genome.fa.s13.2.7.7.80.10.50.1000.333.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr13 124041150 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  124041150

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  333  of  410  ( 49152 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
103257640--103257813	46	3.8	46	89	1	249	20	24	14	40	1.90
103257640--103257815	93	1.9	93	90	0	280	20	25	14	40	1.90
103261541--103261622	22	3.6	23	77	14	89	39	19	24	17	1.92
103262895--103263029	47	2.9	47	91	1	200	19	23	14	42	1.88
103268510--103268576	34	2.0	33	85	2	89	32	25	14	26	1.95
103276231--103276276	20	2.3	20	85	3	58	34	34	8	21	1.84
103277939--103278277	131	2.6	131	80	5	353	35	20	18	25	1.95
103279513--103279539	11	2.5	11	100	0	54	62	0	0	37	0.95
103281628--103281667	21	1.9	21	85	10	55	60	0	2	37	1.11
103283541--103283604	28	2.3	27	84	12	85	34	1	0	64	1.03
103283540--103283604	34	1.9	34	90	0	103	33	1	0	64	1.03
103283551--103283621	28	2.4	29	79	4	81	46	1	0	52	1.09
103286113--103286140	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
103286895--103287027	44	3.0	44	96	0	239	41	18	10	29	1.84
103295643--103295672	12	2.5	12	94	0	51	10	40	23	26	1.86
103297004--103297078	26	2.9	26	76	9	82	41	20	20	18	1.91
103298156--103298197	18	2.4	18	92	4	68	28	19	11	40	1.87
103301248--103301306	29	2.0	29	96	0	109	42	16	11	28	1.84
103316708--103316816	25	4.4	25	70	11	82	32	18	26	22	1.97
103321847--103321895	24	2.0	24	100	0	98	48	12	8	30	1.69
103321856--103321908	24	2.2	24	83	6	63	58	13	5	22	1.56
103322199--103322324	46	2.7	46	93	0	207	30	27	20	20	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
103322201--103322343	46	3.1	46	75	11	141	30	28	20	20	1.98
103325693--103325757	26	2.5	26	77	2	69	64	1	3	30	1.18
103325693--103325764	16	4.2	17	75	19	62	63	1	2	31	1.17
103325788--103325843	28	2.0	29	82	10	71	62	1	1	33	1.16
103325870--103325937	18	3.7	18	77	15	59	61	0	1	36	1.05
103325865--103325947	44	1.9	43	83	16	109	65	0	2	32	1.06
103327549--103328308	206	3.7	206	88	2	1071	28	21	18	31	1.97
103331217--103331381	40	4.2	40	89	5	239	25	27	22	24	2.00
103331217--103331381	79	2.1	80	87	6	239	25	27	22	24	2.00
103331976--103332003	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
103334120--103334510	193	2.0	193	98	0	755	26	25	19	28	1.99
103339366--103339527	39	4.2	39	87	6	222	25	27	22	24	2.00
103351465--103351523	18	3.2	19	76	7	59	64	1	1	32	1.13
103351790--103351840	16	3.1	17	77	13	52	64	1	1	31	1.15
103351865--103352021	11	12.9	12	65	21	53	60	0	3	35	1.20
103351867--103351922	28	2.0	29	82	10	71	62	1	1	33	1.16
103351915--103352015	19	5.4	19	74	17	79	58	0	4	36	1.20
103351964--103352072	12	8.8	12	70	22	66	65	0	1	32	1.10
103351949--103352021	23	2.8	27	80	19	84	63	0	1	35	1.04
103351949--103352014	7	9.0	7	78	18	64	60	0	1	37	1.06
103351774--103352072	18	16.3	18	64	25	69	60	1	4	33	1.24
103353610--103353649	16	2.5	15	88	8	53	52	12	0	35	1.39
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
103356167--103356200	18	1.9	17	94	5	59	5	23	2	67	1.26
103372017--103372067	17	2.9	18	82	5	70	17	41	25	15	1.89
103375776--103375805	15	2.0	15	93	0	51	40	0	10	50	1.36
103377516--103377543	13	2.2	13	100	0	56	7	14	14	64	1.48
103378609--103378643	17	2.1	17	100	0	70	40	11	22	25	1.88
103378821--103378845	3	8.3	3	100	0	50	36	0	0	64	0.94
103378860--103378897	18	2.1	18	95	0	67	21	2	23	52	1.59
103380953--103381120	83	2.0	84	98	1	329	26	5	14	53	1.63
103391946--103392192	49	5.0	50	83	2	300	25	19	27	28	1.98
103392051--103392134	28	3.2	28	65	25	83	23	16	29	29	1.96
103396352--103396390	18	2.2	17	86	13	53	20	2	12	64	1.40
103404936--103404969	16	2.2	15	89	5	50	61	0	0	38	0.96
103409016--103409061	23	2.0	24	86	4	67	34	0	6	58	1.24
103409592--103409779	90	2.1	89	86	3	252	50	3	3	42	1.38
103409735--103409794	26	2.3	26	85	5	77	51	0	1	46	1.10
