genome.fa.s13.2.7.7.80.10.50.1000.311.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr13 124041150 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  124041150

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
96552696--96552748	29	2.0	26	82	14	63	18	22	30	28	1.98
96553775--96553914	66	2.1	65	81	3	156	22	27	24	25	1.99
96556399--96556444	23	2.0	23	100	0	92	43	13	17	26	1.85
96560535--96560751	42	5.2	42	81	2	220	28	12	26	32	1.93
96562356--96562386	2	15.5	2	100	0	62	48	0	0	51	1.00
96563737--96563821	42	2.0	42	100	0	170	44	12	7	35	1.70
96588952--96589032	26	3.1	26	89	7	128	18	11	28	41	1.84
96588959--96589040	27	3.1	27	94	5	150	18	12	25	43	1.84
96595756--96595908	40	3.8	40	78	9	143	22	23	28	25	2.00
96603789--96603900	40	2.8	40	82	8	138	23	24	28	24	2.00
96608022--96608052	14	2.1	15	94	5	55	12	0	0	87	0.55
96616533--96616837	49	6.3	49	93	2	478	29	30	8	31	1.86
96620939--96621208	40	6.8	40	92	1	427	25	27	21	26	1.99
96620939--96621208	118	2.3	120	90	1	427	25	27	21	26	1.99
96623384--96623462	25	3.3	25	66	16	67	31	30	5	32	1.79
96623334--96623638	49	6.3	49	93	2	460	29	30	8	31	1.86
96626896--96626983	44	2.0	44	93	0	149	29	29	19	21	1.98
96628455--96628493	19	2.1	19	85	9	53	15	33	28	23	1.95
96630620--96630669	20	2.5	20	83	0	64	50	8	8	34	1.61
96630988--96631377	82	4.8	82	80	5	400	44	11	13	31	1.78
96631013--96631377	162	2.3	163	83	3	425	44	10	13	31	1.78
96630909--96632155	87	14.6	85	77	5	572	43	11	13	30	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
96631338--96632116	347	2.2	348	82	2	922	43	11	13	31	1.80
96631338--96632149	174	4.7	174	78	6	736	43	11	13	31	1.80
96631338--96632149	260	3.1	254	78	7	835	43	11	13	31	1.80
96632257--96632305	24	2.1	24	92	3	82	59	4	0	36	1.17
96632735--96632788	20	2.7	20	85	0	72	51	7	7	33	1.58
96633105--96633409	76	3.9	75	80	9	335	46	10	11	31	1.73
96633085--96633761	87	8.2	80	78	10	390	46	10	11	31	1.75
96633085--96633429	158	2.2	157	85	2	460	47	10	11	30	1.73
96633440--96633909	87	5.4	87	84	5	563	44	10	12	32	1.77
96633440--96633903	175	2.7	176	85	5	629	45	10	12	31	1.77
96634011--96634061	24	2.1	25	85	3	68	66	3	0	29	1.09
96634499--96634552	20	2.7	20	85	0	72	51	5	5	37	1.49
96634785--96634976	83	2.3	83	90	2	298	42	14	15	28	1.85
96634938--96635220	75	3.6	77	80	6	264	46	10	12	29	1.75
96635019--96635220	83	2.5	82	86	0	269	49	10	11	28	1.73
96635232--96635852	170	3.6	175	78	7	504	43	10	13	32	1.78
96635169--96635938	88	8.9	87	78	6	575	43	10	13	32	1.78
96635648--96635930	86	3.3	83	82	8	329	45	11	11	31	1.76
96640245--96640392	66	2.2	66	82	5	174	21	26	25	26	2.00
96641211--96641252	22	1.9	22	85	9	59	61	0	4	33	1.17
96641211--96641263	3	18.0	3	77	11	56	64	0	3	32	1.12
96641211--96641264	22	2.5	21	80	11	56	64	0	3	31	1.11
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
96653190--96653220	15	2.1	15	94	5	55	29	0	32	38	1.57
96653728--96653760	15	2.1	16	88	5	50	3	15	3	78	0.99
96668293--96668333	18	2.3	19	83	12	59	36	46	0	17	1.48
96668299--96668332	17	1.9	18	94	5	61	38	44	0	17	1.49
96677751--96677789	2	19.5	2	100	0	78	51	0	0	48	1.00
96678246--96678292	16	2.9	16	79	17	53	29	2	0	68	1.02
96678626--96678664	15	2.7	14	82	17	53	69	2	0	28	1.02
96699351--96699423	37	2.0	37	100	0	146	41	16	10	31	1.83
96699707--96699757	22	2.3	23	83	10	61	33	19	17	29	1.95
96699718--96699766	23	2.2	22	85	3	62	32	20	20	26	1.97
96701309--96701402	46	2.0	46	91	0	152	27	12	26	32	1.93
96707172--96707259	9	9.8	9	89	0	122	45	21	7	25	1.79
96707295--96707343	18	2.8	17	78	6	53	24	0	4	71	1.03
96707348--96707372	13	1.9	13	100	0	50	12	0	48	40	1.40
96707349--96707386	18	2.1	18	95	0	67	7	2	47	42	1.46
