genome.fa.s13.2.7.7.80.10.50.1000.145.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr13 124041150 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  124041150

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  145  of  410  ( 49152 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
43934024--43934103	27	2.9	27	88	5	115	32	21	25	21	1.98
43934024--43934113	27	3.2	27	82	7	101	32	23	23	21	1.98
43934219--43934283	28	2.3	28	86	5	87	27	7	32	32	1.85
43941066--43941231	46	3.6	44	77	13	165	23	26	19	30	1.98
43948745--43948788	22	2.0	22	90	0	70	40	0	2	56	1.11
43960685--43960735	22	2.3	21	80	9	57	45	1	0	52	1.12
43960695--43960738	22	2.0	22	90	0	70	40	0	0	59	0.98
43960696--43960748	10	5.1	10	77	8	52	35	0	0	64	0.94
43962871--43963266	2	207.5	2	68	12	127	39	0	55	4	1.21
43962888--43962970	13	6.0	13	69	17	60	38	0	60	1	1.05
43962871--43963264	20	20.0	20	68	15	160	39	0	55	4	1.21
43962871--43962938	31	2.2	31	89	0	100	42	0	57	0	0.98
43962873--43963266	12	33.9	12	69	18	158	39	0	55	4	1.21
43965018--43965139	61	2.0	61	98	0	235	40	13	16	30	1.86
43987188--43987372	40	4.6	39	88	4	212	25	21	27	26	1.99
43987240--43987395	80	2.0	79	82	8	192	26	20	26	26	1.99
43987221--43987391	40	4.3	40	86	5	127	27	21	25	25	1.99
43995243--43995427	40	4.6	39	87	5	221	25	21	27	26	1.99
43995243--43995427	79	2.3	80	81	8	225	25	21	27	26	1.99
43995290--43995460	79	2.2	78	82	9	195	28	19	26	25	1.99
44002154--44002236	37	2.2	37	91	0	130	20	31	22	25	1.98
44002354--44002932	47	12.3	47	93	0	933	27	29	9	33	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
44002404--44002482	25	3.3	25	67	16	76	30	29	6	34	1.82
44009685--44009802	41	3.1	41	60	28	98	21	28	17	32	1.96
44009666--44009834	71	2.4	71	98	0	329	19	27	17	35	1.94
44009666--44009868	71	2.9	70	91	3	250	21	28	16	33	1.95
44011783--44012297	48	10.7	48	75	4	430	28	18	27	24	1.98
44011783--44012195	144	2.9	144	85	3	485	28	18	28	24	1.98
44014155--44014189	15	2.4	15	95	4	63	74	0	25	0	0.82
44019607--44019705	47	2.1	47	81	7	112	30	32	16	21	1.95
44019644--44019717	36	2.0	37	94	5	132	32	32	16	18	1.93
44027158--44027329	93	1.8	93	96	0	317	27	29	21	20	1.98
44027151--44027326	46	3.8	46	79	12	216	28	29	21	20	1.98
44034721--44034892	93	1.8	93	96	0	317	27	29	21	20	1.98
44034714--44034889	46	3.8	46	79	12	216	28	29	21	20	1.98
44038721--44038870	40	3.8	39	74	17	130	26	24	27	21	1.99
44038764--44038870	39	2.7	38	84	12	128	23	26	29	20	1.99
44038764--44038946	79	2.3	79	79	3	181	22	25	30	22	1.99
44046796--44046979	40	4.6	39	75	6	138	26	23	27	22	2.00
44046836--44047024	80	2.4	81	77	4	186	23	24	29	22	1.99
44050983--44051010	14	2.0	14	100	0	56	14	14	0	71	1.15
44051007--44051085	5	14.2	6	80	17	66	32	2	16	48	1.60
44051008--44051089	11	7.5	11	69	23	50	32	2	17	47	1.60
44051044--44051089	20	2.2	21	92	7	85	32	0	19	47	1.50
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
44054368--44054549	46	4.0	46	90	1	258	40	14	23	21	1.91
44063121--44063168	24	2.0	24	83	0	60	29	39	14	16	1.88
44065224--44065331	40	2.7	41	80	11	125	25	27	23	23	2.00
44070897--44071069	46	3.7	46	75	13	174	21	21	27	29	1.98
44070894--44071063	93	1.8	93	92	0	286	21	21	28	28	1.98
44075907--44076008	29	3.5	29	98	0	195	23	24	14	37	1.93
44077307--44077342	18	1.9	18	88	5	54	11	25	0	63	1.27
44083675--44083918	40	6.1	40	85	2	276	28	26	20	25	1.99
44084005--44084193	64	3.0	64	58	16	142	33	26	11	28	1.91
44083887--44084225	123	2.8	123	95	0	597	33	25	10	30	1.90
44086817--44086901	29	3.0	29	87	3	84	25	22	15	36	1.93
44086829--44086901	29	2.5	29	97	0	137	23	24	15	36	1.93
44088199--44088234	18	1.9	18	88	5	54	11	25	0	63	1.27
44098663--44098716	27	2.0	27	96	0	99	11	16	22	50	1.77
44102366--44102532	40	4.2	40	82	2	185	25	27	21	25	1.99
