genome.fa.s13.2.7.7.80.10.50.1000.51.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr13 124041150 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  124041150

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   

This is table  51  of  410  ( 49152 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13326202--13326305	23	4.4	24	92	7	169	27	22	20	29	1.98
13326351--13326421	20	3.5	20	86	0	97	35	19	11	33	1.88
13330484--13330528	24	1.9	23	82	13	56	31	20	8	40	1.83
13334966--13335111	43	3.4	44	76	15	121	26	17	26	29	1.98
13334966--13335093	41	3.0	40	73	18	109	25	17	27	30	1.97
13339292--13339364	37	2.0	37	97	0	137	24	31	20	23	1.98
13339445--13339699	49	5.2	49	97	0	474	30	27	8	33	1.87
13339581--13339822	123	2.0	124	94	0	432	30	26	9	34	1.87
13339630--13339773	74	1.9	75	97	1	272	30	25	9	34	1.88
13339705--13339916	49	4.3	49	95	0	381	29	27	9	33	1.88
13339532--13339871	172	2.0	173	97	0	637	30	26	9	33	1.87
13339483--13339916	221	2.0	222	96	0	798	30	26	8	33	1.87
13351667--13351710	21	2.0	22	86	4	63	34	9	27	29	1.87
13351775--13351936	43	3.8	42	77	11	152	25	16	27	30	1.96
13351789--13351937	42	3.5	42	76	11	142	24	17	27	30	1.97
13367800--13367900	28	3.5	29	86	6	125	29	27	13	28	1.95
13368372--13368399	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
13375621--13375721	28	3.5	29	86	6	125	29	27	13	28	1.95
13378073--13378107	6	5.8	6	86	0	52	51	14	14	20	1.76
13379084--13379126	8	5.4	8	86	8	61	41	0	0	58	0.98
13381954--13382252	46	6.7	45	85	10	373	38	15	23	21	1.92
13381903--13382208	84	3.5	84	91	5	454	37	16	23	22	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13382513--13382559	25	2.0	25	83	8	62	53	4	14	27	1.60
13390088--13390120	17	1.9	17	93	0	57	6	21	21	51	1.69
13397902--13397972	23	3.1	22	88	8	97	43	25	15	15	1.86
13398028--13398267	46	5.2	46	85	2	257	41	22	14	21	1.89
13398069--13398267	23	8.7	23	66	9	102	41	22	15	20	1.90
13398002--13398267	92	2.9	91	79	3	291	41	22	14	21	1.89
13399578--13399735	87	1.8	87	86	9	234	37	13	27	20	1.90
13399574--13399749	29	6.1	29	76	7	151	36	14	27	21	1.93
13403261--13403423	38	4.4	38	85	11	241	22	22	16	38	1.93
13403284--13403397	31	3.5	31	89	8	147	23	21	14	40	1.90
13403284--13403423	69	2.0	69	98	0	271	23	21	15	39	1.92
13403614--13403708	24	4.0	24	85	10	124	26	24	21	28	1.99
13403614--13403707	47	2.0	49	85	12	133	26	24	21	27	1.99
13403759--13403818	20	3.0	20	90	0	102	31	20	11	36	1.88
13403861--13403908	25	1.9	25	86	0	69	25	16	25	33	1.96
13411374--13411536	38	4.4	38	85	11	241	22	22	16	38	1.93
13411397--13411510	31	3.5	31	89	8	147	23	21	14	40	1.90
13411397--13411536	69	2.0	69	98	0	271	23	21	15	39	1.92
13411742--13411822	23	3.4	24	89	6	121	25	24	19	29	1.99
13411873--13411932	20	3.0	20	87	0	93	33	20	10	36	1.86
13411975--13412022	25	1.9	25	86	0	69	25	16	25	33	1.96
13418302--13418466	27	6.1	27	86	0	168	33	23	5	38	1.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13418312--13418745	54	7.8	54	82	6	447	32	21	6	39	1.80
13418302--13418745	81	5.3	81	81	6	476	31	22	6	38	1.81
13418326--13418481	27	5.8	27	88	0	222	32	21	5	41	1.76
13418469--13418493	12	2.1	12	100	0	50	44	0	8	48	1.32
13418442--13418520	39	2.0	39	92	0	131	34	13	7	44	1.73
13418415--13418546	66	2.0	65	89	1	201	33	17	6	42	1.76
13418334--13418745	146	2.9	147	84	5	481	31	21	7	40	1.80
13418481--13418721	27	9.0	27	86	0	340	30	23	7	38	1.82
13418756--13418826	27	2.6	27	82	6	90	43	21	9	25	1.83
13418779--13418860	27	3.0	26	84	12	94	42	20	7	29	1.79
13418784--13418869	27	3.2	26	80	9	84	45	20	4	29	1.71
13419870--13419939	25	2.8	24	89	4	95	25	28	22	22	1.99
13420087--13420178	42	2.2	42	94	0	157	29	13	21	35	1.91
13420202--13420307	31	3.4	31	90	0	176	29	14	25	31	1.94