103409592--103409779	91	2.1	90	86	3	254	50	3	3	42	1.38
103411927--103411957	14	2.2	14	94	0	53	77	0	0	22	0.77
103416376--103416406	9	3.3	9	91	8	53	77	0	0	22	0.77
103419186--103419280	46	2.1	46	95	0	172	51	25	7	15	1.69
103420594--103420652	30	2.0	30	89	0	91	20	13	22	44	1.86
103422958--103423002	23	2.0	23	86	4	65	42	15	8	33	1.78
103422968--103423074	35	2.9	35	85	13	119	38	14	10	37	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
103422968--103423062	19	4.9	19	86	12	124	37	15	9	36	1.80
103423415--103423688	45	6.1	45	79	8	261	25	26	16	31	1.96
103423429--103423599	89	1.9	89	89	0	261	25	28	15	30	1.95
103423432--103423688	134	1.9	137	81	8	321	25	26	17	30	1.97
103423628--103423896	78	3.5	77	87	5	416	24	23	18	33	1.97
103432337--103432375	20	2.0	19	90	5	60	30	0	0	69	0.89
103432337--103432383	24	2.0	24	87	8	69	29	0	2	68	1.02
103432409--103432544	7	20.0	7	66	16	54	36	3	1	58	1.25
103432410--103432454	16	2.8	16	83	13	56	37	0	2	60	1.09
103432547--103432586	19	2.1	19	85	0	53	37	7	0	55	1.29
103435221--103435332	19	5.7	21	79	14	71	40	16	7	36	1.76
103435221--103435278	22	2.6	22	81	7	64	41	17	5	36	1.72
103435257--103435347	19	4.9	19	92	8	161	37	15	9	37	1.81
103435257--103435359	54	1.9	53	92	5	172	37	13	10	37	1.80
103438183--103438230	23	2.1	23	88	0	69	20	29	18	31	1.97
103438168--103438322	25	6.4	24	69	16	97	18	26	21	34	1.96
103438169--103438309	73	1.9	73	84	5	187	19	26	21	32	1.97
103438243--103438360	49	2.4	49	79	9	116	18	25	20	35	1.95
103444507--103444559	26	2.0	26	96	0	97	60	3	13	22	1.49
103447813--103447853	5	8.8	5	97	2	61	0	12	0	87	0.53
103448280--103448308	2	14.5	2	100	0	58	51	0	0	48	1.00
103455854--103456023	39	4.3	39	87	2	207	32	18	24	24	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
103459744--103459833	45	2.0	45	100	0	180	26	15	24	33	1.95
103460676--103460722	22	2.1	23	96	4	87	23	27	23	25	2.00
103468025--103468195	39	4.3	39	91	3	229	25	29	21	24	1.99
103468025--103468248	40	5.7	40	84	6	235	25	28	21	24	1.99
103476043--103476209	40	4.2	40	82	2	185	24	26	22	26	2.00
103482229--103482406	39	4.5	39	89	3	243	20	21	27	30	1.98
103482228--103482406	77	2.3	78	85	4	245	20	21	27	30	1.98
103491918--103491979	25	2.5	25	84	2	72	12	30	20	35	1.91
103494571--103494702	29	4.6	29	93	0	210	25	32	15	27	1.95
103494513--103494702	87	2.2	87	80	5	206	25	34	15	24	1.95
103501988--103502046	17	3.2	20	64	26	58	37	18	5	38	1.73
103501990--103502058	34	2.0	34	100	0	138	39	20	2	37	1.68
103506313--103506351	15	2.6	15	87	0	51	46	0	28	25	1.53
103510965--103511389	48	8.9	48	96	0	742	35	5	28	30	1.81
103512879--103513197	40	8.0	40	93	0	530	21	21	30	27	1.98
103516555--103517411	48	17.9	48	94	1	1402	34	6	27	30	1.82
103517067--103517147	28	3.2	28	60	26	70	35	6	29	28	1.81
103517552--103517654	37	2.8	37	95	0	179	23	21	32	23	1.98
103521735--103521863	40	3.3	39	82	5	170	24	27	23	24	2.00
103521751--103521900	40	3.8	39	82	5	153	22	27	23	27	1.99
103521735--103521900	80	2.1	78	83	8	203	22	27	22	27	1.99
103529764--103529893	40	3.2	40	82	2	172	24	27	23	24	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
103529780--103529930	40	3.8	39	81	6	153	22	27	23	27	1.99
103529764--103529930	80	2.1	79	83	7	205	23	26	22	26	2.00
103533492--103533671	38	4.6	40	79	9	176	24	24	27	23	2.00
103533492--103533671	78	2.3	79	83	8	217	24	24	27	23	2.00
103541469--103541650	40	4.6	40	79	8	176	24	24	28	23	2.00
103541469--103541650	78	2.3	80	82	6	210	24	24	28	23	2.00
103548748--103549109	47	7.6	47	90	4	546	32	8	30	29	1.86
103548748--103549109	96	3.8	96	94	1	597	32	8	30	29	1.86
103561547--103561587	18	2.3	18	100	0	82	12	48	17	21	1.79
103563997--103564035	19	2.1	19	100	0	78	38	30	15	15	1.88

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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