genome.fa.s13.2.7.7.80.10.50.1000.125.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr13 124041150 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  124041150

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  125  of  410  ( 49152 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
37644288--37644595	141	2.2	136	80	7	332	21	30	20	28	1.98
37645818--37645937	47	2.6	47	87	0	177	24	20	15	39	1.92
37649122--37649189	34	2.0	34	88	5	102	29	17	19	33	1.95
37649133--37649200	34	2.0	34	85	5	93	29	22	19	29	1.98
37650511--37650697	71	2.7	68	93	5	281	18	28	18	34	1.95
37650534--37650697	71	2.3	71	100	0	328	18	28	17	35	1.94
37650534--37650731	71	2.8	70	92	3	276	20	28	17	33	1.95
37658080--37658266	71	2.7	68	93	5	281	18	28	18	34	1.95
37658103--37658266	71	2.3	71	100	0	328	18	28	17	35	1.94
37658103--37658300	71	2.8	70	92	3	276	20	28	17	33	1.95
37664649--37664707	28	2.1	28	87	0	82	40	6	11	40	1.68
37664671--37664773	14	7.4	14	78	4	91	39	6	17	35	1.76
37664649--37664749	42	2.4	42	78	3	114	40	6	14	37	1.73
37666611--37666742	29	4.6	29	88	0	165	29	15	31	24	1.95
37674431--37674562	29	4.6	29	88	0	165	29	15	31	24	1.95
37677025--37677086	31	2.0	31	90	0	97	38	6	24	30	1.80
37677902--37677957	27	2.1	27	86	0	76	41	16	23	19	1.90
37679150--37679233	33	2.8	29	72	20	73	23	25	25	26	2.00
37679150--37679220	33	2.1	34	84	7	92	25	23	22	28	2.00
37679184--37679248	28	2.4	28	81	2	69	27	23	23	26	2.00
37685584--37685787	40	5.2	40	76	9	177	25	22	26	25	2.00
37685568--37685787	80	2.8	79	82	4	239	26	22	26	25	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
37687253--37687632	27	14.4	27	79	6	332	24	21	19	34	1.96
37687254--37687632	54	7.2	54	80	6	375	24	21	19	34	1.96
37687336--37687371	18	2.0	18	88	0	54	22	22	22	33	1.97
37687282--37687429	72	2.1	72	86	0	206	23	20	20	35	1.96
37687354--37687631	134	2.1	134	86	3	380	24	21	19	34	1.96
37687861--37687911	17	2.7	19	85	8	61	19	35	25	19	1.95
37688893--37688918	12	2.2	12	100	0	52	65	0	34	0	0.93
37710187--37710292	28	3.7	28	68	23	76	28	17	26	27	1.98
37710148--37710312	60	2.7	61	80	10	196	28	17	24	29	1.97
37720778--37720908	40	3.3	40	85	0	172	24	27	21	26	1.99
37720795--37720945	40	3.8	40	83	6	164	23	25	22	28	1.99
37728700--37728877	40	4.5	40	83	3	180	23	25	22	28	1.99
37729869--37729997	40	3.2	40	76	4	136	24	23	27	25	2.00
37739356--37739535	40	4.5	40	88	2	256	25	26	22	26	2.00
37742617--37742656	20	2.1	19	85	4	53	7	30	22	40	1.81
37748846--37748890	17	2.6	18	83	16	60	13	24	37	24	1.91
37753496--37753544	23	2.1	23	100	0	98	42	16	8	32	1.77
37755537--37756057	48	10.9	48	96	0	925	30	27	6	35	1.82
37759728--37759768	14	2.9	14	77	0	55	21	9	31	36	1.86
37765316--37765372	25	2.3	25	82	11	64	28	7	22	42	1.80
37767119--37767249	38	3.2	38	72	17	118	30	23	16	29	1.96
37767170--37767292	48	2.6	48	85	3	160	28	21	17	32	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
37770417--37770546	40	3.2	40	82	4	165	23	24	28	23	2.00
37779056--37779135	28	2.9	28	78	0	88	32	27	7	32	1.85
37782705--37782785	42	1.9	42	92	0	135	32	25	14	27	1.95
37782795--37782872	24	3.2	24	65	20	63	34	23	15	26	1.94
37782742--37782929	48	3.9	48	88	1	279	30	22	16	29	1.96
37782716--37782953	48	5.2	45	81	10	215	30	23	16	29	1.96
37783808--37783859	27	2.0	26	84	3	68	34	21	26	17	1.95
37786241--37786309	30	2.3	30	97	0	129	34	30	20	14	1.92
37786675--37786867	80	2.4	80	80	2	208	22	25	24	26	2.00
37786689--37786868	40	4.5	40	79	4	184	23	25	24	26	2.00
37792246--37792284	13	2.8	13	84	7	51	38	2	2	56	1.27
37794550--37794581	14	2.4	14	90	10	50	21	9	28	40	1.84
37794547--37794841	50	5.9	50	77	5	274	25	17	25	31	1.97
37795039--37795068	16	1.9	15	93	6	51	43	0	23	33	1.54
37804441--37804488	24	2.0	24	91	0	78	25	18	12	43	1.85
