genome.fa.s13.2.7.7.80.10.50.1000.133.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr13 124041150 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  124041150

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  133  of  410  ( 49152 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
40244480--40244546	28	2.4	28	100	0	134	19	22	43	14	1.87
40247846--40248017	43	4.0	43	74	8	125	34	25	15	23	1.95
40255539--40255725	40	4.7	40	81	4	180	28	23	25	21	1.99
40255539--40255692	80	1.9	80	86	0	218	27	22	26	22	1.99
40255543--40255725	80	2.3	80	81	0	213	28	24	26	21	1.99
40255543--40255760	80	2.7	80	77	3	181	27	24	26	21	1.99
40263552--40263746	40	4.9	40	80	2	178	28	23	26	21	1.99
40263552--40263704	79	1.9	80	85	1	209	28	22	26	22	1.99
40263556--40263737	79	2.3	79	80	0	202	28	23	26	21	1.99
40271063--40271294	27	8.6	27	81	7	188	28	22	8	40	1.83
40271063--40271294	54	4.3	54	77	9	231	28	22	8	40	1.83
40271063--40271294	81	2.9	81	78	5	245	28	22	8	40	1.83
40271288--40271468	27	6.7	27	72	3	132	36	20	11	31	1.88
40271421--40271482	27	2.3	27	91	0	97	40	16	16	27	1.89
40272101--40272196	27	3.5	28	90	4	135	45	25	8	20	1.79
40276862--40276888	2	13.5	2	100	0	54	48	0	0	51	1.00
40277606--40277786	40	4.5	39	83	5	204	24	21	26	27	1.99
40277606--40277786	79	2.3	81	83	7	228	24	21	26	27	1.99
40277636--40277809	79	2.2	78	81	10	201	27	21	24	27	1.99
40285053--40285080	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
40285795--40285979	79	2.3	81	82	9	220	25	22	25	27	2.00
40285795--40285986	40	4.8	40	80	8	187	26	21	25	26	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
40285829--40286002	79	2.2	78	80	10	192	28	21	23	27	1.99
40292244--40292327	44	1.9	44	87	4	125	20	19	27	33	1.96
40296442--40296608	46	3.6	46	81	4	158	24	26	18	30	1.98
40298258--40298325	32	2.1	32	97	0	127	36	25	2	35	1.71
40315145--40315213	5	14.0	5	77	10	63	56	1	2	39	1.23
40317070--40317243	38	4.5	38	81	1	159	31	23	22	22	1.98
40317070--40317223	38	4.0	38	83	1	164	33	23	21	22	1.98
40326355--40326390	19	1.9	18	88	5	54	33	0	2	63	1.08
40326374--40326423	18	2.8	18	82	14	59	34	0	0	66	0.92
40326390--40326432	11	4.2	10	82	14	52	32	0	0	67	0.91
40326354--40326423	27	2.5	28	81	11	81	32	0	1	65	1.01
40326377--40326432	20	2.8	20	80	17	64	35	0	0	64	0.94
40326862--40326922	30	2.0	30	84	6	79	40	14	3	40	1.62
40330217--40330346	40	3.3	39	76	8	136	23	27	23	24	2.00
40330233--40330384	40	3.8	40	78	6	148	22	26	23	27	1.99
40330233--40330382	80	1.9	80	83	8	198	22	26	24	27	1.99
40338218--40338347	40	3.3	39	76	8	136	23	27	23	24	2.00
40338234--40338385	40	3.8	40	78	6	148	22	26	23	27	1.99
40338234--40338383	80	1.9	80	83	8	198	22	26	24	27	1.99
40344629--40344896	46	5.7	45	76	14	208	23	30	18	27	1.98
40344679--40344898	46	4.7	46	81	10	218	22	30	20	26	1.98
40347396--40347534	57	2.4	57	83	3	154	29	20	20	29	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
40352571--40352731	47	3.4	47	92	0	250	32	10	29	26	1.90
40352600--40352671	22	3.1	22	64	24	58	33	13	29	23	1.93
40352645--40352720	23	3.2	25	62	24	63	28	13	34	23	1.92
40355231--40355685	48	9.5	48	98	0	883	35	6	27	30	1.82
40355682--40355778	37	2.6	37	95	0	167	22	18	30	27	1.97
40356573--40356759	48	3.8	48	86	8	277	36	6	26	31	1.82
40356574--40356759	100	1.9	96	89	6	284	36	6	26	30	1.82
40356905--40357086	37	4.9	37	94	0	310	24	18	30	25	1.98
40358350--40358737	40	9.7	40	88	1	546	25	21	26	25	2.00
40358350--40358737	199	1.9	200	90	1	618	25	21	26	25	2.00
40362695--40362888	47	4.1	47	89	0	280	33	10	28	26	1.90
40362769--40362844	23	3.2	25	62	24	63	28	13	34	23	1.92
40362858--40363039	48	3.8	48	88	4	276	36	6	25	31	1.81
40362859--40363042	98	1.9	96	91	4	298	36	5	26	31	1.80
40363187--40363368	37	4.9	37	95	0	319	24	18	31	25	1.97
