genome.fa.s13.2.7.7.80.10.50.1000.362.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr13 124041150 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  124041150

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  362  of  410  ( 49152 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
111357644--111357815	75	2.4	73	84	8	226	33	23	11	31	1.90
111360563--111360605	3	14.0	3	80	4	50	65	2	2	30	1.18
111360798--111360830	3	11.0	3	100	0	66	66	0	0	33	0.92
111362303--111362335	16	2.1	16	100	0	66	24	12	12	51	1.73
111362670--111362716	6	7.8	6	88	7	69	82	2	0	14	0.75
111364361--111364388	3	9.3	3	100	0	56	67	0	0	32	0.91
111366162--111366289	46	2.8	46	93	0	211	21	21	28	29	1.98
111369565--111369596	8	4.0	8	91	0	55	46	25	25	3	1.67
111369843--111369931	28	3.2	28	95	0	151	34	26	7	30	1.85
111370051--111370141	27	3.2	28	78	4	76	21	25	19	32	1.97
111371215--111371248	10	3.3	10	84	8	50	29	8	8	52	1.62
111378533--111378601	15	4.6	15	83	0	84	11	17	13	57	1.64
111378524--111378603	30	2.7	30	82	7	99	11	17	15	56	1.67
111380995--111381170	46	3.8	45	78	10	194	21	20	28	28	1.98
111380991--111381162	93	1.8	93	92	0	290	21	20	29	27	1.98
111385104--111385188	24	3.5	24	77	3	89	29	28	16	25	1.97
111388129--111388187	20	3.0	20	74	0	64	37	13	10	38	1.79
111388132--111388238	40	2.7	39	77	9	108	40	15	8	35	1.78
111388142--111388241	20	5.0	20	69	9	78	41	17	8	34	1.78
111388387--111388471	25	3.4	25	88	4	102	35	15	20	29	1.93
111388409--111388516	23	4.5	24	80	5	130	37	18	20	24	1.94
111388409--111388524	48	2.4	47	84	7	137	36	18	20	24	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
111391313--111391440	44	2.8	45	82	4	150	34	14	23	28	1.93
111393310--111393367	18	3.2	18	72	0	53	25	22	24	27	2.00
111393345--111393403	18	3.4	17	73	15	57	30	25	22	22	1.99
111395684--111395745	17	3.6	17	75	0	61	17	17	25	38	1.92
111399969--111400011	22	2.0	20	86	8	59	53	4	0	41	1.21
111417291--111417336	23	2.0	23	83	8	58	69	6	8	15	1.34
111418321--111418379	21	2.8	20	82	7	64	61	6	1	30	1.32
111422730--111422804	28	2.7	28	87	0	105	30	30	10	28	1.90
111426592--111426712	38	2.9	40	87	12	174	37	16	23	22	1.94
111426633--111426756	46	2.7	46	91	0	185	40	15	23	20	1.91
111433599--111433625	6	4.5	6	100	0	54	18	33	0	48	1.49
111440563--111440766	46	4.5	45	81	11	188	23	30	20	25	1.98
111440606--111440822	92	2.4	91	82	4	249	22	31	19	26	1.98
111440606--111440814	46	4.6	44	79	11	181	22	31	19	27	1.97
111450095--111450169	19	3.9	19	89	0	105	22	36	28	13	1.92
111450075--111450154	38	2.1	38	84	6	101	27	37	22	12	1.90
111450300--111450397	34	2.9	34	87	0	133	39	18	20	21	1.92
111452680--111452740	30	2.0	30	96	0	113	24	6	29	39	1.80
111457589--111457626	18	2.1	18	95	0	67	44	26	13	15	1.83
111468173--111468227	28	2.0	27	82	6	67	30	25	12	30	1.93
111468176--111468313	59	2.3	60	81	9	158	28	26	18	26	1.98
111468306--111468351	20	2.3	20	82	14	60	28	28	17	26	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
111470716--111470759	19	2.4	18	85	7	54	40	9	0	50	1.34
111478009--111478035	2	13.5	2	100	0	54	48	0	0	51	1.00
111479545--111479590	21	2.2	21	88	11	69	63	8	4	23	1.42
111479709--111479761	25	2.1	25	82	6	63	67	7	3	20	1.31
111484841--111484874	17	2.0	17	100	0	68	58	11	0	29	1.33
111486800--111486834	17	2.0	18	88	5	54	2	11	2	82	0.88
111486877--111486909	11	3.1	11	95	4	59	18	0	0	81	0.68
111486930--111487075	20	6.8	20	72	20	80	40	0	2	56	1.16
111487024--111487088	21	3.1	20	82	8	76	46	0	0	53	1.00
111487027--111487089	22	2.9	22	83	11	85	44	0	0	55	0.99
111486959--111487060	33	3.2	31	76	17	109	38	0	0	60	1.03
111486999--111487071	32	2.2	35	79	16	93	39	0	0	60	0.97
111487024--111487075	21	2.5	20	87	6	77	42	0	0	57	0.98
111487025--111487154	21	6.2	22	68	20	66	42	1	1	54	1.19
111487161--111487216	24	2.3	24	84	9	69	41	0	1	57	1.09
