genome.fa.s13.2.7.7.80.10.50.1000.222.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr13 124041150 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  124041150

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  222  of  410  ( 49152 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
68258780--68258831	27	2.0	26	81	11	61	38	1	23	36	1.66
68262032--68264196	600	3.6	598	82	7	2687	33	14	11	40	1.83
68266004--68266069	25	2.6	25	74	9	64	39	3	1	56	1.24
68266385--68266410	3	8.7	3	100	0	52	69	0	30	0	0.89
68266588--68266706	60	2.0	60	91	0	193	31	0	12	54	1.44
68271462--68271499	19	2.0	19	100	0	76	10	26	26	36	1.89
68275235--68275655	27	15.6	27	86	3	546	28	22	8	40	1.84
68275283--68275699	81	5.1	81	83	4	259	28	23	8	39	1.84
68277055--68277240	24	8.0	24	86	6	249	29	23	20	26	1.99
68277054--68277221	68	2.4	70	89	3	259	30	22	19	26	1.98
68277069--68277240	92	1.9	92	91	2	283	29	23	19	27	1.99
68277433--68277496	31	2.1	31	90	0	101	35	15	23	25	1.94
68280308--68280727	27	15.6	27	85	4	528	28	22	8	40	1.83
68282045--68282091	20	2.3	20	100	0	94	36	12	19	31	1.89
68282146--68282335	24	8.0	24	89	3	269	29	22	21	26	1.99
68282146--68282314	47	3.6	47	92	1	284	30	22	20	26	1.98
68282145--68282335	71	2.7	71	87	5	269	29	22	21	26	1.99
68282529--68282592	31	2.1	31	90	0	101	35	15	23	25	1.94
68288285--68288435	66	2.3	66	80	4	153	17	41	11	28	1.85
68293225--68293302	38	2.1	38	85	0	102	23	21	25	29	1.99
68293241--68293325	38	2.2	38	82	0	98	23	20	24	31	1.98
68293318--68293557	43	5.6	43	91	0	365	12	23	31	32	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
68293318--68293570	86	3.0	86	92	0	409	13	23	31	32	1.92
68305428--68305553	47	2.6	49	86	6	159	24	30	16	27	1.97
68305427--68305601	50	3.7	48	78	10	159	24	30	18	26	1.98
68305479--68305628	46	3.2	45	78	11	133	23	32	18	26	1.97
68307301--68307339	20	1.9	21	89	5	62	30	10	7	51	1.64
68307990--68308211	46	4.7	48	78	6	204	28	19	27	24	1.98
68307990--68308211	93	2.4	94	84	3	286	28	19	27	24	1.98
68307990--68308343	49	7.5	48	72	10	205	28	19	27	24	1.98
68312470--68312585	42	2.7	43	82	5	139	25	18	27	28	1.98
68315320--68315442	49	2.5	49	80	5	124	31	22	24	21	1.98
68316990--68317211	111	2.0	111	99	0	435	36	8	21	34	1.83
68318918--68319016	27	3.7	27	80	2	101	27	29	20	23	1.99
68318943--68319036	27	3.5	27	82	0	98	28	24	22	24	1.99
68323026--68323117	46	2.0	46	97	0	175	28	16	10	44	1.81
68323368--68323428	20	3.2	19	77	6	61	54	3	3	39	1.33
68323420--68323468	26	1.9	26	87	4	73	46	0	0	53	1.00
68327540--68327707	40	4.1	41	78	9	157	25	29	22	23	1.99
68327561--68327728	41	4.2	40	76	15	175	26	27	22	22	1.99
68335995--68336163	41	4.1	41	78	8	148	25	29	21	23	1.99
68336017--68336164	41	3.6	41	80	7	176	26	28	22	22	1.99
68341166--68341332	40	4.2	40	80	4	169	23	26	22	26	2.00
68341182--68341291	39	2.8	40	84	8	136	22	29	24	23	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
68343794--68343887	27	3.5	27	86	0	125	27	25	8	38	1.85
68343794--68344017	54	4.4	54	75	13	202	29	23	8	38	1.84
68343846--68343929	42	2.0	42	92	0	141	29	25	7	38	1.82
68343888--68344017	27	4.8	27	81	0	152	30	22	8	38	1.84
68343808--68343981	96	1.8	96	87	0	258	28	23	8	39	1.84
68343819--68343954	69	2.0	69	92	0	227	27	24	9	38	1.86
68343996--68344216	27	8.2	27	73	5	146	39	22	8	30	1.83
68343915--68344045	54	2.4	54	82	2	147	32	22	7	37	1.82
68343996--68344216	54	4.1	54	77	5	205	39	22	8	30	1.83
68343887--68344136	81	3.1	80	78	5	200	35	22	7	34	1.83
68343996--68344215	81	2.7	81	83	4	241	39	21	8	30	1.83
68343996--68344242	81	3.1	80	79	7	216	39	21	9	29	1.85
68344208--68344448	27	9.0	27	88	2	351	36	18	19	25	1.95
68344181--68344386	107	1.9	108	85	3	283	36	17	18	27	1.93
68344651--68344720	25	2.8	25	93	0	113	27	25	22	24	2.00
