genome.fa.s13.2.7.7.80.10.50.1000.37.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr13 124041150 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  124041150

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9316358--9316441	10	8.2	10	77	13	82	35	1	2	60	1.17
9316331--9316441	21	5.2	21	72	15	77	36	1	1	59	1.19
9316781--9316823	21	2.0	21	86	0	59	32	4	2	60	1.30
9324502--9324566	32	2.0	32	100	0	130	38	9	6	46	1.61
9326352--9326390	18	2.2	18	100	0	78	48	5	5	41	1.47
9326595--9326628	2	17.0	2	93	0	59	47	0	0	52	1.00
9336011--9336037	7	3.9	7	100	0	54	55	0	0	44	0.99
9342922--9342956	17	2.0	18	88	5	54	51	5	0	42	1.25
9345574--9345635	20	3.0	21	86	13	85	33	0	4	61	1.17
9351631--9351691	22	2.8	22	87	2	88	55	1	3	39	1.26
9358999--9359037	20	2.0	20	90	10	62	38	2	0	58	1.12
9374126--9374154	14	2.1	14	100	0	58	27	13	20	37	1.91
9377806--9377875	30	2.3	30	90	4	106	58	7	2	31	1.40
9385919--9385955	14	2.6	15	83	12	51	51	0	0	48	1.00
9386013--9386069	25	2.3	25	78	6	62	50	0	0	49	1.00
9386519--9386561	14	2.9	14	81	18	52	32	0	0	67	0.91
9386511--9386562	16	3.4	15	80	19	63	32	0	0	67	0.91
9393903--9393945	14	2.9	14	80	16	50	62	4	0	32	1.15
9396764--9396808	2	22.5	2	100	0	90	48	0	0	51	1.00
9399756--9399911	42	3.7	42	74	4	136	17	22	16	43	1.87
9403034--9403153	53	2.3	53	89	0	177	29	17	24	29	1.97
9403034--9403184	53	2.8	53	84	6	162	27	15	25	31	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9404573--9404650	41	1.9	41	84	5	104	17	20	30	30	1.96
9404895--9404961	35	1.9	35	81	6	82	35	11	16	35	1.86
9404949--9405045	50	1.9	50	85	0	131	32	8	19	39	1.82
9407903--9407939	18	2.1	18	89	0	56	27	8	13	51	1.69
9411736--9411911	45	4.0	45	86	5	200	27	30	19	23	1.98
9412559--9412625	34	2.0	34	96	0	125	40	22	2	34	1.69
9415489--9415513	7	3.6	7	100	0	50	16	0	36	48	1.46
9423281--9423423	33	4.4	31	78	13	119	27	23	13	34	1.93
9423315--9423423	33	3.3	32	83	6	130	29	22	13	33	1.93
9423278--9423420	66	2.2	65	80	10	168	27	23	12	36	1.91
9426650--9426701	23	2.3	23	83	3	61	36	15	0	48	1.45
9427078--9427131	22	2.5	22	78	0	63	33	1	1	62	1.16
9429320--9429380	23	2.7	22	79	20	65	63	0	0	36	0.94
9433750--9433789	20	2.2	18	86	13	55	35	0	2	62	1.09
9434039--9434067	13	2.2	13	100	0	58	37	0	13	48	1.43
9437792--9437880	43	2.1	43	100	0	178	62	13	8	14	1.53
9449385--9449447	15	3.9	15	73	20	56	66	0	31	1	1.01
9453459--9453533	32	2.3	32	81	6	89	17	17	44	21	1.87
9453581--9453721	72	2.0	72	91	0	228	34	19	26	20	1.96
9455774--9455815	22	2.0	21	90	4	66	33	0	7	59	1.25
9455846--9455908	15	4.4	14	73	15	58	23	4	1	69	1.16
9455952--9456654	145	4.8	145	77	13	635	29	8	5	56	1.53
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9455591--9456496	301	3.1	294	86	8	1164	29	7	6	56	1.53
9455965--9456495	145	3.6	145	81	10	671	28	8	6	57	1.52
9456174--9456208	17	2.1	17	89	5	54	20	2	0	77	0.90
9456288--9456322	17	1.9	19	88	11	56	17	5	5	71	1.25
9456302--9456361	30	2.1	28	84	12	77	23	5	3	68	1.24
9456584--9456642	30	1.9	31	93	3	102	27	5	0	67	1.11
9456376--9456628	136	1.9	130	79	9	280	29	8	6	55	1.55
9457080--9457142	14	4.4	14	74	14	58	0	31	0	68	0.90
9457091--9457137	19	2.6	18	78	15	51	0	36	0	63	0.94
9458768--9458798	15	2.1	15	100	0	62	38	0	12	48	1.42
9458771--9458804	15	2.3	15	89	0	50	47	0	11	41	1.40
9461587--9461619	2	16.5	2	100	0	66	48	0	0	51	1.00
9479835--9479888	22	2.5	22	81	0	72	9	7	12	70	1.33
9481311--9481355	21	2.1	22	83	4	56	37	0	13	48	1.42
9485050--9485077	14	2.0	14	100	0	56	42	0	0	57	0.99
9486456--9486487	15	2.2	15	94	5	57	68	0	9	21	1.17
