genome.fa.s13.2.7.7.80.10.50.1000.256.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr13 124041150 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  124041150

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
79070152--79070271	56	2.2	54	83	3	141	31	7	19	41	1.79
79070237--79070527	27	10.8	27	80	2	210	32	8	20	39	1.82
79077444--79077628	78	2.3	80	86	6	245	32	15	13	38	1.87
79077566--79077690	62	2.0	62	89	3	189	32	11	12	44	1.77
79077665--79077972	86	3.6	85	81	6	302	34	9	12	44	1.74
79077715--79077987	86	3.2	87	82	6	324	34	7	11	47	1.67
79082728--79082861	47	2.8	48	80	10	148	23	32	16	27	1.96
79083393--79083437	23	2.0	23	100	0	90	20	13	17	48	1.80
79085806--79085973	40	4.2	40	82	1	176	24	27	22	25	2.00
79088444--79088482	20	2.0	20	85	10	53	25	12	7	53	1.65
79088507--79088596	45	2.0	45	100	0	180	22	22	11	44	1.84
79093362--79093533	49	3.5	49	92	0	263	28	9	33	29	1.88
79093629--79093713	37	2.3	37	95	0	152	24	20	34	21	1.97
79095144--79095215	29	2.5	29	91	6	112	29	26	13	30	1.94
79095143--79095244	28	3.5	28	84	6	89	29	28	13	28	1.94
79098648--79098732	40	2.1	40	82	0	98	28	21	27	23	1.99
79098929--79099124	29	6.8	29	97	0	365	27	17	31	23	1.97
79100835--79100997	39	4.2	39	91	0	254	23	19	31	25	1.98
79100853--79101026	78	2.2	77	86	4	240	23	21	32	22	1.98
79108347--79108492	40	3.7	40	83	0	166	23	27	21	26	1.99
79108379--79108530	40	3.8	40	83	3	162	22	26	22	28	1.99
79116432--79116577	40	3.7	40	83	0	166	23	27	21	26	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
79116464--79116615	40	3.8	40	83	3	162	22	26	22	28	1.99
79120390--79120787	198	2.0	199	98	0	762	26	28	16	28	1.97
79121414--79121474	30	2.0	30	83	0	77	31	22	8	37	1.84
79125469--79125585	44	2.7	44	86	4	139	33	24	16	25	1.96
79125416--79125585	43	3.9	44	76	4	150	31	24	16	27	1.96
79131902--79131998	33	2.8	35	72	20	89	45	2	1	51	1.19
79132182--79132245	13	4.9	13	84	0	74	35	21	9	32	1.86
79137887--79137988	30	3.5	29	80	10	109	28	26	13	31	1.94
79146488--79146545	21	2.5	24	75	13	68	25	22	17	34	1.96
79146665--79146924	130	2.0	130	91	0	421	35	14	14	35	1.87
79148896--79149068	46	3.8	45	71	7	132	23	17	28	30	1.97
79148890--79149059	93	1.8	93	87	2	252	23	18	28	29	1.98
79151242--79151311	27	2.5	28	93	2	115	27	14	30	28	1.95
79151242--79151323	27	3.0	27	84	8	69	28	15	26	29	1.96
79159150--79159219	27	2.5	28	93	2	115	27	14	30	28	1.95
79159150--79159231	27	3.0	27	84	8	69	28	15	26	29	1.96
79164863--79164889	12	2.2	12	100	0	54	22	33	25	18	1.97
79164875--79165086	47	4.4	49	72	13	156	25	28	17	27	1.98
79165551--79165589	19	2.1	19	85	9	53	30	15	2	51	1.57
79167891--79167960	27	2.6	27	93	2	113	30	28	14	27	1.95
79175827--79175896	27	2.6	27	93	2	113	30	28	14	27	1.95
79183744--79183820	38	2.0	38	87	0	109	45	18	9	27	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
79185394--79185454	30	2.0	30	100	0	122	31	29	16	22	1.96
79186228--79186313	43	2.0	43	90	0	136	50	22	8	19	1.74
79189180--79189274	26	3.6	26	81	7	102	36	20	8	34	1.83
79189188--79189465	27	10.3	27	77	11	200	40	18	7	33	1.79
79189713--79189832	41	2.9	41	83	0	132	23	21	30	24	1.99
79189974--79190038	22	3.0	22	80	8	78	20	23	23	33	1.97
79190182--79190264	25	3.3	25	82	1	85	18	14	26	40	1.88
79191751--79191814	31	2.1	31	90	0	101	25	23	15	35	1.94
79192021--79192150	24	5.4	24	91	7	210	28	21	19	30	1.97
79192199--79192254	11	5.5	11	71	16	57	28	19	14	37	1.91
79192199--79192265	20	3.3	20	89	0	98	29	20	13	35	1.91
79192301--79192348	25	1.9	25	86	0	69	25	16	25	33	1.96
79193465--79193498	18	1.9	17	94	5	59	64	8	17	8	1.47
79197227--79197393	40	4.2	40	78	6	160	25	22	27	24	2.00
79201888--79201988	28	3.5	28	86	6	114	28	13	27	29	1.95
