genome.fa.s13.2.7.7.80.10.50.1000.288.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr13 124041150 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  124041150

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   

This is table  288  of  410  ( 49152 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
88682835--88682868	17	2.1	16	88	5	50	73	0	5	20	1.04
88685164--88685609	53	8.4	54	79	9	445	23	23	17	35	1.95
88685163--88685549	108	3.7	101	79	9	352	24	23	17	34	1.96
88685756--88685839	44	1.9	44	82	4	107	27	22	11	38	1.89
88686986--88687027	21	2.0	21	100	0	84	42	14	14	28	1.84
88687570--88687622	21	2.6	21	90	3	81	16	3	24	54	1.59
88687583--88687628	21	2.2	21	88	0	65	15	6	23	54	1.64
88697325--88697363	18	2.2	18	90	0	60	2	17	7	71	1.21
88697488--88697672	102	1.8	102	90	0	298	38	16	19	25	1.92
88698382--88698416	18	1.9	18	100	0	70	45	17	20	17	1.85
88719400--88719502	29	3.6	29	81	2	118	21	16	33	29	1.95
88723877--88723914	17	2.4	15	91	8	58	21	36	0	42	1.53
88727561--88727675	44	2.6	44	85	2	149	35	13	22	27	1.92
88727561--88727694	46	3.0	45	82	4	153	35	14	23	26	1.93
88730220--88730245	3	8.7	3	100	0	52	69	0	30	0	0.89
88730431--88730459	12	2.4	12	100	0	58	41	34	0	24	1.55
88743639--88743702	6	10.8	6	78	9	69	78	3	3	15	1.01
88743620--88743699	17	4.6	18	76	14	69	76	2	3	17	1.05
88749064--88749088	13	1.9	13	100	0	50	48	8	0	44	1.32
88750447--88750800	27	13.1	27	81	5	342	43	19	14	22	1.87
88750447--88750803	81	4.4	81	84	3	407	43	19	14	22	1.87
88751130--88751172	22	1.9	23	85	4	61	18	4	48	27	1.68
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
88761334--88761375	21	1.9	23	85	9	61	23	4	14	57	1.56
88761641--88761691	24	2.1	24	92	0	84	41	7	21	29	1.81
88763813--88763947	27	5.0	27	89	3	173	40	17	18	22	1.91
88777052--88777126	37	2.0	37	97	0	141	42	14	8	34	1.75
88778104--88778282	71	2.5	70	83	6	175	34	21	16	27	1.94
88778155--88778300	71	2.1	70	88	5	215	31	21	17	29	1.96
88782341--88782399	13	4.3	14	75	14	52	76	0	16	6	1.00
88782956--88782993	17	2.2	17	86	9	51	2	10	2	84	0.83
88785615--88785649	17	1.9	19	88	11	56	34	20	0	45	1.51
88796036--88796078	15	2.8	16	83	16	56	34	9	20	34	1.85
88796031--88796083	9	5.4	9	75	16	52	33	7	20	37	1.81
88796025--88796091	20	3.3	20	89	0	107	34	10	20	34	1.87
88796140--88796285	25	6.0	24	87	5	179	30	19	20	29	1.97
88796140--88796285	72	2.0	74	84	7	192	30	19	20	29	1.97
88796479--88796542	31	2.1	31	90	0	101	37	14	23	25	1.92
88802943--88803139	45	4.4	45	92	3	303	24	29	21	23	1.99
88803112--88803167	28	2.0	28	100	0	112	25	28	17	28	1.98
88803061--88803212	73	2.1	73	94	0	268	25	26	21	26	1.99
88803140--88803232	45	2.1	45	93	0	159	27	24	21	25	1.99
88804039--88804228	47	4.0	47	95	0	335	43	14	14	28	1.84
88808834--88808892	20	3.0	20	100	0	118	35	8	20	35	1.83
88810517--88810578	30	2.1	29	82	11	74	27	6	14	51	1.66
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
88825772--88825884	58	1.9	59	85	5	158	44	5	1	48	1.35
88828538--88828590	18	2.9	18	78	10	63	52	5	32	9	1.57
88830335--88830380	17	2.7	17	93	0	74	19	41	21	17	1.90
88835523--88835639	37	3.3	35	70	21	102	39	1	4	54	1.30
88835525--88835722	59	3.2	59	72	18	154	40	3	3	52	1.36
88835666--88835725	16	3.7	16	73	10	50	41	3	1	53	1.27
88851059--88851107	20	2.5	20	82	0	62	36	4	20	38	1.72
88864670--88864845	46	3.8	46	79	12	216	20	21	29	28	1.98
88864667--88864838	93	1.8	93	96	0	317	20	21	29	27	1.98
88872226--88872400	46	3.8	45	80	11	212	20	21	29	29	1.98
88872223--88872393	92	1.9	92	96	0	315	21	21	29	28	1.98
88877493--88877646	43	3.6	43	76	16	149	24	16	24	35	1.95
88877503--88877646	44	3.3	42	80	14	143	25	16	23	34	1.95
88877569--88877670	43	2.4	43	78	15	106	24	14	26	34	1.94
