genome.fa.s13.2.7.7.80.10.50.1000.270.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr13 124041150 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  124041150

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  270  of  410  ( 49152 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
83433952--83434053	31	3.1	31	84	12	107	24	20	14	40	1.90
83434280--83434353	27	2.8	27	95	2	132	24	22	24	28	2.00
83434402--83434468	20	3.3	20	87	4	91	34	20	11	32	1.90
83442076--83442177	38	2.7	38	100	0	204	25	21	12	40	1.89
83442093--83442194	31	3.1	31	87	9	123	24	21	13	40	1.90
83442421--83442493	26	2.8	26	97	0	137	24	23	24	27	2.00
83442544--83442598	20	2.8	20	85	0	74	32	18	14	34	1.91
83446415--83446490	35	2.2	35	95	4	136	32	14	17	35	1.90
83447570--83447673	6	17.3	6	69	20	58	45	1	3	49	1.31
83447524--83447668	61	2.4	61	86	8	213	43	2	4	49	1.35
83447523--83447639	31	3.8	30	76	10	121	40	2	5	52	1.37
83450534--83450590	28	2.0	29	82	3	71	43	3	21	31	1.69
83450535--83450599	28	2.3	28	81	2	67	44	3	21	30	1.67
83454691--83454775	29	2.9	28	80	10	98	52	11	12	22	1.71
83454698--83454777	30	2.7	30	84	5	101	50	10	15	25	1.74
83454877--83454954	39	2.0	39	92	0	129	41	25	8	24	1.84
83465795--83465836	3	14.0	3	100	0	84	33	0	0	66	0.92
83468605--83468637	12	2.6	13	85	9	50	54	0	0	45	0.99
83479353--83479642	144	2.0	144	98	0	562	32	14	23	30	1.94
83481807--83481835	13	2.2	13	100	0	58	24	37	6	31	1.82
83481852--83481949	50	2.0	50	95	0	178	36	19	15	28	1.92
83481933--83482056	37	3.3	37	79	2	131	37	15	16	29	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
83489099--83489150	22	2.2	24	83	6	63	44	0	0	55	0.99
83489117--83489164	21	2.1	23	81	11	55	43	0	0	56	0.99
83492490--83492527	7	5.9	7	82	17	55	55	0	0	44	0.99
83492488--83492521	9	3.8	9	85	14	52	55	0	0	44	0.99
83499049--83499079	16	1.9	16	93	0	53	51	25	6	16	1.68
83500289--83500346	8	7.4	8	78	3	55	48	17	25	8	1.75
83500304--83500348	23	2.0	23	86	8	65	46	15	28	8	1.76
83500443--83500480	19	2.0	19	89	0	58	36	15	31	15	1.90
83502657--83502695	19	2.0	21	85	10	55	53	0	7	38	1.30
83512028--83512093	33	2.0	33	93	0	114	34	16	16	31	1.92
83514148--83514219	15	4.5	16	77	16	78	0	31	0	68	0.90
83514154--83514220	22	3.0	23	81	16	88	0	29	0	70	0.88
83514149--83514221	4	18.2	4	74	23	57	0	31	0	68	0.90
83514386--83514426	17	2.4	18	80	12	50	24	4	0	70	1.06
83516612--83516684	36	2.0	36	97	0	137	31	5	20	42	1.75
83518753--83518922	92	1.8	93	89	3	272	22	20	28	28	1.99
83518757--83518927	46	3.7	45	74	16	163	22	20	28	28	1.99
83525051--83525236	40	4.7	40	85	2	205	24	22	27	25	2.00
83525104--83525259	80	2.0	79	82	6	190	26	21	26	25	2.00
83532484--83532665	39	4.6	39	87	2	240	24	22	30	23	1.99
83535871--83535947	31	2.5	32	77	10	88	40	0	5	54	1.23
83535912--83535954	11	3.7	11	82	11	50	37	0	2	60	1.10
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
83538085--83538222	46	3.0	46	95	0	240	38	15	23	22	1.92
83539943--83540012	27	2.5	28	90	2	106	25	14	30	30	1.95
83544743--83544802	30	2.0	30	100	0	120	43	23	13	20	1.86
83551141--83551322	39	4.6	39	87	2	240	24	22	30	23	1.99
83557461--83557612	40	3.8	40	81	8	159	25	22	26	25	2.00
83559347--83559471	48	2.6	48	84	2	144	26	28	17	28	1.98
83566147--83566199	25	2.1	25	96	0	97	28	1	22	47	1.62
83569566--83569669	27	3.9	27	85	7	131	35	21	23	20	1.96
83574468--83574544	31	2.5	32	77	10	88	40	0	5	54	1.23
83574509--83574551	11	3.7	11	82	11	50	37	0	2	60	1.10
83576685--83576822	46	3.0	46	94	0	231	39	14	23	22	1.91
83578542--83578611	27	2.5	28	90	2	106	25	14	30	30	1.95