44102366--44102532	80	2.1	79	83	7	205	25	27	21	25	1.99
44103357--44103402	17	2.5	19	74	22	53	34	23	17	23	1.96
44111917--44112172	40	6.3	41	83	9	248	26	25	23	24	2.00
44111917--44112172	80	3.2	80	83	7	302	26	25	23	24	2.00
44111917--44112172	123	2.1	119	87	5	363	26	25	23	24	2.00
44116015--44116235	40	5.6	40	87	4	304	24	23	25	25	2.00
44116015--44116235	82	2.8	81	87	6	317	24	23	25	25	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
44127315--44127380	20	3.3	20	65	23	57	22	19	28	28	1.98
44130187--44130220	18	1.9	17	88	5	50	8	20	17	52	1.71
44137618--44137778	29	5.6	29	93	0	259	26	14	32	26	1.95
44144919--44145079	29	5.6	29	93	0	259	26	14	32	26	1.95
44157099--44157274	46	3.8	46	80	14	218	21	20	28	29	1.98
44157096--44157266	93	1.8	93	94	2	308	21	21	29	28	1.98
44169260--44169408	80	1.9	80	81	2	183	22	30	24	22	1.99
44169301--44169408	40	2.7	38	85	8	128	21	29	25	23	1.99
44177377--44177525	80	1.9	80	81	2	183	22	30	24	22	1.99
44177418--44177525	40	2.7	38	85	8	128	21	29	25	23	1.99
44182177--44182350	46	3.8	46	79	13	214	28	29	21	20	1.98
44182185--44182354	92	1.8	93	94	1	306	28	29	21	20	1.98
44184715--44184803	30	3.0	30	79	11	94	56	15	17	10	1.67
44184715--44184797	15	5.6	14	73	10	58	55	16	18	9	1.68
44184726--44184803	15	5.2	15	75	9	70	55	15	17	11	1.69
44187747--44187917	93	1.8	93	96	0	315	28	29	21	21	1.98
44187739--44187914	46	3.8	46	80	12	225	28	28	21	21	1.98
44189269--44189368	50	2.0	50	100	0	200	42	16	26	16	1.88
44194352--44194393	21	2.0	20	86	13	59	28	4	19	47	1.69
44197364--44197393	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
44198316--44198385	28	2.5	28	86	4	97	28	27	15	28	1.96
44202869--44202907	16	2.5	16	91	4	62	51	15	25	7	1.70
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
44204693--44204722	12	2.5	12	88	0	51	13	13	50	23	1.77
44206880--44206994	45	2.6	45	85	2	142	26	28	21	23	1.99
44206911--44207007	45	2.2	45	86	0	131	27	28	23	19	1.98
44206938--44207293	43	8.2	43	89	1	507	31	32	24	12	1.92
44209092--44209260	40	4.2	40	80	4	173	23	26	21	28	1.99
44217127--44217295	40	4.2	40	80	4	173	23	26	21	28	1.99
44226355--44226390	8	4.5	8	85	0	54	52	16	27	2	1.57
44226986--44227057	35	2.1	35	94	5	128	13	20	33	31	1.92
44238998--44239330	128	2.6	127	88	3	483	31	17	16	35	1.92
44251486--44251597	40	2.8	40	87	0	152	28	21	27	22	1.99
44251442--44251612	40	4.3	39	76	10	150	28	21	26	23	1.99
44255256--44255378	47	2.6	46	82	6	149	23	30	18	26	1.98
44257284--44257548	45	5.9	45	82	4	266	33	17	20	28	1.95
44257146--44257410	142	1.9	140	82	5	336	32	16	21	29	1.96
44259428--44259457	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
44260173--44260485	126	2.5	126	88	1	448	30	19	18	31	1.95
44264819--44265039	46	4.8	46	76	12	179	23	32	18	26	1.97
44266750--44266901	77	2.0	76	89	5	234	40	5	18	36	1.73
44267051--44267101	9	5.7	9	79	9	59	41	17	11	29	1.85
44267051--44267101	18	2.8	18	87	0	75	41	17	11	29	1.85
44267389--44267432	22	2.0	22	95	0	79	31	15	9	43	1.79
44274502--44274545	10	4.6	10	80	8	56	34	0	40	25	1.56
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
44274952--44275005	25	2.2	26	83	10	76	42	11	16	29	1.83
44274963--44275016	25	2.2	25	100	0	108	40	12	11	35	1.79
44277490--44277644	85	1.8	84	83	4	204	28	25	16	29	1.97
44277490--44277645	42	3.7	42	82	3	188	28	25	17	28	1.97
44281206--44281291	31	2.8	31	92	1	147	25	26	16	31	1.96
44281508--44281603	26	3.8	25	88	2	113	26	22	23	27	2.00
44281498--44281579	26	3.2	26	87	3	105	28	21	19	30	1.98
44285813--44285896	28	3.2	27	65	25	72	25	16	29	28	1.97
44285765--44286002	49	4.8	49	83	5	282	26	17	26	29	1.97
44290206--44290359	42	3.6	42	80	8	161	29	20	17	32	1.96

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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