genome.fa.s13.2.7.7.80.10.50.1000.290.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr13 124041150 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  124041150

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
89309974--89310010	18	2.1	19	85	10	51	27	16	10	45	1.80
89312817--89312952	48	2.8	48	80	0	164	28	22	22	26	1.99
89315461--89315533	29	2.6	29	84	6	96	27	30	16	26	1.97
89323153--89323225	29	2.6	29	84	6	96	27	30	16	26	1.97
89336472--89336506	12	2.8	13	91	4	54	17	0	0	82	0.66
89336472--89336506	18	2.0	18	94	5	63	17	0	0	82	0.66
89338092--89338128	6	6.5	6	87	6	51	18	0	0	81	0.70
89338092--89338141	16	3.1	16	86	11	66	18	0	4	78	0.91
89338092--89338141	22	2.3	22	82	6	66	18	0	4	78	0.91
89340001--89340058	30	1.9	30	89	6	91	17	29	32	20	1.95
89340509--89340542	16	2.1	16	100	0	68	35	8	17	38	1.81
89343614--89343809	27	7.3	27	89	0	275	33	18	22	26	1.97
89344013--89344082	25	2.8	25	91	0	113	24	25	24	25	2.00
89352728--89352829	27	3.8	27	84	2	80	33	25	6	34	1.83
89352728--89352854	54	2.4	53	78	11	132	31	24	8	35	1.86
89352753--89352844	27	3.4	27	88	5	132	29	25	6	39	1.81
89352876--89352998	27	4.6	27	78	6	115	43	20	7	29	1.79
89352876--89352998	54	2.3	54	80	4	131	43	20	7	29	1.79
89352977--89353062	27	3.1	27	75	17	86	38	16	10	34	1.83
89353107--89353193	26	3.3	27	78	13	85	34	18	22	24	1.96
89353988--89354057	25	2.8	25	91	0	104	27	24	22	25	2.00
89354013--89354084	25	3.0	24	80	13	76	29	22	22	26	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
89354277--89354359	31	2.7	31	92	3	134	28	16	26	27	1.97
89356685--89356776	27	3.4	27	88	5	141	29	25	6	39	1.81
89356668--89356786	54	2.2	53	80	11	143	32	21	8	36	1.84
89358229--89358264	18	2.0	18	100	0	72	38	27	0	33	1.57
89358402--89358499	41	2.4	41	98	0	187	26	28	23	21	1.99
89365424--89365507	41	2.0	41	84	4	107	25	28	13	33	1.93
89369404--89369434	11	2.8	11	100	0	62	19	9	25	45	1.81
89376234--89376267	2	17.0	2	100	0	68	50	0	0	50	1.00
89378478--89378705	48	4.8	49	74	15	210	25	20	25	28	1.99
89380724--89380874	40	3.8	40	76	7	139	27	23	26	22	1.99
89380761--89380890	40	3.2	40	77	4	138	24	23	27	23	2.00
89382754--89382865	37	3.0	37	86	3	154	27	31	18	22	1.97
89383014--89383198	48	3.8	48	89	4	291	30	27	6	35	1.82
89383014--89383197	98	1.9	97	91	4	300	30	27	6	35	1.82
89383168--89383361	47	4.1	47	88	0	271	26	29	10	33	1.90
89383121--89383361	94	2.6	94	82	4	272	27	29	9	33	1.89
89383261--89383332	22	3.1	22	64	24	58	23	29	13	33	1.93
89398733--89398832	27	3.7	27	83	0	119	29	23	13	35	1.92
89400566--89400667	29	3.6	28	81	6	116	21	16	32	29	1.95
89405846--89405912	34	2.0	34	82	5	82	40	0	23	35	1.55
89408616--89408683	26	2.7	26	77	6	68	14	22	23	39	1.91
89408652--89408792	73	1.9	73	82	2	176	19	24	22	34	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
89408642--89408804	73	2.2	73	76	7	168	18	23	21	36	1.95
89430554--89430603	22	2.4	21	81	15	59	56	4	2	38	1.30
89436223--89436293	32	2.2	32	97	0	133	49	8	14	28	1.72
89453179--89453213	5	6.6	5	93	6	52	82	0	0	17	0.66
89453178--89453213	11	3.3	11	85	14	56	83	0	0	16	0.65
89457548--89457622	34	2.2	34	97	0	141	25	17	16	41	1.89
89457940--89457969	11	2.8	11	95	5	53	83	0	0	16	0.65
89458881--89458910	14	2.1	15	93	6	53	30	0	0	70	0.88
89466572--89466623	22	2.3	22	87	9	70	61	0	0	38	0.96
89468443--89468545	40	2.6	40	84	6	120	28	21	19	31	1.97
89468474--89468580	40	2.6	41	89	2	153	25	22	16	35	1.95
89469075--89469101	14	1.9	14	100	0	54	22	0	33	44	1.53
89469143--89469180	15	2.6	14	84	8	58	23	0	28	47	1.52
89469138--89469208	7	10.0	7	75	3	52	21	0	32	46	1.51
89469172--89469211	21	1.9	21	89	0	62	12	0	42	45	1.42
89469354--89469400	14	3.4	14	81	0	58	21	2	34	42	1.65
