genome.fa.s13.2.7.7.80.10.50.1000.207.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr13 124041150 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  124041150

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  207  of  410  ( 49152 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
63209711--63209889	54	3.3	52	80	7	178	41	20	8	29	1.82
63209697--63209944	81	3.0	81	83	8	283	40	20	8	30	1.83
63210033--63210124	27	3.4	27	90	3	132	33	20	26	19	1.96
63211284--63211331	25	1.9	25	86	0	69	33	25	16	25	1.96
63211375--63211429	20	2.8	20	94	0	92	34	14	20	30	1.92
63211484--63211650	24	7.0	23	85	6	210	29	22	20	26	1.98
63211484--63211650	47	3.5	47	85	8	214	29	22	20	26	1.98
63211483--63211649	71	2.3	71	89	4	246	29	22	20	26	1.98
63213416--63213546	29	4.5	29	78	5	122	25	17	32	25	1.97
63223104--63223167	31	2.1	31	90	0	101	35	15	23	25	1.94
63227861--63227988	55	2.4	54	82	1	148	35	21	23	18	1.95
63228773--63228910	71	1.9	71	98	0	267	40	7	9	42	1.65
63237594--63237637	21	2.1	21	83	8	54	50	18	2	29	1.59
63237606--63237649	21	2.1	21	79	4	54	50	20	4	25	1.67
63240403--63240544	40	3.5	40	83	1	124	27	23	26	21	1.99
63240441--63240570	40	3.2	40	82	2	163	23	23	27	25	2.00
63248370--63248520	40	3.8	40	80	6	164	26	23	27	23	2.00
63248407--63248536	40	3.2	40	82	2	163	23	23	27	25	2.00
63250579--63250745	40	4.2	40	81	2	167	24	26	22	26	2.00
63251940--63252054	57	2.0	57	83	6	144	26	16	17	39	1.91
63259219--63259328	20	5.9	18	68	19	57	40	1	3	53	1.29
63259368--63259392	12	2.1	12	100	0	50	44	0	0	56	0.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
63259380--63259420	21	2.0	21	85	4	57	46	4	0	48	1.23
63265242--63265297	22	2.5	22	83	8	69	46	16	3	33	1.64
63269418--63269700	48	5.9	48	77	7	270	20	17	28	33	1.95
63269416--63269700	96	3.0	95	86	3	392	20	17	28	33	1.96
63270401--63270426	8	3.2	8	100	0	52	0	0	23	76	0.78
63289511--63289540	14	2.1	14	93	0	51	53	16	13	16	1.73
63292443--63292755	46	6.8	46	90	1	421	21	24	13	40	1.90
63295454--63295730	48	5.8	48	77	9	262	27	19	24	27	1.99
63297351--63297557	53	3.8	54	75	3	193	20	25	16	37	1.93
63298026--63298071	23	2.0	23	100	0	92	39	34	0	26	1.57
63301987--63302018	11	2.9	11	100	0	64	18	18	18	43	1.88
63302455--63302504	24	2.2	22	80	13	57	60	18	0	22	1.37
63305735--63305856	23	5.3	23	76	12	99	26	22	17	34	1.95
63309307--63309337	15	2.1	15	93	0	53	22	19	6	51	1.69
63310658--63310682	13	1.9	13	100	0	50	24	40	24	12	1.88
63317977--63318051	29	2.6	29	78	4	80	21	36	21	21	1.96
63318035--63318108	29	2.6	29	95	0	139	27	31	14	27	1.95
63327209--63327307	28	3.5	28	81	9	112	29	25	16	29	1.96
63330569--63330731	39	4.2	39	91	0	254	23	33	20	23	1.97
63335434--63335551	46	2.6	46	85	9	154	23	29	17	28	1.97
63339714--63339948	50	4.7	50	80	3	249	25	18	26	29	1.98
63339667--63339948	50	5.6	50	78	4	228	24	17	26	31	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
63343608--63343666	21	2.8	21	84	0	73	23	35	18	22	1.96
63345026--63345061	2	18.0	2	94	0	63	47	0	0	52	1.00
63347868--63347892	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
63348236--63348290	25	2.2	25	90	6	85	27	30	12	29	1.93
63348454--63348587	40	3.3	40	89	2	198	26	30	23	20	1.98
63350057--63350085	2	14.5	2	100	0	58	51	0	0	48	1.00
63350116--63350195	29	2.7	29	86	5	108	27	32	15	25	1.95
63353624--63353659	2	18.0	2	94	0	63	47	0	0	52	1.00
63358908--63358947	18	2.2	18	86	0	53	32	0	2	65	1.06
63362031--63362191	29	5.6	29	87	1	207	25	16	32	26	1.96
63363741--63363794	27	2.0	27	100	0	108	29	7	29	33	1.85
63366672--63366887	55	4.0	54	80	6	249	21	25	17	36	1.95
63371556--63371619	31	2.1	31	87	0	92	35	12	20	31	1.90
63377776--63377928	43	3.6	43	76	14	138	33	26	15	24	1.95
63388442--63388563	43	2.9	42	77	14	133	33	24	16	25	1.96