79201917--79201988	29	2.5	28	91	6	110	29	13	27	29	1.95
79207784--79207950	40	4.2	40	81	3	176	23	26	23	26	2.00
79207800--79207909	39	2.8	39	86	4	132	22	29	24	23	1.99
79213856--79213967	30	3.9	29	89	3	154	31	14	29	25	1.94
79213857--79213967	59	1.9	59	87	3	163	31	14	29	24	1.94
79213903--79213990	28	3.1	28	81	4	79	31	15	29	22	1.95
79220612--79220794	40	4.6	39	75	7	138	26	23	27	22	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
79220651--79220839	80	2.4	81	77	4	186	23	24	29	22	1.99
79227221--79227403	79	2.3	81	84	7	232	24	22	27	25	2.00
79227222--79227405	40	4.6	40	83	9	216	23	22	28	25	2.00
79227274--79227438	79	2.1	79	84	6	210	25	21	27	25	1.99
79236000--79236047	24	2.0	24	100	0	96	37	8	20	33	1.83
79241696--79241866	39	4.3	39	89	3	220	25	27	21	26	1.99
79251410--79251561	27	5.7	26	75	6	97	42	21	7	28	1.80
79251404--79251576	54	3.2	54	76	4	179	41	20	6	30	1.79
79251559--79251776	27	8.1	27	88	0	276	30	22	7	38	1.83
79251518--79251714	81	2.4	81	82	6	195	33	21	8	36	1.84
79251559--79251776	81	2.7	81	89	0	321	30	22	7	38	1.83
79252084--79252143	27	2.3	26	82	2	66	23	21	18	36	1.95
79252290--79252380	6	14.8	6	72	17	71	17	20	14	47	1.82
79252290--79252359	25	2.8	25	97	0	131	17	22	14	45	1.84
79253074--79253208	56	2.4	56	90	2	209	29	13	23	33	1.93
79253074--79253239	56	3.0	56	86	5	167	28	13	24	33	1.94
79255273--79255534	129	2.0	129	97	0	497	29	30	20	19	1.97
79255945--79256161	106	2.0	106	94	0	380	34	24	18	22	1.96
79261147--79261644	272	1.8	272	93	0	870	30	19	13	35	1.91
79261881--79261946	27	2.7	23	79	11	69	71	7	0	21	1.11
79261913--79261952	17	2.4	17	87	4	55	72	2	2	22	1.09
79261893--79261952	23	2.7	21	76	16	59	70	6	1	21	1.20
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
79264284--79264321	19	2.0	20	85	15	53	39	23	0	36	1.55
79264551--79264721	93	1.8	93	93	0	297	28	28	21	21	1.98
79264546--79264718	46	3.7	46	79	10	208	29	27	20	21	1.98
79271864--79271901	19	2.0	20	85	15	53	39	23	0	36	1.55
79272674--79272733	30	2.0	30	86	0	84	33	25	5	36	1.78
79274443--79274486	19	2.3	18	81	11	52	61	0	2	36	1.09
79274456--79274491	19	1.9	18	94	5	63	63	0	5	30	1.17
79275154--79275200	15	3.1	15	78	9	51	38	0	8	53	1.32
79275154--79275212	30	1.9	29	83	10	73	38	0	10	50	1.36
79281203--79281261	22	2.7	22	78	5	57	35	22	20	22	1.96
79290908--79291114	40	5.2	40	79	5	195	25	23	26	24	2.00
79298950--79299154	80	2.6	80	82	3	227	25	23	26	24	2.00
79298948--79299154	40	5.2	40	80	4	188	25	23	26	24	2.00
79300855--79300889	12	2.9	12	86	0	52	57	0	11	31	1.34
79302842--79302903	27	2.3	27	80	0	70	29	14	12	43	1.83
79302886--79303048	54	3.0	54	70	1	157	31	13	19	35	1.91
79302886--79303048	27	6.0	27	78	4	132	31	13	19	35	1.91
79305714--79305738	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
79311168--79311201	13	2.6	13	100	0	68	52	8	0	38	1.33
79313282--79313340	29	2.0	29	100	0	118	16	6	16	59	1.58
79329974--79330050	32	2.4	33	89	6	113	31	27	15	25	1.96
79330695--79330734	19	2.1	19	86	9	55	20	45	22	12	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
79335247--79335294	25	1.9	25	86	0	69	33	25	16	25	1.96
79335341--79335396	11	5.5	11	71	16	57	37	14	19	28	1.91
79335330--79335396	20	3.3	20	89	0	98	35	13	20	29	1.91
79335445--79335574	24	5.4	24	89	7	201	30	20	21	28	1.98
79335781--79335844	31	2.1	31	90	0	101	35	15	23	25	1.94
79342203--79342236	18	1.9	17	94	5	59	8	17	8	64	1.47
79343342--79343389	25	1.9	25	86	0	69	33	25	16	25	1.96
79343432--79343489	20	3.0	20	92	2	91	36	13	20	29	1.91
79343539--79343680	23	6.0	24	90	8	220	29	20	21	28	1.98
79343539--79343680	47	3.0	49	90	8	222	29	20	21	28	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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