genome.fa.s13.2.7.7.80.10.50.1000.307.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr13 124041150 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  124041150

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  307  of  410  ( 49152 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
95077387--95077448	18	3.3	18	77	8	63	30	14	11	43	1.80
95077440--95077476	18	2.1	18	89	0	56	48	10	10	29	1.72
95077525--95077585	30	2.0	30	87	6	88	22	40	0	36	1.55
95083364--95083399	17	2.1	17	90	10	56	0	19	22	58	1.40
95095491--95095549	21	2.9	20	74	18	59	66	1	30	1	1.12
95102047--95102080	17	2.0	17	94	0	59	32	2	5	58	1.37
95102065--95102091	13	2.1	13	100	0	54	37	0	7	55	1.28
95102047--95102080	9	3.9	9	88	7	52	32	2	5	58	1.37
95106903--95107063	29	5.6	29	85	2	171	24	32	15	27	1.95
95114669--95114856	29	6.6	28	79	7	157	25	32	15	25	1.96
95118099--95118143	6	7.5	6	87	0	63	13	6	0	80	0.91
95118097--95118142	24	1.9	24	95	0	83	13	8	0	78	0.97
95121063--95121089	13	2.1	13	100	0	54	37	0	7	55	1.28
95121050--95121078	9	3.3	9	90	9	51	34	0	6	58	1.25
95138906--95139121	94	2.3	93	82	5	247	27	18	29	23	1.98
95139049--95139221	49	3.5	50	77	8	162	26	16	28	28	1.97
95146387--95146474	28	3.2	28	86	1	115	42	17	13	27	1.86
95151770--95151810	20	2.1	20	86	4	57	73	0	17	9	1.09
95156829--95156859	2	15.5	2	100	0	62	48	0	0	51	1.00
95160685--95160809	54	2.3	54	93	2	207	11	28	30	30	1.91
95161633--95161686	16	3.3	16	79	7	56	42	1	0	55	1.10
95161882--95161925	23	1.9	23	100	0	88	29	0	18	52	1.46
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
95169128--95169207	40	2.0	40	85	0	106	26	13	26	33	1.94
95178387--95178605	49	4.6	47	75	11	182	25	30	19	25	1.98
95178387--95178564	98	1.8	97	85	3	250	24	29	19	26	1.98
95180961--95180991	9	3.4	9	100	0	62	22	0	67	9	1.19
95190457--95190586	40	3.3	39	76	8	136	23	27	23	24	2.00
95190473--95190624	40	3.8	40	78	6	148	22	26	23	27	1.99
95190473--95190622	80	1.9	80	83	8	198	22	26	24	27	1.99
95193485--95193542	30	2.0	30	86	3	82	29	15	24	31	1.95
95201091--95201156	30	2.3	30	78	5	73	33	9	21	36	1.85
95201501--95201727	47	4.9	47	78	10	198	27	18	31	22	1.97
95201504--95201677	46	3.7	47	82	9	180	27	19	31	21	1.97
95210465--95210509	22	2.0	22	100	0	90	24	8	26	40	1.84
95211947--95211983	12	3.1	12	100	0	74	8	16	32	43	1.77
95211990--95212167	41	4.4	40	85	4	205	38	21	20	19	1.93
95212323--95212367	14	3.2	14	80	0	54	26	0	24	48	1.51
95212334--95212420	21	3.8	21	72	19	75	27	3	26	42	1.71
95212338--95212434	49	2.0	46	90	5	149	29	4	24	41	1.74
95212941--95212980	7	5.7	7	81	0	53	15	0	37	47	1.45
95212936--95212980	14	3.2	14	90	0	72	17	0	33	48	1.48
95218708--95218874	40	4.2	40	78	6	160	25	22	27	24	2.00
95235155--95235305	40	3.8	40	79	6	155	25	22	27	23	2.00
95240978--95241125	79	1.9	80	81	4	183	22	31	24	21	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
95241018--95241125	40	2.7	40	86	0	135	21	30	25	23	1.99
95246616--95246784	46	3.6	46	72	15	125	23	27	18	30	1.98
95249530--95249573	14	3.2	14	83	3	54	56	0	0	43	0.99
95249531--95249571	13	3.1	13	86	6	55	56	0	0	43	0.99
95253336--95253404	35	1.9	36	85	11	97	23	21	23	31	1.98
95254163--95254216	8	7.1	8	81	12	69	61	0	0	38	0.96
95254160--95254234	16	5.0	15	74	16	66	64	0	0	36	0.94
95254161--95254225	13	4.8	13	81	9	69	63	0	0	36	0.95
95254202--95254250	9	5.2	9	85	7	62	77	0	2	20	0.87
95254250--95254301	27	2.0	26	84	3	68	69	3	26	0	1.06
95259133--95259305	46	3.8	45	72	14	138	19	16	31	32	1.94
95259129--95259298	93	1.8	93	87	2	252	20	17	30	31	1.95
95271736--95271912	90	2.0	90	94	2	311	25	29	16	28	1.97
95273395--95273575	46	3.9	46	81	9	233	20	21	29	27	1.98
95273397--95273567	93	1.8	93	96	0	315	20	22	29	27	1.98
