genome.fa.s13.2.7.7.80.10.50.1000.190.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr13 124041150 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  124041150

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  190  of  410  ( 49152 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
58039712--58039808	46	2.1	46	81	5	108	34	19	21	24	1.97
58043141--58043202	30	2.1	30	96	0	115	35	19	11	33	1.87
58048578--58048641	31	2.1	31	90	0	101	23	25	15	35	1.94
58048833--58048975	24	6.0	24	91	4	209	26	22	22	28	1.99
58048833--58048974	47	3.0	48	90	5	207	26	22	22	28	1.99
58048832--58048975	71	2.0	72	89	4	220	26	22	22	29	1.99
58049025--58049085	20	3.0	20	90	0	95	32	21	9	36	1.86
58049129--58049176	25	1.9	25	86	0	69	25	16	25	33	1.96
58050413--58050749	27	12.6	27	85	6	418	39	9	22	28	1.85
58053536--58053599	31	2.1	31	90	0	101	23	25	15	35	1.94
58053791--58053909	24	5.0	24	88	5	161	26	22	22	27	1.99
58053816--58053908	47	2.0	47	93	0	159	27	22	23	25	2.00
58053959--58054019	20	3.0	20	92	0	104	32	21	11	34	1.89
58055352--58055691	27	12.6	27	86	2	414	39	9	22	28	1.85
58057693--58057758	29	2.2	30	94	2	116	25	27	15	31	1.95
58065540--58065613	29	2.5	29	88	2	85	24	31	16	28	1.96
58066772--58066825	21	2.8	20	81	10	58	5	14	1	77	1.03
58072500--58072576	37	2.1	37	97	0	145	38	3	19	37	1.70
58075655--58075742	44	2.0	44	93	4	151	51	20	5	22	1.68
58076124--58076238	55	2.1	56	83	8	146	33	21	26	18	1.96
58076149--58076238	27	3.2	28	81	7	112	31	23	26	18	1.98
58076344--58076408	28	2.3	28	89	0	94	32	9	27	30	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
58083480--58083518	19	2.1	19	85	0	51	71	7	5	15	1.26
58083951--58084065	55	2.1	56	83	8	146	34	21	24	19	1.96
58083976--58084065	27	3.2	27	85	7	119	32	23	24	20	1.98
58084171--58084235	28	2.3	28	89	0	94	32	6	27	33	1.82
58087354--58087560	29	7.1	29	80	5	222	38	13	25	22	1.91
58089053--58089136	22	4.1	22	70	27	85	30	7	20	41	1.79
58090503--58090676	48	3.6	48	92	0	296	25	20	28	25	1.99
58094172--58094199	12	2.3	12	100	0	56	39	10	7	42	1.67
58095450--58095611	45	3.7	45	84	4	154	33	25	16	24	1.95
58095477--58095612	45	3.0	46	85	2	177	33	26	15	25	1.95
58100464--58100638	48	3.6	48	90	0	278	25	20	29	24	1.99
58105284--58105455	49	3.6	49	90	1	258	30	7	31	30	1.85
58111846--58111902	30	1.9	30	82	7	71	28	28	24	19	1.98
58117118--58117232	29	4.0	29	77	10	112	29	27	14	27	1.95
58117112--58117219	29	3.8	29	80	6	121	28	27	15	27	1.96
58117109--58117219	58	1.9	57	85	5	152	28	28	15	27	1.96
58117441--58117484	16	2.8	16	82	0	52	13	25	15	45	1.83
58121718--58121832	29	4.0	29	84	2	117	27	26	17	27	1.98
58124398--58124572	46	3.8	46	71	15	153	32	28	18	20	1.97
58127518--58127611	48	2.0	48	93	0	161	26	19	11	42	1.85
58132003--58132176	46	3.8	46	74	12	160	32	28	17	21	1.96
58136647--58136671	2	12.5	2	100	0	50	52	48	0	0	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
58137675--58137704	15	2.0	15	93	0	51	43	13	23	20	1.86
58142075--58142134	22	2.7	22	100	0	120	10	55	10	25	1.64
58143290--58143368	32	2.6	29	80	8	86	43	10	3	43	1.56
58154772--58154797	8	3.2	8	100	0	52	0	38	0	61	0.96
58158267--58158318	26	2.0	27	84	3	70	73	0	7	19	1.07
58159044--58159085	18	2.5	18	85	11	54	19	2	2	76	1.01
58159044--58159080	15	2.4	16	86	8	51	21	2	0	75	0.92
58160537--58160574	19	2.0	19	89	0	58	7	2	28	60	1.38
58161093--58161132	20	2.0	20	85	9	55	37	10	12	40	1.77
58166033--58166057	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
58167564--58168073	48	10.6	48	98	0	984	33	8	27	31	1.86
58168118--58168240	37	3.3	37	98	0	237	25	19	31	23	1.98
58173425--58173458	18	1.9	17	88	5	50	17	2	2	76	1.04
58175465--58175593	47	2.7	48	86	2	188	23	20	31	24	1.98
58175410--58175679	48	5.8	47	74	10	173	24	20	30	24	1.98
