genome.fa.s13.2.7.7.80.10.50.1000.328.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr13 124041150 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  124041150

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  328  of  410  ( 49152 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
101884593--101884978	164	2.3	165	84	9	496	23	22	24	30	1.99
101885904--101885979	1	76.0	1	78	0	80	0	10	0	89	0.49
101885904--101885976	7	10.7	7	86	7	98	0	10	0	89	0.50
101885904--101885979	37	2.1	35	90	9	118	0	10	0	89	0.49
101891678--101891766	19	4.8	19	87	8	139	37	14	11	37	1.82
101891678--101891766	35	2.4	37	88	9	137	37	14	11	37	1.82
101891690--101891745	17	3.5	15	88	9	60	35	16	10	37	1.83
101891991--101892050	28	2.1	28	81	6	68	50	35	1	13	1.52
101892005--101892062	28	2.1	28	83	0	71	50	34	1	13	1.52
101892117--101892148	14	2.3	14	94	0	55	53	21	0	25	1.46
101892228--101892459	40	5.5	40	75	14	191	22	23	19	34	1.96
101917203--101917233	3	10.3	3	92	0	53	64	0	3	32	1.09
101917283--101917311	15	1.9	15	100	0	58	79	0	20	0	0.74
101918469--101918508	18	2.2	18	90	0	62	50	0	25	25	1.50
101923417--101923444	14	2.0	14	100	0	56	28	0	0	71	0.86
101924982--101925066	2	42.5	2	92	0	143	45	0	3	50	1.18
101924986--101925064	20	4.0	20	100	0	158	45	0	3	50	1.19
101925611--101925680	29	2.3	29	85	9	88	38	12	10	38	1.77
101928818--101928897	25	3.2	25	73	3	72	27	25	17	30	1.97
101928832--101928910	25	3.2	25	71	16	65	25	26	17	30	1.97
101928818--101928931	50	2.3	50	80	11	135	26	23	18	31	1.97
101929144--101929226	41	2.0	41	100	0	166	28	19	16	34	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
101931012--101931046	18	1.9	18	88	0	52	37	25	0	37	1.57
101932461--101932503	18	2.4	18	82	17	54	37	2	2	58	1.24
101934657--101934719	25	2.5	25	84	2	81	39	12	15	31	1.85
101941528--101941571	18	2.5	18	92	3	72	52	0	34	13	1.41
101945091--101945159	34	2.0	34	88	0	102	20	24	17	37	1.93
101948650--101948689	19	2.1	19	85	0	53	20	22	25	32	1.98
101954942--101954984	18	2.4	16	79	20	50	48	0	4	46	1.22
101956394--101956431	15	2.4	16	87	12	53	52	0	0	47	1.00
101958773--101958806	12	2.8	12	87	12	52	67	0	0	32	0.91
101963707--101963904	99	2.0	99	95	0	360	34	15	18	31	1.92
101964957--101965036	39	2.1	39	97	0	151	32	11	25	31	1.91
101966335--101966360	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
101971191--101971419	93	2.5	92	84	2	289	20	24	13	41	1.88
101971191--101971419	46	5.0	46	87	2	289	20	24	13	41	1.88
101973003--101973052	21	2.5	19	72	27	50	48	2	0	50	1.12
101973450--101973549	13	8.6	13	74	25	91	37	50	0	13	1.41
101973450--101973549	35	2.9	35	91	5	166	37	50	0	13	1.41
101973450--101973549	22	4.3	24	75	20	90	37	50	0	13	1.41
101973812--101973886	3	24.3	3	72	20	50	30	4	1	64	1.20
101973805--101973890	18	4.7	18	79	13	88	30	3	1	65	1.17
101973961--101974013	12	4.5	13	75	17	53	32	0	5	62	1.19
101976700--101976746	19	2.5	19	89	6	69	27	21	8	42	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
101981545--101982929	88	15.8	87	76	9	1134	30	18	24	26	1.98
101981656--101982921	132	9.6	131	93	0	1975	30	18	25	26	1.98
101983194--101983274	9	8.1	9	75	20	72	38	49	0	12	1.41
101983185--101983335	22	6.9	22	77	17	154	37	49	0	13	1.42
101983185--101983335	31	4.6	31	84	13	187	37	49	0	13	1.42
101983247--101983359	13	9.6	13	77	22	126	36	50	0	13	1.42
101983247--101983344	48	2.0	48	94	3	171	37	48	0	13	1.42
101983625--101983707	3	27.3	3	73	20	59	30	3	1	65	1.17
101983629--101983711	18	4.4	18	81	13	87	31	3	1	63	1.19
101983782--101983832	3	16.0	3	84	11	50	31	0	5	62	1.19
101991779--101991974	51	3.8	51	83	2	250	29	27	13	30	1.94
101991779--101991971	103	1.9	103	83	4	255	29	27	13	29	1.94
101994278--101994321	3	14.7	3	100	0	88	34	0	0	65	0.93
101994744--101994795	26	2.0	26	100	0	104	19	30	19	30	1.96
