genome.fa.s13.2.7.7.80.10.50.1000.370.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr13 124041150 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  124041150

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  370  of  410  ( 49152 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
113279146--113279180	15	2.3	15	85	0	52	65	28	0	5	1.15
113281432--113281484	20	2.9	17	81	13	61	24	5	3	66	1.31
113281555--113281580	12	2.2	12	100	0	52	19	15	7	57	1.62
113284570--113284611	11	3.8	11	81	9	50	78	4	2	14	1.01
113284572--113284616	23	2.0	23	87	8	67	75	2	6	15	1.11
113285265--113285316	22	2.5	22	76	17	56	17	1	7	73	1.16
113285337--113285380	22	1.9	22	86	9	61	2	11	13	72	1.21
113286297--113286718	136	3.1	136	97	0	781	32	24	18	24	1.97
113286966--113287017	25	2.0	26	85	3	70	25	13	23	38	1.91
113288497--113288632	26	5.2	26	94	0	236	36	25	5	33	1.78
113292378--113292798	136	3.1	136	96	0	754	32	24	18	25	1.97
113294574--113294709	26	5.2	26	94	0	236	36	25	5	33	1.78
113301399--113301478	40	2.0	40	97	0	151	30	18	17	33	1.94
113302798--113302823	6	4.3	6	100	0	52	84	0	0	15	0.62
113303048--113303095	18	2.7	17	81	12	53	62	4	2	31	1.26
113303247--113303444	23	8.3	22	74	19	148	57	6	4	32	1.42
113303244--113303453	47	4.3	47	76	16	155	57	5	4	32	1.42
113303474--113303564	12	7.8	12	69	22	61	58	4	3	34	1.34
113303537--113303575	18	2.2	18	95	0	69	64	0	0	35	0.94
113305521--113305550	14	2.1	14	93	0	51	66	6	10	16	1.41
113305529--113305675	72	2.0	72	96	0	267	34	19	20	25	1.96
113305405--113305932	161	3.2	162	87	2	743	35	20	16	27	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
113305601--113305768	89	1.9	89	86	0	237	35	20	16	27	1.94
113305405--113305926	166	3.2	165	87	2	757	35	20	17	27	1.95
113305778--113305997	89	2.5	89	82	7	277	36	20	15	27	1.93
113305935--113305967	14	2.4	14	95	5	59	60	6	15	18	1.54
113306338--113306381	19	2.4	19	85	7	56	50	0	9	40	1.34
113307827--113307858	8	4.0	8	100	0	64	50	25	25	0	1.50
113308469--113308513	20	2.3	20	88	3	65	28	17	26	26	1.98
113314121--113314283	39	4.2	39	91	0	263	22	20	33	23	1.97
113314121--113314314	39	4.9	39	89	0	253	22	21	32	23	1.98
113317334--113317368	12	2.9	12	91	8	54	37	0	0	62	0.95
113317470--113317670	23	8.2	24	78	15	157	32	3	4	58	1.38
113317462--113317670	48	4.3	48	79	12	198	32	4	4	58	1.39
113317481--113317670	25	7.8	25	79	11	164	32	4	4	58	1.38
113317634--113317681	25	2.0	23	84	8	60	33	2	2	62	1.18
113317818--113317852	17	2.0	18	88	5	54	28	2	2	65	1.21
113318086--113318111	6	4.3	6	100	0	52	15	0	0	84	0.62
113322027--113322332	85	3.6	85	80	6	332	26	17	21	33	1.96
113339754--113339779	13	2.0	13	100	0	52	7	30	30	30	1.85
113342589--113342627	19	2.1	18	85	4	51	71	0	2	25	0.98
113342832--113342899	3	22.0	3	79	5	55	61	5	4	27	1.38
113346970--113347157	25	7.6	25	80	3	182	28	14	20	36	1.93
113346968--113347157	74	2.5	75	82	2	222	28	15	20	35	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
113347328--113347358	15	2.1	15	100	0	62	41	12	6	38	1.69
113351782--113351819	19	2.1	18	95	5	67	63	5	0	31	1.17
113351785--113351843	18	3.3	17	83	7	64	61	1	0	37	1.07
113351960--113352033	9	7.6	9	77	16	60	62	2	2	32	1.23
113351955--113352048	10	9.1	10	70	17	50	62	3	2	31	1.22
113352813--113352851	10	3.9	10	82	0	51	71	5	5	17	1.23
113354000--113354059	31	1.9	31	96	0	111	26	15	28	30	1.96
113355959--113356010	19	2.6	20	85	14	72	26	0	5	67	1.13
113355959--113356039	19	4.2	19	73	20	62	29	1	4	64	1.22
113355950--113356039	29	3.2	28	75	10	69	28	1	4	65	1.19
113356180--113356219	10	4.0	10	93	0	71	67	10	2	20	1.31
113358149--113358271	8	13.4	9	72	15	67	34	0	2	62	1.14
113358149--113358193	8	5.5	8	94	2	72	31	0	0	68	0.89
113358152--113358415	10	28.0	10	69	16	79	33	2	2	61	1.22
113358245--113358304	19	3.1	19	71	19	52	31	0	3	65	1.09