40366852--40367046	49	3.9	49	84	2	264	28	26	18	26	1.98
40366857--40367053	100	2.0	101	93	2	342	29	26	18	25	1.98
40369167--40369229	15	4.4	15	80	9	78	63	12	14	9	1.52
40369167--40369229	14	4.4	15	81	16	80	63	12	14	9	1.52
40372193--40372378	49	3.8	49	84	2	257	28	26	18	26	1.98
40372198--40372383	98	1.9	98	96	0	345	28	26	19	25	1.99
40376000--40376030	16	1.9	16	93	0	53	35	19	0	45	1.51
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
40376230--40376775	50	10.9	50	75	3	450	29	25	18	26	1.98
40376230--40376775	101	5.4	100	75	3	434	29	25	18	26	1.98
40376233--40376776	151	3.6	151	90	1	813	29	25	18	26	1.98
40379711--40379749	15	2.6	15	92	8	62	51	15	17	15	1.77
40383266--40383297	16	2.0	16	93	0	55	34	18	0	46	1.49
40383508--40383781	50	5.4	50	70	10	207	29	25	18	26	1.98
40383558--40383735	51	3.5	49	75	14	166	31	24	19	25	1.98
40383501--40383781	101	2.8	101	82	1	366	30	25	18	25	1.98
40386115--40386287	43	4.0	43	77	6	181	31	25	15	27	1.96
40388945--40389093	80	1.9	80	81	2	183	22	30	24	22	1.99
40388986--40389093	40	2.7	38	85	8	128	21	29	25	23	1.99
40397063--40397211	80	1.9	80	81	2	183	22	30	24	22	1.99
40397104--40397211	40	2.7	38	85	8	128	21	29	25	23	1.99
40400378--40400526	80	1.9	80	81	2	183	22	30	24	22	1.99
40400419--40400526	40	2.7	38	85	8	128	21	29	25	23	1.99
40408495--40408643	80	1.9	80	81	2	183	22	30	24	22	1.99
40408536--40408643	40	2.7	38	85	8	128	21	29	25	23	1.99
40425692--40425862	43	4.0	43	75	6	141	33	25	14	26	1.94
40430139--40430354	50	4.3	50	80	4	211	37	18	13	30	1.90
40430139--40430354	100	2.2	100	82	4	256	37	18	13	30	1.90
40438274--40438442	46	3.7	46	92	1	268	28	17	29	24	1.97
40438274--40438467	46	4.2	46	90	2	264	29	17	29	23	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
40440231--40440440	40	5.2	40	87	2	305	25	24	28	21	1.99
40448363--40448572	40	5.2	40	87	2	305	25	24	28	21	1.99
40449964--40450096	49	2.7	49	74	5	144	32	18	24	24	1.97
40452842--40452922	27	3.0	27	83	8	76	39	16	9	34	1.81
40452851--40452940	27	3.3	28	84	9	107	40	16	10	33	1.82
40452935--40452995	27	2.3	27	79	0	68	32	27	8	31	1.86
40452946--40453155	27	7.8	27	89	3	262	28	24	8	39	1.84
40453054--40453357	27	11.2	27	77	10	122	37	20	8	34	1.82
40452892--40453182	81	3.6	81	76	5	196	31	22	8	37	1.84
40453134--40453273	54	2.6	54	81	8	176	39	21	7	31	1.82
40453149--40453410	81	3.2	79	72	11	215	39	19	10	30	1.85
40453108--40453363	27	9.4	27	77	7	144	37	19	8	33	1.82
40453404--40453481	27	2.9	27	75	11	88	37	21	19	21	1.95
40454638--40454685	25	1.9	25	86	0	69	33	25	16	25	1.96
40454733--40454788	11	5.5	11	71	16	57	35	12	19	32	1.89
40454722--40454788	20	3.3	20	93	0	116	34	11	20	32	1.90
40454838--40455051	23	9.1	23	93	3	347	28	22	20	28	1.99
40454837--40455073	24	10.0	23	90	4	341	28	22	21	27	1.99
40454837--40455051	47	4.6	47	93	2	369	28	22	20	28	1.98
40460906--40460943	20	1.9	20	94	0	67	42	5	0	52	1.24
40470944--40470982	20	2.1	19	85	9	53	51	17	28	2	1.59
40474218--40474360	27	5.3	27	80	11	150	18	25	21	34	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
40474218--40474353	54	2.5	54	91	2	211	19	25	21	34	1.96
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40482164--40482296	54	2.5	54	89	7	191	18	22	21	36	1.95
40482166--40482314	81	1.9	80	82	12	189	19	23	20	36	1.95
40482166--40482314	27	5.5	27	78	16	102	19	23	20	36	1.95
40483856--40484071	46	4.6	48	78	5	217	29	21	27	21	1.99
40483898--40484071	94	1.8	95	88	1	269	29	21	28	20	1.98
40489230--40489371	40	3.5	40	83	1	124	27	23	26	22	1.99
40489269--40489397	40	3.2	39	84	6	152	24	22	27	25	2.00
40497259--40497359	39	2.5	40	85	1	132	30	22	24	21	1.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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