genome.fa.s13.2.7.7.80.10.50.1000.99.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr13 124041150 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  124041150

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29075769--29075856	29	3.0	29	96	1	158	29	13	29	27	1.94
29075765--29075899	59	2.3	59	81	5	150	26	14	32	25	1.95
29080853--29081013	29	5.6	29	82	1	162	25	16	32	25	1.96
29084471--29084654	40	4.6	39	77	6	147	28	23	26	22	1.99
29092583--29092766	40	4.6	39	77	6	147	28	23	26	22	1.99
29094880--29095276	90	4.4	89	79	6	306	56	12	4	26	1.54
29095059--29095276	90	2.4	90	94	0	373	56	11	3	28	1.49
29099377--29100013	211	3.0	211	99	0	1265	44	13	18	23	1.85
29100798--29100854	2	28.5	2	100	0	114	50	0	0	49	1.00
29107521--29107567	25	2.0	25	83	8	62	27	14	4	53	1.60
29107828--29108093	46	6.0	46	85	7	343	22	24	15	38	1.92
29108007--29108082	38	2.0	38	100	0	152	23	26	18	31	1.97
29117391--29117421	16	1.9	16	93	0	53	35	22	0	41	1.54
29117388--29117427	20	2.0	20	85	0	53	37	22	0	40	1.54
29117500--29117544	23	1.9	24	90	4	74	22	24	11	42	1.86
29117613--29117867	55	4.8	52	78	9	207	21	23	18	36	1.94
29119253--29119378	46	2.7	46	95	2	218	30	26	20	21	1.98
29123471--29123584	49	2.4	48	78	12	117	29	31	16	21	1.96
29127601--29127657	29	2.0	29	92	0	96	24	40	24	10	1.87
29138439--29138464	5	5.2	5	100	0	52	19	0	0	80	0.71
29141762--29141806	21	2.1	21	100	0	90	37	15	8	37	1.79
29146533--29146610	15	5.4	14	77	7	68	58	14	16	10	1.62
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29146533--29146619	29	3.0	29	77	11	88	57	16	16	10	1.65
29146533--29146610	14	5.4	15	75	13	74	58	14	16	10	1.62
29146544--29146619	15	5.2	15	72	12	68	56	15	15	11	1.67
29149515--29149689	45	3.8	46	79	13	216	29	29	20	20	1.98
29149522--29149692	93	1.8	92	96	1	315	28	29	21	21	1.98
29156109--29156261	42	3.6	42	75	8	132	26	18	22	32	1.97
29160522--29160690	40	4.2	40	80	4	173	23	26	21	28	1.99
29168553--29168721	40	4.2	40	80	4	173	23	26	21	28	1.99
29172611--29172691	26	3.1	26	83	3	101	19	17	24	38	1.93
29175574--29175734	29	5.6	29	82	1	162	25	16	32	25	1.96
29182837--29182930	29	3.2	29	95	0	161	28	14	28	27	1.96
29182833--29182967	58	2.3	58	82	3	157	25	14	32	26	1.95
29184645--29184714	33	2.1	33	94	0	122	42	10	21	25	1.84
29195963--29196171	49	4.3	49	94	1	332	31	8	31	29	1.86
29204004--29204057	28	1.9	28	85	7	74	29	12	7	50	1.68
29205545--29205584	14	2.8	14	84	3	53	40	22	2	35	1.68
29218173--29218345	47	3.7	47	93	0	283	28	31	6	32	1.84
29218248--29218323	22	3.3	22	67	16	64	27	31	10	30	1.90
29227820--29227868	20	2.7	18	77	22	57	51	2	2	44	1.24
29236834--29237023	39	4.8	40	81	10	212	25	27	21	24	1.99
29236808--29237024	79	2.7	77	81	8	233	26	27	21	25	1.99
29237735--29237764	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29240403--29240567	40	4.1	39	81	7	181	26	27	21	24	2.00
29247006--29247170	39	4.2	40	77	9	162	26	21	27	24	2.00
29249706--29249912	39	5.3	39	78	11	185	26	26	21	25	2.00
29249706--29249919	78	2.8	80	80	9	205	26	26	22	24	2.00
29252588--29252639	26	2.0	26	88	0	77	30	21	19	28	1.97
29255776--29255926	40	3.8	40	77	13	134	27	23	26	22	2.00
29255812--29255942	40	3.3	40	79	2	156	25	23	27	23	2.00
29263793--29263943	40	3.8	40	77	13	134	27	23	26	22	2.00
29263829--29263959	40	3.3	40	79	2	156	25	23	27	23	2.00
29266443--29266494	25	2.1	25	86	13	72	36	21	23	19	1.95
29267332--29267360	13	2.3	13	94	5	51	0	10	0	89	0.48
29281446--29281596	40	3.8	40	77	13	134	27	23	26	22	2.00
29281483--29281612	40	3.2	40	77	4	138	24	23	27	23	2.00
29286998--29287106	42	2.6	42	98	0	209	27	13	34	23	1.93
29287115--29287184	27	2.5	28	88	2	106	28	14	25	31	1.95
29287115--29287196	27	3.0	27	80	8	103	29	13	23	34	1.93
