genome.fa.s13.2.7.7.80.10.50.1000.298.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr13 124041150 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  124041150

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  298  of  410  ( 49152 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
92129087--92129157	28	2.5	28	76	17	76	43	0	8	47	1.33
92130499--92130528	15	2.0	15	93	0	51	76	0	0	23	0.78
92134485--92134510	5	5.2	5	100	0	52	19	0	19	61	1.35
92138566--92138606	21	1.9	22	85	5	57	60	21	7	9	1.52
92139853--92139903	26	2.0	26	96	3	95	37	7	15	39	1.77
92139840--92139955	19	5.9	19	77	20	132	37	11	15	36	1.83
92139840--92139978	18	6.8	22	71	25	94	36	10	15	37	1.82
92145508--92145556	19	2.5	19	83	9	64	83	0	14	2	0.73
92145508--92145557	12	3.9	12	82	7	55	84	0	14	2	0.72
92146463--92146756	44	6.6	45	69	10	203	32	16	23	27	1.96
92146463--92146781	132	2.4	132	89	2	478	33	16	22	26	1.96
92146729--92147304	175	3.3	175	91	0	886	33	19	19	27	1.96
92147790--92147873	18	4.7	18	91	2	134	35	10	15	38	1.82
92147816--92147896	18	4.0	22	88	7	79	35	8	17	38	1.80
92153615--92153666	27	1.9	27	96	0	95	32	25	13	28	1.93
92153619--92153679	27	2.3	27	85	5	79	36	21	16	26	1.94
92154085--92154184	27	3.7	27	77	1	76	24	17	19	40	1.91
92154452--92154508	27	2.2	26	81	9	62	26	15	26	31	1.96
92157307--92157376	35	2.0	35	97	0	131	27	11	18	42	1.84
92158047--92158119	3	24.3	3	100	0	146	67	0	0	32	0.91
92162707--92162761	29	1.9	28	88	3	83	25	21	23	29	1.99
92163872--92163910	18	2.2	18	85	0	51	41	2	2	53	1.28
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
92164326--92164568	131	1.9	129	87	5	355	35	18	19	26	1.95
92164326--92164582	129	2.0	130	85	6	351	36	17	19	26	1.94
92167018--92167067	17	3.1	17	75	16	52	4	4	14	78	1.05
92167536--92167624	45	2.0	45	84	4	117	28	29	16	25	1.97
92167468--92167748	133	2.1	133	88	0	409	28	23	20	26	1.99
92167547--92167652	45	2.4	45	80	6	108	31	28	17	22	1.97
92174518--92174638	60	2.0	60	100	0	242	19	18	26	35	1.95
92179372--92179625	128	2.0	128	86	5	352	36	17	18	27	1.94
92181545--92181665	41	2.9	42	82	5	145	38	18	18	24	1.92
92181609--92181848	43	5.5	44	85	3	265	29	17	19	33	1.95
92181611--92181839	87	2.6	87	85	2	291	30	16	18	34	1.93
92182142--92182181	21	1.9	21	100	0	80	0	55	20	25	1.44
92190799--92190899	28	3.5	28	86	6	114	29	26	13	29	1.94
92193123--92193203	40	2.0	40	100	0	162	29	20	22	27	1.99
92194413--92194615	83	2.5	82	87	3	282	27	21	14	36	1.92
92195012--92195043	14	2.3	14	94	0	55	46	43	0	9	1.35
92195511--92195594	41	2.0	41	88	4	125	20	23	22	33	1.97
92195597--92195709	41	2.8	39	81	9	136	18	25	21	34	1.96
92202986--92203011	5	5.2	5	100	0	52	38	0	0	61	0.96
92205627--92205692	19	3.2	21	87	6	64	36	19	9	34	1.84
92205644--92205741	19	5.2	19	92	7	164	35	16	10	37	1.82
92205644--92205741	36	2.6	37	90	9	153	35	16	10	37	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
92206297--92206391	43	2.2	43	92	0	136	31	30	16	21	1.95
92206307--92206391	43	2.0	43	97	0	161	29	31	16	22	1.96
92206366--92206422	28	2.0	28	93	0	96	19	33	21	26	1.97
92206323--92206465	71	2.0	71	89	2	216	25	32	18	23	1.97
92208179--92208289	27	4.1	27	81	7	102	36	21	22	18	1.95
92208179--92208289	54	2.1	54	83	6	136	36	21	22	18	1.95
92209907--92210016	26	4.2	26	95	2	177	36	24	4	34	1.76
92210763--92210792	15	2.0	15	93	0	51	50	20	13	16	1.78
92214953--92214991	19	2.1	19	90	4	62	48	2	2	46	1.29
92215545--92215593	24	2.0	24	100	0	98	42	4	0	53	1.20
92215552--92215592	12	3.4	12	79	0	55	39	4	0	56	1.21
92216010--92216129	41	2.9	40	78	8	125	21	22	22	33	1.97
92216192--92217073	206	4.3	206	88	3	1275	29	20	17	31	1.96
92217035--92217377	44	7.8	43	75	11	234	27	24	16	30	1.97
92217053--92217376	88	3.7	88	75	8	329	28	24	17	29	1.97
