Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr13 124041150 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  124041150

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   

This is table  244  of  410  ( 49152 repeats found )

Click on indices to view alignment
Table Explanation

Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
75477069--75477248
40
4.5
39
79
8
112
22
28
22
26
1.99
75480427--75480470
18
2.6
17
85
7
54
45
2
0
52
1.13
75483399--75483617
40
5.4
40
87
2
278
26
23
26
24
2.00
75483399--75483617
120
1.8
121
87
3
325
26
23
26
24
2.00
75483398--75483643
80
3.1
80
82
1
197
26
23
26
23
2.00
75490785--75490810
2
13.0
2
100
0
52
50
0
0
50
1.00
75491519--75491741
40
5.4
40
78
6
205
26
21
26
25
2.00
75491583--75491672
44
2.0
44
95
0
162
23
18
31
26
1.98
75493167--75493333
40
4.2
40
81
2
176
24
27
22
25
2.00
75493183--75493333
80
1.9
79
83
6
198
23
27
22
25
2.00
75500298--75500332
16
2.2
16
89
0
52
60
0
0
40
0.97
75508273--75508354
26
3.2
26
91
0
137
36
24
6
32
1.80
75512707--75512751
19
2.4
19
85
10
65
20
2
8
68
1.27
75513721--75513828
27
4.0
26
83
5
99
39
22
20
17
1.92
75517071--75517259
29
6.5
29
88
5
265
34
12
24
27
1.92
75523729--75523753
12
2.1
12
100
0
50
88
0
12
0
0.53
75525028--75525187
29
5.5
30
84
10
197
33
12
26
28
1.92
75525027--75525187
59
2.8
58
84
7
202
32
12
26
27
1.92
75526635--75526716
26
3.2
26
84
6
112
39
20
7
32
1.80
75526711--75526736
10
2.6
10
100
0
52
30
11
0
57
1.34
75528032--75528110
40
2.0
40
97
0
149
35
22
15
26
1.94
75534189--75534231
18
2.5
17
84
3
50
16
44
25
13
1.85
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
75534846--75534871
12
2.2
12
100
0
52
61
0
23
15
1.33
75536506--75536540
17
2.0
18
88
5
54
42
14
5
37
1.69
75538204--75538385
39
4.6
40
88
0
235
23
30
21
24
1.99
75538234--75538386
39
3.9
39
91
0
243
23
31
20
24
1.98
75539724--75539895
93
1.8
93
96
0
317
27
29
21
20
1.98
75539717--75539892
46
3.8
46
79
12
216
28
29
21
20
1.98
75547307--75547478
93
1.8
93
96
0
317
27
29
21
20
1.98
75547300--75547475
46
3.8
46
79
12
216
28
29
21
20
1.98
75551441--75551510
27
2.5
28
88
2
106
28
14
25
31
1.95
75551441--75551522
27
3.0
27
80
8
103
29
13
23
34
1.93
75559294--75559362
28
2.5
28
93
4
115
30
27
14
27
1.95
75567163--75567259
27
3.6
27
95
1
176
32
26
11
28
1.91
75570319--75570462
39
3.7
39
90
0
234
27
20
29
22
1.99
75570320--75570502
78
2.3
79
89
1
269
25
22
28
23
1.99
75577276--75577417
40
3.5
40
83
1
124
27
23
26
21
1.99
75577314--75577443
40
3.2
40
82
2
163
23
23
27
25
2.00
75580906--75580960
27
2.0
27
82
10
67
23
16
32
27
1.96
75588757--75588812
11
5.5
11
71
16
57
35
12
19
32
1.89
75588713--75588811
20
4.9
20
97
0
171
33
13
20
33
1.91
75588864--75588908
23
2.0
23
86
0
63
20
24
22
33
1.97
75590815--75591000
40
4.6
39
84
6
205
25
20
26
27
1.99
75590868--75591033
80
2.1
79
83
7
203
27
19
26
26
1.99
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
75594496--75594625
40
3.3
39
83
4
163
23
25
28
23
1.99
75602559--75602688
40
3.3
39
83
4
163
23
25
28
23
1.99
75610103--75610286
40
4.6
40
89
5
241
25
21
27
26
1.99
75610154--75610319
80
2.1
79
84
7
212
27
20
26
25
1.99
75611666--75611730
31
2.1
31
88
0
94
40
15
20
24
1.91
75615260--75615429
40
4.3
39
81
7
180
11
29
21
37
1.89
75615260--75615467
20
10.4
20
75
2
157
11
27
23
38
1.88
75615260--75615436
60
2.9
59
78
3
201
11
28
23
36
1.89
75615260--75615467
80
2.6
80
81
3
204
11
27
23
38
1.88
75615260--75615467
40
5.2
41
78
6
176
11
27
23
38
1.88
75621151--75621190
6
6.7
6
100
0
80
65
17
0
17
1.28
75622965--75622995
15
2.1
15
100
0
62
38
0
19
41
1.51
75627081--75627122
21
2.0
20
82
13
50
45
14
7
33
1.72
75631686--75631744
30
2.0
30
86
6
84
