genome.fa.s13.2.7.7.80.10.50.1000.127.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr13 124041150 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  124041150

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  127  of  410  ( 49152 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
38256072--38256134	32	2.0	32	81	6	74	33	14	19	33	1.91
38256340--38256404	32	2.0	33	85	5	89	13	16	26	43	1.86
38257426--38257462	18	2.1	18	90	5	58	45	0	16	37	1.47
38259686--38259773	29	3.1	29	80	8	108	30	30	12	26	1.93
38259697--38259794	29	3.4	29	84	1	117	28	30	14	26	1.95
38260851--38260911	30	2.0	30	87	0	86	39	6	22	31	1.80
38261577--38261828	68	3.8	64	76	9	199	29	15	29	25	1.96
38261645--38261768	64	1.9	64	85	5	167	29	16	30	24	1.96
38267826--38267938	29	4.0	29	82	6	124	27	29	15	27	1.96
38267817--38267927	58	1.9	57	85	1	150	27	29	16	27	1.97
38277447--38277634	39	4.8	39	87	0	214	24	30	21	23	1.99
38277485--38277635	39	3.8	39	91	0	239	23	31	20	24	1.98
38277452--38277634	78	2.3	79	87	1	251	23	30	21	24	1.99
38280408--38280544	40	3.4	40	92	0	220	24	19	27	29	1.99
38283235--38283268	13	2.6	13	85	0	50	35	17	2	44	1.64
38288452--38288612	63	2.5	64	81	8	182	27	19	27	25	1.99
38288452--38288619	66	2.5	66	80	10	191	27	20	26	25	1.99
38294732--38294772	14	2.9	14	85	0	64	21	7	31	39	1.81
38294731--38294811	9	10.3	9	67	28	51	27	7	29	35	1.84
38294769--38294816	23	2.1	23	96	0	87	31	8	29	31	1.87
38300922--38300986	3	21.7	3	100	0	130	66	0	0	33	0.92
38308220--38308249	15	2.0	15	93	0	51	13	23	33	30	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
38312651--38312847	55	3.6	53	75	9	164	34	18	25	22	1.96
38312661--38312860	110	1.8	110	80	8	246	33	17	26	23	1.96
38316607--38316734	46	2.7	47	83	10	149	30	28	20	20	1.97
38322808--38322918	45	2.5	45	83	2	134	43	16	18	22	1.88
38323121--38323204	40	2.1	40	81	0	96	39	16	10	33	1.83
38324135--38324190	3	18.7	3	100	0	112	66	0	0	33	0.92
38324399--38324454	27	2.1	27	100	0	112	41	17	0	41	1.50
38325687--38325816	67	1.9	67	85	7	179	53	6	3	36	1.43
38327011--38327430	62	7.0	62	84	10	588	15	12	4	67	1.38
38327135--38327233	48	2.0	49	88	5	148	12	15	5	67	1.38
38327076--38327418	112	3.0	109	83	10	420	14	13	4	67	1.37
38327012--38327356	174	2.0	169	93	2	591	14	13	4	67	1.37
38327225--38327475	123	2.0	123	81	6	294	19	12	4	62	1.46
38334245--38334399	42	3.7	42	83	6	197	29	23	15	31	1.95
38335202--38335304	37	2.8	37	96	0	188	24	32	20	23	1.98
38343738--38343838	28	3.5	28	86	6	114	29	13	26	29	1.94
38345615--38345669	20	2.8	20	85	0	74	25	29	12	32	1.93
38347816--38348146	48	6.9	48	81	2	342	29	19	25	25	1.98
38347816--38348125	144	2.1	145	83	2	392	30	19	25	24	1.98
38349959--38349995	19	2.0	19	89	5	58	16	29	37	16	1.90
38353426--38353649	40	5.6	40	87	3	306	24	23	26	25	2.00
38353430--38353649	83	2.7	80	88	5	302	23	24	27	25	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
38358083--38358265	39	4.6	39	87	0	240	24	22	30	22	1.99
38364341--38364403	30	2.1	30	84	0	81	25	33	25	15	1.95
38365084--38365147	29	2.2	29	80	5	76	26	6	3	64	1.33
38365459--38365497	3	13.0	3	100	0	78	33	0	0	66	0.92
38366772--38366802	9	3.3	9	91	8	53	9	3	0	87	0.66
38373652--38373713	31	2.0	31	96	0	115	53	6	8	32	1.56
38380558--38380692	46	2.9	47	81	10	179	28	29	20	21	1.98
38389967--38390195	68	3.3	68	91	4	291	34	15	27	23	1.94
38390001--38390225	71	3.2	71	92	3	350	36	16	27	20	1.94
38390001--38390257	71	3.8	68	86	8	226	35	16	27	21	1.94
38392434--38392646	29	7.4	29	82	4	216	35	13	26	24	1.92
38392491--38392675	85	2.1	87	86	5	252	36	14	27	22	1.92
38392518--38392718	29	7.0	28	80	7	154	37	13	25	22	1.92
38392460--38392704	114	2.1	116	90	2	377	36	13	26	22	1.92
38392514--38392718	58	3.6	57	71	8	182	37	14	25	22	1.92
