genome.fa.s13.2.7.7.80.10.50.1000.83.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr13 124041150 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  124041150

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  83  of  410  ( 49152 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23999937--24000065	49	2.6	49	78	9	138	22	27	20	29	1.99
24008683--24008844	42	3.8	42	85	1	207	18	35	22	23	1.95
24009766--24009883	45	2.6	45	84	12	154	26	28	19	25	1.99
24015131--24015208	29	2.7	29	83	0	102	21	33	17	26	1.96
24022964--24023065	29	3.5	29	90	0	150	23	33	15	27	1.95
24035840--24035878	6	6.3	6	88	5	60	15	20	0	64	1.30
24035861--24035981	57	2.1	59	84	6	158	28	19	5	47	1.72
24037500--24037535	16	2.2	16	100	0	72	25	36	13	25	1.93
24038737--24038790	27	2.0	27	96	0	99	29	27	11	31	1.91
24041911--24041959	24	2.0	24	100	0	98	12	46	20	20	1.82
24044702--24044839	57	2.4	58	79	7	140	32	20	20	26	1.97
24056362--24056446	39	2.2	39	89	4	127	21	32	7	38	1.80
24056574--24056605	15	2.1	15	100	0	64	37	25	18	18	1.94
24065256--24065363	26	4.2	26	93	0	189	32	7	24	36	1.83
24066785--24066837	28	1.9	28	85	11	74	52	9	9	28	1.64
24070470--24070508	13	3.0	13	100	0	78	15	30	38	15	1.88
24071965--24072142	40	4.5	40	92	2	288	24	26	23	25	2.00
24084790--24084830	12	3.2	12	81	18	55	48	29	14	7	1.71
24084851--24084997	43	3.4	43	91	4	244	26	33	19	20	1.97
24087722--24087812	21	4.3	21	70	2	65	45	27	2	25	1.65
24087917--24087942	7	3.7	7	100	0	52	30	26	0	42	1.56
24087939--24088074	7	19.1	7	68	11	53	43	34	1	20	1.61
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24087974--24088009	14	2.5	15	90	9	65	33	44	0	22	1.53
24087975--24088087	36	3.1	36	80	2	111	43	34	1	20	1.62
24088004--24088087	7	11.7	7	69	5	51	47	29	2	20	1.62
24088599--24088704	40	2.6	39	79	7	122	24	23	20	31	1.98
24089251--24089278	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
24096177--24096206	13	2.2	14	94	5	53	80	3	16	0	0.85
24099518--24099710	43	4.5	43	86	1	237	34	24	15	26	1.94
24101724--24101800	38	2.0	38	100	0	154	40	20	23	15	1.91
24102814--24102905	36	2.6	36	91	0	139	39	11	9	39	1.75
24117824--24117928	55	1.9	55	84	0	138	22	21	24	30	1.99
24120972--24121028	30	1.9	30	92	0	96	40	7	22	29	1.80
24121451--24121623	46	3.7	46	75	13	192	23	21	26	28	1.99
24121448--24121618	93	1.8	93	93	0	297	22	21	27	28	1.99
24128947--24129118	46	3.8	45	80	11	215	21	21	27	29	1.99
24128944--24129113	92	1.8	92	96	0	313	21	21	28	28	1.99
24133158--24133285	40	3.2	40	76	5	109	23	24	23	28	1.99
24154196--24154227	15	2.3	15	89	10	50	75	6	18	0	1.01
24161781--24161887	39	2.8	39	84	1	126	30	4	20	43	1.72
24164133--24164191	17	3.4	17	77	9	73	54	15	1	28	1.51
24164150--24164207	19	3.2	19	75	9	75	51	13	3	31	1.58
24164132--24164207	36	2.1	36	100	0	152	53	13	2	30	1.53
24164141--24164200	17	3.4	17	77	8	75	51	13	1	33	1.51
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24169774--24169835	27	2.3	27	82	0	70	20	27	16	35	1.94
24172446--24172573	52	2.5	50	80	2	139	26	12	25	35	1.92
24174325--24174506	40	4.5	39	85	5	197	27	26	20	25	1.99
24174325--24174509	80	2.3	81	81	9	220	27	26	21	24	1.99
24177981--24178008	13	2.2	13	100	0	56	28	46	25	0	1.53
24180045--24180098	27	2.0	27	85	0	72	38	14	5	40	1.70
24189870--24189907	19	2.1	18	90	5	58	50	5	5	39	1.48
24192584--24192631	24	2.0	24	100	0	96	33	4	20	41	1.72
24200143--24200171	6	4.8	6	100	0	58	13	0	0	86	0.58
24204929--24204953	2	12.5	2	100	0	50	48	0	52	0	1.00
24207247--24207313	29	2.3	29	82	5	73	43	7	2	46	1.47
24212407--24212540	26	5.2	26	94	0	241	31	7	26	35	1.84
24215741--24215807	12	5.6	12	98	0	125	8	23	50	16	1.73
24220684--24220764	26	3.2	26	98	1	155	30	6	27	35	1.81
24224793--24224849	29	2.0	29	86	6	80	40	1	3	54	1.28
