genome.fa.s13.2.7.7.80.10.50.1000.251.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr13 124041150 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  124041150

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  251  of  410  ( 49152 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
77558280--77558334	28	2.0	28	85	0	74	16	0	41	41	1.48
77558276--77558402	21	6.0	21	73	9	89	21	0	37	40	1.59
77558280--77558422	7	20.1	7	68	9	67	21	0	37	40	1.59
77559234--77559382	60	2.5	59	80	11	153	27	26	19	26	1.99
77561966--77562009	19	2.2	20	88	4	63	68	4	4	22	1.27
77563188--77563429	40	6.1	40	89	3	348	40	8	16	34	1.79
77563188--77563433	120	2.1	117	90	3	386	40	8	16	33	1.80
77563437--77563471	18	1.9	18	94	0	61	31	14	20	34	1.92
77563976--77564007	16	2.0	16	100	0	64	37	0	0	62	0.95
77569338--77569501	43	3.8	43	87	0	202	29	12	27	29	1.93
77584280--77584317	17	2.3	16	90	4	58	7	0	26	65	1.19
77584313--77584347	16	2.2	16	90	10	54	0	8	2	88	0.61
77585161--77585222	30	2.1	30	90	6	99	41	29	9	19	1.83
77585318--77585352	14	2.6	14	90	4	54	51	5	14	28	1.65
77585370--77585901	72	6.8	73	74	13	395	32	18	17	30	1.95
77585567--77586044	165	2.9	168	88	4	700	31	20	18	29	1.96
77585740--77585901	74	2.1	75	84	7	213	31	20	19	28	1.97
77585905--77586044	74	1.9	75	87	3	210	27	24	19	28	1.98
77586109--77586273	71	2.3	71	88	5	244	41	20	15	22	1.89
77586149--77586375	121	1.9	124	89	2	361	37	23	14	25	1.93
77586383--77586679	71	4.1	74	84	6	410	33	21	16	27	1.95
77586408--77587548	465	2.4	466	91	4	1789	33	21	16	27	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
77586876--77587140	75	3.6	73	85	7	372	30	21	18	29	1.97
77587282--77587387	54	1.9	55	83	5	135	38	19	15	26	1.91
77587367--77587401	14	2.5	14	95	0	61	60	8	14	17	1.58
77587387--77587549	74	2.2	73	89	4	247	33	20	19	26	1.97
77587535--77587563	14	2.1	14	100	0	58	65	6	13	13	1.45
77587336--77587700	162	2.2	167	89	6	542	33	22	18	25	1.97
77587463--77587700	88	2.7	86	88	6	365	34	22	18	23	1.96
77587629--77587794	72	2.3	71	88	4	244	41	21	15	22	1.89
77587669--77588171	122	4.0	121	77	13	516	37	22	13	25	1.91
77587794--77588056	69	3.7	70	84	5	352	38	22	13	25	1.91
77588056--77588218	71	2.4	66	82	10	181	33	24	14	27	1.94
77592956--77593191	36	6.4	38	84	12	221	27	29	18	24	1.98
77592956--77593156	73	2.8	72	83	11	209	27	29	18	24	1.98
77601033--77601290	40	6.5	40	91	2	387	26	26	22	24	2.00
77613855--77614062	55	3.9	54	80	3	213	23	24	17	34	1.96
77614042--77614162	47	2.6	47	91	0	188	26	22	14	37	1.92
77623103--77623147	11	3.9	11	80	11	54	35	0	2	62	1.08
77625215--77625396	46	4.0	46	91	1	276	37	14	24	22	1.92
77627468--77627687	79	2.8	77	83	10	277	24	27	22	25	2.00
77627468--77627687	40	5.6	40	85	6	240	24	27	22	25	2.00
77635541--77635756	74	2.9	74	81	12	210	25	27	21	25	1.99
77635520--77635756	40	6.1	40	80	12	239	25	27	21	25	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
77654720--77654767	22	2.2	22	84	0	60	47	31	2	18	1.60
77656306--77656359	16	3.4	16	77	12	58	33	1	3	61	1.25
77656328--77656373	18	2.8	17	81	18	53	26	0	0	73	0.83
77656294--77656371	30	2.7	29	80	7	86	26	2	5	65	1.27
77658643--77658695	26	2.0	26	88	0	79	52	7	13	26	1.66
77659742--77659810	25	2.8	25	86	2	95	28	21	23	26	1.99
77659859--77659917	21	2.8	21	81	0	73	33	20	13	32	1.91
77659857--77659917	10	5.9	10	75	7	59	34	19	13	32	1.90
77659957--77660005	25	2.0	25	87	0	71	26	14	22	36	1.92
77660534--77660571	19	2.0	19	100	0	76	47	26	0	26	1.52
77674312--77674562	124	2.0	123	85	6	337	49	5	6	39	1.51
77677415--77677456	13	3.2	13	80	16	50	21	0	4	73	1.01
77678659--77678732	15	4.9	15	78	3	67	16	10	8	64	1.47
77678689--77678728	16	2.6	16	92	4	64	10	7	12	70	1.35
