genome.fa.s13.2.7.7.80.10.50.1000.192.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr13 124041150 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  124041150

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  192  of  410  ( 49152 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
58620331--58620444	47	2.4	47	81	5	115	46	14	9	28	1.77
58622262--58622374	56	2.0	56	96	0	208	35	20	22	22	1.96
58628252--58628374	59	2.1	59	100	0	246	31	26	16	26	1.96
58628925--58629054	64	2.0	64	92	0	215	33	16	9	40	1.80
58635482--58635511	14	2.1	14	93	0	51	46	16	6	30	1.73
58638555--58638590	15	2.3	15	95	4	63	36	0	13	50	1.43
58647326--58647450	47	2.7	43	83	11	151	30	17	28	24	1.97
58647422--58647547	48	2.7	45	86	7	157	30	17	26	25	1.97
58649753--58649842	40	2.2	40	82	7	121	24	28	23	23	1.99
58656860--58656949	40	2.2	40	82	7	121	24	28	23	23	1.99
58662041--58662089	24	2.0	24	100	0	98	46	8	24	20	1.77
58662826--58662907	41	2.0	41	97	0	155	30	7	23	39	1.82
58662999--58663311	46	6.6	48	78	11	253	27	18	29	24	1.98
58662999--58663266	48	5.6	48	78	13	213	26	19	29	24	1.98
58662996--58663311	96	3.3	95	80	12	293	26	18	29	25	1.98
58665342--58665494	43	3.6	43	83	5	159	26	20	28	24	1.99
58665367--58665495	43	3.0	43	85	1	170	27	20	29	23	1.99
58669588--58669748	53	3.0	54	87	6	222	19	24	19	35	1.96
58669593--58669747	27	5.7	27	78	12	149	20	24	19	35	1.96
58674230--58674280	19	2.6	19	96	3	93	21	11	33	33	1.90
58677524--58677631	53	2.0	53	92	3	182	18	25	23	33	1.97
58677527--58677657	27	4.9	26	80	10	133	19	24	22	33	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
58677524--58677657	53	2.5	52	83	9	155	19	24	22	33	1.97
58693432--58693505	29	2.6	29	89	4	105	25	16	32	25	1.96
58695908--58695956	17	3.1	17	75	19	52	40	0	22	36	1.54
58704890--58704932	20	2.2	20	83	8	52	46	2	2	48	1.27
58706530--58706599	31	2.3	31	90	5	106	40	15	8	35	1.78
58707019--58707050	6	5.3	6	92	0	55	50	18	0	31	1.48
58709391--58709516	44	2.9	45	80	10	129	24	27	23	24	2.00
58709845--58709955	42	2.6	43	95	2	206	29	32	27	10	1.90
58709948--58710146	37	5.5	38	85	9	240	32	26	22	19	1.97
58715459--58715570	43	2.6	43	97	0	206	29	33	25	11	1.91
58715563--58715808	38	6.5	38	93	1	397	30	24	22	22	1.99
58720000--58720040	19	2.2	19	95	0	73	29	7	31	31	1.85
58727237--58727353	43	2.8	41	78	12	121	23	21	28	27	1.99
58738591--58738635	16	2.8	17	80	12	60	17	4	0	77	0.92
58739027--58739077	25	2.0	25	100	0	102	31	7	23	37	1.83
58749639--58749681	16	2.7	16	85	0	59	51	18	20	9	1.74
58749890--58749947	29	2.0	28	86	3	80	27	13	29	29	1.94
58754564--58754598	17	2.0	18	88	5	54	40	14	14	31	1.86
58768637--58768675	21	1.9	21	89	5	62	20	23	41	15	1.90
58782203--58782469	40	6.7	40	86	4	283	24	28	23	23	2.00
58782170--58782465	80	3.7	80	81	9	313	23	28	24	23	2.00
58788468--58788509	19	2.2	19	100	0	84	28	33	23	14	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
58788468--58788515	19	2.5	20	93	6	73	27	35	22	14	1.93
58799829--58800058	40	5.8	39	89	1	291	22	23	29	25	1.99
58799829--58800050	120	1.9	120	89	3	349	22	23	28	26	1.99
58805167--58805836	27	24.9	27	88	3	897	39	20	14	25	1.91
58808106--58808143	20	1.9	20	89	10	60	28	5	15	50	1.66
58810067--58810185	60	1.9	62	86	8	172	35	5	5	53	1.47
58818506--58818552	2	25.0	2	79	12	55	51	2	2	44	1.25
58819059--58819136	38	2.0	39	95	2	140	24	28	5	42	1.76
58824437--58824472	18	2.0	18	94	0	63	47	22	2	27	1.65
58825454--58825482	11	2.7	11	94	5	51	17	0	0	82	0.66
58830847--58830891	2	22.5	2	90	0	72	51	4	0	44	1.21
58836337--58836580	40	6.1	40	87	2	303	27	26	21	24	1.99
58836667--58836855	64	3.0	64	58	16	142	33	26	11	28	1.91
58836549--58836855	123	2.5	123	95	0	542	33	25	11	28	1.91
58838547--58838688	40	3.5	40	83	1	124	27	23	26	22	1.99