9486582--9486616	14	2.5	14	86	13	54	31	25	11	31	1.91
9489810--9489869	26	2.4	24	83	8	75	68	3	0	28	1.05
9489840--9489898	21	2.8	22	85	7	70	69	6	0	23	1.12
9490177--9490230	2	28.0	2	90	7	85	51	0	0	48	1.00
9490623--9490667	19	2.4	19	84	0	63	37	0	2	60	1.09
9490926--9491060	62	2.2	62	85	5	177	22	16	11	48	1.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9493164--9493212	23	2.2	23	82	10	57	28	8	6	57	1.52
9497298--9497346	25	1.9	25	87	4	71	46	4	0	48	1.20
9499378--9499417	20	2.0	21	85	9	57	67	7	10	15	1.41
9505647--9505679	17	2.0	16	94	5	57	33	0	0	66	0.92
9506005--9506046	15	2.9	14	80	19	50	61	0	0	38	0.96
9506004--9506040	17	2.3	15	90	9	56	67	0	0	32	0.91
9506858--9506929	29	2.4	29	84	9	83	50	18	12	19	1.78
9511326--9511351	13	2.0	13	100	0	52	61	0	0	38	0.96
9512103--9512164	29	2.1	29	82	11	74	46	0	1	51	1.10
9513897--9513923	2	13.5	2	100	0	54	51	0	0	48	1.00
9513911--9514000	44	2.0	44	91	4	146	45	12	10	32	1.75
9514055--9514085	16	1.9	16	93	0	53	61	3	3	32	1.28
9524422--9524487	31	2.1	31	89	10	100	43	4	21	30	1.72
9530244--9530312	30	2.3	30	80	7	77	52	4	0	43	1.21
9530693--9530730	17	2.2	18	85	4	51	55	10	5	28	1.56
9536373--9536402	2	15.0	2	100	0	60	0	50	0	50	1.00
9538822--9538846	6	4.2	6	100	0	50	0	32	0	68	0.90
9539848--9540121	46	6.0	46	92	0	397	22	24	14	38	1.92
9550013--9550127	44	2.6	45	84	5	144	35	13	22	28	1.92
9555528--9556013	132	3.7	130	80	6	473	27	21	18	33	1.96
9572474--9572548	34	2.1	33	83	16	89	26	0	2	70	1.00
9572502--9572548	17	2.9	15	82	17	58	27	0	0	72	0.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9572500--9572550	16	3.1	16	76	17	59	27	0	0	72	0.85
9572678--9572961	139	2.1	138	84	3	365	48	13	15	23	1.80
9572723--9572995	139	2.0	137	81	4	325	49	13	13	23	1.77
9573889--9573928	15	2.5	16	84	8	55	77	10	7	5	1.11
9573955--9574024	27	2.6	27	90	0	113	20	28	34	17	1.95
9574103--9574514	145	2.8	146	90	2	632	29	8	6	55	1.54
9577692--9577719	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
9580940--9581199	46	5.7	46	91	2	382	39	14	23	22	1.91
9580940--9581199	91	2.8	92	90	2	382	39	14	23	22	1.91
9580890--9581222	91	3.7	88	83	11	344	39	15	22	22	1.91
9583690--9583776	33	2.6	34	75	20	92	54	4	2	39	1.34
9585492--9585543	19	2.7	19	87	3	68	32	0	1	65	1.04
9585502--9585547	9	5.2	9	82	12	60	32	0	2	65	1.05
9587356--9587410	27	2.1	26	83	6	67	58	3	9	29	1.46
9593121--9593145	9	2.8	9	100	0	50	24	12	0	64	1.27
9594974--9595003	13	2.2	14	94	5	53	63	0	10	26	1.26
9599314--9599348	3	11.7	3	100	0	70	65	0	0	34	0.93
9605651--9605757	54	2.0	54	100	0	214	33	14	6	44	1.71
9607658--9607683	11	2.4	11	100	0	52	57	7	19	15	1.62
9610603--9610628	10	2.6	10	100	0	52	46	23	0	30	1.53
9610984--9611020	2	18.5	2	100	0	74	48	0	0	51	1.00
9611217--9611271	26	2.2	26	90	6	87	52	1	1	43	1.22
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9612777--9612815	18	2.1	19	90	4	62	30	7	0	61	1.24
9614764--9614920	77	2.0	78	96	1	289	32	5	25	36	1.78
9615805--9615876	31	2.3	31	77	13	76	29	8	13	48	1.72
9622240--9622410	90	1.9	90	84	2	227	35	17	19	27	1.95
9622558--9622653	38	2.5	38	79	0	102	35	13	17	33	1.89
9622885--9622954	9	7.8	9	90	0	95	42	18	10	28	1.82
9625659--9625693	17	2.0	18	94	5	63	60	11	5	22	1.52
9627258--9627293	18	2.0	18	94	0	63	22	13	16	47	1.82
9634252--9634281	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
9636965--9637002	19	2.0	19	94	0	67	31	28	10	28	1.90

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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