genome.fa.s13.2.7.7.80.10.50.1000.278.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr13 124041150 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  124041150

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
86019127--86019316	40	4.8	40	78	8	176	23	28	23	24	2.00
86019136--86019316	78	2.3	79	82	5	206	23	27	24	24	2.00
86032946--86033000	27	2.0	27	100	0	110	38	7	18	36	1.78
86035434--86035538	27	3.9	27	81	9	117	35	20	23	20	1.96
86037137--86037192	26	2.2	26	93	0	94	39	25	5	30	1.78
86037962--86037999	19	2.0	19	94	0	67	34	10	23	31	1.89
86038268--86038305	2	19.0	2	100	0	76	50	0	0	50	1.00
86039149--86039190	8	5.5	8	80	8	52	9	4	0	85	0.72
86044015--86044071	28	2.0	28	100	0	114	14	17	14	54	1.71
86044657--86044698	3	14.0	3	100	0	84	33	0	0	66	0.92
86045738--86045798	10	6.6	9	83	14	56	65	3	1	29	1.18
86049982--86050025	19	2.3	18	77	11	52	20	2	4	72	1.13
86050642--86050686	17	2.6	17	82	0	54	44	0	11	44	1.39
86050672--86050706	9	3.9	9	88	0	52	45	0	2	51	1.16
86051807--86051831	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
86052566--86052766	100	2.0	100	83	1	251	41	16	10	31	1.83
86052566--86052757	50	3.9	49	75	2	170	42	16	9	31	1.81
86059662--86059688	2	13.5	2	100	0	54	51	0	0	48	1.00
86060433--86060626	100	1.9	100	83	2	246	39	18	11	29	1.87
86060433--86060626	50	3.9	49	76	5	183	39	18	11	29	1.87
86063916--86063948	16	2.0	17	88	5	50	45	39	6	9	1.61
86065438--86065550	29	4.0	28	82	6	120	28	14	28	29	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
86069067--86069145	41	1.9	41	94	0	140	24	15	18	41	1.89
86069475--86069619	67	2.2	67	81	2	166	17	32	23	26	1.96
86070454--86070650	41	4.8	41	75	3	173	35	15	26	22	1.94
86072814--86072882	22	3.0	23	76	4	77	14	18	21	44	1.85
86076045--86076100	28	2.0	28	96	0	103	26	17	16	39	1.91
86079812--86079842	9	3.4	9	90	0	53	25	9	25	38	1.86
86079894--86079930	9	4.1	9	85	0	56	43	13	13	29	1.82
86080845--86080870	5	5.2	5	100	0	52	23	19	19	38	1.93
86080960--86080991	5	6.4	5	100	0	64	18	18	18	43	1.88
86084359--86084414	28	2.0	28	92	0	94	57	0	14	28	1.38
86085889--86086007	60	2.0	60	96	0	220	22	27	19	30	1.98
86087192--86087698	75	6.7	75	75	4	376	25	18	14	41	1.89
86087270--86087527	39	6.8	39	68	15	148	25	19	14	40	1.89
86087341--86087701	39	9.5	38	70	14	145	25	19	14	40	1.90
86087192--86087688	150	3.3	149	82	5	480	25	18	14	41	1.89
86087755--86087837	23	3.5	23	70	14	62	33	19	12	34	1.88
86087754--86087855	47	2.2	46	82	8	118	35	19	10	34	1.87
86090968--86091091	7	17.4	7	83	3	131	46	33	1	17	1.58
86090968--86091095	50	2.5	51	84	2	170	46	34	1	17	1.57
86090968--86091091	36	3.5	35	80	5	151	46	33	1	17	1.58
86097623--86097661	10	3.8	10	83	16	53	53	20	5	20	1.64
86097609--86097868	137	1.9	137	95	0	475	38	21	8	30	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
86098464--86098530	28	2.6	25	79	13	73	31	22	0	46	1.52
86099695--86099725	14	2.3	13	94	5	53	3	22	0	74	0.96
86099828--86099856	2	15.0	2	92	7	51	51	0	0	48	1.00
86104263--86104328	34	1.9	34	96	0	123	46	16	15	21	1.83
86104292--86104425	69	1.9	69	83	0	169	37	14	20	26	1.92
86107756--86107865	26	4.2	26	91	3	186	37	25	4	32	1.76
86113593--86113701	26	4.2	26	94	2	193	36	25	4	33	1.77
86113593--86113701	51	2.1	52	94	1	193	36	25	4	33	1.77
86117155--86117379	40	5.7	41	90	5	297	25	26	21	26	1.99
86125257--86125481	40	5.6	40	94	2	355	25	25	20	28	1.99
86125229--86125488	40	6.5	40	91	4	352	26	25	21	27	1.99
86130103--86130203	21	4.9	21	95	1	161	24	28	35	10	1.89
86130103--86130203	41	2.5	42	91	3	161	24	28	35	10	1.89
86131361--86131697	47	7.2	46	69	16	142	21	29	18	29	1.97
86131395--86131695	47	6.4	45	73	14	236	22	29	18	29	1.98
