genome.fa.s13.2.7.7.80.10.50.1000.276.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr13 124041150 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  124041150

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  276  of  410  ( 49152 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
85322209--85322258	24	2.0	25	88	3	75	56	10	4	30	1.51
85323209--85323362	43	3.6	43	72	13	129	25	16	24	33	1.96
85323209--85323381	43	4.0	43	69	12	122	25	16	24	32	1.96
85328393--85328519	46	2.7	47	85	6	168	27	19	32	20	1.97
85328395--85328534	46	3.0	46	80	10	151	27	17	32	22	1.97
85328538--85328668	50	2.7	49	77	12	133	25	19	26	28	1.98
85336066--85336279	46	4.6	45	80	8	200	28	18	29	23	1.98
85336207--85336327	48	2.6	45	85	7	147	28	18	28	24	1.98
85338614--85338814	108	1.8	110	83	6	266	33	17	25	23	1.96
85339051--85339081	16	1.9	16	93	0	53	41	0	22	35	1.54
85344784--85344915	40	3.3	40	89	3	187	25	28	23	23	2.00
85346588--85346771	40	4.6	39	75	6	138	26	23	27	22	2.00
85346628--85346816	80	2.4	81	77	4	186	23	24	29	22	1.99
85349070--85349279	40	5.2	40	87	2	305	25	24	28	21	1.99
85356774--85356957	40	4.6	39	75	6	138	26	23	27	22	2.00
85356814--85357002	80	2.4	81	77	4	186	23	24	29	22	1.99
85358401--85358525	40	3.1	40	83	2	153	32	27	17	22	1.96
85366321--85366569	39	6.3	40	86	5	312	27	26	22	23	1.99
85366356--85366573	79	2.8	80	89	3	327	27	27	21	22	1.99
85366321--85366573	40	6.4	40	86	5	320	26	27	22	23	1.99
85378141--85378316	46	3.8	46	79	12	216	20	21	29	28	1.98
85378138--85378309	93	1.8	93	96	0	317	20	21	29	27	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
85382549--85382652	52	2.0	52	94	0	181	22	19	22	36	1.95
85386178--85386347	42	4.1	42	90	3	272	31	21	20	26	1.98
85386178--85386347	82	2.0	82	93	2	286	31	21	20	26	1.98
85392788--85392963	40	4.2	41	91	4	239	31	23	20	24	1.98
85392788--85392961	42	4.1	42	89	5	253	31	23	20	24	1.98
85392788--85392961	82	2.0	83	88	6	251	31	23	20	24	1.98
85394609--85394784	46	3.8	45	77	11	187	21	20	29	28	1.98
85394606--85394776	93	1.8	93	92	2	290	21	21	29	27	1.98
85398679--85398842	71	2.3	71	98	0	319	18	27	17	35	1.94
85398679--85398876	71	2.8	70	90	3	249	20	27	17	34	1.95
85401112--85401175	15	4.4	15	84	11	89	10	15	12	60	1.58
85403943--85404052	54	2.0	56	96	3	206	20	9	21	49	1.76
85426667--85426731	28	2.4	27	82	5	76	32	23	27	16	1.96
85431484--85431544	27	2.3	27	82	5	70	22	13	24	39	1.90
85433103--85433248	37	3.9	37	86	3	213	26	29	18	25	1.98
85433108--85433259	74	2.1	74	93	0	259	26	28	17	26	1.98
85433395--85433778	48	8.0	48	94	1	651	30	27	6	35	1.82
85443268--85443443	68	2.6	68	79	12	175	34	15	28	21	1.94
85452510--85452693	67	2.8	64	75	11	178	29	16	30	23	1.96
85453780--85453812	2	16.5	2	100	0	66	48	0	0	51	1.00
85454656--85454717	30	2.1	30	96	0	115	35	6	6	51	1.53
85462554--85462631	29	2.7	29	93	0	129	29	32	14	24	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
85462525--85462635	29	3.9	29	83	3	127	27	31	13	27	1.94
85462525--85462635	58	1.9	57	83	5	143	27	31	13	27	1.94
85463410--85463442	15	2.1	17	88	11	52	69	15	9	6	1.34
85477250--85477433	40	4.6	40	95	1	316	22	22	27	26	1.99
85477246--85477464	80	2.7	79	88	4	307	25	21	26	26	2.00
85477692--85477735	22	2.0	21	83	16	54	31	18	13	36	1.90
85485326--85485582	40	6.4	40	90	2	376	24	21	27	26	1.99
85485809--85485852	22	2.0	21	83	16	54	31	18	13	36	1.90
85490152--85490266	43	2.7	43	91	1	187	29	21	28	20	1.98
85490828--85490860	16	1.9	18	88	11	52	18	12	18	51	1.76
85493501--85493630	27	4.8	27	87	3	181	27	21	9	41	1.83
85493501--85493658	54	2.9	54	84	1	183	29	20	8	40	1.83
85493609--85493860	54	4.7	53	70	12	147	39	20	9	30	1.84
85493623--85493774	80	1.9	80	87	0	223	42	21	7	28	1.81
85493609--85493864	27	9.4	27	70	12	130	39	20	9	31	1.84