29295149--29295279	65	2.0	65	93	0	226	42	16	14	25	1.87
29301955--29302132	40	4.5	40	89	3	236	23	23	28	25	1.99
29307931--29308290	47	7.6	48	71	12	196	23	28	19	28	1.98
29308123--29308290	46	3.6	46	78	9	146	22	25	20	31	1.98
29309947--29310016	27	2.5	28	97	2	133	28	12	27	31	1.93
29317871--29317940	27	2.5	28	97	2	133	28	12	27	31	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29323540--29323798	39	6.7	39	90	0	387	30	28	20	20	1.98
29327861--29328023	39	4.2	39	91	0	263	23	33	20	22	1.97
29331308--29331341	14	2.4	14	85	0	50	67	0	0	32	0.91
29335076--29335282	53	3.8	53	75	4	200	37	17	24	20	1.94
29339309--29339363	27	2.1	26	82	3	65	18	16	21	43	1.88
29339642--29339756	29	4.0	29	85	6	137	28	27	15	27	1.96
29339973--29340009	16	2.3	16	85	0	56	10	21	13	54	1.69
29341078--29341113	16	2.2	17	90	5	56	13	2	27	55	1.52
29345941--29346126	40	4.7	40	88	5	227	26	26	21	25	1.99
29353991--29354175	40	4.7	40	87	6	218	26	26	21	25	2.00
29359552--29359672	42	2.9	42	81	4	145	34	17	22	25	1.95
29359843--29359872	15	1.9	16	93	6	53	33	0	26	40	1.57
29364059--29364207	25	6.0	24	83	9	120	32	22	21	23	1.98
29364066--29364210	50	2.9	50	79	11	163	33	22	22	22	1.98
29364059--29364207	75	2.0	75	84	5	194	32	22	21	23	1.98
29373734--29373778	6	7.5	6	82	0	54	13	8	0	77	0.98
29378219--29378420	80	2.5	80	88	4	300	26	26	19	27	1.99
29378198--29378423	40	5.7	40	88	4	264	26	26	20	26	1.99
29385440--29385646	53	3.8	54	75	4	202	21	22	17	38	1.93
29388274--29388385	49	2.3	48	95	3	199	32	8	31	28	1.86
29389698--29389869	93	1.8	93	94	0	308	27	29	21	21	1.99
29389691--29389866	46	3.8	46	80	10	214	28	28	21	21	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29391156--29391455	49	6.2	49	92	3	479	33	7	31	28	1.85
29391156--29391455	96	3.1	98	91	3	479	33	7	31	28	1.85
29391345--29391438	47	2.2	43	81	12	104	36	7	27	28	1.84
29392564--29392615	26	2.0	26	100	0	104	23	19	23	34	1.96
29395929--29396070	67	2.1	67	80	7	151	32	22	25	19	1.98
29402302--29402383	27	3.0	27	80	8	94	34	20	24	20	1.97
29408666--29408718	27	2.0	27	84	0	70	32	20	24	22	1.98
29408731--29408782	26	2.0	26	81	7	61	34	21	26	17	1.95
29408650--29408801	65	2.3	67	90	5	247	28	22	29	19	1.98
29413867--29413951	31	2.8	31	91	3	138	24	27	17	30	1.97
29414154--29414238	26	3.4	25	85	9	93	25	22	22	29	1.99
29414167--29414238	26	2.8	26	91	2	110	26	22	25	26	2.00
29414285--29414331	20	2.3	20	88	0	67	34	17	10	38	1.84
29421922--29422036	31	3.7	31	91	1	187	24	26	16	33	1.96
29422241--29422326	26	3.4	25	82	7	77	26	18	22	32	1.97
29422257--29422325	26	2.7	26	90	2	104	24	18	26	30	1.98
29422372--29422419	11	4.6	11	80	12	57	33	18	12	35	1.89
29422456--29422503	25	1.9	25	82	0	60	29	14	22	33	1.94
29424308--29424391	31	2.7	31	92	1	143	30	17	27	23	1.97
29428104--29428150	15	3.1	16	78	12	62	8	17	17	57	1.63
29434501--29434678	27	6.6	27	81	6	112	35	22	7	34	1.82
29434512--29434614	27	3.9	27	88	2	163	28	22	8	40	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29434499--29434678	54	3.4	53	80	3	182	36	22	7	33	1.82
29434592--29434812	54	4.1	53	77	10	191	40	22	8	28	1.83
29434606--29434812	80	2.6	78	79	9	220	41	21	8	28	1.82
29434606--29434784	27	6.7	26	81	3	187	41	21	8	28	1.82
29434592--29434812	27	8.2	26	79	10	151	40	22	8	28	1.83
29434917--29434990	27	2.7	27	76	12	71	37	20	20	21	1.94
29434930--29434994	27	2.4	27	82	5	78	35	18	24	21	1.96
29436156--29436203	25	1.9	25	91	0	78	35	25	14	25	1.94
29436251--29436306	11	5.5	11	71	16	57	35	12	19	32	1.89
29436240--29436306	20	3.3	20	93	0	116	34	11	20	32	1.90

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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