58178398--58178422	7	3.6	7	100	0	50	12	0	28	60	1.32
58179298--58179367	27	2.5	28	90	2	115	25	12	28	32	1.93
58181369--58181412	22	2.0	21	91	4	70	36	4	18	40	1.71
58183671--58183890	45	5.0	45	92	2	322	26	26	22	25	2.00
58183951--58184039	43	2.1	43	93	0	151	24	21	4	49	1.68
58184712--58184903	47	4.1	47	94	0	312	45	14	9	30	1.77
58191612--58191770	45	3.6	45	88	3	216	27	25	23	24	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
58194620--58194648	3	9.7	3	100	0	58	65	0	0	34	0.93
58195078--58195303	48	4.7	48	86	0	272	24	16	32	26	1.96
58195084--58195329	48	5.1	48	82	2	127	24	17	31	26	1.97
58195081--58195329	96	2.6	95	76	8	243	25	17	31	26	1.97
58195467--58195764	149	2.0	149	98	0	578	34	10	24	30	1.89
58199147--58199207	30	2.0	30	83	0	77	31	22	8	37	1.84
58204188--58204355	40	4.2	40	80	2	187	25	26	22	25	2.00
58220322--58220360	20	2.0	21	90	10	64	33	0	12	53	1.39
58220691--58220744	26	2.1	25	83	10	65	72	3	22	1	1.10
58220690--58220749	16	3.8	16	78	12	54	71	3	23	1	1.10
58223040--58223188	80	1.9	80	81	2	183	22	30	24	22	1.99
58223081--58223188	40	2.7	38	85	8	128	21	29	25	23	1.99
58230921--58231086	46	3.6	47	77	11	137	28	21	27	22	1.99
58233173--58233314	40	3.5	40	83	1	124	27	23	26	22	1.99
58233212--58233340	40	3.2	39	84	6	152	24	22	27	25	2.00
58245528--58245760	113	2.1	113	93	5	402	44	17	6	32	1.74
58250148--58250380	114	2.1	112	83	1	286	27	22	14	34	1.93
58253778--58253839	27	2.3	27	91	0	97	27	16	16	40	1.89
58253822--58253919	27	3.7	26	89	5	126	27	7	19	45	1.76
58253822--58253933	27	4.2	27	85	6	113	28	7	21	42	1.79
58253912--58254364	27	16.8	27	85	2	563	41	8	21	28	1.83
58253912--58254364	54	8.4	54	89	1	622	41	8	21	28	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
58254370--58254459	27	3.3	27	85	3	119	32	10	17	40	1.83
58253884--58254418	81	6.6	81	87	1	583	39	8	21	29	1.84
58254353--58254459	54	2.0	54	81	7	128	30	10	20	38	1.86
58253912--58254418	135	3.8	134	83	4	509	40	9	21	29	1.84
58254370--58254474	27	3.9	27	79	9	90	34	9	17	39	1.82
58258157--58258218	27	2.3	27	91	0	97	27	16	16	40	1.89
58258198--58258277	27	3.0	27	90	0	124	30	8	20	41	1.82
58258173--58258299	54	2.4	54	80	6	141	27	9	19	43	1.82
58258199--58258311	27	4.1	28	82	5	117	28	7	23	41	1.80
58258292--58258743	27	16.8	27	85	3	572	41	9	21	28	1.83
58258292--58258743	54	8.4	54	89	1	631	41	9	21	28	1.83
58258292--58258743	134	3.4	134	86	4	570	41	9	21	28	1.83
58258749--58258837	27	3.3	26	78	9	90	31	10	19	39	1.84
58258292--58258796	134	3.8	133	84	4	541	40	9	21	28	1.84
58258292--58258743	107	4.2	107	87	2	611	41	9	21	28	1.83
58258767--58258846	27	3.0	27	83	7	92	33	10	17	38	1.83
58262537--58262597	26	2.3	26	88	2	86	27	14	16	40	1.88
58262537--58262678	54	2.7	55	78	5	139	28	11	18	42	1.84
58262554--58262678	27	4.7	26	83	6	126	27	8	20	44	1.80
58262554--58262678	54	2.3	53	82	4	144	27	8	20	44	1.80
58262580--58262692	27	4.2	27	85	4	115	28	7	22	42	1.79
58262671--58263123	27	16.8	27	84	3	538	41	8	21	28	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
58262671--58263123	81	5.6	81	89	2	597	41	8	21	28	1.82
58262671--58263123	54	8.4	54	88	1	613	41	8	21	28	1.82
58263129--58263218	27	3.3	27	85	3	119	32	10	17	40	1.83
58262643--58263177	81	6.6	81	86	1	466	39	8	21	30	1.83
58263112--58263218	54	2.0	54	81	7	128	30	10	20	38	1.86
58263129--58263232	27	3.9	27	79	9	88	34	9	17	38	1.82
58265719--58265764	23	2.0	23	86	0	65	30	2	6	60	1.34
58272049--58272248	42	4.8	41	82	4	247	29	26	18	27	1.98
58272049--58272250	84	2.4	85	84	2	273	29	25	17	27	1.98
58275495--58275593	28	3.5	28	91	0	162	23	16	35	25	1.95

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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