113358600--113358653	3	18.0	3	100	0	108	33	0	0	66	0.92
113361861--113362032	93	1.8	93	91	0	281	27	27	21	22	1.99
113361853--113362022	46	3.7	46	77	10	184	29	28	20	21	1.98
113365998--113366025	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
113369317--113369422	27	3.9	27	84	10	126	36	21	23	17	1.95
113369317--113369422	55	1.9	54	84	5	142	36	21	23	17	1.95
113372958--113373033	38	2.0	38	97	0	143	26	32	13	27	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
113376834--113376945	28	4.2	26	81	11	118	36	20	24	18	1.95
113376835--113376942	54	2.0	53	83	5	137	37	19	24	19	1.94
113378841--113379025	88	2.1	88	89	3	284	25	24	17	32	1.97
113379222--113379413	64	3.0	64	92	0	321	36	13	16	33	1.87
113380455--113380485	15	2.1	14	94	5	53	0	19	0	80	0.71
113380451--113380509	4	13.8	4	80	8	55	0	23	0	76	0.79
113383090--113383137	19	2.5	19	82	0	69	39	12	25	22	1.89
113384757--113385009	131	1.9	130	83	2	319	35	20	18	26	1.95
113388065--113388108	15	3.1	14	84	12	54	45	2	0	52	1.13
113397878--113397915	19	2.0	19	90	10	60	78	0	18	2	0.86
113400685--113400784	31	3.3	30	83	8	123	7	4	16	73	1.21
113400685--113400784	32	3.3	30	86	8	132	7	4	16	73	1.21
113403004--113403118	44	2.6	44	85	2	149	35	13	22	27	1.92
113403004--113403137	46	3.0	45	82	4	153	35	14	23	26	1.93
113407174--113407202	10	2.9	10	100	0	58	20	10	20	48	1.79
113407693--113407733	20	2.0	21	85	4	57	51	0	0	48	1.00
113407716--113407773	25	2.1	29	87	12	88	46	0	0	53	1.00
113409098--113409133	18	2.0	18	100	0	72	50	22	0	27	1.50
113410567--113410604	19	2.0	19	100	0	76	26	15	0	57	1.38
113420279--113420356	33	2.4	32	78	6	84	28	21	17	32	1.96
113423375--113423421	2	23.5	2	91	0	76	46	2	2	48	1.25
113429163--113429224	5	11.6	5	74	19	54	74	0	1	24	0.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
113430213--113430274	5	11.6	5	74	19	54	74	0	1	24	0.91
113434281--113434463	68	2.7	68	80	0	222	31	23	15	29	1.96
113434341--113434553	100	2.1	100	81	0	237	30	22	15	31	1.95
113434300--113434624	168	1.9	168	82	1	409	30	20	16	31	1.95
113442616--113442725	26	4.2	26	97	0	193	33	6	24	35	1.81
113450411--113450475	28	2.3	28	79	10	78	53	9	1	35	1.42
113456529--113456553	7	3.6	7	100	0	50	60	12	12	16	1.60
113458004--113458046	20	2.2	20	83	4	52	51	18	6	23	1.70
113459352--113459397	22	2.1	22	100	0	92	28	4	4	63	1.33
113472916--113472959	13	3.4	13	80	0	52	47	0	2	50	1.13
113472931--113472964	17	1.9	18	88	5	52	44	0	2	52	1.16
113473186--113473218	17	2.1	16	88	11	50	30	0	0	69	0.88
113473265--113473323	21	2.8	22	85	7	70	23	0	6	69	1.12
113473294--113473343	26	2.0	24	88	7	73	34	0	2	64	1.05
113473528--113473575	22	2.2	22	82	14	55	60	2	10	27	1.41
113477987--113478150	43	3.8	44	80	4	165	27	13	24	34	1.93
113481021--113481148	39	3.3	39	87	2	175	24	25	23	27	2.00
113481045--113481165	40	3.0	40	90	1	181	25	24	22	27	2.00
113488911--113489057	39	3.8	39	89	0	195	23	27	23	25	2.00
113491718--113491828	27	4.1	27	86	0	150	41	14	26	18	1.88
113491725--113491840	54	2.2	53	92	3	187	39	14	26	18	1.90
113491753--113491858	27	3.9	27	78	14	112	38	14	26	20	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
113491874--113491975	27	3.8	27	71	5	80	44	17	23	14	1.86
113498485--113498571	27	3.2	27	87	9	124	34	22	24	18	1.96
113500167--113500274	26	4.2	26	90	0	171	37	23	6	32	1.80
113514347--113514406	29	2.1	29	90	0	93	26	6	25	41	1.80
113517358--113517437	40	2.0	40	100	0	160	40	15	22	22	1.91
113519992--113520104	35	3.1	36	78	12	131	32	23	13	30	1.93
113521332--113521370	9	4.6	9	90	9	64	43	30	0	25	1.55
113524630--113524663	10	3.4	10	88	11	52	91	0	0	8	0.43
113524628--113524662	17	2.1	17	100	0	70	88	0	0	11	0.51
113525336--113525370	6	5.8	6	89	0	52	45	20	0	34	1.51

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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