63388442--63388592	43	3.5	43	75	16	127	33	24	16	25	1.96
63389970--63390021	21	2.5	21	96	0	95	40	13	3	42	1.62
63394013--63394124	46	2.4	46	86	0	170	41	22	16	20	1.90
63402536--63402621	45	1.9	45	85	0	118	34	24	13	26	1.93
63410365--63410450	45	1.9	45	95	0	154	36	23	13	26	1.93
63413878--63413922	22	2.0	22	95	0	81	48	17	4	28	1.66
63422006--63422036	2	15.5	2	100	0	62	48	0	0	51	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
63422181--63422298	39	3.0	38	79	9	130	22	21	25	31	1.98
63431427--63431497	36	2.0	36	97	0	133	38	0	16	45	1.48
63431640--63431751	39	2.9	38	76	10	127	23	20	25	31	1.98
63432414--63432463	21	2.3	21	75	21	50	30	18	18	34	1.94
63440058--63440124	33	2.0	33	94	0	116	56	14	2	25	1.53
63441140--63441197	31	1.9	31	85	3	82	46	12	3	37	1.58
63441139--63441209	31	2.4	31	77	13	78	45	12	4	38	1.62
63442745--63442779	2	17.5	2	93	0	61	48	0	0	51	1.00
63445187--63445211	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
63447232--63447280	2	24.5	2	100	0	98	51	0	0	48	1.00
63447834--63447858	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
63450119--63450235	62	1.9	60	81	6	137	36	4	9	49	1.55
63453123--63453473	120	2.9	121	85	6	451	25	16	18	39	1.91
63453588--63453722	34	3.9	34	77	7	121	47	12	0	40	1.42
63458838--63458882	18	2.7	16	77	12	54	57	2	0	40	1.11
63463088--63463263	46	3.8	46	74	12	180	21	21	27	28	1.99
63463085--63463256	93	1.8	93	92	0	290	22	22	27	27	1.99
63466158--63466237	15	5.4	15	77	7	83	10	18	13	57	1.64
63466149--63466236	30	3.0	30	80	11	92	10	18	15	55	1.68
63468618--63468791	46	3.8	46	78	8	201	20	20	29	28	1.98
63468614--63468784	93	1.8	92	92	3	290	21	21	29	28	1.98
63470162--63470196	16	2.2	16	94	0	61	42	0	25	31	1.55
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
63470386--63470518	58	2.4	57	80	13	150	51	2	2	43	1.26
63470478--63470544	22	3.3	21	73	25	56	58	0	1	40	1.07
63474265--63474329	33	2.0	33	90	0	103	33	16	7	41	1.77
63476105--63476351	51	4.9	48	66	18	137	58	12	0	27	1.40
63476131--63476192	27	2.4	25	78	7	63	62	9	0	27	1.26
63476155--63476313	51	3.1	51	69	18	168	60	12	0	27	1.33
63476194--63476346	47	3.1	46	68	21	139	58	13	0	28	1.36
63476232--63476293	27	2.4	25	78	7	63	62	9	0	27	1.26
63476051--63476351	101	3.0	101	95	1	520	58	12	0	28	1.41
63476410--63476450	21	2.0	21	86	9	59	2	29	4	63	1.28
63476899--63476930	15	2.3	15	89	10	50	28	0	0	71	0.86
63478600--63478660	21	2.9	21	67	0	59	14	22	19	42	1.88
63478548--63478670	42	2.9	42	81	3	140	15	20	17	46	1.84
63480527--63480577	21	2.4	21	96	0	93	25	27	21	25	1.99
63483352--63483430	39	2.0	39	95	0	140	43	21	8	26	1.82
63487564--63487655	36	2.9	30	75	20	87	29	27	13	30	1.94
63491958--63492141	40	4.6	39	75	6	138	26	23	27	22	2.00
63491998--63492186	80	2.4	81	77	4	186	23	24	29	22	1.99
63496717--63496900	40	4.6	39	75	6	138	26	23	27	22	2.00
63496757--63496945	80	2.4	81	77	4	186	23	24	29	22	1.99
63504828--63505011	40	4.6	39	75	6	138	26	23	27	22	2.00
63504868--63505056	80	2.4	81	77	4	186	23	24	29	22	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
63506843--63507070	48	4.8	47	78	3	222	24	28	18	27	1.98
63508691--63508739	12	4.1	12	86	0	62	32	0	0	67	0.91
63508696--63508742	6	7.8	6	83	6	60	31	0	0	68	0.90
63509779--63509835	26	2.2	26	100	0	114	38	7	12	42	1.70
63511209--63511350	40	3.6	40	86	2	198	24	22	26	26	2.00
63519252--63519419	40	4.2	40	93	1	266	24	20	27	27	1.99
63531746--63532005	39	6.7	39	95	0	439	23	26	28	22	1.99
63534314--63534538	48	4.7	49	82	2	197	21	28	20	28	1.98
63544895--63544941	20	2.3	20	96	0	85	21	17	17	44	1.86
63553351--63553392	15	2.9	15	82	3	50	59	2	4	33	1.31

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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