genome.fa.s13.2.7.7.80.10.50.1000.308.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr13 124041150 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  124041150

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   

This is table  308  of  410  ( 49152 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
95432495--95432629	39	3.4	39	74	6	112	23	20	28	28	1.99
95432752--95432792	19	2.2	19	87	12	59	46	0	24	29	1.53
95438052--95438129	7	11.3	7	77	8	70	29	33	8	28	1.87
95438836--95438860	10	2.5	10	100	0	50	72	8	0	20	1.10
95441605--95441666	23	2.7	24	75	9	67	0	20	3	75	0.94
95444193--95444248	24	2.3	24	93	0	94	23	5	37	33	1.78
95460073--95460166	40	2.4	39	77	8	102	40	35	11	12	1.80
95466080--95466327	124	2.0	124	93	0	424	31	17	14	36	1.90
95466574--95466599	12	2.2	12	100	0	52	46	15	0	38	1.46
95470946--95471143	91	2.2	90	82	6	247	37	16	11	34	1.85
95471198--95471250	27	1.9	28	84	3	72	62	0	1	35	1.06
95471262--95471292	16	1.9	16	93	0	53	70	0	6	22	1.09
95477878--95477940	19	3.3	18	79	14	65	60	4	1	33	1.27
95480138--95480234	33	2.8	35	72	20	89	50	1	3	45	1.24
95482161--95482204	7	6.7	7	84	10	58	61	0	20	18	1.35
95482655--95482692	17	2.2	17	100	0	76	15	36	5	42	1.70
95486330--95486369	6	6.7	6	85	0	53	22	0	2	75	0.93
95486415--95486458	13	3.3	14	78	12	56	29	0	0	70	0.88
95486817--95486873	28	2.1	28	86	3	80	42	3	0	54	1.17
95486814--95486879	34	1.9	34	81	9	80	42	3	1	53	1.25
95505466--95505490	12	2.1	12	100	0	50	48	0	0	52	1.00
95506239--95506330	45	2.0	45	87	0	130	32	20	9	36	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
95509756--95509790	16	2.2	16	94	0	61	37	5	31	25	1.80
95513261--95513427	40	4.2	40	82	2	185	25	27	21	25	1.99
95513261--95513427	80	2.1	79	83	7	205	25	27	21	25	1.99
95514254--95514299	17	2.5	19	74	22	53	34	23	17	23	1.96
95521260--95521425	40	4.2	40	82	6	187	25	27	21	25	2.00
95521260--95521425	79	2.1	79	84	6	212	25	27	21	25	2.00
95522249--95522294	17	2.5	19	74	22	53	34	23	17	23	1.96
95530033--95530199	40	4.2	40	82	2	185	25	27	21	25	1.99
95530033--95530199	80	2.1	79	83	7	205	25	27	21	25	1.99
95531025--95531070	17	2.5	19	74	22	53	34	23	17	23	1.96
95556398--95556457	30	2.0	30	93	0	102	18	25	21	35	1.96
95562969--95563187	40	5.4	40	83	2	242	26	23	26	23	2.00
95562969--95563187	120	1.8	121	84	3	298	26	23	26	23	2.00
95563020--95563213	40	4.8	40	84	5	149	27	24	25	22	2.00
95563036--95563213	80	2.2	80	81	0	185	28	24	25	21	1.99
95565164--95565198	18	1.9	18	88	0	52	71	0	2	25	1.00
95565162--95565239	30	2.7	31	83	11	96	64	1	1	33	1.10
95572254--95572317	22	3.0	22	75	15	80	51	9	9	29	1.65
95572445--95572497	26	2.0	26	100	0	106	49	3	11	35	1.57
95584625--95584773	80	1.9	80	81	2	183	22	30	24	22	1.99
95584666--95584773	40	2.7	38	85	8	128	21	29	25	23	1.99
95592770--95592878	40	2.7	38	84	9	121	21	30	25	22	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
95601374--95601418	20	2.2	20	88	0	63	35	11	2	51	1.50
95607329--95607427	28	3.5	29	93	5	159	32	28	12	27	1.92
95615044--95615142	28	3.5	29	93	5	159	32	28	12	27	1.92
95617723--95617853	69	1.9	67	87	3	190	40	3	5	50	1.43
95618917--95619009	43	2.2	43	96	0	168	17	34	18	30	1.94
95623724--95623799	36	2.1	36	83	11	93	39	1	2	56	1.21
95639845--95639880	18	2.0	18	100	0	72	33	11	5	50	1.61
95642230--95642387	30	5.3	30	77	6	99	39	13	24	21	1.90
95642230--95642299	29	2.4	29	88	7	97	40	12	31	15	1.85
95642198--95642352	30	5.2	30	76	9	106	38	14	25	22	1.92
95642256--95642444	90	2.1	90	81	0	225	39	12	23	24	1.89
95642585--95652753	932	10.9	932	98	0	19570	24	9	24	40	1.85
95658305--95658433	29	4.6	28	80	7	120	24	33	17	24	1.97
95665480--95665611	29	4.6	29	82	1	140	25	32	17	25	1.97
