genome.fa.s13.2.7.7.80.10.50.1000.230.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr13 124041150 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  124041150

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  230  of  410  ( 49152 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
71076349--71076382	17	2.0	17	94	0	59	55	0	5	38	1.24
71077701--71077809	24	4.5	24	85	4	130	20	12	33	33	1.90
71082729--71082912	67	2.8	64	77	8	194	28	17	30	22	1.97
71098040--71098101	30	2.2	28	85	8	81	27	14	24	33	1.94
71098050--71098108	30	2.0	30	89	0	91	33	15	23	27	1.95
71098545--71098667	46	2.7	45	82	8	133	24	21	30	24	1.99
71100895--71100962	34	2.0	34	85	5	93	29	22	20	27	1.98
71101836--71101896	31	2.0	31	93	0	104	31	27	9	31	1.89
71109910--71109934	13	1.9	13	100	0	50	8	16	32	44	1.76
71110966--71111057	35	2.6	35	98	0	175	34	29	13	22	1.92
71117831--71118006	46	3.8	46	78	4	183	22	19	28	29	1.98
71117828--71117999	93	1.8	93	91	0	281	22	20	28	28	1.99
71118474--71118505	13	2.5	13	100	0	64	21	6	25	46	1.74
71144233--71144495	96	2.8	98	76	9	242	25	28	17	28	1.98
71144429--71144548	48	2.5	48	90	1	188	25	30	15	27	1.96
71153348--71153416	34	2.0	34	100	0	138	11	14	17	56	1.67
71155629--71155760	29	4.6	29	82	0	147	26	15	33	24	1.95
71163518--71163649	29	4.6	29	82	0	147	26	15	33	24	1.95
71172552--71172702	27	5.6	27	84	3	115	35	23	7	33	1.83
71172538--71172694	54	2.9	53	77	3	161	33	23	7	35	1.83
71172646--71172798	27	5.7	27	75	5	130	36	19	10	33	1.86
71172652--71172807	53	2.9	54	80	1	152	38	17	10	33	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
71172686--71172835	27	5.7	26	73	10	108	39	18	9	32	1.83
71172685--71172831	80	1.8	79	82	7	190	40	17	9	33	1.81
71172707--71172835	53	2.4	52	76	10	127	37	17	10	34	1.83
71172668--71172838	27	6.4	26	69	14	89	38	18	9	33	1.84
71172828--71173014	27	7.0	27	86	3	252	35	18	21	24	1.95
71172828--71173013	54	3.5	54	90	0	284	36	17	22	24	1.95
71173217--71173284	25	2.7	25	90	0	100	29	26	22	22	1.99
71173217--71173293	25	3.1	25	86	1	84	33	23	19	23	1.97
71174970--71175119	67	2.2	67	81	8	171	32	17	28	21	1.96
71174994--71175177	67	2.8	64	77	8	194	29	17	29	22	1.97
71175321--71175379	28	2.1	28	100	0	118	27	10	32	30	1.89
71179441--71179590	67	2.2	67	81	8	171	32	17	28	21	1.96
71179465--71179648	67	2.8	64	77	8	194	29	17	29	22	1.97
71179786--71179835	22	2.3	22	100	0	100	26	12	30	32	1.92
71183669--71183855	27	6.9	27	83	1	178	35	23	6	34	1.82
71183669--71183825	54	2.9	54	84	0	206	34	24	6	35	1.81
71183651--71183863	81	2.6	81	76	2	221	36	23	6	33	1.81
71183786--71183915	53	2.4	53	84	3	154	39	22	6	31	1.80
71183786--71183915	27	4.9	27	82	1	136	39	22	6	31	1.80
71183818--71183940	27	4.6	27	80	2	122	42	20	8	29	1.81
71183959--71184175	27	8.0	27	87	0	272	34	18	21	25	1.96
71186596--71186772	50	3.6	49	84	5	203	31	23	16	27	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
71191770--71191976	40	5.2	40	88	2	285	26	28	21	23	1.99
71199976--71200182	40	5.2	40	84	2	240	27	27	21	23	1.99
71204066--71204205	51	2.8	49	78	3	154	27	25	22	25	2.00
71207571--71207629	28	2.1	29	83	3	75	40	1	27	30	1.66
71213108--71213301	39	4.9	39	80	8	162	28	26	22	22	1.99
71213113--71213343	40	5.8	40	79	9	177	27	26	22	23	1.99
71220011--71220342	159	2.1	158	84	2	434	27	26	22	23	2.00
71220079--71220344	119	2.2	120	88	4	387	26	27	22	23	1.99
71220039--71220313	79	3.5	79	82	3	338	27	27	22	22	1.99
71219995--71220344	40	8.8	40	81	2	330	28	26	22	22	1.99
71236528--71236654	55	2.3	55	82	2	148	14	29	28	26	1.96
71236573--71236689	55	2.1	55	82	3	137	14	32	30	22	1.94
71241313--71241532	40	5.6	40	80	5	241	25	25	23	25	2.00
71250614--71250638	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
71253097--71253166	27	2.6	27	95	2	122	30	27	14	28	1.95
