genome.fa.s13.2.7.7.80.10.50.1000.289.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr13 124041150 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  124041150

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
88986865--88986932	32	2.1	34	84	10	90	26	5	26	41	1.78
88990816--88991023	79	2.6	80	78	6	190	24	30	23	22	1.99
88990916--88991023	40	2.7	40	86	0	135	21	30	25	23	1.99
88995947--88995978	15	2.0	17	88	11	50	43	31	0	25	1.55
88997707--88997751	5	8.6	5	87	7	63	42	2	0	55	1.12
88997752--88997797	13	3.6	13	85	5	58	73	4	15	6	1.19
88999807--88999913	41	2.8	37	71	5	97	24	15	26	33	1.95
89013160--89013209	26	1.9	26	83	0	64	30	12	16	42	1.84
89013355--89013389	6	5.8	6	86	0	52	20	25	0	54	1.45
89023837--89023892	29	1.9	29	89	7	87	21	5	30	42	1.75
89024316--89024361	23	2.0	23	84	12	60	45	10	6	36	1.65
89024323--89024367	23	2.0	23	82	8	56	40	13	8	37	1.76
89027540--89027585	23	2.0	23	84	12	60	45	10	6	36	1.65
89027547--89027591	23	2.0	23	82	8	56	40	13	8	37	1.76
89034624--89034669	23	2.0	23	84	12	60	45	10	6	36	1.65
89034631--89034675	23	2.0	23	82	8	56	40	13	8	37	1.76
89039149--89039218	26	2.7	27	82	6	81	27	24	21	27	1.99
89041666--89041915	40	6.2	40	90	1	385	25	24	28	22	1.99
89049842--89050091	40	6.2	40	90	1	385	25	24	28	22	1.99
89054385--89054511	50	2.6	49	88	1	173	28	29	16	25	1.97
89059849--89060076	49	4.6	49	85	3	303	29	26	18	25	1.98
89060219--89060248	12	2.4	12	94	5	51	63	6	3	26	1.35
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
89063093--89063133	16	2.6	16	81	14	50	58	4	7	29	1.46
89065724--89065756	16	2.1	16	94	0	57	60	12	9	18	1.57
89066656--89066680	12	2.1	12	100	0	50	64	0	0	36	0.94
89068526--89068561	19	1.9	19	88	5	56	55	0	19	25	1.43
89077156--89077249	42	2.3	42	81	5	120	48	14	5	30	1.66
89081002--89081097	42	2.3	41	80	5	111	46	14	7	31	1.72
89081115--89081154	19	2.2	18	90	4	62	45	12	2	40	1.56
89105444--89105476	3	11.0	3	100	0	66	66	0	0	33	0.92
89106406--89106448	9	4.4	9	83	16	59	46	0	0	53	1.00
89106616--89106651	16	2.2	16	90	9	56	75	0	2	22	0.94
89108268--89108293	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
89111547--89111867	46	6.8	46	76	10	189	28	19	28	23	1.98
89111553--89111867	49	6.6	47	80	7	235	27	19	29	23	1.98
89111558--89111867	94	3.3	94	83	5	340	28	19	29	23	1.98
89111558--89111917	49	7.5	49	78	6	206	27	19	28	24	1.98
89113472--89113684	40	5.4	40	84	6	249	24	27	23	24	2.00
89114391--89114426	2	18.0	2	94	0	63	47	0	2	50	1.15
89119057--89119094	17	2.3	17	86	4	51	71	0	21	7	1.11
89119050--89119087	20	2.0	20	89	5	60	71	0	23	5	1.07
89126332--89126369	20	2.0	20	94	5	69	71	0	26	2	1.00
89128662--89128715	28	1.9	28	96	0	99	38	16	16	27	1.90
89130575--89130638	18	3.6	18	78	0	74	37	10	10	40	1.76
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
89130589--89130645	18	3.2	18	75	9	62	38	15	8	36	1.79
89130655--89130725	18	3.9	18	75	3	70	43	16	7	32	1.75
89130671--89130722	19	2.8	19	82	2	61	50	13	3	32	1.60
89130838--89130868	6	5.2	6	100	0	62	51	16	16	16	1.77
89130856--89130945	47	1.9	47	93	4	155	38	23	21	16	1.92
89130850--89130964	47	2.3	51	73	20	114	42	22	18	16	1.89
89132216--89132255	17	2.4	16	91	4	62	0	30	0	70	0.88
89134564--89134733	49	3.5	49	82	3	202	27	19	28	25	1.99
89136376--89136465	15	6.0	15	77	5	74	10	16	15	57	1.64
89136380--89136464	30	2.8	30	77	7	82	9	16	16	57	1.64
89138589--89138716	49	2.6	49	82	4	170	28	21	27	21	1.99
89144323--89144364	18	2.3	18	87	0	57	16	30	33	19	1.94
89145648--89145695	25	1.9	25	86	0	69	31	8	18	41	1.80
89160241--89160267	13	2.1	13	100	0	54	22	29	33	14	1.94
89165747--89166083	48	7.0	48	94	0	568	31	27	6	35	1.82
89170072--89170263	40	4.8	40	89	2	278	25	28	21	25	1.99