96709379--96709529	40	3.8	40	77	13	134	27	23	26	22	2.00
96709416--96709545	40	3.2	40	77	4	138	24	23	27	23	2.00
96727789--96727879	44	2.0	45	91	2	148	30	27	14	27	1.95
96733576--96733632	30	1.9	30	88	0	87	22	33	28	15	1.95
96738949--96739072	61	2.0	61	88	0	185	43	20	16	19	1.88
96743694--96743722	2	14.5	2	100	0	58	51	0	0	48	1.00
96744156--96744208	16	3.3	16	76	10	54	33	5	24	35	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
96751757--96751801	23	2.0	22	82	4	54	33	0	0	66	0.92
96752204--96752339	26	5.2	26	94	0	227	33	5	24	37	1.77
96754122--96754406	136	2.1	136	95	1	509	24	17	24	32	1.97
96755303--96755339	2	18.5	2	100	0	74	51	0	0	48	1.00
96767232--96767439	40	5.2	40	83	2	220	25	25	23	25	2.00
96769529--96769581	15	3.5	15	100	0	106	22	39	24	13	1.90
96769568--96769660	32	2.8	34	72	16	88	27	23	21	26	1.99
96790710--96790740	16	1.9	16	100	0	62	38	6	19	35	1.77
96790714--96790749	16	2.2	16	90	0	54	44	5	13	36	1.68
96790914--96790991	26	2.9	27	75	11	81	48	3	2	44	1.34
96791111--96791151	16	2.7	16	88	7	59	34	12	0	53	1.38
96791258--96791289	12	2.7	12	95	0	55	28	3	0	68	1.04
96791737--96791784	25	2.0	24	95	4	87	25	33	12	29	1.92
96791737--96791795	25	2.4	25	88	5	75	30	28	11	28	1.92
96792522--96792688	84	2.0	84	96	0	307	45	13	17	22	1.84
96797956--96798061	53	2.0	53	81	3	124	17	20	21	39	1.92
96798129--96798170	18	2.3	18	84	8	50	30	14	16	38	1.89
96798175--96798238	18	3.6	18	80	0	83	37	14	15	32	1.87
96798138--96798198	28	2.2	28	82	11	72	29	16	14	39	1.88
96798129--96798216	46	1.9	46	81	4	106	30	14	17	37	1.90
96798174--96798250	36	2.1	36	85	0	100	35	14	15	35	1.88
96802337--96802399	31	2.0	31	93	0	108	33	14	17	34	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
96812222--96812286	31	2.1	31	97	0	121	32	12	23	32	1.91
96812491--96812571	37	2.3	34	79	14	83	65	3	6	24	1.32
96812551--96812585	18	2.0	18	94	5	63	68	0	14	17	1.21
96814263--96814470	51	4.2	50	72	10	160	29	16	15	37	1.91
96814378--96814487	51	2.2	51	86	3	150	30	10	17	40	1.84
96827711--96827891	46	3.9	46	81	9	233	20	21	29	27	1.98
96827713--96827883	93	1.8	93	96	0	315	20	22	29	27	1.98
96830844--96830912	15	4.6	15	83	0	84	11	17	13	57	1.64
96830835--96830922	30	3.0	30	81	8	99	10	17	15	56	1.66
96833307--96833480	46	3.8	47	77	13	200	20	20	29	29	1.98
96843661--96843762	50	2.0	50	90	0	159	19	16	30	33	1.94
96847869--96847940	3	24.7	3	72	16	53	59	4	4	31	1.35
96847990--96848026	16	2.2	18	90	9	60	72	0	13	13	1.11
96849362--96849424	23	2.7	23	95	2	108	4	6	42	46	1.50
96850638--96850704	32	2.1	31	88	2	98	49	16	13	20	1.79
96863337--96863381	6	7.5	6	100	0	90	17	48	15	17	1.81
96863682--96863718	6	6.2	6	87	0	56	0	37	43	18	1.51
96863684--96863720	12	3.1	12	100	0	74	0	40	43	16	1.48
96864087--96864141	28	2.0	28	82	7	67	50	14	3	30	1.60
96865249--96865273	11	2.3	11	100	0	50	24	24	0	52	1.48
96870124--96870399	69	4.0	69	76	4	227	34	27	21	17	1.96
96870482--96870674	57	3.4	57	82	5	221	40	14	7	37	1.75
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
96872681--96872717	18	2.2	17	90	9	58	83	0	10	5	0.79
96872736--96872813	39	2.0	39	97	0	147	25	14	17	42	1.87
96874193--96874309	23	5.2	23	75	10	107	32	17	13	36	1.89
96874266--96874320	23	2.4	23	84	6	67	30	16	14	38	1.89
96883781--96883838	29	1.9	31	83	13	77	44	0	20	34	1.52
96895339--96895381	2	21.5	2	100	0	86	51	0	0	48	1.00
96895991--96896019	6	5.0	6	91	8	51	17	0	0	82	0.66
96895991--96896019	11	2.5	12	94	5	51	17	0	0	82	0.66
96901536--96901562	2	13.5	2	100	0	54	51	0	0	48	1.00
96902567--96902654	9	9.6	9	72	15	56	59	1	2	37	1.18

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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