24227459--24227489	15	2.1	15	100	0	62	51	0	12	35	1.40
24227833--24227870	14	2.7	14	91	0	58	26	5	44	23	1.74
24229964--24230078	42	2.7	42	82	4	133	30	26	15	26	1.96
24243707--24244426	310	2.4	308	78	5	694	34	10	8	46	1.70
24245512--24245560	21	2.3	21	96	0	89	28	30	14	26	1.95
24246824--24246946	39	3.2	39	96	0	228	37	21	26	13	1.91
24254683--24254890	94	2.2	94	80	0	245	36	13	18	31	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24254810--24255016	63	3.2	62	66	15	159	37	13	17	31	1.88
24267038--24267167	43	3.0	43	77	10	131	27	27	19	25	1.99
24270398--24270542	43	3.4	43	81	12	156	33	26	18	21	1.96
24276277--24276332	17	3.2	17	73	9	58	37	5	17	39	1.73
24284812--24284986	3	59.0	3	71	12	103	64	4	4	27	1.29
24284904--24284996	43	2.2	42	84	9	118	69	1	4	24	1.13
24290086--24290171	42	2.0	42	100	0	172	23	20	9	46	1.79
24299116--24299197	35	2.4	34	80	8	94	45	0	4	50	1.23
24300542--24300635	45	2.1	45	85	0	125	22	12	19	45	1.83
24313068--24313127	23	2.6	23	81	0	66	16	26	30	26	1.97
24317676--24317885	40	5.2	40	87	2	305	25	24	28	21	1.99
24325811--24326020	40	5.2	40	87	2	305	25	24	28	21	1.99
24330098--24330132	17	2.0	18	88	5	54	20	5	11	62	1.48
24338777--24338984	40	5.2	40	84	2	249	25	21	26	26	2.00
24348100--24348265	29	5.2	30	65	27	83	24	15	17	42	1.88
24348083--24348278	65	3.0	65	96	0	365	25	14	17	42	1.87
24349635--24349706	34	2.1	35	84	7	94	41	11	26	20	1.86
24350392--24350474	42	2.0	42	97	0	157	22	13	31	32	1.92
24352390--24352490	30	3.2	30	67	26	82	23	16	16	42	1.88
24352373--24352503	65	2.0	65	96	0	244	25	14	17	42	1.87
24353856--24353916	27	2.3	27	89	10	99	24	24	18	32	1.97
24353860--24353924	27	2.4	27	89	5	87	26	26	15	32	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24353923--24354002	27	3.0	27	83	0	115	32	11	20	36	1.88
24359483--24359527	20	2.2	20	84	7	56	15	0	24	60	1.36
24360961--24361014	22	2.5	22	81	3	65	14	31	35	18	1.91
24364813--24365037	47	4.7	47	91	3	353	32	7	30	30	1.85
24365009--24365064	16	3.4	16	69	26	53	32	3	32	32	1.75
24365004--24365073	34	2.1	34	97	0	131	31	5	34	28	1.81
24364955--24365115	81	2.0	83	85	4	220	32	6	32	28	1.82
24367052--24367263	40	5.2	41	84	3	214	24	22	27	25	2.00
24367246--24367592	85	4.1	86	95	1	601	13	21	32	32	1.92
24367246--24367592	43	8.1	43	94	1	601	13	21	32	32	1.92
24371480--24371628	80	1.9	80	81	2	183	22	30	24	22	1.99
24371521--24371628	40	2.7	38	85	8	128	21	29	25	23	1.99
24379592--24379740	80	1.9	80	81	2	183	22	30	24	22	1.99
24379633--24379740	40	2.7	38	85	8	128	21	29	25	23	1.99
24391419--24391593	46	3.8	44	75	10	172	29	28	20	22	1.98
24391471--24391614	46	3.1	44	70	21	107	30	28	18	22	1.97
24395040--24395190	52	3.0	48	87	6	212	38	5	23	31	1.79
24395249--24395598	48	7.1	50	89	4	534	36	6	24	32	1.81
24395193--24395598	148	2.7	149	90	4	613	37	5	24	32	1.79
24395748--24395856	37	2.9	37	93	0	173	23	18	30	27	1.98
24397643--24397784	40	3.6	40	80	4	119	28	25	16	29	1.96
24397664--24397778	40	2.9	40	84	6	137	28	25	16	29	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24398910--24398958	21	2.3	22	89	3	73	14	36	34	14	1.86
24414144--24414199	16	3.4	16	69	26	53	32	32	3	32	1.75
24414135--24414204	34	2.1	34	97	0	131	28	34	5	31	1.81
24414142--24414194	18	3.1	18	68	26	51	32	30	3	33	1.76
24414171--24414396	49	4.7	47	90	4	362	30	30	7	32	1.85
24414171--24414396	96	2.4	94	90	5	364	30	30	7	32	1.85
24418132--24418395	43	6.1	43	95	0	456	32	32	21	13	1.92
24418378--24418589	40	5.2	42	82	4	211	25	27	22	24	2.00
24420571--24420626	16	3.4	16	69	26	53	32	32	3	32	1.75
24420562--24420631	34	2.1	34	97	0	131	28	34	5	31	1.81

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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