genome.fa.s13.2.7.7.80.10.50.1000.96.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr13 124041150 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  124041150

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  96  of  410  ( 49152 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28176771--28176912	40	3.5	40	83	1	124	27	23	26	22	1.99
28176810--28176938	40	3.2	39	84	6	152	24	22	27	25	2.00
28190496--28190603	26	4.2	26	91	0	180	33	7	23	36	1.83
28194027--28194211	40	4.6	40	84	3	246	24	24	27	22	2.00
28196068--28196197	40	3.2	40	83	4	165	23	29	25	22	1.99
28205403--28205623	40	5.6	41	80	9	246	25	23	26	23	2.00
28212548--28212665	41	3.1	41	60	28	98	32	17	28	21	1.96
28212516--28212684	71	2.4	71	98	0	329	36	17	27	18	1.93
28214932--28215039	26	4.2	26	93	0	189	32	7	24	36	1.83
28219330--28219505	46	3.8	46	78	12	198	20	19	29	30	1.97
28219326--28219498	93	1.9	93	93	0	301	20	20	30	28	1.98
28221485--28221517	15	2.2	15	100	0	66	27	36	24	12	1.91
28222247--28222316	36	1.9	36	83	11	90	34	14	24	27	1.94
28228500--28228536	18	2.1	18	100	0	74	27	10	5	56	1.55
28235174--28235383	40	5.2	40	87	2	305	25	24	28	21	1.99
28243309--28243518	40	5.2	40	87	2	305	25	24	28	21	1.99
28245271--28245296	12	2.2	12	100	0	52	11	30	23	34	1.90
28255591--28255756	40	4.2	39	80	6	174	23	27	22	26	2.00
28259002--28259046	13	3.4	13	84	6	63	15	11	4	68	1.34
28259003--28259040	14	2.8	13	88	7	58	15	13	5	65	1.43
28258943--28259310	100	3.8	97	82	10	409	26	16	19	38	1.92
28259216--28259826	148	4.1	147	88	2	773	31	16	18	33	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28259216--28259826	73	8.3	75	85	3	785	31	16	18	33	1.94
28259897--28259929	14	2.4	14	94	0	57	18	12	6	63	1.48
28259732--28260311	92	6.5	88	77	10	409	28	15	17	38	1.91
28260115--28260341	87	2.6	86	79	6	217	29	14	20	35	1.93
28261533--28261586	18	3.3	18	66	28	57	24	50	7	18	1.72
28261523--28261621	30	3.3	30	95	0	180	26	50	6	17	1.69
28262106--28262237	25	5.5	24	72	12	74	34	6	3	56	1.42
28262120--28262244	25	5.1	26	71	12	93	35	5	4	55	1.42
28262263--28262325	25	2.5	24	84	7	72	30	4	6	58	1.43
28262386--28262441	25	2.3	24	79	14	62	37	16	3	42	1.65
28263299--28263402	39	2.7	39	81	0	127	32	4	21	41	1.74
28263299--28263443	78	1.9	78	80	2	175	31	4	20	44	1.70
28266116--28266179	7	8.9	7	77	17	51	9	3	3	84	0.84
28266117--28266180	14	4.5	13	80	16	65	9	3	3	84	0.84
28266116--28266180	16	3.7	17	72	18	53	9	3	3	84	0.83
28267499--28267526	3	9.3	3	100	0	56	32	0	0	67	0.91
28268278--28268434	73	2.1	74	97	1	298	35	3	10	49	1.56
28272387--28272450	29	2.2	29	91	0	101	62	7	3	26	1.38
28274784--28274811	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
28277419--28277444	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
28288082--28288165	28	3.2	28	65	25	83	23	16	29	29	1.96
28288034--28288267	49	4.7	49	83	2	279	25	17	27	29	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28288032--28288266	99	2.4	100	86	2	321	25	18	27	29	1.98
28295443--28295606	40	4.1	40	88	1	213	26	29	21	22	1.99
28303306--28303469	40	4.1	40	87	1	204	27	29	20	22	1.99
28303663--28303717	27	2.0	27	100	0	110	43	14	7	34	1.73
28305255--28305334	37	2.2	36	86	2	106	20	22	32	25	1.98
28307577--28307883	40	7.7	40	85	3	356	21	24	29	24	1.99
28307577--28307888	80	3.9	80	88	4	402	21	24	30	24	1.99
28307616--28307892	120	2.3	119	87	2	394	20	23	30	24	1.99
28314844--28314904	30	2.0	30	96	0	113	36	22	8	32	1.84
28316640--28316755	27	4.2	28	82	7	114	35	21	25	18	1.95
28316640--28316755	55	2.1	56	82	10	141	35	21	25	18	1.95
28316666--28316755	28	3.2	26	85	7	108	32	23	25	18	1.97
28316861--28316925	28	2.3	28	89	5	96	29	6	32	32	1.82
28324455--28324544	28	3.2	27	85	7	119	32	23	25	18	1.97
28324653--28324714	28	2.2	28	88	5	90	29	6	30	33	1.83