38396861--38397032	93	1.8	93	96	0	317	27	30	22	20	1.98
38396853--38397028	46	3.8	46	81	10	232	28	29	21	20	1.98
38399388--38399475	29	3.0	29	80	8	97	56	15	17	10	1.66
38399388--38399466	15	5.4	15	77	10	83	58	13	17	10	1.63
38399399--38399475	15	5.2	15	75	9	77	55	15	16	11	1.68
38402429--38402599	93	1.8	93	96	0	315	27	29	22	20	1.98
38402421--38402601	46	3.9	46	81	9	233	27	29	21	20	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
38405786--38405814	14	2.1	14	93	6	51	34	0	10	55	1.34
38406560--38406629	31	2.3	30	89	0	86	17	8	20	54	1.68
38406690--38406723	17	2.0	17	88	0	50	23	35	11	29	1.90
38406704--38406789	43	2.0	43	93	0	145	26	27	16	29	1.97
38412778--38413038	27	9.7	27	78	5	165	38	23	7	30	1.83
38412873--38413038	54	3.1	54	80	6	185	40	22	7	28	1.82
38412874--38413038	81	2.0	81	83	5	210	40	23	7	28	1.82
38413031--38413270	27	8.9	27	85	1	302	35	18	20	25	1.95
38413026--38413270	54	4.5	54	89	0	337	35	18	20	24	1.95
38413476--38413545	25	2.8	25	93	0	122	24	25	25	24	2.00
38415986--38416084	27	3.7	27	89	1	146	29	23	8	39	1.83
38416009--38416126	27	4.4	27	82	0	110	33	24	6	35	1.82
38415978--38416095	54	2.2	53	80	3	148	31	23	6	38	1.81
38415999--38416112	54	2.1	54	81	1	131	31	22	7	38	1.81
38416063--38416175	54	2.1	53	82	9	131	40	21	6	31	1.78
38416077--38416224	27	5.5	27	76	7	113	42	18	8	30	1.80
38416216--38416405	27	7.1	27	85	0	247	35	18	21	24	1.96
38416160--38416405	81	3.1	81	80	8	218	36	18	19	26	1.94
38416216--38416405	54	3.5	54	89	0	292	35	18	21	24	1.96
38416611--38416680	25	2.8	25	95	0	122	25	25	22	25	2.00
38416611--38416688	25	3.1	24	83	10	95	30	23	20	25	1.98
38421073--38421234	42	3.8	42	85	3	218	31	16	24	28	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
38421080--38421234	85	1.8	84	87	4	231	30	15	24	29	1.96
38427624--38427771	51	2.9	51	90	2	235	32	13	25	28	1.94
38431619--38431822	40	5.1	40	92	0	327	22	21	29	26	1.99
38447379--38447562	48	3.8	48	91	0	296	35	6	27	30	1.82
38447703--38447808	37	2.9	37	94	0	176	24	20	31	23	1.98
38451004--38451177	50	3.5	48	79	8	170	28	27	18	25	1.98
38454149--38454220	35	2.1	35	100	0	144	23	31	19	25	1.98
38455179--38455230	25	2.1	25	100	0	104	46	15	0	38	1.46
38457935--38457972	20	1.9	19	89	5	58	26	23	36	13	1.91
38463034--38463164	45	3.0	44	86	4	183	26	29	21	22	1.99
38466163--38466365	47	4.3	47	87	2	282	28	31	8	31	1.87
38466163--38466365	94	2.2	94	92	1	336	28	31	8	31	1.87
38477394--38477466	27	2.7	27	89	0	110	20	19	17	42	1.89
38477419--38477505	27	3.3	26	80	1	84	17	21	20	40	1.92
38482861--38482921	30	2.0	30	83	0	77	31	22	8	37	1.84
38486393--38486427	18	1.9	17	88	11	52	20	17	8	54	1.68
38488983--38489009	13	2.1	13	100	0	54	29	14	22	33	1.94
38492048--38492072	13	1.9	13	100	0	50	44	0	8	48	1.32
38504581--38504639	31	1.9	31	100	0	118	23	5	18	52	1.65
38508745--38508997	137	1.8	138	84	4	350	32	26	20	20	1.97
38513367--38513548	39	4.6	39	86	2	231	24	22	30	23	1.99
38521246--38521428	39	4.6	39	87	0	240	24	22	30	22	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
38526553--38526609	30	1.9	30	96	0	105	63	7	3	26	1.36
38529135--38529197	32	2.0	31	96	3	117	57	17	12	12	1.66
38532991--38533050	25	2.4	25	86	5	77	45	0	0	55	0.99
38533251--38533292	19	2.2	20	86	4	59	45	0	0	54	0.99
38534773--38534823	20	2.4	20	75	21	50	45	5	1	47	1.38
38539665--38539830	58	2.9	59	85	4	205	27	15	30	25	1.96
38539669--38539770	29	3.5	29	100	0	204	29	14	28	27	1.95
38539879--38539909	2	15.5	2	100	0	62	48	0	0	51	1.00
38544510--38544596	21	4.0	23	80	10	92	37	25	21	14	1.92
38544967--38545024	15	3.8	15	83	2	80	50	12	0	37	1.40

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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