genome.fa.s13.2.7.7.80.10.50.1000.97.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr13 124041150 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  124041150

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  97  of  410  ( 49152 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28478686--28478891	80	2.6	81	84	3	247	25	26	22	25	2.00
28484023--28484081	28	2.1	29	83	3	75	42	3	23	30	1.71
28485370--28485410	19	2.1	20	86	4	57	34	2	26	36	1.70
28489556--28489709	40	3.8	40	80	1	157	26	21	26	25	1.99
28497718--28497871	40	3.8	40	80	1	157	26	21	26	25	1.99
28514197--28514223	13	2.1	13	100	0	54	29	25	0	44	1.54
28516549--28517182	47	13.3	47	92	2	989	28	29	8	32	1.88
28516549--28517182	192	3.3	192	93	1	1037	28	29	8	32	1.88
28516553--28517182	239	2.6	238	93	1	1064	28	30	9	32	1.88
28521022--28521292	40	6.8	40	92	0	427	25	27	21	26	1.99
28523420--28523512	47	2.0	47	86	0	132	25	33	9	31	1.88
28523514--28523612	50	2.0	50	100	0	198	34	16	9	40	1.80
28525389--28525418	15	2.0	15	100	0	60	26	26	0	46	1.53
28535980--28536177	40	4.9	40	90	4	278	28	19	25	26	1.99
28535980--28536212	80	2.9	80	85	7	244	28	19	25	26	1.99
28535980--28536212	120	1.9	120	80	10	271	28	19	25	26	1.99
28543784--28544009	40	5.7	40	86	4	237	25	25	21	28	1.99
28543812--28544009	80	2.5	80	87	8	303	24	25	21	28	1.99
28548549--28548773	124	1.8	124	85	1	317	30	9	24	35	1.88
28548768--28548897	40	3.2	40	83	4	165	22	25	29	23	1.99
28553725--28553751	2	13.5	2	100	0	54	48	0	0	51	1.00
28559812--28559842	2	15.5	2	100	0	62	48	0	0	51	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28578622--28578722	27	3.8	26	83	8	107	35	14	6	42	1.73
28581800--28581839	21	1.9	21	89	0	62	32	10	22	35	1.87
28582344--28582435	28	3.2	28	90	1	139	29	11	32	26	1.92
28583667--28583703	18	2.1	19	90	10	60	48	10	13	27	1.75
28585296--28585343	15	3.2	15	84	0	69	20	47	6	25	1.73
28599772--28599812	22	1.9	21	85	14	57	41	14	4	39	1.67
28600371--28600412	22	2.0	21	86	13	59	40	14	2	42	1.58
28604472--28604498	2	13.5	2	100	0	54	48	0	0	51	1.00
28614398--28614536	43	3.3	42	78	9	140	28	24	20	26	1.99
28614590--28614656	31	2.2	31	83	5	82	55	19	7	17	1.66
28615352--28615380	14	2.1	14	93	6	51	58	6	0	34	1.25
28618579--28618687	45	2.3	46	87	7	150	33	10	29	27	1.89
28619339--28619365	2	13.5	2	100	0	54	48	0	0	51	1.00
28626372--28626541	46	3.7	45	79	7	198	30	30	19	20	1.97
28626380--28626553	93	1.9	93	90	2	278	29	30	19	20	1.97
28626423--28626566	46	3.1	46	69	14	125	30	29	18	21	1.97
28628082--28628411	9	36.6	9	73	11	183	37	1	13	47	1.51
28628046--28628241	43	4.7	43	73	16	187	37	0	14	46	1.49
28628046--28628442	123	3.4	121	78	10	414	37	1	13	47	1.51
28628257--28628411	71	2.2	71	90	0	238	37	1	12	48	1.52
28628336--28628411	26	2.9	26	84	5	100	36	2	11	48	1.54
28628516--28628585	29	2.4	29	92	0	113	52	0	1	45	1.09
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28628759--28628829	24	3.0	24	89	0	115	42	7	19	30	1.78
28628877--28629010	64	2.1	64	98	0	259	46	3	11	38	1.59
28629566--28629591	11	2.4	11	100	0	52	65	7	7	19	1.43
28631761--28631797	17	2.2	17	95	4	67	70	5	0	24	1.08
28631905--28631958	16	3.8	16	68	31	50	50	3	9	37	1.52
28632074--28632267	80	2.4	79	87	4	264	36	36	1	25	1.66
28632256--28632303	22	2.2	22	85	7	62	29	37	2	31	1.69
28632074--28632293	80	2.7	78	80	9	228	35	37	1	25	1.67
28632759--28632804	14	3.3	14	79	11	58	26	2	21	50	1.60
28633335--28633475	41	3.4	41	82	5	151	32	22	14	29	1.94
28641684--28641908	40	5.6	40	97	0	414	26	28	22	23	1.99
28647596--28647696	28	3.5	28	86	6	114	29	26	13	29	1.94
28655549--28655649	28	3.5	28	86	6	114	29	26	13	29	1.94
28660068--28660250	24	7.6	24	97	0	312	36	25	18	20	1.95
28660046--28660250	48	4.3	47	91	3	284	35	24	18	22	1.96
