genome.fa.s13.2.7.7.80.10.50.1000.149.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr13 124041150 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  124041150

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
45063948--45063994	6	7.7	6	87	2	58	19	23	14	42	1.88
45066204--45066296	48	1.9	50	88	4	145	31	11	16	40	1.84
45069764--45069896	69	1.9	70	92	1	223	32	13	17	36	1.89
45071217--45071511	47	6.3	47	92	0	464	35	8	28	27	1.86
45073897--45074283	40	9.7	40	90	0	526	25	21	28	24	1.99
45076339--45076471	69	1.9	70	92	1	223	32	13	17	36	1.89
45077794--45078088	47	6.3	47	92	0	464	35	8	28	27	1.86
45080624--45080661	15	2.3	18	86	13	55	34	7	15	42	1.76
45081252--45081291	20	2.0	20	85	5	53	55	7	0	37	1.29
45082292--45082361	5	14.0	5	73	16	56	61	0	1	37	1.05
45082292--45082362	25	2.9	24	85	6	88	61	0	1	36	1.05
45082293--45082356	20	2.8	23	84	11	71	62	0	1	35	1.05
45082943--45082973	6	5.2	6	100	0	62	83	0	16	0	0.64
45083428--45083476	24	2.0	24	100	0	98	46	12	16	24	1.81
45084241--45084274	2	17.0	2	100	0	68	50	0	0	50	1.00
45084718--45084765	2	24.5	2	87	4	71	45	0	0	54	0.99
45098003--45098115	59	1.9	59	83	0	145	23	25	23	28	1.99
45106138--45106170	17	1.9	17	88	11	50	12	3	30	54	1.52
45106491--45106516	7	3.7	7	100	0	52	57	11	0	30	1.34
45106659--45107040	126	3.0	126	91	1	595	34	18	19	26	1.95
45109178--45109234	17	3.5	15	84	15	53	38	10	15	35	1.82
45109178--45109256	36	2.1	38	90	9	126	37	10	16	35	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
45109178--45109256	19	4.2	19	90	9	126	37	10	16	35	1.82
45109713--45109769	25	2.5	22	75	11	53	15	7	10	66	1.42
45116091--45116261	93	1.8	93	96	0	315	28	29	21	21	1.98
45116083--45116258	46	3.8	46	80	12	225	28	28	21	21	1.98
45121581--45121751	93	1.8	93	92	0	288	29	27	21	22	1.99
45121573--45121748	46	3.8	46	79	12	207	30	27	20	22	1.98
45124093--45124844	205	3.7	204	92	1	1233	30	18	21	29	1.97
45125464--45125545	19	4.5	19	87	9	125	39	9	13	37	1.78
45125464--45125533	17	3.9	17	92	7	113	40	10	12	37	1.77
45125464--45125532	18	3.8	18	92	5	113	39	10	13	37	1.78
45125464--45125533	35	2.0	36	94	2	124	40	10	12	37	1.77
45125524--45125568	23	2.0	23	91	4	74	37	4	17	40	1.70
45125534--45125578	23	2.0	23	86	4	65	33	4	15	46	1.66
45127737--45127908	93	1.8	93	93	0	299	27	28	21	22	1.99
45127730--45127905	46	3.8	46	77	12	198	28	28	21	21	1.98
45135642--45135719	41	1.9	41	86	0	111	26	20	19	33	1.96
45137217--45137598	126	3.0	126	91	1	595	28	19	18	34	1.95
45137907--45137979	20	3.8	20	66	20	64	45	21	0	32	1.53
45139043--45139424	125	3.0	124	89	1	557	26	20	18	34	1.95
45139732--45139801	20	3.6	20	69	21	67	45	24	0	30	1.53
45141608--45141645	18	2.1	18	100	0	76	44	10	10	34	1.73
45142337--45142402	19	3.2	21	87	6	64	36	19	9	34	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
45142354--45142432	19	4.2	19	90	9	126	35	16	10	37	1.82
45142376--45142432	17	3.5	15	88	11	53	35	15	10	38	1.82
45142354--45142432	36	2.1	39	90	9	128	35	16	10	37	1.82
45144679--45144864	80	2.3	80	83	3	214	27	22	26	23	1.99
45144719--45144870	40	3.8	40	85	3	189	26	22	27	23	1.99
45144716--45144900	40	4.7	38	81	6	156	25	22	27	24	2.00
45144717--45144900	80	2.3	80	81	3	210	26	22	27	23	2.00
45154922--45155023	28	3.5	29	81	6	109	28	27	14	29	1.95
45156774--45156991	40	5.5	40	86	2	271	25	27	23	23	2.00
45161930--45162147	40	5.5	40	89	2	298	25	27	23	22	2.00
45167475--45167625	42	3.6	40	78	5	140	31	16	23	29	1.96
45170525--45170581	24	2.4	24	96	0	105	38	17	12	31	1.87
45175738--45175770	18	1.9	17	88	11	50	39	0	6	54	1.25
45181327--45181399	35	2.1	35	94	0	128	39	20	5	34	1.76
45202096--45202236	42	3.3	43	75	13	139	31	24	17	26	1.97
45208998--45209175	6	28.8	6	73	16	132	48	14	19	18	1.81