85493926--85494008	27	3.1	27	91	5	125	31	21	26	20	1.98
85494321--85494362	20	2.0	21	86	9	59	26	19	33	21	1.97
85494624--85494671	25	1.9	25	86	0	69	35	22	14	27	1.93
85494697--85494753	20	2.9	21	87	10	77	38	8	19	33	1.82
85494803--85494924	52	2.4	51	91	2	201	26	21	23	28	1.99
85494803--85494924	26	4.8	26	88	1	167	26	21	23	28	1.99
85495071--85495162	42	2.2	42	90	0	139	30	14	20	34	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
85496073--85496120	19	2.5	19	100	0	96	22	35	16	25	1.95
85497994--85498067	29	2.6	29	95	0	139	27	14	31	27	1.95
85498051--85498125	28	2.6	28	78	2	87	22	20	36	21	1.96
85497994--85498125	58	2.3	57	80	3	131	25	17	33	24	1.96
85504709--85504733	1	25.0	1	100	0	50	100	0	0	0	0.00
85505938--85506011	29	2.6	29	95	0	139	27	14	31	27	1.95
85505995--85506070	29	2.6	29	77	4	82	22	21	35	21	1.96
85508379--85508414	3	12.0	3	100	0	72	66	0	0	33	0.92
85515664--85515689	13	2.0	13	100	0	52	53	15	0	30	1.42
85527767--85527874	26	4.4	25	86	5	132	29	22	18	29	1.97
85527924--85527970	20	2.3	20	89	7	69	31	19	10	38	1.86
85529164--85529206	22	2.0	23	86	9	63	60	20	18	0	1.36
85530914--85531053	74	1.9	75	83	7	187	32	29	12	25	1.92
85530901--85531061	24	6.6	25	71	9	109	32	29	13	25	1.93
85541147--85541305	24	6.5	24	70	7	106	33	30	11	24	1.91
85545464--85545578	43	2.7	42	85	4	142	30	26	19	23	1.98
85545472--85545578	42	2.5	43	86	1	135	30	26	18	24	1.98
85550181--85550455	39	7.1	39	91	0	435	23	29	23	23	1.99
85550176--85550455	117	2.4	117	95	0	499	23	28	23	24	1.99
85556189--85556463	39	7.1	39	91	0	444	22	29	24	23	1.99
85565161--85565336	46	3.8	45	78	11	205	21	21	28	28	1.98
85565158--85565328	93	1.8	93	93	2	299	21	21	29	27	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
85567739--85567831	28	3.3	28	76	0	87	24	11	31	32	1.91
85571515--85571539	13	1.9	13	100	0	50	32	4	24	40	1.73
85572667--85572815	42	3.5	43	73	14	130	24	18	26	30	1.98
85576235--85576360	40	3.2	39	80	6	139	21	25	24	28	1.99
85576174--85576360	80	2.3	80	78	12	204	22	27	24	25	2.00
85580488--85580559	29	2.5	28	88	6	101	30	16	26	26	1.97
85587394--85587519	40	3.2	39	80	6	139	21	25	24	28	1.99
85587333--85587519	80	2.3	80	78	12	204	22	27	24	25	2.00
85592721--85592748	13	2.2	13	100	0	56	21	50	21	7	1.72
85596187--85596335	43	3.5	43	81	3	158	33	24	14	27	1.94
85602324--85602480	43	3.7	42	80	10	167	25	18	24	31	1.98
85607009--85607179	93	1.8	93	91	0	279	28	28	21	21	1.99
85607004--85607176	46	3.7	46	75	13	183	28	27	21	21	1.99
85612531--85612689	43	3.7	42	75	13	155	23	20	26	29	1.99
85625838--85625951	49	2.3	49	81	3	131	21	29	21	27	1.98
85625985--85626198	93	2.3	93	84	8	285	23	27	20	29	1.99
85625985--85626194	46	4.5	47	80	7	207	23	27	20	29	1.98
85626858--85626896	20	2.0	20	85	10	53	35	20	0	43	1.52
85642118--85642271	43	3.7	43	82	7	158	31	24	14	29	1.95
85642118--85642272	84	1.8	85	82	9	201	31	24	14	29	1.95
85647015--85647144	40	3.2	40	82	2	172	24	27	23	24	2.00
85647031--85647181	40	3.8	39	81	6	153	22	27	23	27	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
85647015--85647181	80	2.1	79	83	7	205	23	26	22	26	2.00
85653736--85653911	46	3.8	46	81	10	232	20	21	29	28	1.98
85653732--85653903	93	1.8	93	96	0	317	20	22	30	27	1.98
85657776--85657942	40	4.2	40	81	2	167	23	26	22	26	2.00
85657792--85657942	80	1.9	79	83	6	198	23	27	23	26	2.00
85663714--85663889	46	3.8	46	81	10	232	20	21	29	28	1.98
85663710--85663881	93	1.8	93	96	0	317	20	22	30	27	1.98
85667760--85667888	40	3.3	38	82	5	159	24	27	23	24	2.00
85667760--85667925	79	2.1	79	83	6	203	23	27	22	26	2.00
85667776--85667925	40	3.8	38	82	11	144	22	27	23	26	2.00

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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