28664783--28664965	24	7.6	24	97	0	312	36	25	18	20	1.95
28664761--28664965	48	4.3	47	91	3	284	35	24	18	22	1.96
28672595--28672794	24	8.6	22	80	15	131	34	24	18	23	1.96
28672617--28672794	24	7.6	24	92	4	267	34	25	18	21	1.96
28674950--28675117	40	4.2	40	81	1	167	23	26	23	26	2.00
28674966--28675117	80	1.9	80	83	5	200	23	26	23	26	2.00
28682938--28683067	40	3.2	40	77	13	142	24	26	24	23	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28682954--28683104	40	3.8	40	80	6	155	22	27	23	26	2.00
28682954--28683104	80	1.9	79	83	6	198	22	27	23	26	2.00
28685336--28685449	60	1.9	60	98	0	219	42	14	8	34	1.76
28685999--28686068	34	2.1	34	94	0	122	30	18	12	38	1.88
28689446--28689483	20	1.9	20	88	0	58	34	2	10	52	1.50
28690001--28690036	12	3.0	12	100	0	72	0	33	0	66	0.92
28691122--28691190	28	2.5	28	95	2	122	43	27	10	18	1.82
28700828--28700936	40	2.7	40	94	0	182	33	17	29	19	1.95
28700840--28700904	20	3.2	20	63	8	51	27	16	33	21	1.95
28700859--28700924	20	3.3	20	64	8	53	33	18	33	15	1.92
28701831--28701874	21	2.1	21	100	0	88	40	20	0	38	1.53
28705318--28705353	2	18.0	2	100	0	72	50	0	0	50	1.00
28709845--28709966	50	2.4	50	94	0	217	22	28	20	27	1.99
28709837--28710105	50	5.7	47	78	11	173	24	28	18	27	1.98
28710444--28710502	30	2.0	30	89	0	91	28	25	13	32	1.94
28712430--28712550	39	3.1	39	96	0	215	21	24	30	23	1.99
28715253--28715298	23	2.0	23	84	12	60	45	10	6	36	1.65
28721057--28721371	39	8.1	39	93	1	515	23	24	29	22	1.99
28725024--28725284	40	6.6	38	82	9	281	34	17	26	20	1.95
28725033--28725284	120	2.1	119	86	3	355	35	17	26	20	1.95
28725344--28725402	29	2.0	29	90	0	91	42	6	10	40	1.65
28727015--28727169	42	3.7	42	72	6	116	37	17	18	27	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28726965--28727181	42	5.1	40	68	9	101	41	17	16	24	1.90
28736125--28736211	43	2.0	43	100	0	174	36	11	16	35	1.84
28740560--28740616	24	2.3	24	82	8	71	24	17	19	38	1.93
28743193--28743350	27	5.9	27	87	0	217	29	22	7	40	1.82
28743093--28743549	27	16.8	27	78	4	195	37	20	8	34	1.82
28743180--28743360	81	2.2	81	82	0	227	32	22	7	37	1.82
28743328--28743580	27	9.3	27	78	3	186	39	19	9	32	1.83
28743611--28743675	27	2.4	27	82	5	78	35	18	24	21	1.96
28744374--28744448	20	3.8	20	87	6	102	37	9	18	34	1.83
28744498--28744672	26	6.8	26	91	0	273	26	22	22	28	1.99
28744498--28744672	52	3.4	52	94	1	309	26	22	22	28	1.99
28744817--28744908	42	2.2	42	96	0	166	27	11	21	39	1.89
28744932--28745010	31	2.5	31	97	0	149	26	18	26	27	1.98
28746553--28746612	22	2.7	23	74	7	61	50	11	8	30	1.68
28747505--28747718	112	1.9	114	82	8	276	41	7	11	40	1.68
28751699--28751867	39	4.3	39	92	1	268	30	29	21	18	1.97
28751886--28751919	2	17.0	2	100	0	68	50	0	0	50	1.00
28752887--28752915	2	14.5	2	100	0	58	51	0	0	48	1.00
28756933--28756986	27	2.0	27	85	3	74	35	20	22	22	1.96
28756987--28757186	27	7.4	27	86	0	256	25	20	18	36	1.95
28762922--28762981	27	2.3	26	82	2	66	35	18	23	23	1.96
28763019--28763070	27	2.0	26	84	3	68	34	21	26	17	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28763723--28763922	27	7.4	27	84	0	220	25	19	19	36	1.95
28768108--28768132	10	2.5	10	100	0	50	48	24	8	20	1.76
28769815--28769852	15	2.6	15	87	4	51	47	0	2	50	1.15
28771449--28771478	2	15.0	2	100	0	60	0	0	50	50	1.00
28771477--28771543	28	2.4	26	80	9	71	29	10	28	31	1.90
28773372--28773419	23	2.1	23	100	0	96	33	4	8	54	1.50
28774198--28774307	37	3.0	37	79	11	129	26	15	30	28	1.96
28778187--28778225	16	2.4	16	100	0	78	41	5	7	46	1.55
28780680--28780712	14	2.3	15	85	15	52	30	0	0	69	0.88
28788237--28788276	21	2.0	20	85	5	53	47	27	0	25	1.52

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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