genome.fa.s13.2.7.7.80.10.50.1000.120.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr13 124041150 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  124041150

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   

This is table  120  of  410  ( 49152 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
36081096--36081244	80	1.9	80	81	2	183	22	30	24	22	1.99
36081137--36081244	40	2.7	38	85	8	128	21	29	25	23	1.99
36089215--36089363	80	1.9	80	81	2	183	22	30	24	22	1.99
36089256--36089363	40	2.7	38	85	8	128	21	29	25	23	1.99
36094430--36094468	21	1.9	20	84	5	51	58	0	35	5	1.20
36098986--36099224	43	5.6	43	93	2	401	12	24	33	30	1.92
36098986--36099237	85	3.0	85	92	1	407	12	24	33	29	1.92
36104417--36104496	38	2.1	38	88	0	115	20	21	28	30	1.98
36104468--36104634	43	4.0	43	90	3	243	12	22	33	31	1.91
36104599--36104661	27	2.3	27	91	5	101	9	23	33	33	1.87
36106407--36106486	39	2.1	39	97	0	151	26	15	31	27	1.95
36111314--36111545	40	5.8	40	93	3	355	22	23	28	25	2.00
36119289--36119519	40	5.8	40	92	5	346	22	22	28	25	1.99
36122482--36122557	22	3.3	22	67	16	64	30	10	31	27	1.90
36122460--36122632	47	3.7	47	93	0	283	32	6	31	28	1.84
36122474--36122546	25	3.0	25	66	18	73	31	8	30	30	1.86
36130220--36130326	37	2.9	36	77	14	94	42	1	3	52	1.30
36130237--36130430	63	3.0	63	71	16	162	41	3	4	51	1.38
36132215--36132275	30	2.0	30	90	0	95	31	24	8	36	1.85
36139617--36139798	40	4.6	40	91	1	276	26	28	20	24	1.99
36139601--36139808	80	2.6	80	88	3	319	27	28	20	23	1.99
36147135--36147221	39	2.2	39	83	0	111	22	19	28	28	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
36147468--36147499	2	16.0	2	93	0	55	53	0	0	46	1.00
36150208--36150277	27	2.5	28	88	2	106	28	14	25	31	1.95
36150208--36150289	27	3.0	27	80	8	103	29	13	23	34	1.93
36158126--36158195	27	2.5	28	88	2	106	28	14	25	31	1.95
36158126--36158207	27	3.0	27	80	8	103	29	13	23	34	1.93
36162365--36162667	55	5.6	54	81	8	357	34	17	24	23	1.95
36162375--36162667	108	2.7	108	94	0	496	34	17	24	23	1.96
36166018--36166145	46	2.7	48	86	6	172	30	19	27	22	1.98
36166018--36166295	49	5.9	49	72	12	163	29	17	26	26	1.97
36169257--36169287	7	4.4	7	91	0	53	25	12	25	35	1.92
36169363--36169391	15	1.9	15	100	0	58	31	13	27	27	1.94
36172136--36172174	20	2.0	20	85	10	53	43	7	12	35	1.72
36177774--36177902	25	5.2	26	65	16	67	42	22	17	17	1.89
36177845--36177913	26	2.7	26	81	2	86	42	20	17	20	1.90
36179862--36179899	19	2.0	20	85	15	53	39	23	0	36	1.55
36180129--36180299	93	1.8	93	91	2	281	29	28	19	21	1.98
36180124--36180296	46	3.7	47	79	10	203	30	27	19	21	1.98
36187431--36187468	19	2.0	20	85	15	53	39	23	0	36	1.55
36187698--36187868	93	1.8	93	93	0	297	28	28	21	21	1.98
36187693--36187865	46	3.7	46	79	10	208	29	27	20	21	1.98
36197183--36197226	20	2.2	20	87	0	61	47	2	13	36	1.56
36199263--36199296	13	2.6	14	90	9	54	29	8	0	61	1.26
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
36199263--36199296	7	5.1	7	89	10	54	29	8	0	61	1.26
36199250--36199296	20	2.4	19	89	3	67	25	8	2	63	1.34
36199351--36199437	44	2.0	44	93	0	147	28	9	13	48	1.73
36201333--36201409	38	2.0	38	92	0	127	32	27	11	28	1.92
36201373--36201508	48	2.9	48	87	1	202	30	22	15	31	1.95
36201468--36201541	38	1.9	38	94	0	130	27	24	17	31	1.97
36206981--36207084	43	2.5	42	82	4	120	30	21	22	25	1.98
36208903--36209056	67	2.3	65	83	7	184	32	16	29	22	1.95
36221353--36221394	22	1.9	22	85	9	59	28	14	23	33	1.94
36227351--36227412	32	1.9	32	90	0	97	46	19	11	22	1.81
36229028--36229142	23	4.9	24	75	8	78	33	18	21	26	1.96
36229037--36229153	46	2.5	48	81	12	145	34	18	22	24	1.96
36229066--36229173	23	4.7	23	78	3	112	31	21	22	25	1.98
36229065--36229164	46	2.2	45	89	1	146	30	21	24	25	1.99