83587076--83587154	24	3.2	26	62	20	60	37	32	12	16	1.86
83596551--83596706	43	3.6	42	75	11	138	26	28	18	26	1.98
83609183--83609244	30	2.1	29	96	3	115	27	8	9	54	1.61
83609393--83609568	48	3.7	48	86	3	255	27	18	27	26	1.98
83609382--83609579	96	2.1	96	82	1	245	29	18	26	25	1.98
83620006--83620294	49	5.9	49	97	0	537	32	8	29	30	1.87
83620035--83620117	27	3.3	27	60	16	68	31	4	30	33	1.79
83620286--83620485	48	4.2	47	89	5	285	35	6	27	31	1.82
83620286--83620485	96	2.1	96	93	0	337	35	6	27	31	1.82
83620525--83620652	37	3.4	37	95	1	229	23	17	32	25	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
83622611--83622673	24	2.6	24	100	0	126	20	17	26	34	1.95
83630670--83630807	57	2.4	57	91	0	213	30	19	17	32	1.95
83631644--83631669	13	2.0	13	100	0	52	23	23	23	30	1.99
83640564--83640611	19	2.5	20	79	3	53	52	0	14	33	1.42
83641202--83641339	57	2.4	57	91	2	224	31	19	17	31	1.95
83642205--83642436	113	2.1	113	91	1	376	27	20	26	25	1.99
83643036--83643105	35	2.0	35	85	2	95	30	12	20	37	1.90
83645995--83646106	20	5.6	20	67	9	66	11	31	19	37	1.88
83647470--83647708	98	2.4	98	89	1	345	35	26	18	20	1.95
83647775--83647837	27	2.3	27	91	5	101	34	25	22	17	1.95
83648061--83648367	27	11.0	27	79	6	263	26	19	17	36	1.94
83648112--83648231	64	1.9	64	89	0	186	26	18	18	36	1.94
83648089--83648263	91	1.9	91	92	0	296	26	18	19	36	1.94
83648370--83648444	27	2.8	27	83	0	87	32	8	25	34	1.85
83648359--83648551	81	2.4	81	79	4	203	32	8	20	38	1.82
83648380--83648700	27	12.1	26	77	9	247	30	9	21	38	1.85
83648406--83648722	53	6.0	53	77	11	256	29	9	21	39	1.85
83651026--83651256	98	2.4	98	90	0	345	36	26	16	20	1.94
83651307--83651389	27	3.1	26	84	3	85	40	21	19	18	1.91
83651613--83651946	27	12.0	27	81	10	227	26	20	19	34	1.96
83651641--83651811	91	1.9	91	91	0	279	27	18	19	34	1.95
83651614--83651842	118	1.9	118	86	1	325	27	18	20	33	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
83651728--83651953	27	8.4	27	87	3	267	27	20	17	33	1.96
83652001--83652364	27	13.6	27	81	6	411	31	9	19	39	1.83
83652001--83652364	53	6.8	54	80	6	370	31	9	19	39	1.83
83654001--83654150	41	3.7	41	85	1	221	28	28	23	20	1.99
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83658176--83658336	29	5.6	29	88	1	103	26	31	16	26	1.96
83658175--83658336	58	2.8	59	86	3	204	25	30	16	27	1.96
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83687691--83687801	55	2.0	55	100	0	222	35	19	21	23	1.96
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83694120--83694294	20	8.8	20	84	0	215	13	20	26	39	1.89
83694116--83694294	40	4.5	40	85	0	241	13	21	26	39	1.90
83694285--83694344	26	2.3	27	83	11	79	18	21	21	38	1.94
83702933--83703153	40	5.6	40	92	1	347	22	21	30	25	1.99
83710998--83711217	40	5.6	40	91	2	338	22	20	30	25	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
83710998--83711217	79	2.8	80	91	2	338	22	20	30	25	1.99
83716629--83716724	39	2.5	39	87	3	131	25	22	29	22	1.99
83724450--83724633	40	4.6	40	89	2	264	25	22	26	25	2.00
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83729985--83730159	96	1.8	96	87	2	262	26	19	28	26	1.99
83729922--83730162	48	5.0	48	76	7	195	27	18	26	27	1.98
83738600--83738882	48	5.9	48	75	6	268	28	18	25	26	1.98
83750050--83750216	43	3.9	43	77	11	155	31	23	14	29	1.95
83755178--83755247	27	2.5	28	90	2	106	25	14	30	30	1.95
83757217--83757382	42	3.9	42	78	4	172	29	25	13	31	1.93

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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