88878537--88878570	13	2.6	13	95	0	59	17	29	35	17	1.93
88881386--88881434	25	2.0	25	95	0	89	28	34	20	16	1.94
88885375--88885419	20	2.2	20	96	0	81	28	13	17	40	1.88
88888523--88888591	34	2.0	34	97	0	129	33	14	15	36	1.89
88896259--88896318	27	2.2	27	84	0	75	35	20	10	35	1.86
88896270--88896354	27	3.1	27	89	0	125	30	21	8	40	1.82
88896355--88896460	27	3.9	27	91	0	176	36	21	10	31	1.87
88896496--88896819	27	12.0	27	82	2	337	37	17	18	25	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
88896495--88896818	81	4.0	81	84	3	391	37	17	18	25	1.93
88896961--88896991	16	1.9	16	93	0	53	29	19	16	35	1.93
88897024--88897118	25	3.8	25	91	0	145	25	23	23	28	1.99
88897024--88897118	50	1.9	50	93	0	163	25	23	23	28	1.99
88897024--88897131	25	4.4	24	88	3	119	27	21	23	27	1.99
88897035--88897143	50	2.2	50	83	6	132	25	24	22	26	2.00
88899414--88899678	27	9.8	27	87	0	298	28	20	8	42	1.82
88899671--88899839	27	6.3	27	82	2	187	41	18	8	30	1.81
88899671--88899879	54	3.9	54	80	1	206	39	19	9	31	1.84
88899671--88899839	81	2.1	81	87	2	241	41	18	8	30	1.81
88899802--88899878	27	2.9	27	75	7	68	37	19	9	33	1.83
88899671--88899864	81	2.4	81	85	3	221	40	18	9	31	1.82
88899868--88899967	27	3.7	27	84	0	128	37	14	19	30	1.90
88899868--88900231	54	7.0	54	82	7	322	36	15	19	28	1.93
88899925--88900009	42	2.0	42	100	0	170	36	11	16	35	1.85
88899974--88900232	27	9.7	26	84	5	293	36	16	20	27	1.93
88899905--88900036	69	1.9	69	83	6	169	37	12	18	32	1.87
88899858--88900224	123	2.9	122	81	8	324	36	15	19	28	1.93
88899878--88900063	96	1.9	96	87	2	275	36	12	18	31	1.89
88899967--88900232	81	3.3	81	86	0	363	36	16	19	27	1.93
88900437--88900506	25	2.8	25	93	0	113	25	24	24	25	2.00
88900436--88900519	25	3.4	24	83	8	98	28	21	23	26	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
88910912--88910951	19	2.2	18	86	4	53	50	0	10	40	1.36
88911050--88911078	15	1.9	15	100	0	58	41	0	0	58	0.98
88913318--88913454	60	2.3	59	82	8	152	29	21	24	25	1.99
88917272--88917319	19	2.6	19	86	3	71	35	2	14	47	1.56
88920583--88920818	56	4.2	57	85	3	291	30	13	21	34	1.92
88920584--88920818	112	2.1	112	86	0	326	30	13	21	34	1.92
88920585--88920856	56	4.9	55	81	4	204	30	13	22	33	1.93
88924029--88924080	25	2.1	25	96	0	95	23	11	28	36	1.90
88926461--88926485	13	1.9	13	100	0	50	32	4	24	40	1.73
88927627--88927862	56	4.2	57	84	5	320	29	13	22	33	1.93
88927642--88927905	112	2.4	111	82	6	309	29	14	23	32	1.94
88931874--88931912	19	2.1	19	85	0	51	71	7	5	15	1.26
88932348--88932462	55	2.1	56	82	8	137	34	22	24	18	1.96
88932373--88932462	27	3.2	27	81	7	101	32	24	24	18	1.97
88932568--88932632	28	2.3	28	94	0	112	30	7	27	33	1.85
88932878--88932909	8	4.0	8	91	0	55	3	25	25	46	1.67
88933695--88933727	12	2.6	13	85	9	50	45	0	45	9	1.35
88939162--88939251	27	3.2	28	81	7	94	33	22	23	21	1.97
88939357--88939421	28	2.3	28	94	0	112	30	7	27	33	1.85
88941670--88941743	22	3.4	22	76	10	89	14	32	24	28	1.95
88941639--88941742	43	2.4	43	86	0	145	17	31	24	26	1.97
88941638--88941710	21	3.4	21	67	10	58	19	30	24	26	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
88943462--88943512	27	1.9	26	84	4	66	17	27	19	35	1.94
88943546--88943581	2	18.0	2	100	0	72	50	0	0	50	1.00
88948858--88948888	15	2.1	15	100	0	62	45	0	6	48	1.28
88955636--88955777	40	3.5	40	83	1	124	27	23	26	22	1.99
88955675--88955803	40	3.2	39	84	6	152	24	22	27	25	2.00
88963672--88963776	40	2.6	40	84	0	129	29	22	26	20	1.99
88963769--88963793	13	1.9	13	100	0	50	24	24	32	20	1.98
88971707--88971848	40	3.5	40	83	1	124	27	23	26	22	1.99
88971746--88971874	40	3.2	39	84	6	152	24	22	27	25	2.00
88973494--88973535	15	2.8	15	82	7	50	16	0	28	54	1.42

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410