genome.fa.s13.2.7.7.80.10.50.1000.283.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr13 124041150 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  124041150

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   

This is table  283  of  410  ( 49152 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
87279760--87279946	25	7.6	24	74	16	102	18	17	15	48	1.81
87279760--87279951	31	6.0	31	76	13	185	18	17	15	48	1.81
87279760--87279960	37	5.6	36	77	14	163	18	16	15	48	1.81
87279784--87279951	62	2.7	61	86	6	232	17	17	14	49	1.80
87279793--87279884	19	4.6	19	72	17	69	20	17	11	50	1.78
87281911--87282036	27	4.7	26	77	10	94	37	19	9	33	1.85
87281932--87282079	54	2.7	53	77	6	154	37	20	10	31	1.86
87281932--87282077	27	5.4	27	77	6	118	38	19	10	32	1.85
87282060--87282474	27	15.3	27	81	3	323	32	21	7	37	1.82
87282287--87282359	28	2.6	28	91	2	112	42	20	6	30	1.78
87282273--87282406	55	2.4	54	79	3	142	39	20	8	31	1.83
87282479--87282833	27	13.3	27	83	3	405	35	19	19	25	1.95
87282479--87282780	134	2.2	134	87	4	403	36	20	18	24	1.95
87283059--87283212	67	2.3	67	94	0	272	18	27	22	31	1.97
87283145--87283196	27	2.0	26	84	3	68	19	25	21	34	1.96
87283317--87283507	6	31.2	6	75	17	171	17	18	15	48	1.81
87283317--87283507	25	7.8	23	74	17	120	17	18	15	48	1.81
87283317--87283507	31	6.0	31	77	12	192	17	18	15	48	1.81
87283341--87283507	61	2.7	61	85	9	225	17	18	14	49	1.80
87285468--87285593	27	4.7	26	77	10	94	37	19	9	33	1.85
87285489--87285636	54	2.7	53	77	6	154	37	20	10	31	1.86
87285489--87285634	27	5.4	27	77	6	118	38	19	10	32	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
87285617--87286031	27	15.3	27	81	3	323	32	21	7	37	1.82
87285844--87285916	28	2.6	28	91	2	112	42	20	6	30	1.78
87285830--87285963	55	2.4	54	79	3	142	39	20	8	31	1.83
87286036--87286391	27	13.3	27	84	3	414	35	19	19	25	1.95
87286036--87286337	134	2.2	134	87	4	403	36	20	18	24	1.95
87286636--87286687	27	2.0	26	88	3	77	17	26	21	34	1.95
87286617--87286770	67	2.3	67	97	0	290	17	29	22	30	1.97
87286703--87286754	27	2.0	26	84	3	68	17	23	21	38	1.93
87286873--87286952	6	13.0	6	75	19	76	17	17	16	48	1.81
87286873--87286940	25	2.7	25	86	8	102	17	17	16	48	1.81
87286976--87287196	67	3.3	67	94	0	388	18	27	22	32	1.97
87287062--87287113	27	2.0	26	84	3	68	19	25	21	34	1.96
87287129--87287180	27	2.0	26	84	3	68	17	23	21	38	1.93
87287299--87287482	6	29.8	6	74	19	148	18	18	15	47	1.82
87287303--87287415	25	4.8	25	69	27	95	18	18	15	46	1.84
87287299--87287477	31	5.6	31	72	18	152	18	18	15	47	1.83
87287328--87287487	37	4.5	37	79	12	199	18	18	15	47	1.83
87287300--87287477	68	2.7	67	89	6	267	17	18	15	47	1.82
87293037--87293130	40	2.3	40	87	0	125	34	26	17	22	1.96
87297150--87297184	19	1.9	18	88	11	54	45	11	0	42	1.40
87298757--87298851	49	1.9	49	91	0	154	24	18	28	28	1.98
87301714--87301842	29	4.6	28	81	4	136	25	31	15	27	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
87305537--87305676	40	3.5	40	88	5	194	25	21	26	26	1.99
87305538--87305699	80	2.0	79	82	8	195	27	19	25	27	1.99
87313530--87313714	40	4.6	41	83	8	188	25	21	26	26	1.99
87317236--87317317	29	2.9	28	74	3	85	26	34	14	24	1.94
87317550--87317592	8	5.4	8	85	0	59	6	23	18	51	1.70
87318814--87318846	16	2.1	16	94	0	57	12	3	33	51	1.54
87321303--87321425	46	2.7	47	81	12	157	30	20	27	21	1.98
87322585--87322680	28	3.5	28	90	5	144	20	8	26	44	1.79
87323301--87323362	27	2.3	27	91	0	97	27	16	16	40	1.89
87323345--87323467	27	4.6	27	83	3	160	30	7	19	42	1.78
87323451--87323521	27	2.6	27	75	4	72	29	7	26	36	1.83
87323345--87323467	54	2.3	54	91	1	194	30	7	19	42	1.78
87326727--87326822	28	3.5	28	88	7	144	20	8	25	45	1.79
87327441--87327502	27	2.3	27	91	0	97	27	16	16	40	1.89