111487266--111487315	22	2.4	21	81	18	61	42	0	2	56	1.11
111487046--111487312	114	2.3	111	80	12	297	40	1	3	55	1.26
111490720--111490792	30	2.4	30	83	0	83	30	20	23	26	1.99
111498014--111498096	41	2.0	40	88	9	123	51	3	8	36	1.50
111498552--111498607	20	2.8	20	83	0	85	35	1	0	62	1.06
111498588--111498636	14	3.4	14	78	10	53	36	4	0	59	1.17
111498724--111498782	21	2.7	24	75	19	67	61	3	0	35	1.13
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
111498814--111498870	18	3.1	19	72	18	57	49	0	0	50	1.00
111498814--111498964	22	7.3	21	70	16	75	56	0	1	41	1.12
111498861--111498962	30	3.2	32	82	12	136	61	0	1	35	1.14
111498846--111498904	21	3.0	19	83	13	75	59	0	1	38	1.08
111498922--111498989	22	2.8	26	76	17	74	58	2	0	38	1.13
111498846--111498974	22	6.0	22	74	11	99	60	0	1	37	1.12
111499015--111499079	14	4.5	14	75	12	60	78	1	4	15	0.99
111501803--111501835	18	1.9	18	88	11	52	54	0	9	36	1.32
111502268--111502374	56	1.9	55	92	1	178	42	11	19	26	1.84
111504876--111504925	16	3.2	16	73	23	52	56	2	4	38	1.30
111506150--111506184	2	18.5	2	88	11	56	51	0	0	48	1.00
111511263--111511300	11	3.5	11	96	0	67	36	7	18	36	1.80
111511951--111511979	12	2.3	13	94	5	51	75	0	0	24	0.80
111517359--111517400	2	21.0	2	100	0	84	50	0	0	50	1.00
111520604--111520846	24	10.1	24	97	0	432	36	25	17	20	1.94
111528560--111528802	24	10.1	24	97	0	432	36	25	17	20	1.94
111533654--111533683	12	2.5	12	100	0	60	13	50	26	10	1.73
111536872--111537006	26	5.2	26	90	0	218	40	23	2	33	1.70
111537579--111537646	24	2.8	24	86	8	102	27	19	7	45	1.76
111537773--111538016	9	26.6	9	76	8	161	47	13	0	38	1.48
111537773--111538016	18	13.3	18	77	8	188	47	13	0	38	1.48
111537769--111538016	27	9.0	27	75	9	196	47	12	0	38	1.48
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
111543217--111543258	13	3.3	13	83	6	59	35	7	4	52	1.50
111543587--111543644	21	2.8	21	75	15	57	31	20	46	1	1.61
111543892--111543958	31	2.2	31	83	0	80	19	2	17	59	1.50
111544027--111544327	44	6.9	43	94	3	507	24	32	19	23	1.97
111546263--111546312	25	2.0	25	96	0	91	18	28	16	38	1.91
111546428--111546454	13	2.1	13	100	0	54	14	37	33	14	1.88
111555484--111555562	32	2.4	32	80	2	86	17	35	24	22	1.95
111555484--111555548	32	2.0	33	84	3	87	18	36	23	21	1.95
111564297--111564344	24	2.0	24	87	0	69	58	6	12	22	1.57
111569471--111569522	24	2.2	24	89	0	77	50	9	3	36	1.54
111572513--111572549	20	1.9	18	89	10	56	43	0	21	35	1.53
111573107--111573234	46	2.8	46	90	0	193	20	20	28	31	1.97
111577300--111577349	24	2.1	24	88	0	73	44	8	6	42	1.58
111579893--111579940	26	1.9	26	83	8	64	66	6	2	25	1.26
111582743--111583134	132	3.0	130	85	5	511	27	17	18	36	1.93
111584506--111584689	92	2.0	92	96	0	341	32	13	29	25	1.93
111587425--111587469	16	2.8	16	80	16	56	75	0	24	0	0.80
111587423--111587470	24	2.2	20	85	14	60	77	0	22	0	0.78
111587747--111587881	52	2.6	53	93	2	236	23	14	11	50	1.75
111587771--111587854	26	3.2	26	64	29	70	20	15	13	51	1.76
111588566--111588693	64	2.0	64	92	0	211	30	19	14	35	1.91
111588727--111589187	45	10.4	44	65	12	149	28	17	25	27	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
111588701--111589412	133	5.4	133	89	1	1020	28	18	24	27	1.98
111589360--111589561	88	2.3	90	85	5	268	32	22	23	21	1.98
111589360--111589584	90	2.5	88	82	4	229	32	20	24	22	1.98
111592213--111592611	132	3.0	132	89	0	602	26	19	18	35	1.95
111592213--111592675	132	3.6	130	86	2	585	26	19	19	34	1.95
111593239--111593295	15	3.7	15	75	11	53	0	26	1	71	0.95
111597628--111597789	26	6.2	26	87	1	227	35	23	6	35	1.80
111597628--111597789	78	2.1	78	91	0	261	35	23	6	35	1.80
111599922--111600103	43	4.3	43	87	2	235	20	20	31	26	1.98
111599910--111600103	85	2.3	84	83	5	241	22	20	30	27	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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