36239673--36239823	40	3.8	40	77	13	134	27	23	26	22	2.00
36239710--36239839	40	3.2	40	77	4	138	24	23	27	23	2.00
36247683--36247833	40	3.8	40	77	13	134	27	23	26	22	2.00
36247720--36247849	40	3.2	40	77	4	138	24	23	27	23	2.00
36251773--36251940	40	4.2	40	83	5	198	26	28	21	23	1.99
36251773--36251940	80	2.1	80	86	4	232	26	28	21	23	1.99
36259592--36259759	40	4.2	40	85	5	207	26	28	22	23	1.99
36259592--36259759	80	2.1	80	87	4	241	26	28	22	23	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
36262182--36262257	36	2.1	37	85	7	102	44	3	15	35	1.65
36262605--36262658	19	2.9	19	72	22	51	18	12	1	66	1.33
36264437--36264505	29	2.4	27	75	15	68	68	7	1	23	1.23
36266780--36267277	250	2.0	250	97	0	942	31	19	20	28	1.97
36268526--36268782	40	6.5	40	87	4	319	26	29	22	21	1.99
36268565--36268782	79	2.7	80	89	4	325	26	29	23	20	1.99
36268565--36268782	119	1.8	120	91	1	366	26	29	23	20	1.99
36276829--36277042	40	5.4	40	86	3	256	25	28	22	23	2.00
36282904--36282937	13	2.6	13	90	0	50	32	47	20	0	1.51
36290922--36291018	37	2.6	37	83	1	113	28	25	22	22	1.99
36300159--36300205	24	2.0	24	86	0	67	31	25	17	25	1.97
36300249--36300287	20	2.0	20	100	0	78	35	12	20	30	1.90
36300338--36300508	24	7.2	24	92	1	272	29	22	19	28	1.98
36300338--36300508	71	2.4	72	92	2	290	29	22	19	28	1.98
36308376--36308434	20	3.0	20	89	0	91	35	8	20	35	1.83
36308375--36308427	9	5.4	9	75	16	52	33	7	20	37	1.81
36308380--36308420	11	3.9	11	78	12	50	36	9	19	34	1.85
36308489--36308651	24	6.8	24	88	3	231	26	23	22	28	1.99
36308484--36308651	71	2.3	72	88	4	250	27	23	21	27	1.99
36316960--36316986	10	2.7	10	100	0	54	18	11	29	40	1.85
36320966--36321021	26	2.1	28	83	6	71	64	3	1	30	1.21
36321762--36321809	24	2.0	24	83	0	60	54	2	2	41	1.24
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
36324201--36324298	42	2.3	42	82	6	119	31	14	21	32	1.93
36327707--36327842	65	2.1	65	84	9	172	28	5	16	49	1.69
36343045--36343089	17	2.6	18	83	16	60	13	24	37	24	1.91
36347699--36347747	23	2.1	23	100	0	98	42	16	8	32	1.77
36350125--36350314	40	4.8	39	75	10	138	23	27	24	25	2.00
36350132--36350311	78	2.3	79	80	8	197	23	26	23	25	2.00
36353404--36353621	40	5.5	40	90	2	298	22	24	27	24	2.00
36357505--36357639	29	4.7	29	92	0	216	31	15	22	29	1.95
36362511--36362546	17	2.1	17	100	0	72	33	11	22	33	1.89
36365123--36365221	37	2.6	37	83	4	117	31	22	24	22	1.98
36365123--36365288	40	4.2	39	75	11	153	28	21	25	23	1.99
36372325--36372425	39	2.5	40	85	1	132	30	22	24	21	1.99
36372325--36372475	40	3.8	40	84	4	180	28	22	25	23	1.99
36372321--36372492	40	4.4	38	77	10	161	29	21	26	23	1.99
36375268--36375433	40	4.2	40	82	3	176	24	27	22	26	2.00
36388020--36388297	42	6.3	42	77	8	168	29	26	17	26	1.98
36388133--36388272	48	2.9	48	88	2	192	29	24	17	29	1.97
36389063--36389126	33	2.0	32	84	3	83	37	20	21	20	1.94
36389143--36389193	27	1.9	26	84	4	66	35	17	27	19	1.94
36393174--36393244	28	2.5	28	83	0	97	32	28	11	28	1.91
36396757--36396857	29	3.5	29	81	9	116	28	26	13	30	1.94
36396756--36396857	28	3.5	29	81	6	109	28	27	13	30	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
36403594--36403632	13	2.8	13	84	7	51	38	2	2	56	1.27
36405914--36405945	14	2.4	14	90	10	50	21	9	28	40	1.84
36405911--36406206	50	5.9	50	78	6	294	25	17	26	31	1.97
36415786--36415833	24	2.0	24	87	0	69	22	18	14	43	1.87
36423779--36423818	21	1.9	21	89	0	62	32	27	32	7	1.85
36425061--36425240	48	3.8	48	76	2	191	26	30	17	25	1.97
36425068--36425244	96	1.8	96	92	0	300	26	29	16	26	1.97
36431817--36431992	46	3.8	46	78	12	189	22	21	27	28	1.99
36431814--36431984	93	1.8	93	92	0	288	22	22	28	27	1.99
36434050--36434101	25	2.0	25	82	10	61	48	13	0	38	1.43

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410