68344650--68344733	25	3.4	24	83	8	98	29	22	22	25	1.99
68349593--68349800	40	5.2	40	89	1	294	23	21	28	26	1.99
68354576--68354642	34	2.0	34	96	0	125	49	5	28	16	1.69
68354986--68355210	49	4.7	49	73	10	153	24	30	19	25	1.98
68355176--68355341	46	3.6	46	91	1	244	23	26	18	31	1.98
68357007--68357189	40	4.6	40	83	3	181	23	26	22	27	1.99
68365116--68365261	40	3.7	40	84	0	175	24	27	21	26	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
68365148--68365299	40	3.8	40	84	5	164	23	25	22	28	1.99
68374521--68374620	40	2.5	40	78	0	101	34	25	12	29	1.91
68375240--68375284	18	2.3	20	81	11	58	62	15	4	17	1.49
68386950--68386997	21	2.2	21	85	3	69	72	2	22	2	1.05
68386957--68386996	21	1.9	21	94	0	71	75	2	20	2	1.04
68387042--68387071	15	2.1	14	93	6	51	63	0	23	13	1.29
68393951--68394043	38	2.4	39	85	1	125	38	9	9	41	1.71
68411946--68412037	42	2.2	42	88	0	130	35	20	14	29	1.92
68412183--68412280	26	3.8	26	88	6	146	27	24	22	25	2.00
68412183--68412280	52	1.9	51	93	2	169	27	24	22	25	2.00
68412330--68412396	20	3.3	20	87	4	91	31	16	10	41	1.82
68413497--68413875	27	14.0	27	74	6	176	34	9	19	36	1.85
68413750--68413870	55	2.2	55	82	5	138	33	9	16	40	1.80
68413862--68413989	53	2.4	54	84	3	161	36	7	26	28	1.84
68413510--68414001	216	2.3	216	79	3	508	34	9	20	34	1.86
68413862--68413989	26	4.8	26	87	1	157	36	7	26	28	1.84
68416236--68416314	31	2.5	31	97	0	149	25	26	18	29	1.98
68416338--68416429	42	2.2	42	92	0	148	33	20	15	30	1.93
68416562--68416694	26	5.3	26	88	6	197	27	23	21	27	1.99
68416743--68416828	20	4.3	20	89	5	131	31	18	9	40	1.82
68416743--68416828	39	2.2	40	89	6	131	31	18	9	40	1.82
68416755--68416838	5	17.4	5	69	16	52	33	19	7	40	1.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
68416760--68416835	9	7.8	10	68	15	52	32	18	7	40	1.79
68417627--68418002	27	14.0	27	75	6	174	34	9	19	36	1.85
68417881--68418002	26	4.6	25	75	15	102	34	8	18	38	1.81
68417963--68418090	53	2.4	53	84	2	132	39	7	22	31	1.81
68417989--68418114	27	4.7	27	88	2	166	38	7	24	28	1.83
68417989--68418103	53	2.2	53	90	1	176	39	7	23	29	1.83
68420378--68420456	31	2.5	31	85	0	113	25	25	17	31	1.97
68420480--68420571	42	2.2	42	88	0	130	35	20	13	30	1.91
68420704--68420840	25	5.3	26	86	5	174	27	21	20	29	1.98
68420890--68420976	20	4.3	20	92	2	140	31	18	10	40	1.84
68421684--68421747	27	2.4	27	81	5	76	21	25	17	35	1.95
68421781--68421931	27	5.6	27	75	7	128	29	8	21	41	1.82
68421780--68421931	81	1.9	81	80	10	177	29	8	21	40	1.82
68421781--68421911	54	2.4	54	83	0	145	31	9	19	40	1.82
68421951--68422039	27	3.3	26	83	9	99	42	10	19	28	1.83
68421963--68422295	27	12.3	27	83	3	204	38	8	21	31	1.84
68422032--68422150	28	4.3	28	82	10	138	31	7	18	42	1.78
68422032--68422150	55	2.2	55	83	6	143	31	7	18	42	1.78
68421978--68422316	80	4.2	81	72	6	236	37	8	21	33	1.83
68423497--68423531	4	9.0	4	87	6	54	74	0	2	22	0.95
68423497--68423525	15	1.9	15	100	0	58	75	0	3	20	0.94
68437961--68438144	40	4.6	39	76	9	140	26	23	27	22	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
68438001--68438189	80	2.4	81	78	4	195	23	23	29	23	1.99
68446086--68446229	40	3.7	38	79	8	137	24	23	28	23	2.00
68446087--68446274	79	2.4	81	78	5	195	22	23	29	23	1.99
68448914--68449240	162	2.0	162	96	0	609	29	22	6	41	1.79
68453374--68453544	93	1.8	93	93	0	297	28	29	21	21	1.98
68453366--68453541	46	3.8	46	79	10	205	28	29	20	21	1.98
68458282--68458449	40	4.2	40	82	2	196	25	27	22	25	2.00
68459322--68459347	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
68467365--68467463	49	2.0	49	96	0	180	21	15	28	35	1.93
68470411--68470448	20	2.0	20	89	5	60	65	0	7	26	1.19

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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