86131395--86131700	94	3.3	94	88	5	408	22	29	18	29	1.98
86131395--86131649	140	1.8	141	82	6	329	22	30	18	29	1.97
86137380--86137431	25	2.1	25	85	0	68	38	15	9	36	1.80
86142546--86142736	43	4.5	43	83	0	213	37	16	15	29	1.90
86143686--86143726	16	2.7	15	81	7	55	39	17	7	36	1.77
86145197--86145387	43	4.5	43	83	0	213	37	16	15	29	1.90
86146337--86146377	16	2.7	15	81	7	55	39	17	7	36	1.77
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
86147947--86148060	27	4.2	27	77	5	97	37	20	21	21	1.94
86148002--86148055	28	1.9	28	96	0	99	35	22	20	22	1.96
86147945--86148060	54	2.2	53	79	6	126	37	21	20	20	1.95
86148189--86148248	27	2.2	27	82	8	68	28	5	21	45	1.73
86148468--86148507	8	5.0	8	90	0	62	2	27	25	45	1.66
86149414--86149466	28	1.9	28	88	3	81	33	28	13	24	1.93
86152538--86152587	20	2.5	20	100	0	100	26	16	14	44	1.85
86155664--86155702	2	19.5	2	100	0	78	48	0	0	51	1.00
86162667--86162924	40	6.5	40	90	2	360	25	27	23	22	1.99
86165381--86165479	48	2.1	48	96	3	182	27	13	29	30	1.94
86167141--86167184	22	2.0	22	82	8	54	54	13	6	25	1.63
86167263--86167315	24	2.2	24	86	0	70	54	9	3	32	1.50
86169217--86169269	24	2.2	24	86	0	70	54	9	3	32	1.50
86169689--86169718	15	2.0	15	100	0	60	20	20	13	46	1.83
86179229--86179288	25	2.4	25	91	0	102	28	16	26	28	1.97
86180164--86180203	21	1.9	21	90	10	64	25	10	2	62	1.39
86182497--86182555	30	1.9	31	86	10	86	47	5	20	27	1.71
86182804--86182830	14	1.9	14	100	0	54	29	3	0	66	1.09
86183372--86183415	23	2.0	22	82	13	54	52	2	11	34	1.50
86185824--86185950	40	3.2	40	79	2	139	24	24	28	22	2.00
86195922--86196013	42	2.2	42	92	0	148	34	21	14	29	1.93
86196166--86196230	25	2.6	25	87	4	87	23	24	27	24	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
86197025--86197088	27	2.4	27	81	5	76	21	25	17	35	1.95
86197142--86197250	27	3.9	27	73	15	87	33	7	17	41	1.77
86197206--86197302	27	3.6	26	79	8	97	25	7	22	44	1.78
86197334--86197584	81	3.1	81	90	1	389	39	8	22	29	1.83
86197334--86197584	27	9.3	27	88	2	344	39	8	22	29	1.83
86198616--86198867	46	5.5	46	87	1	326	41	15	22	20	1.89
86198616--86198867	93	2.7	91	84	3	308	41	15	22	20	1.89
86198950--86199019	26	2.7	24	78	10	68	38	2	21	37	1.68
86201157--86201204	18	2.7	18	76	0	51	56	0	16	27	1.41
86201748--86201774	14	1.9	14	100	0	54	22	0	0	77	0.76
86202971--86203086	51	2.3	51	95	0	205	40	11	22	25	1.87
86204011--86204083	21	3.3	21	67	14	65	36	10	24	27	1.89
86203986--86204062	25	3.2	25	64	14	63	40	12	22	24	1.89
86203928--86204259	46	7.2	47	89	2	383	42	13	22	21	1.88
86206945--86206987	19	2.2	20	80	12	54	44	0	0	55	0.99
86206959--86207000	19	2.3	18	84	15	52	42	0	0	57	0.99
86207371--86207396	9	2.9	9	100	0	52	34	0	7	57	1.27
86208233--86208266	2	17.0	2	100	0	68	0	0	50	50	1.00
86208745--86208778	6	5.5	6	89	6	50	23	17	11	47	1.81
86208806--86208852	6	8.2	6	80	4	53	19	17	14	48	1.81
86208977--86209027	19	2.8	19	79	8	70	33	7	9	49	1.65
86209263--86209289	2	13.5	2	100	0	54	51	0	0	48	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
86211135--86211168	17	2.0	17	88	0	50	50	8	5	35	1.58
86211141--86211176	17	2.1	17	94	0	63	47	8	5	38	1.57
86211579--86211624	18	2.3	21	85	10	62	28	6	0	65	1.17
86212316--86212348	7	4.7	7	92	7	50	60	9	3	27	1.42
86212354--86212381	8	3.5	8	100	0	56	53	0	0	46	1.00
86213063--86213099	11	3.0	13	76	15	51	21	0	8	70	1.13
86213518--86213553	17	2.1	18	94	5	65	30	0	0	69	0.89
86219905--86219980	27	2.9	25	79	9	71	39	7	15	36	1.77
86221747--86221780	17	1.9	17	88	5	50	38	5	11	44	1.65
86222236--86222340	42	2.5	42	76	6	113	32	20	17	29	1.96

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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