92218243--92218267	10	2.5	10	100	0	50	0	8	0	92	0.40
92224854--92225023	40	4.2	40	89	1	234	22	28	25	22	1.99
92224870--92225059	80	2.4	81	83	5	208	22	27	25	24	2.00
92235079--92235112	14	2.5	13	86	9	50	70	11	2	14	1.27
92239491--92239597	54	2.0	54	86	1	151	11	30	30	27	1.91
92243247--92243281	14	2.6	13	82	8	52	68	11	5	14	1.37
92247844--92247873	15	1.9	15	93	6	51	80	3	0	16	0.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
92255430--92255489	27	2.2	27	87	0	84	33	21	10	35	1.87
92255441--92255567	27	4.7	27	90	0	155	30	20	8	40	1.83
92255588--92255880	27	10.8	27	74	8	211	38	18	10	32	1.85
92255588--92255879	54	5.4	53	77	5	235	39	18	10	31	1.85
92255588--92255879	81	3.6	80	77	11	272	39	18	10	31	1.85
92255920--92256003	27	3.1	26	79	6	87	33	17	25	23	1.97
92256804--92256952	52	2.9	52	93	2	248	26	22	22	28	1.99
92256804--92256952	26	5.8	26	89	2	214	26	22	22	28	1.99
92257096--92257183	42	2.1	42	86	0	122	31	15	15	36	1.90
92257211--92257289	31	2.5	31	93	0	131	31	17	24	26	1.97
92262843--92262952	23	4.8	22	76	11	89	24	20	18	37	1.94
92273475--92273649	46	3.8	46	75	7	156	30	29	18	21	1.97
92273483--92273654	93	1.8	93	87	0	254	30	29	18	21	1.97
92273576--92273661	46	1.9	46	83	4	113	32	29	18	19	1.96
92284217--92284315	28	3.5	28	87	4	119	27	15	27	30	1.96
92292232--92292330	28	3.5	28	87	4	119	27	15	27	30	1.96
92295542--92295611	27	2.6	27	88	2	104	31	25	14	28	1.95
92295620--92295726	42	2.5	42	98	0	205	22	33	14	29	1.93
92298224--92298345	54	2.3	54	80	8	133	27	27	24	20	1.99
92299338--92299445	26	4.2	26	92	0	171	34	7	22	36	1.82
92303539--92303572	4	8.0	4	93	3	50	70	2	2	23	1.15
92303539--92303574	12	2.8	13	87	12	56	69	2	5	22	1.22
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
92303702--92303740	20	1.9	21	89	5	62	38	38	10	12	1.78
92304808--92304978	46	3.7	46	74	14	181	23	19	26	30	1.98
92304803--92304973	93	1.8	93	91	2	281	23	19	27	29	1.98
92314356--92314537	40	4.6	39	76	6	161	23	26	24	25	2.00
92320662--92320710	17	2.8	18	74	22	50	24	18	22	34	1.96
92321525--92321691	40	4.2	40	79	6	169	26	22	26	24	2.00
92328658--92328706	17	2.8	18	74	22	50	24	18	22	34	1.96
92329525--92329691	40	4.2	40	79	6	169	26	22	26	24	2.00
92333631--92333725	38	2.4	40	84	5	131	23	28	21	27	1.99
92333600--92333781	40	4.6	40	75	8	149	24	27	23	24	2.00
92333631--92333778	78	1.9	80	83	5	194	23	28	21	26	1.99
92336790--92336849	25	2.5	24	81	10	61	50	5	0	45	1.23
92336852--92336898	14	3.4	14	77	11	51	29	6	0	63	1.19
92336831--92336951	45	2.6	46	79	11	113	33	4	0	61	1.15
92336882--92336951	24	2.9	24	87	4	95	32	2	0	64	1.08
92336864--92336951	35	2.5	34	75	8	88	31	4	0	63	1.14
92336968--92337025	28	2.0	29	90	3	91	36	5	1	56	1.32
92349203--92349246	22	2.0	22	81	4	52	81	4	4	9	0.96
92350143--92350658	206	2.5	206	89	0	764	31	18	22	28	1.97
92351049--92351087	20	1.9	21	89	5	62	38	38	10	12	1.78
92352204--92352255	26	2.1	25	85	7	70	46	5	0	48	1.26
92352306--92352366	25	2.4	25	86	0	77	29	3	1	65	1.18
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
92352382--92352438	28	2.0	29	89	3	89	31	5	3	59	1.36
92360735--92360930	80	2.4	78	78	9	191	25	22	28	23	2.00
92360738--92360920	40	4.6	39	79	8	158	26	22	26	23	2.00
92363818--92363870	27	2.0	27	85	7	72	35	26	13	24	1.92
92366432--92366574	29	5.0	29	78	9	89	27	11	33	27	1.92
92366468--92366574	29	3.7	28	76	15	96	27	11	33	28	1.91
92368980--92369046	33	2.0	33	91	0	107	31	8	28	31	1.88
92369377--92369453	34	2.3	34	80	8	86	31	20	23	24	1.98
92373736--92373773	20	1.9	20	88	0	58	34	2	10	52	1.50
92405574--92405720	42	3.5	43	81	1	145	31	17	23	27	1.97

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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