13436511--13436543	2	16.5	2	100	0	66	51	0	0	48	1.00
13441518--13441555	20	1.9	20	88	0	58	34	2	10	52	1.50
13443186--13443254	28	2.5	28	95	2	122	43	27	10	18	1.82
13449506--13449543	20	1.9	20	88	0	58	34	2	10	52	1.50
13451160--13451228	28	2.5	28	95	2	122	43	27	10	18	1.82
13454251--13454282	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
13463481--13463617	42	3.2	43	74	14	131	34	26	16	23	1.95
13465403--13465473	4	17.8	4	100	0	142	25	23	0	50	1.49
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13471418--13471470	13	4.0	12	77	18	52	3	16	1	77	1.01
13472175--13472271	22	4.5	22	72	13	69	17	35	25	21	1.95
13475332--13475374	21	2.0	21	86	8	61	32	0	0	67	0.91
13475586--13475620	12	2.7	13	86	13	54	68	0	31	0	0.90
13476247--13476302	22	2.5	22	100	0	112	35	10	14	39	1.81
13482214--13482486	46	5.7	50	77	8	207	26	18	31	23	1.97
13489320--13489583	101	2.6	101	96	0	483	32	15	23	29	1.95
13489320--13489577	51	5.1	51	89	1	403	31	15	23	29	1.95
13496124--13496387	101	2.6	101	95	0	474	32	15	22	29	1.95
13496124--13496381	51	5.1	51	88	1	394	32	15	22	29	1.95
13498492--13498612	47	2.6	46	82	13	142	27	19	30	23	1.98
13501173--13501596	197	2.1	200	86	6	594	57	14	0	27	1.41
13501139--13501596	103	4.6	100	87	5	583	57	14	0	27	1.43
13501681--13501735	4	14.5	4	88	11	57	0	27	0	72	0.85
13501696--13501751	29	1.9	29	85	7	78	1	33	0	64	1.04
13509385--13509442	21	2.5	22	76	20	57	68	5	1	24	1.19
13515919--13516093	46	3.8	46	75	11	169	22	29	18	28	1.98
13517715--13517840	64	2.0	64	95	0	225	33	23	7	35	1.82
13523556--13523647	47	2.0	47	84	4	123	26	25	18	30	1.98
13523702--13523826	47	2.7	44	84	11	153	20	28	20	31	1.97
13526026--13526063	16	2.4	16	86	4	60	55	2	7	34	1.43
13549268--13549303	11	3.3	11	92	0	54	63	30	2	2	1.22
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13549954--13550105	11	13.8	11	80	5	128	60	26	7	5	1.46
13549955--13550045	34	2.7	34	73	9	55	61	27	6	4	1.40
13549954--13550100	66	2.2	66	90	2	233	61	26	7	4	1.43
13550071--13550128	23	2.5	24	83	8	68	58	27	6	6	1.50
13554561--13554728	40	4.2	40	82	2	196	26	26	21	25	1.99
13557669--13557893	40	5.6	40	82	4	274	24	26	23	26	2.00
13557633--13557893	80	3.3	80	82	5	287	24	25	23	26	2.00
13562296--13562369	29	2.6	29	95	0	139	27	14	31	27	1.95
13562353--13562426	27	2.6	29	78	8	89	22	20	35	21	1.96
13570138--13570211	29	2.6	29	95	0	139	27	14	31	27	1.95
13570195--13570270	29	2.6	29	78	0	89	22	19	35	22	1.96
13570138--13570270	58	2.3	58	80	2	133	24	17	33	24	1.96
13577640--13577788	80	1.9	80	81	2	183	22	30	24	22	1.99
13577681--13577788	40	2.7	38	85	8	128	21	29	25	23	1.99
13581755--13581929	49	3.6	49	78	6	185	21	26	21	30	1.98
13582648--13582687	20	2.0	21	85	5	55	40	15	0	45	1.46
13592883--13592991	54	1.9	59	83	9	147	50	5	2	41	1.40
13595042--13595227	80	2.3	80	83	3	223	27	21	25	24	1.99
13595082--13595233	40	3.8	40	79	3	153	27	21	26	24	1.99
13595080--13595253	80	2.2	80	80	4	190	27	20	26	25	1.99
13598175--13598204	16	1.9	15	93	6	51	43	16	6	33	1.74
13598485--13598527	11	3.7	11	81	6	50	60	0	0	39	0.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13598484--13598540	27	2.2	25	84	12	71	63	0	0	36	0.95
13598719--13598824	12	9.2	11	72	15	65	60	4	2	32	1.32
13598716--13598762	24	2.0	24	91	8	78	59	2	4	34	1.29
13598818--13598876	17	3.1	19	71	14	50	59	0	6	33	1.24
13598856--13598917	25	2.4	25	84	10	72	51	0	3	45	1.17
13598856--13598952	27	3.6	27	79	8	74	49	0	4	46	1.21
13600322--13600512	40	4.8	39	78	7	172	23	28	24	24	1.99
13600362--13600512	78	1.9	80	85	5	209	23	28	23	25	1.99
13608823--13609030	40	5.2	39	84	1	209	25	25	22	26	2.00
13608823--13609028	80	2.6	81	84	3	247	24	26	22	26	2.00

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410