77681780--77681963	40	4.6	39	75	6	138	26	23	27	22	2.00
77681820--77682008	80	2.4	81	77	4	186	23	24	29	22	1.99
77689865--77690048	40	4.6	39	75	6	138	26	23	27	22	2.00
77689905--77690093	80	2.4	81	77	4	186	23	24	29	22	1.99
77690230--77690360	30	4.5	30	86	8	171	28	25	13	32	1.94
77690229--77690360	58	2.3	58	85	4	176	28	26	13	31	1.94
77698161--77698261	28	3.5	28	89	7	150	27	25	13	32	1.94
77698161--77698290	30	4.5	29	85	9	158	28	26	13	31	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
77698160--77698290	58	2.3	58	86	2	183	28	26	13	31	1.94
77705087--77705163	24	3.2	25	71	17	63	18	5	6	70	1.28
77705158--77705250	20	4.3	21	78	15	91	39	0	3	56	1.15
77706864--77706945	30	2.7	30	84	0	110	29	24	24	21	1.99
77709591--77709638	21	2.2	23	88	7	73	37	0	0	62	0.95
77709594--77709656	30	2.1	31	96	3	119	36	0	0	63	0.95
77709625--77709676	20	2.5	22	84	12	81	34	1	0	63	1.06
77709817--77709854	15	2.7	15	92	8	62	60	0	0	39	0.97
77709833--77709909	22	3.5	21	82	8	75	54	1	1	42	1.16
77709980--77710017	16	2.5	16	87	8	53	60	0	0	39	0.97
77709941--77710018	15	5.4	14	73	21	54	56	0	0	43	0.99
77709988--77710039	23	2.3	23	80	6	61	57	0	1	40	1.10
77710114--77710173	21	2.7	21	87	7	75	75	3	6	15	1.15
77710108--77710165	24	2.5	23	86	10	82	77	3	3	15	1.04
77713992--77714029	9	4.3	9	93	6	69	76	0	0	23	0.79
77713992--77714027	8	4.2	8	96	3	54	77	0	0	22	0.76
77713992--77714029	17	2.2	18	95	4	69	76	0	0	23	0.79
77715782--77715841	22	2.8	22	94	2	104	43	13	30	13	1.82
77716704--77716759	20	2.8	19	71	15	51	33	3	1	60	1.24
77731706--77731815	46	2.3	47	82	7	141	35	22	12	29	1.91
77732319--77732359	21	2.0	20	90	4	64	48	21	0	29	1.50
77736555--77736610	2	28.5	2	96	3	105	51	0	0	48	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
77736653--77736695	17	2.4	18	82	14	54	69	0	30	0	0.88
77737046--77737079	11	3.0	11	91	4	50	55	0	17	26	1.42
77737739--77737820	43	1.9	42	80	14	96	24	18	28	29	1.98
77737830--77737930	47	2.1	47	83	3	123	23	22	22	30	1.99
77737994--77738073	18	4.4	18	82	0	70	36	10	16	37	1.82
77737994--77738075	36	2.3	36	84	0	110	36	9	17	36	1.82
77738056--77738109	28	1.9	28	84	0	72	37	1	18	42	1.61
77738946--77739001	21	2.7	21	82	0	67	21	23	30	25	1.99
77742803--77742916	46	2.4	47	82	7	140	34	21	14	29	1.93
77743144--77743171	14	2.0	14	100	0	56	28	28	0	42	1.56
77743432--77743472	21	2.0	21	95	4	75	48	19	0	31	1.49
77744215--77744269	28	2.0	28	96	0	101	52	10	0	36	1.37
77750550--77750653	53	2.0	53	96	0	190	47	16	8	27	1.76
77755246--77755286	21	2.0	21	86	9	59	14	34	12	39	1.84
77777220--77777289	34	2.1	34	91	0	113	18	30	24	27	1.98
77781074--77781150	33	2.3	32	80	10	84	24	23	18	33	1.96
77799021--77799087	33	2.0	33	100	0	134	35	8	11	43	1.73
77807988--77808085	39	2.5	40	81	1	126	28	23	27	20	1.99
77807935--77808085	79	1.9	80	83	6	200	26	23	27	22	1.99
77807935--77808119	40	4.7	40	76	6	162	25	23	27	23	2.00
77809783--77809864	29	2.8	29	96	0	146	24	31	14	29	1.95
77818401--77818585	79	2.3	82	81	9	213	25	24	27	23	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
77818401--77818585	40	4.7	40	76	6	171	25	24	27	23	2.00
77818453--77818618	79	2.1	79	78	6	176	25	23	27	23	2.00
77823460--77823492	2	16.5	2	100	0	66	48	0	0	51	1.00
77826083--77826117	17	2.1	17	100	0	70	37	5	5	51	1.50
77834486--77834775	119	2.7	110	80	14	302	31	0	15	52	1.48
77834774--77834805	15	2.1	16	94	5	57	37	3	6	53	1.42
77835065--77835109	23	2.0	22	82	4	54	40	0	8	51	1.33
77836847--77836918	33	2.2	33	85	5	92	20	47	8	23	1.77
77836875--77836938	33	1.9	33	83	0	83	17	46	9	26	1.78
77840539--77840625	27	3.2	26	79	6	93	31	31	21	16	1.95

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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