71257533--71257662	40	3.2	40	82	4	165	23	24	28	23	2.00
71263821--71264022	40	5.1	40	75	9	148	23	24	27	24	2.00
71263820--71263971	78	1.9	79	84	5	200	25	23	26	24	2.00
71271065--71271242	40	4.5	39	74	11	132	25	24	25	24	2.00
71271062--71271244	78	2.3	79	81	9	194	24	25	26	24	2.00
71271114--71271242	40	3.3	40	79	9	140	25	26	24	23	2.00
71272919--71272988	27	2.6	27	95	2	122	30	27	14	28	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
71278778--71278815	20	2.0	19	85	10	51	18	18	0	63	1.32
71280896--71280929	17	2.0	17	88	0	50	29	0	14	55	1.40
71285204--71285254	24	2.1	24	89	7	77	11	21	41	25	1.87
71285211--71285270	24	2.5	24	83	2	68	16	20	41	21	1.90
71297996--71298115	48	2.5	48	90	1	188	25	32	15	26	1.96
71300316--71300362	20	2.3	20	100	0	94	36	10	19	34	1.86
71300409--71300509	24	4.1	24	83	5	121	26	22	21	28	1.99
71300723--71300786	31	2.1	31	90	0	101	35	17	23	23	1.95
71302460--71302503	22	2.0	22	100	0	88	36	22	22	18	1.95
71308490--71308583	24	3.8	25	88	5	129	25	24	23	26	2.00
71308489--71308596	24	4.4	24	83	10	121	27	23	23	25	2.00
71308803--71308866	31	2.1	31	90	0	101	39	15	21	23	1.92
71316820--71316949	40	3.3	39	76	8	136	23	27	23	24	2.00
71316836--71316987	40	3.8	40	78	6	139	22	26	23	28	1.99
71316836--71316985	80	1.9	80	82	8	189	22	26	23	28	1.99
71324126--71324255	40	3.3	39	83	4	163	23	28	25	23	1.99
71325742--71325989	40	6.2	40	82	1	284	25	27	22	25	2.00
71325742--71325989	80	3.1	80	90	1	365	25	27	22	25	2.00
71325762--71325989	120	1.9	120	86	1	323	23	27	22	25	2.00
71326981--71327081	28	3.5	28	86	6	114	29	26	13	29	1.94
71331012--71331219	40	5.2	40	88	1	285	25	28	21	24	1.99
71358420--71358468	23	2.1	23	100	0	98	12	34	16	36	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
71365196--71365309	38	2.9	38	85	2	147	34	24	20	21	1.97
71372697--71372925	24	9.5	24	84	4	293	26	17	23	33	1.96
71372697--71372925	72	3.2	71	88	3	334	26	17	23	33	1.96
71380604--71380686	30	3.0	30	69	30	94	25	18	22	33	1.96
71380583--71380729	45	3.1	50	79	17	186	25	17	23	33	1.96
71380629--71380758	45	2.9	45	87	11	187	27	16	23	32	1.96
71380655--71380733	22	3.5	22	79	6	97	22	16	25	35	1.95
71380634--71380758	24	5.6	23	71	16	93	27	16	24	32	1.96
71382230--71382353	42	2.9	41	77	10	124	33	26	18	21	1.97
71382329--71382456	66	1.9	66	90	0	202	38	23	15	22	1.92
71387695--71387803	25	4.4	24	86	6	112	24	22	22	29	1.99
71387708--71387802	25	3.8	25	92	0	154	24	23	25	27	2.00
71389230--71389400	93	1.8	93	93	0	297	29	27	21	21	1.99
71389225--71389397	46	3.7	46	77	13	192	30	26	21	21	1.99
71389820--71389879	30	2.0	30	86	0	84	30	23	10	36	1.87
71395711--71395882	46	3.7	46	76	16	183	21	20	29	29	1.98
71395704--71395874	93	1.8	93	92	0	288	21	21	28	28	1.99
71398800--71398864	15	4.4	15	84	9	89	12	13	12	61	1.57
71400775--71400950	46	3.8	46	75	15	182	21	21	27	28	1.99
71400772--71400942	93	1.8	93	92	0	288	21	22	28	28	1.99
71404680--71404739	30	2.0	30	90	0	93	30	25	8	36	1.85
71405634--71405793	27	6.0	27	85	2	189	25	21	19	33	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
71405785--71405990	81	2.6	81	82	4	238	31	7	19	41	1.79
71405786--71405991	27	7.7	27	82	4	184	30	7	19	42	1.79
71405984--71406381	27	14.7	27	81	8	407	40	7	22	29	1.81
71405866--71406018	81	1.9	81	80	2	182	30	6	21	41	1.78
71406053--71406120	34	2.0	34	91	0	109	41	5	27	25	1.78
71406236--71406277	20	2.1	20	90	0	66	42	9	19	28	1.82
71406209--71406358	47	3.0	47	80	12	156	41	7	21	30	1.80
71405993--71406359	155	2.5	155	80	10	189	41	7	22	28	1.81
71408999--71409241	27	9.0	27	82	0	281	23	21	19	34	1.96
71409027--71409273	80	3.1	80	81	5	214	25	19	19	36	1.95

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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