50
11
5
32
1.61
75632492--75632541
20
2.5
20
86
0
73
18
30
30
22
1.97
75633849--75634031
48
3.9
48
71
9
153
28
24
20
25
1.99
75642265--75642308
22
2.0
22
86
0
61
54
4
2
38
1.33
75655214--75655247
14
2.3
15
90
5
52
38
0
0
61
0.96
75662533--75662630
28
3.5
28
84
4
108
29
16
24
29
1.96
75665710--75665878
40
4.2
40
80
4
173
23
26
21
28
1.99
75673503--75673600
28
3.5
28
84
4
108
29
16
24
29
1.96
75677340--75677394
27
2.1
25
93
6
92
23
20
32
23
1.98
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
75686923--75686987
34
1.9
34
100
0
130
18
16
50
13
1.78
75691735--75691815
42
2.0
42
85
9
114
28
19
35
16
1.93
75695225--75695264
18
2.2
18
95
0
71
35
7
7
50
1.59
75695599--75695785
55
3.5
53
81
5
187
21
24
17
36
1.94
75695586--75695799
54
4.0
54
79
6
209
22
23
15
37
1.93
75695772--75695987
47
4.6
47
90
0
342
25
25
13
35
1.93
75696749--75696806
30
1.9
31
82
3
73
29
24
10
36
1.88
75703510--75703560
3
18.0
3
77
18
56
35
0
1
62
1.06
75713272--75713525
55
4.8
53
77
11
245
36
17
24
21
1.95
75713281--75713478
107
1.8
110
88
5
305
34
17
24
23
1.96
75714838--75714885
24
2.0
24
95
0
87
35
8
18
37
1.81
75726182--75726299
38
3.1
38
81
2
119
27
26
20
25
1.99
75733668--75733845
90
2.0
90
100
0
356
29
7
21
41
1.81
75739146--75739173
13
2.2
13
100
0
56
17
25
28
28
1.98
75748149--75748213
32
2.0
32
100
0
130
18
3
21
56
1.54
75749155--75749189
2
17.5
2
100
0
70
51
0
0
48
1.00
75751081--75751119
20
2.0
20
89
0
60
35
10
2
51
1.50
75755380--75755417
18
2.1
18
90
0
58
47
7
13
31
1.71
75758998--75759098
28
3.5
28
86
6
114
29
26
13
29
1.94
75766941--75767041
28
3.5
28
86
6
114
29
26
13
29
1.94
75772027--75772066
21
1.9
21
94
0
71
30
12
12
45
1.79
75773095--75774380
372
3.5
372
99
0
2554
36
14
10
38
1.81
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
75774468--75774535
24
2.8
24
86
8
102
27
19
7
45
1.76
75774712--75774767
15
3.8
15
80
20
73
46
0
0
53
1.00
75774872--75774981
9
12.6
9
82
5
118
48
14
0
36
1.50
75774872--75774981
17
6.3
18
82
6
127
48
14
0
36
1.50
75774888--75774995
34
3.1
34
81
13
100
49
12
0
37
1.48
75774841--75775049
44
4.8
43
70
16
153
47
12
0
38
1.49
75780653--75780703
21
2.4
21
80
0
66
29
19
49
1
1.60
75780942--75781021
31
2.5
33
75
8
83
15
3
18
62
1.46
75781095--75781387
43
6.8
43
92
0
478
24
32
18
23
1.97
75782425--75782455
16
1.9
16
93
0
53
80
0
3
16
0.83
75782421--75782456
11
3.3
11
88
0
54
80
0
2
16
0.83
75791578--75791648
27
2.6
27
86
4
90
26
18
16
38
1.92
75791607--75791666
27
2.2
27
87
0
84
31
11
15
41
1.82
75791653--75791985
27
12.4
27
81
2
323
29
9
20
40
1.83
75791653--75791985
133
2.5
134
82
1
373
29
9
20
40
1.83
75792315--75792394
28
2.9
28
90
0
133
27
37
15
20
1.92
75793683--75793845
70
2.3
71
97
1
310
34
18
28
19
1.95
75801213--75801375
70
2.3
71
97
1
310
34
18
28
19
1.95
75807660--75807731
28
2.5
28
84
6
83
27
29
12
30
1.93
75809274--75809389
61
1.9
61
92
0
196
19
28
19
31
1.97
75815996--75816214
79
2.8
80
78
9
232
25
20
26
27
1.99
75815991--75816214
40
5.6
39
81
8
213
25
20
26
27
1.99
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
75815990--75816221
119
1.9
120
79
7
258
25
20
26
27
1.99
75816043--75816247
79
2.6
79
78
6
184
26
20
25
26
1.99
75824154--75824378
119
1.9
120
82
8
289
24
20
27
26
1.99
75824155--75824378
40
5.6
39
83
8
249
25
20
27
26
1.99
75824153--75824378
79
2.8
80
81
9
291
25
20
27
26
1.99
75824167--75824411
79
3.1
79
79
9
259
26
20
26
26
1.99
75826902--75826985
29
2.9
29
91
1
134
28
26
15
29
1.96
75831331--75831394
33
1.9
34
90
3
103
21
21
26
29
1.99
75835056--75835185
40
3.2
40
83
4
165
23
29
25
22
1.99
75837588--75837707
29
4.2
29
88
9
183
30
29
13
27
1.94

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410