89171746--89171987	48	5.0	48	90	0	376	31	26	5	35	1.80
89174572--89174635	31	2.1	31	87	0	92	25	21	15	37	1.93
89174829--89174948	24	5.0	24	87	10	165	28	21	20	30	1.98
89174850--89174947	47	2.1	47	92	5	162	29	20	19	30	1.97
89175006--89175062	9	5.9	9	73	15	51	35	21	8	35	1.84
89175002--89175064	20	3.2	20	95	0	117	31	19	12	36	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
89179235--89179304	27	2.5	28	88	2	106	28	14	25	31	1.95
89179235--89179316	27	3.0	27	80	8	103	29	13	23	34	1.93
89187154--89187223	27	2.5	28	88	2	106	28	14	25	31	1.95
89187154--89187235	27	3.0	27	80	8	103	29	13	23	34	1.93
89193698--89193761	31	2.1	31	90	0	101	25	23	15	35	1.94
89193954--89194072	24	5.0	24	86	12	165	27	21	20	30	1.98
89193975--89194071	47	2.1	47	92	7	162	28	20	19	30	1.97
89194130--89194186	9	5.9	9	73	15	51	35	21	8	35	1.84
89194126--89194188	20	3.2	20	95	0	117	31	19	12	36	1.89
89194225--89194272	25	1.9	25	86	0	69	25	16	25	33	1.96
89194690--89194717	8	3.5	8	100	0	56	14	21	21	42	1.88
89198207--89198237	2	15.5	2	100	0	62	51	0	0	48	1.00
89199348--89199407	30	2.0	30	93	0	102	28	1	11	58	1.43
89200852--89200903	16	3.2	16	77	0	59	36	1	26	34	1.68
89201059--89201109	26	2.0	25	84	3	66	43	0	3	52	1.19
89201069--89201209	57	2.4	56	80	8	147	51	3	1	43	1.27
89204800--89204965	43	3.9	43	84	2	201	27	13	25	33	1.94
89209185--89209446	80	3.3	80	90	2	404	26	23	27	23	2.00
89209189--89209413	40	5.6	40	94	0	387	24	23	28	24	2.00
89220398--89220456	22	2.6	24	74	15	63	50	15	1	32	1.54
89224044--89224321	126	2.2	126	96	0	511	25	23	29	21	1.99
89227094--89227253	43	3.7	43	80	8	191	23	17	26	32	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
89227096--89227253	85	1.8	85	85	6	221	24	17	26	32	1.96
89229863--89230474	47	12.8	47	92	1	918	29	28	8	33	1.86
89229863--89230474	190	3.2	190	92	2	978	29	28	8	33	1.86
89235531--89235598	21	3.3	21	85	2	75	22	23	35	19	1.96
89239599--89239773	46	3.8	46	77	15	180	29	28	20	22	1.98
89239607--89239778	93	1.8	93	89	0	272	28	29	20	22	1.98
89243090--89243150	5	11.4	5	74	19	52	73	1	3	21	1.06
89249328--89249584	40	6.5	40	90	3	360	25	28	22	23	2.00
89249363--89249582	119	1.8	120	91	2	363	26	28	22	22	1.99
89249328--89249583	79	3.2	79	88	3	354	25	28	22	23	1.99
89253880--89254040	29	5.6	29	87	1	112	26	31	16	26	1.96
89253879--89254040	58	2.8	59	85	3	204	25	31	16	26	1.96
89261833--89261993	29	5.6	29	87	1	112	26	31	16	26	1.96
89261832--89261993	58	2.8	59	85	3	204	25	31	16	26	1.96
89269769--89269929	29	5.6	29	87	1	112	26	31	16	26	1.96
89269768--89269929	58	2.8	59	85	3	204	25	31	16	26	1.96
89274126--89274230	29	3.6	29	77	2	86	25	33	17	23	1.96
89274164--89274286	58	2.1	59	87	3	178	25	30	15	28	1.96
89274185--89274286	29	3.5	29	95	0	186	26	29	14	29	1.95
89276631--89276705	37	2.0	37	100	0	150	36	21	13	29	1.91
89278934--89279002	28	2.5	28	95	2	122	18	10	27	43	1.82
89279622--89279683	27	2.3	27	91	0	97	27	16	16	40	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
89279639--89279789	54	2.8	54	85	2	151	30	9	19	41	1.82
89279637--89279789	81	1.9	81	85	5	211	31	9	18	40	1.82
89279666--89279789	27	4.6	27	84	2	160	31	7	19	41	1.78
89279668--89279789	54	2.3	54	91	0	190	31	7	18	42	1.77
89279774--89279843	27	2.6	28	72	6	72	30	7	25	37	1.83
89286555--89286628	36	2.1	36	97	0	139	39	16	14	29	1.88
89293932--89293956	2	12.5	2	100	0	50	0	0	48	52	1.00
89294485--89294530	2	22.5	2	95	4	83	50	0	2	47	1.13
89295600--89295714	50	2.3	50	80	3	133	40	19	16	24	1.91
89300854--89301037	48	3.8	48	88	0	269	28	16	25	28	1.97

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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