95276529--95276597	15	4.6	15	83	0	84	11	17	13	57	1.64
95276520--95276607	30	3.0	30	81	8	99	10	17	15	56	1.66
95278983--95279163	46	3.9	46	81	9	233	20	21	29	27	1.98
95278985--95279155	93	1.8	93	96	0	315	20	22	29	27	1.98
95280927--95281102	47	3.7	47	76	14	152	23	28	18	28	1.98
95286456--95286496	20	2.0	21	86	13	59	21	26	0	51	1.48
95286659--95286832	86	2.0	86	96	0	321	37	8	6	47	1.58
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
95287190--95287221	5	6.4	5	92	0	55	25	18	15	40	1.90
95292800--95292914	27	4.3	26	84	5	131	38	23	21	16	1.93
95292800--95292914	54	2.1	54	88	3	169	38	23	21	16	1.93
95294533--95294694	26	6.2	26	97	0	270	35	24	6	33	1.80
95298671--95298785	54	2.1	54	85	6	153	37	22	23	16	1.94
95298671--95298785	27	4.3	26	84	5	131	37	22	23	16	1.94
95300395--95300563	26	6.3	26	88	8	230	36	24	5	33	1.78
95300468--95300559	32	3.0	32	81	15	115	35	25	5	33	1.79
95300395--95300560	58	3.0	55	88	6	248	36	24	5	33	1.79
95300395--95300563	84	2.1	78	89	6	248	36	24	5	33	1.78
95304526--95304640	27	4.3	26	84	5	131	37	24	21	16	1.93
95304526--95304640	54	2.1	54	85	3	151	37	24	21	16	1.93
95307715--95307783	27	2.5	27	92	2	120	31	28	13	26	1.93
95308629--95308764	26	5.2	26	96	0	227	36	24	5	34	1.78
95313795--95313844	25	2.0	25	84	7	66	42	8	12	38	1.71
95320108--95320384	27	10.3	27	82	3	254	36	17	18	27	1.93
95320589--95320658	25	2.8	25	91	0	122	30	27	20	22	1.98
95320639--95320685	25	2.0	24	83	8	60	29	21	23	25	1.99
95322778--95323027	27	9.3	27	83	3	234	36	19	17	26	1.94
95323231--95323288	24	2.4	25	78	16	68	31	22	22	24	1.99
95328861--95328924	32	2.0	32	93	6	112	31	25	15	28	1.96
95329877--95329911	14	2.5	14	86	13	54	34	25	0	40	1.56
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
95331012--95331037	12	2.2	12	100	0	52	50	15	0	34	1.45
95337044--95337247	77	2.6	78	90	3	313	18	22	29	30	1.97
95337044--95337257	39	5.5	39	90	2	315	18	22	28	29	1.97
95343086--95343316	39	5.9	39	88	2	288	17	20	29	31	1.96
95352826--95352868	21	2.0	21	100	0	86	32	23	9	34	1.87
95354754--95354813	29	2.1	29	96	0	111	31	28	13	26	1.94
95358523--95358597	38	2.0	38	100	0	150	37	21	8	33	1.83
95358779--95358818	20	2.0	20	100	0	80	20	40	10	30	1.85
95362646--95362702	31	2.0	30	86	13	84	45	1	3	49	1.29
95364104--95364128	13	1.9	13	100	0	50	64	0	4	32	1.12
95365105--95365173	37	1.9	35	85	5	93	14	11	11	62	1.55
95366832--95366864	12	2.8	12	95	0	57	24	45	18	12	1.83
95375754--95375792	19	2.1	19	85	9	53	7	15	0	76	0.99
95391865--95392066	40	5.1	40	75	9	148	23	24	27	24	2.00
95391864--95392015	78	1.9	79	84	5	200	25	23	26	24	2.00
95396262--95396479	40	5.5	39	84	6	235	22	26	24	26	2.00
95396248--95396480	79	2.9	79	83	1	268	22	26	24	27	2.00
95404311--95404528	40	5.5	39	84	6	226	22	26	23	26	2.00
95404339--95404528	40	4.8	40	86	1	238	23	27	23	25	2.00
95404338--95404529	79	2.4	81	84	2	253	23	27	22	26	2.00
95410048--95410100	5	10.0	5	80	11	61	41	0	1	56	1.10
95410045--95410101	8	6.6	9	74	22	59	43	0	1	54	1.10
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
95410046--95410101	12	4.5	12	81	16	69	42	0	1	55	1.10
95411413--95411451	18	2.1	19	90	4	62	41	0	10	48	1.37
95411691--95411825	39	3.4	39	74	6	112	23	20	28	28	1.99
95411948--95411988	19	2.2	19	87	12	59	46	0	24	29	1.53
95416473--95416520	5	9.0	5	78	13	51	41	0	2	56	1.11
95416471--95416522	12	4.6	12	79	13	65	42	0	1	55	1.10
95419134--95419353	40	5.5	40	81	5	212	24	25	24	26	2.00
95427229--95427447	40	5.5	39	82	8	226	24	26	22	26	2.00
95427229--95427448	80	2.7	80	84	0	278	25	26	22	25	2.00
95432217--95432255	18	2.1	19	90	4	62	41	0	10	48	1.37

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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