37817776--37817905	46	2.8	48	81	11	171	29	29	20	20	1.98
37817781--37817924	46	3.1	45	75	11	148	29	29	20	20	1.98
37822114--37822284	93	1.8	93	96	0	315	27	30	21	20	1.98
37822114--37822280	46	3.6	46	80	10	214	28	29	21	20	1.98
37822156--37822299	46	3.1	45	75	11	148	29	29	20	20	1.98
37824664--37824752	30	3.0	30	80	8	101	57	15	16	10	1.65
37824664--37824743	15	5.4	15	80	7	92	58	13	17	10	1.62
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
37824675--37824752	15	5.2	15	78	9	79	56	15	16	11	1.67
37827688--37827817	46	2.8	48	81	11	171	29	29	20	20	1.98
37827693--37827836	46	3.1	45	75	11	148	29	29	20	20	1.98
37832025--37832195	93	1.8	93	96	0	315	27	30	21	20	1.98
37832025--37832191	46	3.6	46	80	10	214	28	29	21	20	1.98
37832067--37832210	46	3.1	45	75	11	148	29	29	20	20	1.98
37834576--37834663	29	3.0	29	80	8	97	56	15	17	10	1.66
37834576--37834654	15	5.4	15	77	10	83	58	13	17	10	1.63
37834587--37834663	15	5.2	15	75	9	77	55	15	16	11	1.68
37837599--37837728	46	2.8	48	81	11	171	29	29	20	20	1.98
37837604--37837747	46	3.1	45	75	11	148	29	29	20	20	1.98
37842071--37842110	21	1.9	21	89	0	62	32	27	32	7	1.85
37843320--37843584	48	5.5	47	77	8	232	23	29	20	26	1.99
37843352--37843584	96	2.4	96	91	0	376	24	30	19	25	1.98
37849607--37849658	25	2.0	25	82	10	61	48	13	0	38	1.43
37857601--37857752	68	2.3	68	80	8	163	25	30	13	30	1.94
37859118--37859187	31	2.3	31	89	0	104	28	24	15	31	1.96
37859211--37859302	42	2.2	42	90	3	141	34	22	13	29	1.92
37859447--37859544	26	3.8	26	89	1	153	25	24	23	26	2.00
37859447--37859544	52	1.9	51	93	2	169	25	24	23	26	2.00
37860346--37860428	27	3.1	26	89	5	121	20	26	21	31	1.98
37860494--37860745	27	9.3	27	77	7	143	33	9	19	38	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
37860494--37860651	56	2.9	55	80	6	160	32	9	17	41	1.81
37860577--37860704	54	2.4	54	88	3	179	31	8	20	39	1.82
37860697--37860935	27	8.9	27	86	0	289	39	7	24	28	1.82
37860931--37861029	27	3.7	27	82	2	101	32	8	17	42	1.78
37861442--37861507	32	2.1	32	100	0	132	15	30	21	33	1.94
37863400--37863433	17	1.9	18	94	5	61	8	23	44	23	1.81
37863643--37863713	27	2.7	27	80	6	74	38	18	12	30	1.88
37865725--37865819	47	2.0	47	91	2	156	29	13	13	43	1.83
37866602--37866724	45	2.7	45	92	0	192	23	19	27	29	1.98
37871321--37871420	27	3.6	29	81	6	125	28	28	17	27	1.97
37871628--37871664	8	4.3	9	80	13	51	8	13	21	56	1.63
37871621--37871655	16	2.2	16	94	0	61	8	17	20	54	1.68
37878113--37878164	27	1.9	27	92	7	88	34	19	17	28	1.94
37890474--37890591	28	4.1	29	85	3	168	26	12	31	29	1.93
37891002--37891043	2	21.0	2	100	0	84	50	0	0	50	1.00
37898810--37899017	40	5.2	40	87	1	276	24	21	27	26	1.99
37903915--37903974	9	6.2	9	74	14	57	35	13	20	31	1.91
37903914--37903984	20	3.5	20	90	0	115	35	12	21	30	1.91
37903925--37903979	11	5.4	11	75	16	64	36	14	20	29	1.92
37904031--37904196	23	7.1	23	91	2	269	27	22	21	27	1.99
37904031--37904198	47	3.6	47	94	0	284	27	22	22	27	1.99
37904029--37904196	70	2.4	71	92	2	277	27	23	21	27	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
37910829--37911036	40	5.2	40	89	1	294	23	21	28	26	1.99
37915751--37915819	27	2.5	28	90	2	104	28	28	14	27	1.95
37917151--37917188	20	2.1	18	85	14	51	10	15	0	73	1.09
37923738--37923909	93	1.8	93	96	0	317	27	29	21	20	1.98
37923731--37923906	46	3.8	46	79	12	216	28	29	21	20	1.98
37932518--37932669	41	3.8	41	77	3	191	23	22	26	27	1.99
37938253--37938288	12	3.0	12	91	0	54	27	44	16	11	1.82
37940327--37940378	27	1.9	27	92	0	86	34	19	17	28	1.94
37942165--37942263	42	2.3	42	82	5	119	32	23	18	26	1.97
37942146--37942304	43	3.7	43	77	10	146	30	27	18	23	1.97

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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