89469367--89469407	21	1.9	22	85	5	57	24	0	34	41	1.55
89471164--89471189	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
89472537--89472644	26	4.2	26	91	4	173	32	5	22	39	1.77
89479598--89479702	26	4.2	26	86	7	162	33	6	22	37	1.81
89479598--89479702	49	2.1	52	91	5	171	33	6	22	37	1.81
89484240--89484273	16	2.1	16	89	10	52	11	8	8	70	1.34
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
89484420--89484506	43	2.0	43	84	0	111	27	17	28	26	1.97
89484771--89484820	24	2.0	25	92	3	84	40	26	8	26	1.83
89486097--89486153	29	2.0	29	96	0	105	38	5	10	45	1.61
89488569--89488596	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
89489724--89489852	44	2.8	45	82	4	152	34	13	24	27	1.93
89497114--89497242	44	2.8	45	82	4	152	34	13	24	27	1.93
89506580--89506624	22	2.0	22	86	4	63	35	17	6	40	1.76
89506603--89506728	19	6.9	19	86	10	192	34	15	11	38	1.84
89506603--89506728	35	3.5	36	88	7	184	34	15	11	38	1.84
89506603--89506728	54	2.3	54	95	0	234	34	15	11	38	1.84
89506635--89506726	17	5.5	15	86	11	78	34	15	11	38	1.84
89507033--89507523	261	1.9	256	86	5	702	26	22	17	33	1.96
89507355--89508058	205	3.5	205	93	0	1193	29	21	17	31	1.96
89508036--89508143	44	2.4	44	87	3	153	25	27	16	29	1.97
89508074--89508397	44	7.4	43	74	9	185	27	24	17	30	1.97
89508118--89508397	132	2.1	131	92	0	461	27	24	17	30	1.98
89508226--89508389	87	1.9	87	84	5	224	26	25	17	31	1.97
89509295--89509354	16	3.7	16	80	14	70	5	10	0	85	0.75
89509295--89509365	16	4.4	16	78	19	67	4	11	0	84	0.75
89514944--89515056	19	5.7	21	81	11	80	39	16	7	35	1.78
89514944--89515001	22	2.6	22	81	7	64	41	17	5	36	1.72
89514980--89515088	19	5.9	19	91	8	190	36	15	11	36	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
89514980--89515088	37	3.0	37	95	4	195	36	15	11	36	1.83
89514983--89515097	54	2.1	55	88	6	164	38	13	12	35	1.83
89518199--89518226	14	2.0	14	100	0	56	14	0	0	85	0.59
89518640--89518680	12	3.3	13	83	6	50	9	17	2	70	1.25
89518836--89518882	15	2.8	17	84	15	71	12	19	19	48	1.80
89519147--89519185	17	2.2	18	86	4	53	48	12	2	35	1.55
89520609--89520664	25	2.3	25	84	9	71	37	0	1	60	1.07
89527433--89527592	29	5.5	29	86	6	207	28	25	13	33	1.93
89527433--89527592	30	5.5	30	86	8	213	28	25	13	33	1.93
89527433--89527592	59	2.8	57	87	4	214	28	25	13	33	1.93
89535238--89535397	29	5.5	30	88	8	222	27	25	13	33	1.94
89535238--89535397	59	2.8	57	89	4	223	27	25	13	33	1.94
89537213--89537248	13	2.8	13	82	0	54	52	2	16	27	1.57
89541214--89541486	46	5.9	46	92	0	411	39	14	23	22	1.90
89542191--89542223	12	2.8	12	86	13	50	78	0	21	0	0.75
89542195--89542223	13	2.3	13	94	5	51	79	0	20	0	0.74
89543164--89543189	6	4.3	6	100	0	52	15	15	15	53	1.73
89543120--89543249	57	2.2	60	83	4	158	18	20	18	43	1.89
89543384--89543435	18	2.9	18	82	0	59	40	13	15	30	1.86
89543410--89543465	18	3.1	18	82	5	60	39	12	14	33	1.83
89553092--89553190	42	2.4	42	82	3	110	13	21	18	47	1.82
89553093--89553209	21	5.6	21	70	7	71	13	21	18	46	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
89553093--89553206	42	2.7	42	78	6	108	14	21	18	46	1.83
89553876--89553946	35	2.0	35	100	0	142	26	2	30	39	1.71
89561239--89561281	21	2.0	21	82	8	52	39	9	4	46	1.57
89563713--89563797	41	2.0	42	88	2	127	23	34	24	17	1.96
89563729--89563797	21	3.3	21	73	2	68	23	34	24	17	1.96
89564365--89564393	12	2.5	12	94	5	51	89	0	10	0	0.48
89564365--89564393	13	2.3	13	94	5	51	89	0	10	0	0.48
89578345--89578398	20	2.7	20	91	0	90	18	33	31	16	1.93
89583164--89583210	23	2.0	23	95	0	85	53	19	8	19	1.70
89591745--89591769	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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