101999529--101999567	20	1.9	21	84	5	53	17	5	10	66	1.39
102006561--102006608	25	1.9	25	87	8	71	39	10	10	39	1.74
102007363--102007401	18	2.1	19	86	13	55	41	12	2	43	1.56
102010487--102010534	25	1.9	25	86	0	69	33	25	16	25	1.96
102010578--102010636	20	3.0	20	94	0	100	35	11	22	30	1.90
102010687--102010862	24	7.4	24	91	2	266	28	21	21	27	1.99
102010687--102010862	47	3.7	47	91	3	271	28	21	21	27	1.99
102010687--102010862	71	2.5	71	88	4	264	28	21	21	27	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
102011068--102011131	31	2.1	31	96	0	119	39	15	21	23	1.92
102012160--102012216	20	2.9	20	78	2	62	8	12	17	61	1.55
102012194--102012238	22	2.0	23	82	4	56	4	6	20	68	1.29
102012442--102012485	17	2.5	19	75	20	51	56	0	0	43	0.99
102019881--102019908	6	4.7	6	100	0	56	50	17	0	32	1.47
102027661--102027744	26	3.2	26	96	0	150	33	4	25	36	1.77
102031485--102031537	18	2.9	18	85	0	70	37	16	11	33	1.85
102031675--102031783	48	2.3	48	91	0	173	35	25	17	21	1.95
102032056--102032121	3	22.0	3	100	0	132	66	0	0	33	0.92
102032811--102032838	3	9.3	3	100	0	56	67	0	0	32	0.91
102032902--102033016	57	2.0	57	98	0	221	32	20	3	44	1.68
102033171--102033228	30	1.9	31	92	3	100	51	8	1	37	1.43
102034370--102034407	20	1.9	20	89	10	60	34	10	7	47	1.67
102037616--102037656	15	2.8	15	85	10	50	80	0	4	14	0.87
102039201--102039255	3	18.3	3	100	0	110	67	0	0	32	0.91
102045537--102045580	19	2.3	19	92	0	70	25	13	13	47	1.79
102047177--102047236	29	2.0	29	84	9	77	51	3	1	43	1.28
102049114--102049262	74	2.0	74	100	0	298	51	4	10	34	1.56
102050661--102050717	21	2.7	22	76	15	66	22	26	35	15	1.94
102052941--102052983	22	2.0	22	86	9	61	55	0	2	41	1.12
102053121--102053164	22	2.0	22	86	8	63	54	2	4	38	1.33
102053147--102053200	27	2.0	27	85	7	74	42	1	5	50	1.36
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
102056818--102056872	21	2.6	21	80	5	58	25	25	32	16	1.96
102060424--102060451	2	14.0	2	100	0	56	50	0	50	0	1.00
102060451--102060485	2	17.5	2	100	0	70	0	0	51	48	1.00
102060489--102060523	2	17.5	2	100	0	70	48	0	51	0	1.00
102060527--102060575	16	3.1	16	93	0	80	6	0	44	48	1.27
102060534--102060575	18	2.3	18	95	0	75	7	0	42	50	1.30
102060528--102060574	8	5.9	8	89	0	58	6	0	42	51	1.27
102060527--102060566	2	20.0	2	94	0	71	2	0	47	50	1.14
102063551--102063586	17	2.1	17	94	0	63	44	19	11	25	1.83
102063594--102063627	17	2.0	17	100	0	68	23	5	35	35	1.79
102066171--102066298	68	1.9	68	83	3	168	25	24	15	34	1.95
102072263--102072344	42	2.0	42	95	0	146	48	7	2	41	1.44
102075318--102075351	18	1.9	18	88	5	52	14	44	29	11	1.81
102075358--102075630	146	1.9	145	92	0	465	17	35	25	20	1.95
102082177--102082271	40	2.4	40	84	3	113	38	37	10	12	1.78
102082634--102082678	18	2.5	18	96	0	81	13	35	31	20	1.91
102082744--102082786	21	2.0	21	90	0	68	20	44	18	16	1.87
102090793--102090832	18	2.3	18	86	4	55	60	20	0	20	1.37
102090778--102090855	40	1.9	42	89	5	124	57	20	0	21	1.41
102090804--102090855	24	2.1	25	89	10	81	57	21	0	21	1.41
102102860--102102935	38	2.0	38	100	0	152	23	7	36	31	1.84
102104689--102104810	43	2.9	41	86	4	163	30	25	16	27	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
102123719--102123782	25	2.6	25	75	9	67	46	0	1	51	1.10
102124659--102124691	2	16.5	2	100	0	66	51	0	0	48	1.00
102126198--102126316	60	2.0	62	84	3	161	37	15	7	38	1.76
102127779--102127834	28	2.0	28	85	3	76	28	3	0	67	1.07
102127803--102127856	24	2.3	23	84	6	65	25	0	3	70	1.04
102128009--102128048	6	6.7	6	97	0	62	40	35	10	15	1.80
102130329--102130805	237	2.0	237	98	0	918	40	19	9	30	1.83
102132331--102132386	23	2.5	22	81	18	71	67	3	7	21	1.30
102153265--102153317	24	2.1	26	86	6	74	56	9	20	13	1.64
102153615--102153649	3	11.7	3	87	0	52	28	2	0	68	1.04

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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