58838586--58838714	40	3.2	39	84	6	152	24	22	27	25	2.00
58843312--58843515	40	5.1	39	85	4	230	26	26	21	24	1.99
58843602--58843790	64	3.0	64	58	16	142	33	26	11	28	1.91
58843484--58843822	123	2.8	123	95	0	597	33	25	10	30	1.90
58850688--58850931	40	6.1	40	86	2	294	27	26	21	25	1.99
58850900--58851360	123	3.8	123	96	0	834	33	25	10	29	1.90
58850900--58851360	245	1.9	245	95	0	841	33	25	10	29	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
58853177--58853223	24	2.0	24	84	12	62	68	0	2	29	1.02
58854771--58854810	21	1.9	21	90	10	64	27	22	32	17	1.96
58856916--58856954	19	2.1	19	85	0	51	71	7	5	15	1.26
58857417--58857507	28	3.2	28	89	4	130	30	23	25	20	1.98
58857613--58857677	28	2.3	28	94	0	112	30	7	27	33	1.85
58865425--58865555	48	2.7	48	83	0	145	22	17	25	33	1.96
58866851--58866930	34	2.4	34	87	4	108	47	12	20	20	1.81
58870211--58870258	18	2.7	18	96	0	87	27	4	16	52	1.62
58874435--58874464	3	10.3	3	92	7	53	36	0	30	33	1.58
58874988--58875108	34	3.6	34	88	0	161	49	13	19	17	1.79
58897432--58897461	14	2.1	14	100	0	60	30	30	13	26	1.94
58900830--58900876	24	1.9	25	86	4	69	34	23	23	19	1.97
58911052--58911129	29	2.7	29	85	0	102	26	16	33	23	1.96
58918897--58918974	29	2.7	29	85	0	102	26	16	33	23	1.96
58922139--58922169	2	15.5	2	100	0	62	51	0	0	48	1.00
58922278--58922355	38	2.0	40	85	7	106	55	0	6	38	1.26
58922314--58922345	14	2.3	14	94	0	55	50	0	9	40	1.35
58922375--58922407	14	2.2	16	89	10	52	54	3	9	33	1.47
58922487--58922528	22	1.9	22	85	9	59	69	4	2	23	1.20
58922496--58922542	22	2.1	22	84	7	60	70	4	2	23	1.16
58924178--58924272	43	2.2	45	82	3	113	31	24	12	31	1.92
58924073--58924497	176	2.4	177	85	3	525	28	22	19	29	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
58924706--58924888	64	2.9	63	92	3	287	38	15	18	27	1.91
58932750--58932787	15	2.7	15	88	8	53	13	2	7	76	1.11
58932749--58932792	15	3.2	13	78	15	52	11	2	9	77	1.08
58933069--58933173	23	4.6	24	75	13	80	34	17	20	27	1.95
58933073--58933172	45	2.2	46	82	8	116	33	18	22	27	1.96
58933097--58933195	46	2.2	45	83	7	128	34	18	20	27	1.95
58936086--58936150	27	2.4	27	92	2	105	41	4	4	49	1.44
58936227--58936297	34	2.0	37	89	10	112	50	7	15	26	1.69
58939903--58939970	35	1.9	35	100	0	136	26	11	14	47	1.79
58940326--58940506	58	3.1	59	80	10	178	27	27	13	32	1.94
58943788--58944008	40	5.6	40	94	2	376	23	22	27	26	2.00
58943788--58944008	79	2.8	80	93	3	367	23	22	27	26	2.00
58943788--58944008	119	1.9	119	92	3	374	23	22	27	26	2.00
58959855--58960073	40	5.5	39	83	4	208	23	25	24	26	2.00
58959855--58960074	80	2.7	78	80	3	233	23	25	24	26	2.00
58966113--58966277	80	2.1	79	80	4	188	27	26	20	26	1.99
58966113--58966280	40	4.2	40	78	2	169	26	26	21	25	1.99
58977182--58977257	29	2.6	29	78	0	80	25	35	18	21	1.95
58977270--58977358	27	3.2	29	93	6	157	25	29	14	30	1.95
58981808--58981994	29	6.6	29	83	3	87	25	32	16	26	1.96
58981838--58981994	86	1.8	84	85	5	217	26	31	15	26	1.95
58981867--58981994	57	2.3	56	97	1	238	26	29	14	28	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
58981867--58981994	29	4.6	27	90	7	202	26	29	14	28	1.95
58986121--58986288	40	4.2	40	82	2	196	25	27	22	25	2.00
58989293--58989502	40	5.2	40	88	2	305	21	28	24	25	1.99
58990950--58991584	318	2.0	317	83	4	798	29	21	15	33	1.94
58993894--58993935	18	2.4	17	92	4	66	50	4	2	42	1.36
58995623--58995656	10	3.4	10	95	0	59	58	0	38	2	1.13
58997108--58997332	40	5.7	40	83	5	260	26	26	21	25	2.00
58997108--58997332	79	2.8	80	81	7	253	26	26	21	25	2.00
59002638--59002695	30	1.9	30	89	0	89	25	36	20	17	1.94
59002638--59002707	30	2.3	30	85	0	86	21	34	22	21	1.97

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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