45209000--45209085	37	2.3	37	85	0	118	48	16	17	17	1.81
45209065--45209160	37	2.6	37	83	5	122	45	15	19	18	1.85
45209003--45209169	25	6.7	25	79	8	116	47	14	18	18	1.82
45209009--45209141	19	6.8	20	75	17	109	48	15	18	17	1.82
45209003--45209168	62	2.7	62	94	0	278	48	15	18	18	1.82
45209288--45209339	27	2.0	26	88	3	77	36	21	25	17	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
45209602--45209911	27	11.6	27	82	6	326	24	19	20	35	1.95
45209602--45209911	54	5.8	54	83	5	362	24	19	20	35	1.95
45209916--45210412	27	18.4	27	80	6	330	36	8	21	33	1.84
45209931--45210425	81	6.1	81	71	7	403	35	8	21	34	1.84
45210160--45210460	161	1.9	160	87	2	442	36	9	21	32	1.85
45212411--45212448	6	6.3	6	93	0	67	50	13	18	18	1.78
45214156--45214334	40	4.4	40	80	3	189	25	24	26	23	2.00
45214156--45214348	80	2.4	80	82	2	217	26	24	26	22	2.00
45214277--45214360	40	2.1	40	82	4	98	26	27	26	20	1.99
45224788--45224841	24	2.2	24	84	12	67	29	38	16	14	1.89
45231492--45231529	15	2.5	15	87	8	51	55	10	21	13	1.67
45231483--45231540	15	4.0	15	72	12	50	56	15	17	10	1.66
45236296--45236355	29	2.1	29	90	0	93	23	31	10	35	1.88
45239903--45239934	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
45240486--45240554	28	2.5	28	90	4	104	27	13	26	33	1.93
45243096--45243131	18	1.9	19	88	5	56	33	16	25	25	1.96
45243259--45243300	21	2.0	21	81	9	50	23	4	23	47	1.70
45247505--45247574	29	2.4	29	85	0	95	34	7	32	25	1.83
45247536--45247661	59	2.1	59	88	5	184	38	11	26	23	1.89
45247561--45247686	30	4.2	31	80	8	138	42	13	24	19	1.88
45247558--45247686	60	2.2	59	86	6	172	41	13	24	20	1.88
45248990--45249137	42	3.5	42	83	8	167	23	18	27	31	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
45248990--45249137	43	3.5	42	85	4	181	23	18	27	31	1.97
45257327--45257390	31	2.1	31	93	0	110	31	12	23	32	1.92
45258849--45258982	27	5.0	27	85	0	178	37	19	18	24	1.94
45259352--45259432	33	2.5	33	84	8	94	22	22	25	29	1.99
45264251--45264470	124	1.8	119	82	6	280	30	10	24	34	1.89
45264465--45264594	40	3.2	40	82	4	156	23	25	28	23	1.99
45271444--45271668	124	1.8	124	86	1	326	30	10	24	35	1.88
45271663--45271792	40	3.2	40	82	4	156	23	25	28	23	1.99
45287037--45287110	29	2.6	29	86	4	96	24	16	33	25	1.95
45292028--45292068	6	6.5	6	89	10	64	80	2	0	17	0.82
45292005--45292062	20	2.6	22	81	15	66	72	3	0	24	1.00
45292028--45292069	20	2.1	20	90	0	66	80	2	0	16	0.81
45292088--45292164	9	8.6	9	80	11	77	29	9	18	42	1.81
45292088--45292165	27	2.9	27	79	7	95	29	8	17	43	1.80
45292440--45292533	42	2.2	43	79	5	102	22	19	25	32	1.97
45293891--45294388	27	18.4	27	78	6	328	33	21	8	36	1.84
45293853--45294143	161	1.8	160	87	2	440	33	21	8	36	1.84
45294187--45294320	28	4.9	27	79	8	128	38	20	9	31	1.85
45294187--45294320	55	2.4	55	79	6	146	38	20	9	31	1.85
45293878--45294388	81	6.3	81	73	5	413	34	21	8	36	1.83
45294393--45294720	27	12.2	27	79	7	330	35	19	18	25	1.95
45294402--45294695	107	2.7	107	88	3	378	36	20	18	25	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
45294966--45295017	27	2.0	26	88	3	77	17	25	21	36	1.94
45295136--45295258	6	20.0	6	73	17	74	21	17	13	48	1.80
45295164--45295233	19	3.7	19	77	11	81	20	20	12	47	1.82
45295136--45295202	25	2.7	25	83	0	80	22	19	10	47	1.79
45295142--45295259	43	2.7	41	82	11	114	21	16	12	49	1.79
45296648--45296784	40	3.4	39	78	9	125	22	26	22	28	1.99
45304716--45304908	40	4.8	39	76	9	140	22	26	24	26	2.00
45304716--45304908	80	2.4	80	82	2	217	22	26	24	26	2.00
45304758--45304909	40	3.8	39	82	4	160	24	26	23	25	2.00
45307023--45307137	55	2.1	56	82	8	137	34	22	24	18	1.96

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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