28332766--28332934	40	4.2	40	80	4	173	23	26	21	28	1.99
28333760--28333805	17	2.5	19	74	22	53	34	23	17	23	1.96
28342197--28342404	40	5.2	39	84	1	218	25	26	22	25	2.00
28342197--28342403	80	2.6	80	83	1	245	25	26	22	25	2.00
28349486--28349693	40	5.2	39	84	1	218	25	26	22	25	2.00
28349486--28349692	80	2.6	80	83	1	245	25	26	22	25	2.00
28354034--28354093	28	2.2	26	77	11	66	26	26	11	35	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28354048--28354119	28	2.6	28	90	0	108	27	27	13	30	1.94
28363667--28363954	47	6.1	47	92	0	459	33	11	28	26	1.91
28363692--28363767	22	3.3	22	65	28	59	30	13	31	25	1.93
28363714--28363788	23	3.2	23	66	23	66	29	10	32	28	1.90
28363924--28364058	48	2.8	48	95	0	234	33	6	28	31	1.83
28364205--28364313	37	2.9	37	91	0	173	23	18	30	27	1.98
28366281--28366403	58	2.1	58	81	1	140	34	18	15	30	1.92
28382599--28382710	27	4.1	27	84	7	138	15	24	23	37	1.93
28382599--28382710	54	2.1	54	88	3	163	15	24	23	37	1.93
28388442--28388626	27	6.9	27	85	3	221	29	22	8	39	1.83
28388444--28388626	54	3.4	54	87	2	253	29	22	7	39	1.82
28388430--28388626	81	2.4	81	86	0	279	28	23	8	39	1.83
28388658--28388808	27	5.6	27	79	6	155	41	21	8	28	1.83
28388658--28388807	81	1.9	81	87	2	221	41	21	8	28	1.82
28388658--28388809	54	2.8	55	78	5	177	40	21	8	28	1.83
28388710--28388871	27	5.9	27	72	9	87	39	18	10	31	1.85
28388912--28388989	27	2.9	26	75	11	77	38	21	19	20	1.94
28389793--28389861	25	2.8	24	89	6	95	24	27	23	24	2.00
28389793--28389888	25	4.0	23	84	9	86	27	25	22	25	2.00
28390009--28390142	42	3.2	42	92	0	232	32	14	19	33	1.92
28390166--28390267	31	3.3	31	88	2	143	30	17	22	29	1.97
28398061--28398237	27	6.6	27	86	0	228	27	11	18	42	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28398061--28398237	81	2.2	81	87	0	282	27	11	18	42	1.85
28400375--28400455	28	2.9	28	77	1	81	27	17	30	24	1.97
28400754--28401065	27	11.6	27	80	6	330	39	18	8	32	1.82
28400754--28401067	81	3.9	81	83	2	400	39	18	8	33	1.82
28401046--28401106	27	2.3	27	88	2	88	37	9	18	34	1.83
28404694--28404927	27	8.7	27	85	0	297	25	15	17	41	1.88
28404693--28404927	81	2.9	81	92	0	380	25	15	17	41	1.88
28407203--28407276	37	2.0	37	100	0	148	27	27	21	24	1.99
28419833--28419950	41	3.1	41	60	28	98	32	17	28	21	1.96
28419801--28419964	71	2.3	71	100	0	328	35	17	28	18	1.94
28424132--28424353	39	5.8	39	83	7	240	24	21	28	25	1.99
28424145--28424353	112	1.8	113	83	4	278	25	20	28	25	1.99
28424282--28424385	39	2.7	40	80	8	108	30	23	25	21	1.99
28432335--28432463	40	3.3	38	76	6	132	24	27	24	24	2.00
28432350--28432500	40	3.8	40	78	6	146	22	26	23	27	2.00
28432350--28432498	80	1.9	79	83	6	194	22	26	24	26	2.00
28440316--28440446	40	3.3	40	84	2	174	26	26	22	24	2.00
28444850--28444939	31	2.8	32	75	12	105	70	3	13	13	1.30
28444898--28444927	13	2.3	13	94	0	51	73	3	13	10	1.21
28445982--28446013	12	2.7	12	95	0	55	43	12	18	25	1.85
28450662--28450753	28	3.3	28	98	0	175	20	21	31	26	1.98
28450817--28450889	27	2.7	27	76	0	83	41	28	4	26	1.74
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28450881--28451104	27	8.3	27	85	0	295	37	19	18	24	1.94
28450881--28451121	81	3.0	81	83	2	331	36	19	19	24	1.94
28450873--28451121	54	4.6	54	88	3	331	37	19	18	24	1.94
28453891--28453948	30	1.9	31	86	10	84	55	12	18	13	1.69
28462069--28462398	48	6.8	48	78	4	333	27	18	27	25	1.98
28462065--28462343	96	2.9	96	92	2	445	27	17	27	27	1.98
28465754--28465849	44	2.2	44	92	1	158	20	16	29	33	1.95
28470616--28470823	40	5.2	39	84	1	218	25	25	22	25	2.00
28470616--28470821	80	2.6	81	84	3	247	25	26	22	25	2.00
28478686--28478893	40	5.2	39	84	1	218	25	25	22	25	2.00

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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