23	28	24	2.00
64258104--64258130	12	2.2	12	100	0	54	40	0	11	48	1.39
64264072--64264182	27	4.2	26	84	8	134	37	23	22	16	1.93
64264072--64264182	54	2.1	53	88	5	161	37	23	22	16	1.93
64270131--64270242	27	4.2	26	85	7	143	37	23	23	16	1.93
64270131--64270242	54	2.1	54	88	3	163	37	23	23	16	1.93
64271655--64271731	23	3.3	23	87	5	84	23	38	2	35	1.69
64271668--64271731	23	2.7	23	90	7	94	26	39	0	34	1.57
64277240--64277301	30	2.1	30	96	0	115	27	16	20	35	1.94
64281542--64281703	42	3.8	42	82	3	173	30	17	24	26	1.97
64283811--64284183	48	7.8	47	78	7	271	27	19	30	22	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
64283818--64284175	96	3.7	96	79	5	357	27	19	29	22	1.98
64283801--64284131	144	2.3	144	82	2	387	26	19	30	23	1.98
64287785--64287854	33	2.2	33	92	2	115	32	15	22	28	1.95
64297274--64297339	3	21.0	3	87	9	80	63	4	0	31	1.14
64297414--64297493	3	26.3	3	72	20	53	65	1	3	30	1.18
64297414--64297494	12	6.8	12	75	12	78	65	1	3	29	1.17
64297410--64297489	18	4.4	18	74	16	67	63	1	3	31	1.20
64297414--64297502	9	9.4	9	70	16	56	67	1	3	28	1.14
64297905--64297998	13	7.2	13	75	20	97	14	0	46	38	1.45
64297930--64297989	31	1.9	31	96	0	111	15	0	48	36	1.45
64297914--64297998	22	3.9	22	76	6	100	15	0	47	37	1.46
64297940--64297989	9	5.1	9	77	17	55	14	0	50	36	1.43
64298262--64298840	132	4.4	131	85	4	711	26	25	18	30	1.98
64298315--64298846	220	2.4	219	83	4	626	25	24	19	30	1.98
64298255--64298844	44	13.4	44	75	7	486	25	25	18	30	1.98
64298856--64299333	204	2.3	205	90	0	751	30	21	17	30	1.96
64302260--64302329	27	2.6	27	95	2	122	30	27	14	28	1.95
64306092--64306259	40	4.2	40	82	1	185	24	26	22	26	2.00
64313482--64313551	27	2.6	27	95	2	122	30	27	14	28	1.95
64316994--64317669	48	14.1	47	79	11	333	35	7	25	31	1.83
64317063--64317670	48	12.7	48	91	0	955	36	6	25	31	1.82
64317718--64317859	37	3.8	37	93	0	239	24	18	33	23	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
64322680--64322726	19	2.5	20	89	6	71	42	8	21	27	1.81
64325311--64325355	12	3.8	12	84	0	54	57	2	0	40	1.11
64325457--64325659	3	65.3	3	69	19	66	61	3	6	28	1.38
64325591--64325667	18	4.2	18	79	12	77	67	1	3	27	1.16
64325591--64325677	38	2.4	38	80	12	94	70	1	3	25	1.10
64325652--64325677	8	3.2	8	100	0	52	88	0	0	11	0.52
64326073--64326148	13	5.5	13	82	14	98	15	0	44	39	1.47
64326062--64326150	31	3.1	30	78	15	114	15	0	47	37	1.46
64327162--64327230	33	2.1	33	94	0	120	18	20	23	37	1.94
64332496--64332581	43	2.0	43	97	0	163	30	8	23	38	1.84
64346703--64346911	40	5.2	40	86	3	296	25	24	28	21	1.99
64350105--64350211	40	2.7	39	86	1	133	21	29	25	23	1.99
64350065--64350211	79	1.9	79	81	5	181	23	30	24	21	1.99
64350074--64350217	39	3.7	40	82	1	139	23	28	23	24	2.00
64353795--64353943	80	1.9	80	81	2	183	22	30	24	22	1.99
64353836--64353943	40	2.7	38	85	8	128	21	29	25	23	1.99
64355991--64356082	24	3.7	24	78	12	87	39	16	21	22	1.92
64355985--64356097	52	2.2	50	81	6	136	36	14	23	25	1.93
64356125--64356272	51	2.9	50	86	4	208	32	13	23	30	1.93
64359056--64359095	17	2.3	18	95	4	73	35	5	17	42	1.71
64362370--64362588	48	4.6	48	77	10	196	28	16	30	25	1.97
64362409--64362642	96	2.4	96	81	4	274	27	16	29	26	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
64362462--64362636	48	3.6	48	86	4	219	26	16	29	27	1.97
64372979--64373129	40	3.8	40	77	11	141	26	24	27	21	2.00
64373016--64373145	40	3.2	40	79	2	154	23	23	28	23	2.00
64372978--64373145	80	2.1	80	82	6	207	26	23	27	22	2.00
64380997--64381148	40	3.8	40	82	3	180	27	23	26	22	1.99
64380999--64381163	80	2.1	80	85	4	217	26	23	26	23	2.00
64385187--64385215	15	1.9	15	100	0	58	10	41	20	27	1.85
64387782--64387842	28	2.4	25	80	17	79	36	18	21	24	1.95
64387791--64387850	28	2.1	28	93	0	102	36	15	21	26	1.93
64387878--64388128	51	4.9	51	95	0	441	31	14	25	29	1.95
64388815--64388851	15	2.3	17	90	9	60	45	18	2	32	1.64
64390304--64390453	43	3.5	42	76	10	151	30	24	16	28	1.97
64400656--64400757	29	3.5	29	95	0	186	38	14	23	23	1.92
64402851--64403001	40	3.8	40	77	13	134	27	23	26	22	2.00
64402888--64403017	40	3.2	40	77	4	138	24	23	27	23	2.00
64410799--64410946	40	3.8	38	77	12	149	26	23	27	22	1.99
64410798--64410962	78	2.1	78	82	7	201	26	23	27	23	2.00
64419851--64420028	40	4.5	40	81	6	157	25	27	21	25	1.99
64419851--64420028	80	2.2	80	81	3	198	25	27	21	25	1.99
64422750--64422835	27	3.1	27	75	17	86	33	9	17	39	1.82
64422837--64422936	27	3.7	27	77	4	121	29	9	21	41	1.83
64422956--64423059	27	3.9	25	74	17	93	40	11	21	26	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
64422968--64423059	27	3.4	27	83	8	125	41	9	22	26	1.85
64424926--64425075	67	2.2	67	81	8	171	32	17	28	21	1.96
64424950--64425133	67	2.8	64	77	8	194	29	17	29	22	1.97
64426219--64426243	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
64428190--64428414	27	8.3	27	88	2	272	29	16	13	41	1.86
64428190--64428418	81	2.8	81	87	1	307	29	15	13	41	1.86
64429882--64429915	18	1.9	17	88	5	50	44	0	11	44	1.40
64434692--64434906	40	5.5	40	90	3	314	24	22	27	25	2.00
64442733--64442949	40	5.5	40	89	3	316	24	23	27	24	2.00
64442729--64442949	79	2.8	80	88	4	324	25	23	26	24	2.00

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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