87327485--87327607	27	4.6	27	83	3	160	30	7	19	42	1.78
87327591--87327661	27	2.6	27	75	4	72	29	7	26	36	1.83
87327485--87327607	54	2.3	54	91	1	194	30	7	19	42	1.78
87331632--87331817	40	4.7	40	86	5	218	25	21	26	26	2.00
87331685--87331840	80	2.0	79	82	8	192	27	21	25	25	1.99
87338251--87338322	29	2.5	28	86	6	92	30	15	26	27	1.96
87349333--87349433	28	3.5	30	82	6	118	29	14	26	28	1.95
87349362--87349437	29	2.7	28	76	13	75	30	14	26	28	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
87353053--87353230	78	2.2	81	80	11	208	26	21	25	25	2.00
87353047--87353230	40	4.7	40	84	9	202	26	22	26	25	2.00
87360384--87360409	8	3.2	8	100	0	52	61	15	23	0	1.33
87360816--87360941	40	3.2	39	79	10	132	21	24	24	29	1.99
87363505--87363690	40	4.7	40	88	5	236	25	22	26	25	2.00
87363505--87363723	80	2.8	80	80	11	245	26	21	26	25	2.00
87367266--87367295	6	5.0	6	95	0	51	46	33	16	3	1.64
87369090--87369129	15	2.6	16	84	4	55	15	7	0	77	0.98
87370753--87370795	20	2.2	20	95	0	77	32	4	18	44	1.71
87370763--87370814	20	2.6	20	84	6	61	28	5	21	44	1.75
87372626--87372722	42	2.3	42	85	7	126	29	22	17	29	1.97
87386668--87386745	39	2.0	39	97	0	147	38	19	5	37	1.74
87396461--87396582	43	2.9	42	84	4	156	31	18	24	26	1.97
87416530--87416555	12	2.2	12	100	0	52	84	15	0	0	0.62
87417248--87417286	18	2.1	19	85	4	53	23	38	28	10	1.87
87424530--87424625	29	3.3	28	81	5	111	30	25	16	28	1.97
87424836--87424871	16	2.2	16	95	0	63	8	19	19	52	1.70
87427627--87427695	24	2.8	24	82	10	77	26	23	18	31	1.97
87427627--87427715	24	3.7	22	82	10	70	26	21	17	33	1.96
87427636--87427715	24	3.3	24	82	8	74	27	21	17	33	1.96
87427889--87427952	19	3.3	19	78	4	74	31	7	21	39	1.82
87427898--87427950	20	2.7	20	82	8	56	30	7	24	37	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
87435452--87435499	23	2.1	23	88	7	71	27	10	39	22	1.87
87440384--87440436	26	2.0	26	96	0	97	39	22	5	32	1.78
87456527--87456840	27	11.7	27	83	4	366	40	22	9	28	1.84
87456527--87456813	134	2.1	135	88	3	427	40	22	9	27	1.84
87456527--87456842	107	2.9	107	82	3	402	39	22	9	28	1.85
87457109--87457215	41	2.6	41	81	0	124	21	17	29	30	1.96
87458434--87458472	16	2.4	16	95	0	69	48	17	10	23	1.78
87459422--87459596	49	3.6	49	76	3	181	23	12	32	31	1.92
87459416--87459596	98	1.8	98	83	0	236	23	12	33	30	1.91
87466972--87467079	26	4.2	26	92	0	180	32	6	24	37	1.81
87475089--87475196	26	4.2	26	93	0	189	32	7	24	36	1.83
87476682--87476729	24	2.0	25	83	4	62	37	20	14	27	1.92
87480882--87480963	26	3.2	26	96	0	155	30	6	26	36	1.81
87482127--87482156	8	3.8	8	90	0	51	43	26	26	3	1.70
87482543--87482653	27	4.1	27	80	5	109	17	24	22	36	1.95
87482543--87482653	53	2.1	54	85	8	147	17	24	22	36	1.95
87487805--87487912	26	4.2	26	97	0	207	30	6	26	36	1.82
87489506--87489616	27	4.1	26	82	7	114	18	25	20	35	1.96
87489506--87489616	54	2.1	54	86	3	152	18	25	20	35	1.96
87493829--87493886	27	2.2	26	82	14	66	22	43	0	34	1.54
87498432--87498463	2	16.0	2	93	0	55	46	0	3	50	1.17
87499342--87499378	18	2.1	18	95	5	67	13	0	37	48	1.43
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
87499419--87499469	24	2.1	24	100	0	102	54	0	11	33	1.37
87500237--87500538	40	7.6	40	85	0	388	18	28	17	36	1.93
87518082--87518125	23	1.9	23	95	0	79	29	15	25	29	1.96
87518210--87518263	23	2.4	21	77	17	54	35	12	24	27	1.92
87518842--87518885	19	2.4	19	85	7	56	50	0	9	40	1.34
87521393--87521449	20	2.8	20	97	0	105	35	12	19	33	1.89
87521397--87521449	11	5.2	11	69	17	51	35	13	18	32	1.90
87521502--87521645	23	6.0	24	90	8	222	29	20	22	27	1.99
87522737--87522761	13	1.9	13	100	0	50	32	4	24	40	1.73
87523679--87523839	81	2.0	80	89	3	243	28	7	14	49	1.71

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410