95666746--95670989	931	4.6	932	98	0	8212	25	9	24	40	1.86
95679250--95679317	34	2.0	34	97	0	127	29	19	14	36	1.91
95686510--95686690	46	3.9	46	82	9	233	20	21	29	28	1.98
95686512--95686682	93	1.8	93	94	0	306	20	22	29	28	1.98
95688154--95688185	14	2.3	14	94	0	55	65	3	0	31	1.08
95688168--95688206	18	2.1	18	85	4	51	58	12	2	25	1.47
95688399--95688463	33	2.0	33	93	0	112	53	13	7	24	1.66
95689218--95689242	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
95693126--95693232	53	2.0	53	85	0	142	22	22	17	37	1.94
95698572--95698605	18	1.9	18	88	5	52	20	29	41	8	1.82
95699089--95699156	34	2.0	34	83	11	86	32	23	23	20	1.98
95700932--95701104	47	3.6	47	81	4	168	26	17	28	27	1.97
95708967--95709089	40	3.1	39	90	2	183	40	11	19	28	1.86
95711904--95711973	27	2.5	28	93	2	115	27	14	28	30	1.95
95711904--95711985	27	3.0	27	84	8	69	28	15	25	30	1.96
95719834--95719903	27	2.5	28	93	2	115	27	14	28	30	1.95
95719834--95719915	27	3.0	27	84	8	69	28	15	25	30	1.96
95721918--95722059	43	3.3	43	77	9	139	28	19	23	28	1.98
95728015--95728053	3	13.0	3	83	0	51	66	0	5	28	1.12
95728444--95728492	9	5.4	9	85	4	55	59	4	8	28	1.45
95728580--95728757	3	58.3	3	70	16	100	59	2	7	30	1.38
95731348--95731444	26	3.7	26	97	0	176	37	24	5	32	1.78
95731759--95731792	3	11.3	3	100	0	68	67	0	0	32	0.91
95739459--95739666	40	5.2	40	82	1	184	21	26	24	27	1.99
95739485--95739666	80	2.3	80	83	0	220	21	26	23	28	1.99
95741364--95741391	14	2.0	14	100	0	56	28	0	35	35	1.58
95743091--95743120	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
95745972--95746089	32	3.8	32	82	5	98	44	3	2	50	1.32
95745991--95746102	32	3.5	31	82	2	125	40	3	2	53	1.32
95746607--95746667	23	2.7	21	72	20	52	60	6	1	31	1.32
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
95747578--95747666	39	2.2	40	90	5	137	39	1	6	52	1.35
95756333--95756373	2	20.5	2	100	0	82	0	48	0	51	1.00
95756373--95756407	2	17.5	2	100	0	70	48	0	0	51	1.00
95757326--95757355	15	1.9	16	93	6	53	56	0	23	20	1.42
95757519--95757621	51	2.0	51	98	1	199	39	7	14	37	1.75
95763957--95764111	49	3.2	49	79	7	145	47	12	9	29	1.74
95764117--95764183	32	2.1	32	94	0	116	49	14	8	26	1.73
95765417--95765522	53	2.0	53	85	10	144	39	11	7	41	1.69
95771978--95772032	29	1.9	28	85	3	74	27	12	5	54	1.60
95775778--95775813	17	2.3	15	90	9	54	22	0	2	75	0.94
95776600--95776655	18	3.2	17	82	7	67	17	30	35	16	1.92
95776610--95776657	18	2.7	18	87	3	71	14	31	37	16	1.89
95778257--95778736	131	3.7	129	73	6	376	35	17	19	28	1.94
95781690--95782381	132	5.2	132	91	1	1120	28	24	18	28	1.98
95781690--95782381	263	2.6	264	92	1	1156	28	24	18	28	1.98
95793964--95794251	129	2.2	130	78	7	282	34	20	18	26	1.96
95793904--95794383	131	3.7	130	76	4	392	34	18	19	27	1.95
95794098--95794429	131	2.5	132	78	6	302	33	19	18	28	1.95
95799104--95799140	13	2.7	13	91	8	56	32	2	16	48	1.60
95810343--95810410	16	4.2	16	82	0	82	42	4	25	27	1.74
95810343--95810410	32	2.1	32	88	0	100	42	4	25	27	1.74
95810397--95810483	44	2.0	45	88	6	133	33	5	25	35	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
95810968--95811007	2	20.0	2	100	0	80	50	0	0	50	1.00
95816910--95816951	16	2.7	15	78	14	50	28	2	4	64	1.26
95817524--95817642	28	4.1	30	78	16	85	53	3	2	40	1.31
95818356--95818449	33	2.8	33	81	0	116	35	24	9	30	1.87
95818755--95818790	2	18.0	2	94	0	63	50	2	0	47	1.15
95818749--95818790	12	3.5	12	93	0	57	50	7	0	42	1.30
95819529--95819673	78	1.9	78	82	2	184	28	20	16	34	1.94
95821939--95821997	24	2.7	21	74	20	66	64	0	3	32	1.10
95822286--95822319	18	1.9	18	88	5	52	44	2	5	47	1.42
95822530--95822647	34	3.4	34	77	12	107	55	1	0	42	1.16

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410